而已经奋战了一上午的幕府左近将监：立花宗茂，则率领本部军在休整之后，从西侧山上向明军右翼迂回。巳时五刻，幕府筑前守：小早川景隆，以麾下大将幕府筑前国左卫门：粟屋景雄、幕府筑前国右卫门：井上景贞，各领三千人分左右两翼向明军逼近。以接应损失惨重的幕府左近将监所部军队。左翼的幕府筑前国左卫门：栗屋景雄，当即就遭遇了明军神机箭和弓箭的猛烈射击，队伍一时大乱，一部明军骑兵趁机越阵而出，直冲幕府筑前国左卫门队伍。尽管幕府筑前国左卫门奋力拒战，但以渐渐不支，使得右翼的幕府筑前国右卫门：井上景贞，急忙上前支援。此时小早川家的谋士：佐世正胜，谏言道“大和语：敌势猖獗，粟屋队很快就要不支后退，毋宁待敌军追击之时，从山坡上猛然冲下击敌侧翼，则敌军必败。”
于是幕府筑前国右卫门从之。不一会儿粟屋队果然败退，明军骑兵追击而来，恰如海潮般涌来，井上队遂一齐呐喊，冲下山坡，粟屋队亦回身反攻，同明军展开了一场恶战。在近身搏斗之中，明军骑兵的装备劣势很快就显露出来，除了神机箭外，明军骑兵仅携带了随身配刀，唯有明东征提督：李如松，等李家军亲兵携带了三眼铳。此外地形地势也限制了明军骑兵的发挥，从砺石岘至碧蹄馆，皆是崎岖狭窄的河流溪谷地形，略平整处则散布民间水田，极不利于骑兵机动。在加之头天晚上天降大雨，地上的冰雪初解，道路泥泞不堪，马匹的速度优势荡然无存，反倒限制了骑兵的行动。一番激战之下，人数和装备均处于劣势的明军渐渐不支倭军，战线开始向北推移至京畿右道高阳郡地带。关键时刻明东征提督亲自上阵督战，但处于人数劣势，且久战之下的明军们已疲惫不堪，遍地泥淖更使得战马举步维艰，让明军陷入到苦战当中。不过立花军当时是使用了一种示弱战术，即以幕府但马守：十时连久，的五百兵力，正面楔入敌阵然后撤退，在引诱明军追击，而幕府左近将监则率领本队主力二千人，绕到明军右翼，伺机攻打敌人移动中暴露出的薄弱部位。不料明军的火炮太过于猛烈，当幕府但马守成功完成诱敌任务准备撤出时，负责接应他的幕府和泉守：小野镇幸，却被明军风暴似的虎蹲炮轰击所阻。待小野队终于冒着炮火突入重围，与之会合之时，幕府但马守已经死于明御倭副总兵：李如梅，指挥的神机箭队之下，与他同时战死的还有其部下百余人和本部将领。然而幕府但马守虽死，不过幕府左近将监的本部却借着大雾绕到了明军右侧，趁着明军骑兵的追击队形尚在松散时，突然发起了攻击，并与正面的幕府和泉守部队相互呼应，从两面交替打击明军的中军。幕府左近将监的二千人骑兵，疾驰到离敌军仅有3町（三百步）的地方，一起呐喊后，从左侧发动攻击，打乱敌军阵形后撤离。而幕府和泉守的八百余骑兵则向顽强抵抗的辽东明军铁骑追击，打退二千明军。将近午时，倭军左右翼的部队才从山上迂回到位，完成了对明军的三面包围，幕府筑前守：小早川景隆，居中、幕府左近将监：立花宗茂，在左、幕府大津城城主：小早川秀包，与幕府月山富田城主：毛利元康，在右，同时发起了总攻。四面八方的倭军分布在沿山遍野，由两山夹空将我军围住，明东征提督见情势危急，跃马冲至阵前，与手下骁将数十人亲自手持神机箭射击。看到明东征提督如此英勇神武，让明军将士们瞬间士气大振，继续浴血奋战，双方又打成了僵局。在这个紧要关头，从马山馆撤下来救援的明东征左副总兵：杨元、明东征左副总兵左参将：郑文彬、明东征左副总兵监军：王鲁希，率领的援军终于赶到了，从倭军尚未合拢的北面一气杀入，为被困的明军们打出了一条后退的生路。这支援军带有自己本部的一千骑兵。此时明东征提督：李如松，觉得反击的机会终于来了，他并没有打算撤退，而是继续试图整军出击。但幕府治部少辅：吉川广家、幕府代总大将：户川达安、幕府三河守：吉见元赖、幕府左卫门佐：天野五郎兵、幕府右兵卫尉：三吉殿、幕府周防守：佐波殿，等倭军将领们纷纷上前夹击。这让明军战士有些招架不住了！毕竟没带火炮以及火箭、战车，故此明东征提督见倭军势大，一时间不能抵挡。而仅在明军后方跟随的李氏朝鲜都元帅：金命元，则带领一百名李氏朝鲜军队负责观战，全程不敢参与作战，与李氏朝鲜京畿右道防御使：高彦伯，汇合之后开始在远处放箭。很快明军就向北方的惠阴岭撤退，在被倭军追击了一段路后，亦于酉时，才回到了王京，至此「碧蹄馆之战」画下序幕。战乱过后，明东征提督通过审问倭军俘虏以及截获李氏朝鲜文书中所得情报，重新估计了一下倭军人数，他断定李氏朝鲜官员说谎，并且还发现→射伤我之家丁及马匹者，俱是尔国之箭！这充分的说明了，有李氏朝鲜人在帮助倭军作战，让他非常失望。正月28日，明东征提督在上报战况给朝廷兵部的怒斥李氏朝鲜文书后，便返回了临津江重新布防。2月初6日，明神宗：朱翊钧，为了堵住群臣们的嘴稳定局面，也想把明皇三子：朱常洵，留在京中暂不封为亲王就藩，便下诏暂停三位皇子并封王之皇命……。这边虽然明军把防线缩回到京畿右道临津江以北，但是京畿右道汉城府周围，仍活跃着各路李氏朝鲜人的武装势力。顶替李氏朝鲜兵曹备边使：李镒，之职的李氏朝鲜兵马佥节制使：李薲，率兵3千人，仍驻扎在京畿右道临津江南岸的坡州牧。而新任的李氏朝鲜全罗左道观察使：权栗，接替了李氏朝鲜全罗左道巡察使：李洸，之职开始率兵2千3百人驻守在京畿右道汉城府高阳郡地带。李氏朝鲜京畿右道防御使：高彦伯、李氏朝鲜平安西道义军首领：李时言，则驻扎在京畿右道杨州牧蠏逾岭。同时汉城府周围还有4路僧兵部队在对抗倭军，待明军撤退之后，倭军要做的第一件事就是剿灭僧兵。2月初9日，一支1千人的僧兵与倭军在汉城府以西20公里的慈城遭遇，一场血战下来，僧兵们被歼灭了，但倭军也受到了一些损失，最后不得不退回汉城府。僧兵的奋战令得倭军疲于奔命，四处救火「秃山防御战」击退倭军后，李氏朝鲜全罗左道观察使兼全罗左道巡察使：权栗，也响应了明军的攻势，进军至汉城府西北15公里的幸州城。这幸州城是一座山城，滨临汉江，三面环水，一面陡坡，易守难攻，更重要的是，幸州城是俯瞰碧蹄馆至汉城府之间的要隘，扼守着倭军北上或明军南下的咽喉，战略位置之重要不言而喻。因此汉城府的倭军决计不惜任何代价，都必须要拿下幸州城，一来筑起抵御明军的防线，二来杀鸡儆猴，希望能把各路李氏朝鲜军队吓跑。2月12日子时，幕府主帅左近卫权中将：宇喜多秀家，亲率倭军4千8百人直逼高阳郡幸州城而去，其中还有幕府第一军左副将：小西行长、幕府第三军福冈国藩主：黑田长政、幕府第六军中务大辅：小早川隆景，等军团都随军出征，军队浩浩荡荡，大有不破幸州城誓不还的气概。然而幸州城内的李氏朝鲜守军仅有4千人，兵力相对比较少，但李氏朝鲜全罗左道巡察使：权栗，还是决定凭险坚守，以保障日后光复汉城府所必需的桥头堡。恰好休静大师：崔汝信，的二弟子：处英，听说幸州城危急，他赶紧率领数百僧兵前来增援，终在幕府兵团大军之前赶到幸州城内。卯时初，太阳隐隐升起之际，倭军大部队即已开到幸州城外，在晨曦的照耀下，4千8百名倭军杀气腾腾，背上都插满着红白相间的战旗，而大多士兵脸上还戴着怪异的鬼面具。李氏朝鲜守城士兵们见到这个架势，大多都被吓得胆战心惊，但幸亏在李氏朝鲜全罗左道巡察使的沉着指挥下，军心才重新稳定下来。为了抵抗倭军的进攻，李氏朝鲜五军营总戍厅中军将：赵儆，更精于构筑防御工事，在本已险峻难攻的城外开挖了战壕，并竖起两道栅栏，故此趁着倭军布阵之际，李氏朝鲜全罗左道巡察使下令全军饱餐一顿。因为战斗一旦打响，谁也不知道什么时候才能吃下一顿。卯时四刻，倭军开始攻城，由于只有一面可以入城，因此倭军大部队无法展开，只能分成十余队轮流攻击。这下正中了李氏朝鲜全罗左道巡察使的分兵之计，李氏朝鲜军队将一切能找得到的火力聚集到倭军攻击的方向，弓弩火矢、火箭车、投石车、地字号炮，等等一齐上阵，居高临下，准备给予倭军迎头痛击。先后打退了倭军九次进攻，几路倭军兵团上阵都吃了大亏，让幕府左近卫权中将感到不可思议！但也让李氏朝鲜守军们受到了重创。在激战一下午之后，李氏朝鲜兵马佥节制使：李薲，才赶到增援他们，也迫使了幕府倭军不得不暂退一时。战后李氏朝鲜驻军们由于兵力不足难以坚持！但又不想让倭军再次前来占领这个据点，便决定下令摧毁掉城堡撤兵。