2月初2日，身穿皮弁服的明神宗：朱翊钧，亲自在紫禁城太极殿内召见番邦使者，此系大明帝国天皇帝陛下亲自接见的第一位欧洲传教士。而这位泰西传教士：利玛窦，也不负众望地向明神宗进献了；三座天主圣像、圣母像、天主经典、二台自鸣钟、铁弦琴、珍珠嵌十字架，以及世界各地图简称「万国图志」至此大明汉人才知道世界上有五大洲。明神宗亦待以优礼，赐屋于宣武门内，其所需银、米，冠带等俱由朝廷按时供给。同时泰西传教士：利玛窦，在传播宗教的时候，还介绍了西方比较先进的科学技术知识，并把大明帝国的传统文化介绍到西方去，叫做（西学东渐）和〈东学西渐〉之事。2月初6日，叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，闻讯哈达女真部贝勒：纳拉·吴尔古代，继承了贝勒爷职位还得朝廷敕书，让叶赫女真部东城贝勒有些嫉妒。随即联合了漠南蒙古诸部一起去劫掠哈达女真部，总共掠走敕书六十多道。2月14日，湖广承宣布政使司武昌府百姓，得知官府派吏役抵达武昌府逮捕明湖广分巡佥事：冯应京，时相率痛哭，愤愤不平，为冯大人呼冤号屈。因明湖广矿监税使：陈奉，利用官职肆意压榨百姓，欺负民女，又残害婴儿，故此被明湖广分巡佥事举报，怎奈这位明湖广矿监税使朝中有后台，无人敢动他。故此明湖广矿监税使四处派人，到大街小巷去公布明湖广分巡佥事的罪状，一时间就引起了士民们的公愤。3月26日，百姓们集合数万人，群起包围陈奉的矿监税使衙门，声言；誓必杀奉，吓得陈奉狼狈逃匿到楚亲王府避难。但愤怒的群众遂把其党十六人，全部投入长江中溺死。同时又恨明湖广总镇巡抚：支可大，为恶助虐，焚其湖广总镇巡抚衙门，威逼支总镇巡抚让他不敢出门。直到冯应京坐着囚车出来劝解，群众们才慢慢离开，但明湖广矿监税使依旧在楚亲王府仪卫司、楚亲王府护卫指挥使司（武昌中护卫）的保护下，一个多月不敢露面。5月11日，明司礼监太监：孙隆，督税浙江承宣布政使司、南直隶，驻扎在苏州府，任意横征暴敛，肆意增加苛捐杂税，致使广大机户关厂停产，织工失业。6月初6日，苏州府织工：葛贤，毅然领导百姓进行反抗斗争，将孙隆的随员、明苏州府税官：黄建节，等六七人投入河中，又放火焚烧明南直隶矿监税使：汤莘，等人的住宅，还包围矿监税使衙门，并要求停止征税，史称「苏州府民变」。事后明神宗：朱翊钧，下令逮捕参加暴动者，葛贤视死如归，挺身而出，投案自首，舍己救人，被关下狱至万历四十一年才获释出狱。7月10日，漠南蒙古永谢布部与漠南蒙古多罗土蛮部合军进犯大明陕西行都指挥使司镇番卫，被明延绥总镇总兵：达云、明镇番卫总兵：葛赖，等将领联军大破蒙军，斩首三百七十余人。捷报传至京师后，明神宗为之祭告太庙、并颁行赏赐，封赏将领。9月10日，朝廷又起用了被罢免的前任明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，希望他能够扭转当时那恶劣的局势。在明辽东总镇总兵：李成梁，上任后依旧采用了，原来对付女真各部的分化瓦解政策，他利用了明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，和他兄长的矛盾，大力拉拢他，对他恩礼有加，格外器重。为此还让二子明贵州都指挥同知：李如柏，娶明建州右卫军民指挥使的二女儿：爱新觉罗·额恩哲，为妾并建立起亲家关系。从而孤立了明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）以达到建州女真八部的内乱局面。10月15日，因明建极殿大学士：沈一贯，等人一再疏请，明神宗终于同意册立明皇长子：朱常洛，为皇太子。同时还册封明皇三子：朱常洵，为福亲王、明皇五子：朱常浩，为瑞亲王、明皇六子：朱常润，为惠亲王、明皇七子：朱常瀛，为桂亲王，并颁诏布告天下。10月28日，明皇太子：朱常洛，服黑色冕服九章加冠，明皇三子福亲王：朱常洵、明皇五子瑞亲王：朱常浩、明皇六子惠亲王：朱常润、明皇七子桂亲王：朱常瀛，诸藩王亦加冠服蓝色冕服九章。到此历时十六年之久的「国本之争」就结束了。此时李氏朝鲜王国的大臣们，也纷纷上奏明神宗要求册封李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，王二子抚君司光海君：李珲，为〈世子邸下〉却被大明礼部给拒绝。12月初8日，因辽东都指挥使司开原卫、广宁卫，两地马市，以及义州卫木市屡次遭受兀良哈朵颜卫诸部犯边，遂被朝廷罢之。但明辽东总镇巡抚兼都察院右佥都御史：李植，却上奏表示；辽东都指挥使司开原卫、广宁卫两地马市以及义州卫木市，的兴废经过，并以事关辽东都指挥使司边防，还请朝廷尽快商议对策，以决大计。又以明朵颜卫指挥使：董长昂，等人纳降并请开复市，才被明神宗许其奏请。同时辽东都指挥使司关外的建州女真八部，自明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，起兵之后，势力就不断壮大，他还开始创立了［八旗制度］。所谓的八旗制，是由牛录制扩充而来的，一牛录为三百人，首领称（牛录额真）汉译「佐领」、五牛录为一甲喇，首领称〈甲喇额真〉汉译［参领］、五甲喇为一固山，首领称｛固山额真｝汉译〖都统〗。每一固山额真有特定颜色之旗帜，当时建州八部军共有四个固山额真，分；红、黄、蓝、白，四种颜色之旗帜。明万历三十年公元1602年2月初8日，明缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝国主良渊王：明耶仰达梅（汉名：莽雍罕）亲率战象4百头、骑兵5千人、士卒5万人前去攻打蛮莫安抚使司。还声言道“缅甸语：开采宝井，汉使令我杀思正以通蛮莫安抚使司道路，吾为天朝除害！”
又加上木邦军民宣慰使司也因与明蛮莫安抚使：思正，有仇，就一起发兵助其讨伐蛮莫安抚使司。此刻明蛮莫安抚使得知明缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝国主良渊王前来征讨，便修筑城防工事准备迎战，但后来见对方兵马众多，自知无力抵抗，便弃城内奔腾越州。随即缅军和木邦军民宣慰使司兵马就尾随而来，历三宣，越诸关，直抵南甸宣抚使司黄连关，距离腾越州仅有30里地。致使腾冲卫城内大为震惊，明金腾兵备道副使：漆文昌、明腾冲卫左参将：孔宪卿，担心缅军会攻破腾冲卫？就决议要杀掉思正，以阻止兵端。于是就派明腾冲卫把总：郑有庸，等三人相机行事。三人借口保护，引明蛮莫安抚使入永昌卫，但在渡龙川江之时，明腾冲卫把总却趁明蛮莫安抚使：思正，登象走脱不得，直接用标枪将其刺杀，还割取首级。其后又派人将尸体送给缅军。缅甸史诗《明耶岱巴埃钦》对此写道：“缅甸语：八莫土司，背叛抗上，奔向大明，远方逃亡。击响战鼓，紧追不放。喧嚣往讨，望勿窝藏。无由留此，不能鲁莽。国事难宁，无利遭殃。乌底勃瓦，反复思量。来人虽死，将尸送上。大王陛下，重返国邦。”
2月13日，明皇太子：朱常洛，成婚纳太子妃：郭倩，其费银达二百万两。2月16日，明神宗因饮酒过度，加之春宵一刻熬坏了身体突然患病，急召诸大臣至紫禁城仁德门，又命明内阁首辅：沈一贯，单独入启祥宫，明神宗对他说道“朕病沉重，前兴矿税，是出于修建三殿、二宫之需，非长久之策，自今开始，矿税、江南织造、江西烧造，俱止勿行，所遣内监，俱令回京。”
当晚宣读上述诏书，并说道“对此命令，如有奸恶截阻，以及驿递应付迟慢者，指名参处。”
可是到了次日，明神宗却转危为安，马上就反悔，还下令收回诏书，但明内阁首辅不能止，明司礼监太监：王义，正在明神宗身边，遂力争道“圣言何可反汗！”
然明神宗不思己过，反而大怒，欲亲手杀死王义，但明司礼监太监也不畏死，还进一步力争，反对明神宗收回成命，终因为时已晚，无济于事了！此后诸大臣、言官们都请罢矿税之疏不绝，可明神宗皆不理，税监使们也依旧肆虐如故。2月21日，因明江西矿监税使：潘相，及其随行人员恣横不法，引起公愤，致使江西承宣布政使司饶州府景德县万余名瓷工发动暴乱，摧毁瓷器厂，烧税署，打死明江西矿监税使爪牙陆太守，还断了江西矿监税使官员的饮食。待明江西矿监税使逃走之后，为了让人背锅就诬奏明饶州府通判：陈奇可，让他被逮捕下狱。3月22日，明云南矿监税使：杨荣，横征暴敛，肆害官民，作恶多端，激起了云南承宣布政使司腾越州人民首先奋起反抗，杀死了明云南税监委官：张安民，焚毁税厂，史称「腾越州民变」。事后明神宗下令逮捕，真正首恶，依律处治，并经廷臣们一再请求，罗列杨荣罪状以定民心，无辜族人才免遭株及。明万历三十一年公元1603年3月17日，漠南蒙古河套诸部再犯甘州前、后、左、右、中五卫，明太子少保兼右军都督府左都督：达云，明陕西总镇巡抚：李徽猷，等出奇兵设伏，击败蒙军，斩首六十五级，获牲畜上千只。