消息传到北直隶紫禁城后，明神宗：朱翊钧，立即前去祭告宗庙，并拨银一千两，犒劳陕西都指挥使司边关将士。因漠南蒙古永谢布部台吉：孛儿只斤·永邵卜，遭到了严重打击，但在朵甘都指挥使司一带，并不只是这一个部落，比较强大的还有漠南蒙古右翼多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤、漠南蒙古永谢布部首领：孛儿只斤·瓦剌他卜囊、漠南蒙古右翼多罗土蛮部台吉：真相，等漠南蒙古诸部依旧强大。这让偷鸡不成蚀把米的漠南蒙古永谢布部台吉非常不甘心，他便又纠集了这些部落，组成了一支1万5千多人的庞大军队，倾巢而出。10月13日，由答思麻万户府入东科尔方向，在进犯西宁卫。随后明甘肃总镇巡抚：田乐、明西宁卫参政监军：龙膺，等官员商议后，决定先把敌军放入西川镇海堡，在凭堡垒据守，消磨他们的锐气。到时候再出一支生力军，定能一举大获全胜。所以根据这个战略计划，明军就在西川镇海堡康缠钓儿湾建立防御，在以4千多人面对漠南蒙古大军，明甘肃总镇巡抚负责率军防御西宁卫，随时准备出击。10月17日，兵部考选军政，明神宗下令说“其中有许多副千户，未经奏请即署秩正四品官职（卫指挥佥事）？”
于是下令，严厉责备大臣们徇私、兵科不检举揭发，又责备五城御史抄太监客用家时不称旨，责备客用的财产私藏于明崇信伯：费甲金，家而刑部拷讯无实。最后又移怒于南北两京六科、监察道御史官，责其失职，闭口不言。为此先后将两京中的；兵部武选清吏司郎中、兵部给事中、兵部员外郎、兵部主事、十三道监察御史等文臣武将，三十余人尽罢斥为民，数十人或被降为杂职，或被贬级调外、发配边疆，或仃支俸一年。此时明内阁首辅：赵志皋、明东阁大学士：陈于陛、明吏部尚书：沈一贯，及九卿各自上疏救援，导致明兵部尚书：石星，还请自己罢职以宽被害诸臣，但明神宗：朱翊钧，皆不听。反而还惹得明神宗严治诸臣的圣旨频烦下达，举朝无不震惊，史称「军政之狱」。10月24日，蒙军就包围了明军，四面发起进攻，明西宁卫左参将：达云，负责指挥将士们迎击，从上午战到下午，明军阵营依然没有被攻破。待天色将晚时，明甘肃总镇巡抚才交接完西宁卫的城防，并亲自率领明西宁卫参政监军：龙膺、明庄浪卫指挥同知：佘德荣、明甘州中卫总兵：郑恕，等将领带着1200多名精兵从西宁卫赶来增援。明军与蒙军激战了一天，导致蒙军士气开始低落，又听说有明军援兵到来，觉得无法取胜，开始撤退。当即就被明甘肃总镇巡抚率兵追击，一直追赶蒙军到了东科尔寺白石崖才返回，蒙军已无心恋战，被明军斩首8百多人，史称（西川大捷）其中还包括青海蒙古诸部首领：满克王、把汉他卜囊、脱赖舍人，等人都被明军俘杀。还要提到的是，这一场仗看上去似乎是明军以少胜多，以五六千人击败三倍于自己的蒙军，实际上这里面还有其他藏族、土族等部落的援助。西宁卫一带的藏族、土族部落，长久以来就受到漠南蒙古部落（青海蒙古土默特部～也叫西海蒙古诸部）的欺压，早就视其为敌人，所以明甘肃总镇巡抚在战前就派人四处联络，还得到了他们的支持，并许诺出兵助战。西川镇海堡一战，参战的藏族、土族等首领有：刺卜尔、西纳、大咎顺、申中，隆奔、罕东、班撒儿、思蛮、下咎顺、祁采忠，等部落都各出3百精骑与明军配合作战，还有果迷等十九族7千多士兵直接听从明军将领调遣。甚至就连瞿昙寺、圆觉寺、宝贝寺、会宁寺的大小喇嘛也都参加了战斗，事后又在辖地内积极配合明军筑堡招抚番民。若没有这近万名藏军助战，明军想要以劣势兵力击败优势的蒙军，恐怕比较困难！以至于后来在报功时，朝廷兵部也承认此一役也，官兵之截战，诚为首功，而番兵众之夹击，亦为特殊功绩。此三次大捷总称为〈湟中三捷〉在万历二十三年这一年的时间里，接连打击了势力强大的多个西海蒙古部落，致使漠南蒙古永谢布部台吉：孛儿只斤·永邵卜、漠南蒙古永谢布部首领：孛儿只斤·瓦刺他卜囊，等部落不敢再留在原地。而是迅速迁徙到盐池以西，其中漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤，也率部渡过黄河南遁，途中还被藏族番兵追击。几个挑起边患的主要西海蒙古部落远遁后，留在当地的小部落实力非常弱小，因此大明趁机招抚，各部纷纷重新依附大明帝国，这才是湟中三捷的政治意义。军事上，青海蒙古各部落在祁连山一线的实力被削弱，明军乘机招募士兵，修筑边堡，把防线往前推进，这是为下一步做准备。11月初6日，明缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝国主：南达勃因（汉名：莽应里）只能自保于都城〈勃固城〉之内，卑谬王国宣布独立，其中清迈兰纳泰王国更是为了抵御澜沧王国兼老挝军民宣慰使：诺皎固蒙，的进攻。而接受了大城王朝兼暹罗阿瑜陀耶王朝的宗主权。随后明缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝国主在东吁的堂弟良渊王：明耶仰达梅（汉名：莽雍罕）更是对勃固城的王位垂涎三尺，这使得缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝各地，再次陷于军阀割据的状态。11月10日，被留在四川承宣布政使司重庆府的明播州宣慰使司都事：杨可栋，突然病死在明军监视中。消息很快就传开来，杨应龙得知自己二子死去的消息，就怀疑是大明官员毒害的？他当即拒绝缴赎金，实际上朝廷东部战线未稳定，不可能在挑起争端，为此又激起了朝廷的猜忌。但沉浸在丧子之痛中的杨应龙，却未必会这样认为。他要求地方官归还次子：杨可栋，的遗体，而官方以尚未完成勘报为由拒绝，并敦促播州宣慰使司继续缴纳赎罪金。这使得杨应龙大怒，直接丢下一句“假如吾的儿子复活，银子就能送来。”
随后就率部驱使一千多名僧侣，举行招魂仪式，驰返播州宣慰使司，他认为这样可以把次子的灵魂带回故乡。明万历二十四年公元1596年6月24日，明府军前卫副千户：仲春，疏请开银矿，以助重建坤宁宫、乾清宫，两大殿费用。明神宗得知后马上降旨，命户部和北镇抚司锦衣卫队各派一人同明府军前卫副千户一起开采，其中明户科给事中：程绍、明工科给事中：杨应文，各上疏谏阻，可明神宗根本不听。于是明户科给事中上奏说道“自嘉靖二十七年七月命采矿，至嘉靖三十六年十二月的尽十年间，先后委官四十余人，派防兵一千一百八十人，俸粮、器械、铅、炭，所费计银三万余两，而开矿所得只有银二万八千五百余两，得不偿失！”
然而自从明府军前卫副千户奏开矿之疏行起，献矿洞者踵至。7月初2日，明北镇抚司锦衣卫百户：陆松、明鸿胪寺主簿厅主簿：许龙、明顺天府儒学教授：冯时行、明顺天府经历使：赵凤华，等官员各言开矿助大工，还有明詹事府录事：曾长庆，请在山西承宣布政使司平阳府解州夏县开矿。明神宗不但皆予允准，而且于同日正式命户部赴北直隶京畿境内的真定府、保定府、蓟州镇、永平府，一带巡查开矿。7月10日，被囚禁在建州左卫军民指挥使司的乌拉女真部贝勒：纳拉·满泰，之弟：纳拉·布占泰，在这三年中一直接受洗脑。其中明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，的弟弟明建州左卫军民镇抚使：爱新觉罗·舒尔哈齐，还按兄长的旨意，将自己的长女：爱新觉罗·额实泰，嫁给了纳拉·布占泰为妻。当乌拉女真部贝勒死后，明建州左卫军民指挥使见时机成熟了，便立即派遣明建州左卫军民试百户：图尔坤·黄占、明建州左卫军民总旗：博尔昆·费扬古，率兵护送纳拉·布占泰回归乌拉女真部，并迅速地掌管起乌拉女真部政权。但乌拉女真部内前任乌拉女真部贝勒之叔：纳拉·博克多，因与纳拉·布占泰一起争夺汗位，先后被护送的建州左卫女真军所杀。在两位建州左卫女真将领的辅助下，纳拉·布占泰牢牢地掌握起乌拉女真部的统治大权。在新任乌拉女真部贝勒：纳拉·布占泰，返回乌拉女真部的初期，他从自身安危考虑，只能与建州左卫军民指挥使司所部保持着友好的部邻关系。为此还将自己的妻妹嫁与明建州左卫军民镇抚使：爱新觉罗·舒尔哈齐，为妻，两部又一次联姻。7月14日，前任明播州宣慰使：杨应龙，再次起兵叛乱，他率军袭击了四川承宣布政司播州宣慰使司境内的余庆长官使司，挖出前任明余庆长官使：毛承云，的棺木开始乱砍尸体。还焚烧了草塘安抚使司，围攻黄平安抚使司，以及派弟弟明播州宣慰使司副使：杨兆龙，屠杀明重安长官使：张熹，一家上下。又去掠夺贵州承宣布政使司境内的；石阡长官使司、都坝里，贵州都指挥使司兴隆卫、偏桥卫、都匀卫，等地使得地方驻军们，纷纷联名上奏，要求朝廷尽快派兵镇压明播州宣慰使。7月20日，明承运库掌印太监：王虎，带领明户部山西清吏司郎中：戴绍科，和明北镇抚司锦衣卫指挥佥事：张懋忠，在京畿内上述各府州兴工开采。