朝廷为了监视剿贼诸将们的功罪勤惰，特命明内官监右少监：陈大金、明司礼监左少监：阎思印、明直殿监太监：谢文举、明司设监右少监：孙茂霖，分别监视；明山西都指挥同知：曹文诏、明山西总镇总兵：张应昌、明援剿副总兵：左良玉、明援剿总兵兼四川总镇总兵：邓玘，等将领们的军纪功过。并催户部发粮饷，仍发内帑四万两白银、素红蟒绸缎四百匹、红素千匹，军前给赏。这时明山西都指挥同知：曹文诏，出兵夜袭流寇于北直隶广平府邯郸县偏店乡，使得流寇兵败退走山路，坠山谷死伤者占大半。明军将领们则合兵追逐流寇到清河，夺马骡数千匹，把北直隶流寇们尽数逼出去到河南承宣布政使司彰德府。6月14日，四川明军遭流寇伏兵进攻，兵败于河南承宣布政使司彰德府林县，明赵恪亲王：朱常㳛，开始告急，连忙乞求地方驻军增强对；赵亲王府护卫指挥使司（彰德卫）、赵亲王府仪卫司、赵亲王府群牧所，三处藩王封地的保护，以拱卫赵亲王殿下自己的安危。接着流寇们兵围河南承宣布政使司彰德府汤阴县、林县、涉县、武安县，以及卫辉府辉县。部分流寇还从山西承宣布政使司泽州阳城县、平阳府垣曲县，北上合兵于太原府清源县攻陷了辽州和顺。明援剿副总兵：左良玉，破贼于怀庆府怀庆卫解救了郑亲王殿下，逼流寇尽奔走太行山之上，又担心河南承宣布政使司流寇盗蔓延，特命明济南府总兵：倪宠、明京营副将：王朴，分率京营兵马前来。在以明司礼监内监：杨进朝、明御用监太监：卢九德，赐给二位将帅弓矢一千五百张、战马三百匹，健丁三百人，驰赴河南承宣布政使司协助剿贼。7月21日，流寇们屯兵于河南承宣布政使司彰德府与山西承宣布政使司汾州府一带，由明山西总镇总兵：张应昌，出击进剿。其中明汾州府知府：费甲鏸，以逼迫百姓压榨赋税出名，故此在流寇杀来之际只能投井而死。山西流寇们还趁势攻陷了太原府乐平县、河南流寇们则攻打彰德府，明援剿副总兵：左良玉，急忙率军前去御敌。随后山西流寇们又继续攻陷泽州永和隘与沁水县！8月16日，因原陕西明军被北调入京，去辽东都指挥使司关外抗后金，致使陕西承宣布政使司明军兵力空虚之际，流寇们又复起造反。在平凉府举兵攻占了静宁州隆德县，斩杀明隆德县知县：费彦芳，负责镇守平凉府的明固原卫总镇左参政：陆梦龙，率明军出击，不幸战死于隆德县城下。吓得明韩穆亲王：朱亶塉，惶恐不安！不过他并没有灰心，而是加强了韩亲王府仪卫司、韩亲王府护卫指挥使司（安东中护卫）的人数兵力。9月初3日，明山西总镇总兵：张应昌，追击进入河南承宣布政使司的流寇，在河南府弘农卫灵宝县、陕州平陆县一带，擒获了农民军将领：一盏灯（张有义）。不过河南府雒阳县境内的明福恭亲王：朱常洵，倒是没有害怕流寇，反而是剿贼明军们经过河南府时都眼巴巴的看着，富甲天下的福亲王府黄金粮饷干瞪眼。10月17日，山西承宣布政使司、河南承宣布政使司各部农民军们组成二十四营，渡河大规模进军河南承宣布政使司寻找粮食打着劫富商口号，还进犯河南府阌乡县、渑池县。之后农民军担心，又会遭到明军的围攻，便决定再次分散行动，有的继续留在河南承宣布政使司，有的则南下湖广行都指挥使司以及湖广承宣布政使司、有些则跑回去老家陕西承宣布政使司，更有些甚至开始往北组队进入北直隶、山西行都指挥使司。至此中原地带大多数官宦、富商、乡绅门户都被流寇们劫掠，农民军们还大肆宣传让百姓们参与造反，抵抗朝廷反击明军的宣传口号。12月初2日，河南承宣布政使司农民军们进攻汝州伊阳县、河南府卢氏县等地，又劫掠南阳府淅川县、内乡县，以及湖广行都指挥使司襄阳府光化县、均州，导致大批百姓们苦不堪言！进入湖广行都指挥使司的流寇们，还扮成进香客趁机攻陷湖广行都指挥使司郧阳府郧西县、上津县。期间流寇们还哄骗百姓加入，又开仓放粮、散银，致使兵力扩充至30万人。以至于襄阳府封地的明襄忠亲王：朱翊铭，非常害怕整天提心吊胆的，他急忙增派襄亲王府仪卫司、襄亲王府护卫指挥使司（襄阳护卫）以及襄阳卫，来加强防御。而陕西承宣布政使司农民军：钻天哨、开山斧，则独据延安府延川县永宁关，凭前阻山险下临黄河，让明军们久攻不下。明延绥总镇巡抚：陈奇瑜，图谋取之，他发缴榜文集合明军出兵七千人，进抵延安府延川县悄悄带兵入山。待明军上山后开始追杀农民军，听闻明军漫山遍野袭来，让流寇们不敢轻易恋战仓皇溃佚，被明军焚其巢穴，斩首1千6百人，铲平了延安府流寇，也让明延绥总镇巡抚声威大振。但不幸的是陕西承宣布政使司、山西承宣布政使司又发生天灾接连大旱！明崇祯七年公元1634年正月16日，农民军：王岗、王志臣（豹五）、通天柱（孝义），等流寇将领们因无粮食吃，又被明军围住各处关卡，不得不前来太原府首府阳曲县内归降。明太原府巡抚：戴君恩，得知情况后大喜，连忙设宴灌醉敌人诱杀流寇，共斩首四百二十九人。而太原府岢岚州农民军：显道神（高加计）略懂天文地理和一些法术，他在州县境内登台蛊惑并算出来年会天将大旱，还分发粮食给百姓，使得投贼者甚多。很快大明北直隶京畿帝都的精锐兵力开始集结，这让刚刚进入北直隶大名府境内的流寇们听闻一点消息后，便匆忙逃出往南撤。部分河南流寇从南阳府新野县渡江，进入湖广行都指挥使司，又掠夺襄阳府谷城县、光化县。其中襄阳府境内还有不少百姓从贼！配合流寇打击明军四处抢掠，与农民军合并总计四千人围攻襄阳府均州，在南下荆州府围攻夷陵州。使得南阳府封地内的明唐亲王：朱聿键（未来的南明绍宗隆武襄皇帝）拿出唐亲王府库银，招募得一千人，加入到唐亲王府仪卫司、唐亲王府护卫指挥使司（南阳中护卫）以及南阳卫当中。但是荆州府首府江陵县的明辽懿亲王：朱术雅，与荆州府归州的明惠安亲王：朱常润，两人岌岌可危！也分别拿出库银组建了辽亲王府护卫指挥使司、惠亲王府护卫指挥使司。但由于两人都没有仪卫司，故此又增加了辽亲王府仪卫司与惠亲王府仪卫司总计三千人，分别保护两位藩王殿下的安全。另一边在陕西承宣布政使司汉中府境内，由土匪、山贼与暴民们组织起的联军，联合攻陷了汉中府洵阳县，进逼兴安守御千户所，使得部分陕西农民军们响应汉中府暴动。接着流寇联军们连续攻陷了汉中府紫阳县、平利县、白河县，使得明兴安守御千户：王道台，害怕千户所城陷！他急忙发信号请求支援。明陕西三边总督：洪承畴，得知消息后立即率兵赶赴救援，明陕西总镇巡抚：练国事，则急忙移兵到西安府商州、山阳县，一带防守流寇。也让汉中府封地的明瑞安亲王：朱常浩，决定出库银让瑞亲王府仪卫司、瑞亲王府护卫指挥使司，以及汉中卫增加到一千人，还从瑞亲王府库房中拿出一千两白银，赏赐给前来救援的明陕西三边总督军队。流寇们见无法立足于陕西承宣布政使司汉中府，便走官道沿着山路绕过明军南下，进入四川承宣布政使司保宁府。此刻湖广行都指挥使司的流寇们，继续攻陷了荆州府远安县、郧阳府房县、保康县。这让明辽懿亲王：朱术雅、明惠安亲王：朱常润，不得不相互照应出钱粮，给当地驻军提高防御。战报传出去之后，明南直隶兵部尚书：吕维祺，就上奏道“南都承天府（兴都留守司）以及南直隶凤阳行都督府中都留守司，所属之地均为陵寝所在之地，宜以凤阳行都督府宿州、寿州、湖广承宣布政使司襄阳府为咽喉，而淮安府、徐州，则为京师咽喉也，乞求敕明淮安巡抚：杨一鹏，命他急忙预备，以防流寇东犯。”
2月13日，四川承宣布政使司农民军在夔州府攻陷了巫山县，进入夔州府首府奉节县，劫掠了一宿才离去！因流寇们分散蔓延在陕西承宣布政使司、山西承宣布政使司、四川承宣布政使司、河南承宣布政使司，湖广承宣布政使司，一带且定居不稳流动性很大，故此朝廷内阁与兵部商议后，认为“各镇官兵抚事权不一，互相观望，宜以重臣开设督府，统摄诸道兵讨贼。”
于是明毅宗：朱由检，下诏以明陕西三边总督：洪承畴，为主，与明延绥总镇巡抚：陈奇瑜，为副，两人一同总督陕西都指挥使司、山西都指挥使司、河南都指挥使司、湖广行都指挥使司，以及湖广都指挥使司、四川都指挥使司，五个都司军务（准确来说是6个）不过因为湖广行都指挥使司所辖卫所不明确，故此归纳入只算湖广都指挥使司1个，视贼所向各方剿抚。3月初9日，明南直隶都察院右都御史：唐世济，上奏道“流寇有四类，其一为乱民、其二为驿卒、其三为饥民、其四为难民，宜分别剿抚。”
朝廷把这份奏章呈报给明五司总督兼陕西三边总督：洪承畴，与明延绥总镇巡抚：陈奇瑜，两人各一份，让他们按情况而定。