明保宁府左参将：罗于萃，在中途拦截斩杀了部分流寇，在穷追流寇于汉中府西乡县子午谷巡检司一带，夺其所掠子女二千口，使贼奔赴汉中府石泉县饶风关巡检司。同时逃入南直隶凤阳行都督府的流寇们，继续攻陷了庐州府巢县、和州含山县。明崇祯九年公元1636年正月13日，明四司总督兼湖广总镇巡抚：卢象升，会师南直隶明军于凤阳行都督府，在勒令各路兵马进剿。很快农民军：闯王（高迎祥）、闯塌天（刘国能）、西营八大王（张献忠）、摇天动，等部流寇连营数十万军队，便一起合力攻打南直隶滁州。农民军们环山为营，包围了平原百余里。明南直隶行太仆寺寺卿：李觉斯、明滁州知州：刘太巩，督率军民上城楼固守，流寇则架云梯冲锋，又挖战壕在城外抵挡明军炮火轰炸。还修了百道环形战壕进攻，城头火轮巨炮相续发射，山下多数地方被炸成烂泥。明军们以滚油、万人敌、弓箭、火铳，抗击爬上云梯的流寇，致使流寇们的进攻减弱，开始撤兵。流寇们夜间又再次进攻，开挖了支河想引河水入城内，在骑着黑牛、战马渡河攻城，但城上明军连炮轰炸，让流寇们死伤惨重不得不再次撤退。就在流寇们撤退之时，还趁机劫掠了隐居落山谷的妇女数百人，皆去衣裳裸而淫之！尽断其头为乐，孕者则被开膛刨腹，手段极其残忍。滁州卫明军们出动观望之际，大多都是掩面不忍直视，明将们也不敢出击，只是开炮轰炸城外流寇罢了！寅时，明四司总督兼兵部尚书：卢象升，和诸道援军赶来驰援南直隶滁州与滁州卫，以明宁远卫指挥使：祖大乐、明宁远卫左参将：祖宽，为前锋。率领宁远卫明军与辽东铁骑冲杀过来，在以火攻三营（火铳、火炮、战车营）为后劲，由明四司总督亲率麾下三百铁骑居中督战。因部分流寇们还在抢劫当中，所以没有布置防御，故此明军杀来之际，多数流寇被屠杀。其中明宁远卫左参将一马当先，冲到阵前，被流寇们群起接战，后方明将们则战于城东五里桥，官军们踊跃争奋以各类手雷如；风火震天雷、霹雳伏火雷、土雷、陶雷，等炸向流寇。各路明军又追逐流寇北退五十里地，积尸遍野，缴获器械众多，斩首一千二百人。其中明淮安府总督兼山东总镇巡抚：朱大典，还派明淮安府左参将：杨世恩，复截流寇于凤阳行都督府定远县，又斩首了六百人。流寇余部一路东奔定远县，藏于嘉山之中。而明宿松总兵：刘良佐，则扼守凤阳行都督府西北方向的英武卫，让流寇们继续向西突破池河守御百户所。待过了池河守御百户所之后，流寇们再出滁州卫东冈守御百户所，明东岗守御百户：刘光辉，为了打击流寇，亲率五百人死守东冈守御百户所。但流寇数万大军到来围城时，守御百户所内的明军们很快就弹尽粮绝了！明东岗守御百户还被射中三箭，摔落下去护城河中，其余明军皆战死，被流寇进城夺其盔甲与（玄鸟）旗帜渡河。企图冒充明军，继续往南进入南直隶应天府江浦县地区。因为是快速通行的，又不用出示令牌、路引以及汇报上司，故此有士兵就上报明中军都督府右都督兼应天府提督总兵：杜弘域，他感觉不对劲？于是连忙从江浦县渡河追去。而滁州溃败的流寇们，则再次西向凤阳行都督府进犯中都留守司皇陵卫，使得明淮安府总督兼山东总镇巡抚：朱大典、明凤阳行都督府总兵：杨御蕃，急忙列营保护皇陵卫城墙。明军们把守甚严不许进出，让流寇们不敢轻易进攻，便西渡河劫掠凤阳行都督府怀远县。另外湖广承宣布政使司襄阳府枣阳县，有山贼大当家：廖三、二当家：袁世儒、三当家：李玉石，以牛羊好酒迎中原流寇：张乐、高燕，合伙入营一同抢劫。正月21日，南直隶流寇：紫薇星，率部攻陷了凤阳行都督府怀远县，但马上就被明淮安府总督率兵前来围剿。流寇们连忙放火北逃，还继续攻陷了凤阳行都督府灵璧县、进逼泗州。明宁远卫指挥使：祖大乐，亲率辽东铁骑于归德府永城县，斩首72营农民军贼首：混天王（张应金）夺其驴马万头。而湖广行都指挥使司郧阳府、襄阳府流寇们开始掠夺谷城县，让明襄忠亲王：朱翊铭，很是担心。他决定出动襄亲王府军队，调查流寇动向，以便随时汇报给剿贼明军。南直隶流寇们则攻陷了徐州萧县、陕西承宣布政使司流寇则攻陷了凤翔府麟游县、河南承宣布政使司流寇攻陷了河南府阌乡县。这时明兵科都给事中：常自裕，连忙上奏道“现今流寇已有数十万，最强当属匪首：闯王高迎祥，其麾下多拥有湖广承宣布政使司番、汉降丁坚甲铁骑，洪军门、卢军门即日报斩获之数，焉不过是别营小队人马也！于闯势力并无损伤，今秦贼在延安府宜君县、鄜州，不过闯将李自成当责成秦抚，中原流寇在汝州者仅有老回回马守应等部数贼，当专注于中原剿抚，而督理两臣宜令专攻闯王，应让洪军门以陕西总镇总兵：王承恩、平凉府总兵：孙显祖，等边军、川兵二万人出关，由汝州、南阳府急赴汝宁府光州、固始县断其后，在让卢军门以宁远卫指挥使：祖大乐、宁远卫左参将：祖宽，率兵二万由凤阳行都督府颍川卫、寿州奔赴庐州府英山县、六安州，截断其前，淮安府总督：朱大典、凤阳行都督府提督：杨御蕃，等将领应屯兵于庐州府霍山县防其东 突，应天府总镇巡抚：张国维，应派安庆总兵：许自强，屯兵于安庆府潜山县、太湖县，防其流寇进入安庆府，湖广总镇巡按：王梦尹，当以黄州府总兵：秦翼明，屯兵于黄州府麻城县、黄梅县，防其流寇南冲，至于南阳府邓州、襄阳府随州、郧阳府枣阳县之间，则由郧阳府巡抚：宋祖舜，处理各路兵马若合围则贼定无所逃遁，在歼其首领则余贼自破也。”
这时农民军：闯王（高迎祥）扫地王（张一川）等二十四营流寇，继续攻打南直隶徐州，但久攻不克。随西陷归德府虞城县，入河南承宣布政使司。另外农民军：一字王（拓先龄）、曹操（罗汝才）、扫地王（张一川）等五营，由河南承宣布政使司归德府赶赴开封府仪封县石家楼，被明宁远卫指挥使率军悄悄在归德府野鸡冈守御百户所拦截。断其流寇前锋在分兵设伏，以步兵诱敌，遇贼于雪园既战。官军佯装兵败被流寇们争先驰逐，关键时刻明宁远卫指挥使鸣鼓举旗，从东西两翼杀出，再出辽东骑兵配合明军火铳队攻击流寇，打得流寇们大乱，被明军三面追击，斩首一千四百人。这时湖广行都指挥使的流寇们，分为二部；一路往襄阳府均州、一路入四川承宣布政使司夔州府。中原流寇们则汇集于开封府兰阳县，明四司总督：卢象升，立刻移驻到凤阳行都督府寿州剿贼。2月12日，湖广承宣布政使司黄州府流寇们，再次杀入安庆府潜山县又陷太湖县，而湖广行都指挥使司郧阳府、襄阳府的流寇们，则进犯郧阳府竹山县。接着明甘肃总镇总兵：柳绍宗，率军出击，在陕西行都指挥使司靖虏卫打败农民军：过天星（惠登相）与九条龙等八营流寇。吓得其余流寇们西逃并劫掠兰河，又南扰巩昌府会宁县。明五司总督：洪承畴，则檄榜明汉中府副总兵：左光先、明甘肃总镇总兵：柳绍宗，合兵击贼。让流寇从庆阳府安边守御千户所北逃，在进入宁夏后卫花马池守御千户所。由宁夏后卫明军联合围剿，明军力战攻打流寇，使诸贼们请降，被明陕西总镇巡抚：甘学阔，接受，并安插其部数万人于延安府。但流寇们马上就叛变了，还劫掠延安府延长县、延川县，两地。3月15日，山西承宣布政使司流寇们攻陷了辽州和顺县。在剿贼之际，明五司总督兼兵部尚书：洪承畴，奏报朝廷称“流寇多在陕西承宣布政使司、河南承宣布政使司山中，闻其附近州府县一有粮饷便劫掠，由南阳府淅川县水运以通湖广承宣布政使司荆州府、襄阳府贩卖，可艘船只拦截，宜派人在淅川县断粮。”
在明军采取行动之时，农民军：九条龙、整齐王（张胖子）从襄阳府南漳县、光化县，攻陷了襄阳府谷城县。在进逼郧阳府保康县，二千里内居民房舍全被焚烧殆尽。接着又攻陷了郧阳府竹溪县、房县，流寇们在得知保康县内粮食空虚就不入了，这使得明四司总督：卢象升，听闻消息后，急忙率领诸将追逐流寇到襄阳府谷城县。得知流寇再次来到襄阳府，可着实让明襄忠亲王：朱翊铭，对这些流寇们恨之入骨啊！他连忙发了襄亲王府库房白银一千两，给明四司总督当做奖励。由于明军围追得太猛，迫使流寇们北走湖广行都指挥使司郧阳府，官军们三道并进，待大雾升起之时，流寇们迷路看不清方向，不知大军以至，仓猝应战。遭到了明军们的镇压，流寇兵败逃奔板桥山中，明军继续追击砍杀，导致坠落山崖的流寇无数。斩杀了流寇贼将：黑煞神、飞山虎，还追奔流寇数十里地，一路上尸横遍野。此时明河南总镇巡抚：陈必谦，亦讨南阳府内乡县、淅川县，一带的余寇，而明宁远卫左参将：祖宽、明承天府总兵：李重镇，则由承天府荆门守御千户所到达荆门州，防其流寇逃奔。