册封益王系宗人：朱由棅，为安仁郡王，册封荣王系宗人：朱载珁，为贵溪郡王，册封鲁王系宗人：朱寿锳，为东原郡王、朱以浩，为安丘郡王、朱寿碒，为邹平郡王。册封楚王系宗人：朱盛浮，为通城郡王，册封蜀王系宗人：朱奉𨨫，为南川郡王，册封沈王系宗人：朱效鑍，为保定郡王、朱效鋞，为沁水郡王。册封秦王系宗人：朱谊侃，为永寿康裕郡王，册封晋王系宗人：朱敏淴，为河东郡王，册封辽王系宗人：朱术𨥉，为蕲水郡王。6月11日，漠南蒙古内喀尔喀巴岳特部老萨贝勒：孛儿只斤·答补，的侄子：孛儿只斤·恩格德尔，为了东去大明帝国辽东都指挥使司向明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟努尔哈赤）示好，并献马二十匹。因为要入境，就必须经过辽东都指挥使司庆云堡，再走开原卫过松山堡在南下入建州女真八部地界。但是入境的话，如果没有赦书，又不是商队，外加边境不太安定，鱼龙混杂，难免少不了带些私兵，如此一来就成了明军重点关注的对象。首先是明庆云堡守备：熊錀，在得知有一批漠南蒙古内喀尔喀私兵，无赦书的情况下私自入境时，立马派兵拦截。这让孛儿只斤·恩格德尔，一行人大吃一惊！不过随行队伍中包括有漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗：孛儿只斤·斋赛，也在其中，狡猾的他就谎称是要去参加开原卫的。可这毕竟是私自入境，要是抓回去还能邀功请赏，故此明庆云堡守备是不会放过大好时机的，他直接下令士兵准备进攻，却被漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗提前动手，抓获了明庆云堡守备。想利用他来通关，前去开原卫马市，在过松山堡，毕竟只要到了开原卫马市，入境之事就会不了了之，明军最多也就是防备一下庆云堡罢了！带着这个想法漠南蒙古内喀尔喀部一行人就继续出发了。却不料到，明庆云堡守备宁死不屈，在途中反抗，惨遭杀害以身殉国，也让漠南蒙古内喀尔喀一行人改变想法，只能伴做商队，混在别支商队中进入开原卫。随后在经过层层关卡后，终于来到了建州女真八部境内，大喜过望的明建州左卫军民指挥使对孛儿只斤·恩格德尔，等一行人非常的友好，赠送了他们丰厚的礼物，拉近彼此间的关系。对此孛儿只斤·恩格德尔与漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗也都很感动。9月25日申时，京师发生小规模地震，自东北向西南行，连震二次。此时京军三大营官军前往京师内城盔甲厂领取盔甲火药，而监放火药的明兵仗局掌印太监：臧朝、明提督军器库太监：王才，因坛内旧火药已结成硬块，不便分发！于是就命令工匠用铁斧劈开。可结果却造成了爆炸，声若雷霆，火枪、火箭等，均进射百步之外，还烧死明兵仗局掌印太监：臧朝，以及明五军营把总：傅钟，等十人、明神机营把司：李仲保，等八十三人。其局内工匠人等，包括街市经过居民，死伤者多不可稽，焚毁明时坊五处！10月初7日，明蛮哈守备：李天常，前往蛮哈守备任职，刚行至橄榄坡驿时，就听到“有鸟常彻夜鸣，甚悲。”
这让明蛮哈守备感到很奇怪，便询问当地夷人，而夷人却告诉他，“启禀大人，自前任蛮莫安抚使：思正，死后，此处即有此鸟，应为思正之魂魄。”
并向明蛮哈守备叙述了思正的冤死之状。这让明蛮哈守备感触颇深，连忙向天祷告“若果思正，当为尔复仇复地。”
话音刚落鸟遂不鸣，由此故事可以看出，当地夷人对思正内附，却被杀的遭遇十分愤慨和悲痛。就连明楚雄府副总兵：邓子龙，当年也说过“我堂堂大明天朝，若不能为内奔者作张主，何以威远？”
而杀思正退缅军的做法，也使大明帝国的权威在云南承宣布政使司西部边地土司心中一落千丈，均认为；内附不保首领、土地，而附缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝才得安全！11月14日，明皇太子才人：王瑶英，成功诞下明皇长孙：朱由校，但其地位却与婆婆明王恭妃：王淑蓉，一样不受自己夫君待见！12月初1日，自万历二十四年设矿监税使以来，廷臣们上疏谏阻者不下百余次，但明神宗：朱翊钧，却俱不听，以致于矿监税使四出，大肆虐民，流毒全国，结果是民穷财竭，各地骚动暴乱。而万历二十五年至万历三十三年近十年间，各矿监所进矿银不足三百万两，至于不计其数的金珠、宝玩、貂皮、名马则俱为大明天子所有。导致内阁大臣们再次极论矿税害民状，又言“开矿破坏天下名山大川，尽伤灵气，恐对陛下身体大为不利，只有急停开矿，灵气才能恢复。”
为此明神宗于12月初2日，下诏罢天下矿税，以税务收归有司，以岁输所入的一半归于内府，另一半归户、工二部，时称“停矿分税”。然而矿监税使们却并没有撤回来，其害一直延续到明神宗病死，方告结束。明万历三十四年公元1606年正月24日，由于明神宗下诏罢免全国矿税，所以遭到平时获利的矿监税使们的反抗，明陕西税监矿使：梁永，不仅坚持不撤陕西承宣布政使司咸阳县、陕西都指挥使司潼关卫，两地的税役，且纠集无赖纵横苛征，渔肉百姓，滥捕无辜百姓数十人，横加拷掠，勒索民财，致使人心惶惶。因此明陕西总镇巡抚兼都察院右副都御史：顾其志，为平民愤，将首要分子明陕西税监右少监：王遇义，等人依法治罪。这让明陕西税监矿使大为恼恨，伺机报复。此时其党咸阳县百姓：胡奉因，与明咸阳县知县：陈时济，积有私怨，就即唆使明陕西税监矿使令取咸阳县绒毡一千五百件，价值计银四千两。因而被明咸阳县知县给拒绝，怒而不给，被明陕西税监矿使诬告明咸阳县知县抗旨劫税，遭到明神宗下令逮捕明咸阳县知县！正月28日，云南承宣布政使司边境上的蛮莫安抚使司、孟养长官使司，相继失陷！2月11日，由于明皇三子福亲王：朱常洵，出生时即封其生母明郑贵妃：郑妙瑾，为皇贵妃，而对明皇长子：朱常洛，之生母明王恭妃：王淑蓉，却迟迟不依廷臣之请进封为皇贵妃。在未立皇太子之时，此事就曾引起种种猜测，闹得满城风雨，现在明神宗刚刚觉悟，开始进封明王恭妃为〈皇贵妃〉。3月初6日，明云南税监矿使：杨荣，长期恣行威福，破坏祖宗制度，奏开宝井，又胁迫当地土司献地开矿，致使边境不安，外夷乘机用兵，犯我边民。被明云南总镇巡按：宋兴祖，上疏弹劾，但明神宗却不理！使得明云南税监矿使由是怙宠益横，也让云南承宣布政使司各族人民无不恨之入骨，首先由腾越州人民发起暴动。此时明云南矿监税使非但不悬崖勒马，改弦更张，反而还怙恶不悛，先将孝敬财宝不足的几位知府投入比刑部牢狱，还惨毒百倍的北镇抚司锦衣卫「诏狱」。还将抗击开矿的明越州卫指挥使：樊高明，打断肋骨后戴枷示众，又以求马不获继续毒虐，残酷杀害居民数千人。还进一步以取马四十匹不足数为由，擅自逮捕了明平夷卫指挥使：贺瑞凤，且令明广南卫指挥使：于可继，等人大肆宣称要尽捕；云南前卫、云南后卫、云南左卫、云南右卫、云南中卫、曲靖卫，这六个卫的将领问罪。弄得人人自危！3月11日，明云南前卫指挥使：贺世勋、明曲靖卫指挥使：韩光大，等将领忍无可忍，带领冤民万余人，冲入杨矿监税使的官署，放火焚烧，并杀死杨荣，为民申冤，还斩杀其党二百余人，释放奴隶百人。明神宗：朱翊钧，得知明云南矿监税使被杀后，数日不进食，且欲逮问守土官。但经过明东阁大学士：沈鲤，再三劝解，以及明司礼监左少监：陈矩，详细分析利害，明神宗才怒气稍消，命令只杀明云南前卫指挥使一人。4月初9日，因贵州承宣布政使司石阡府苗民长官使司有叛变行为，故此明贵州总镇巡抚：郭子章，就命明贵州总镇总兵：陈璘，率部一万人攻打苗民长官使司附近的水硍山。攻克了水硍山之后，又移师到新添屯，独攻东路，又攻克后，让苗民长官使司完全与外界切断，才安定下来投降明军。5月13日，参加万历朝鲜战争的福建承宣布政使司漳州府漳浦县同里人士，明镇海卫守备：刘志迈，被罢回家之后，与明同里庠生：程可兆，等人暗中组织群众千余人，共图起事。5月18日晚，刘志迈带领众人在漳浦县城教场上祭旗，约定于第二天发动起事，却不料遇大风雨，便改为5月25日，并分众人各自二百人于城内外相互呼应。同里百姓：李调梅，得知此消息后，密告明漳浦县知县：黄应举，让他主持公道。5月21日，漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗：孛儿只斤·斋赛，又联络了一批漠南蒙古内喀尔喀五部的贝勒们，携带好骆驼和马匹，拿出之前缴获的赦书，继续化妆成商队前去见建州女真八部。在拜见了明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟努尔哈赤）之后，就为他奉上了〈昆都伦汗〉的汗号。对此明建州左卫军民指挥使很是高兴，再次赏赐给他们很丰厚的礼物。