但他们往往会忽略在这场战斗里，为他们拼死作战的大明人，就这样吕宋都督府彻底沦为西班牙哈布斯堡王朝的统治区！到了万历时期，这个大明帝国曾经的吕宋都督府已经在西班牙哈布斯堡王朝人的占据之下了，他们是从遥远的美洲大陆横渡太平洋而来的。从此吕宋都督府也成了大明帝国和美洲贸易的中转站……。无论是西班牙哈布斯堡王朝的统治者，还是当地的吕宋都督府土著居民们，在听说大明天朝要派军队到吕宋都督府来勘查采矿，都大为惊恐。当时在吕宋都督府经商的华人有好几万人，这对他们来说是非常不利的，他们百般解释，说天朝这一次派人来，别无他意，只是因为有奸徒造谣生事，朝廷才派使者来核实，使者一来，就可揭穿奸徒的把戏了。但是当这个低品级的文官，明海澄县县丞：王时和，带着随从人等在吕宋都督府登陆后，当地的几个首领一面命僧人在路旁散花表示欢迎，这也是接待尊贵宾客的最高礼遇了。而另一面则盛陈兵卫，以防意外。当天首领们下令摆下筵宴，接待天朝来的使者，在宴席之上，西班牙哈布斯堡总督突然发问道“罗曼语：听说天朝打算派人来敝邦开山挖矿，可有此事？”
明海澄县县丞还没有来得及回答，席上的土著首领则发问道“山各有主，怎能随意开采？譬如你中华有山，我邦之人可以去随意开采吗？”
此话问得明海澄县县丞更为语塞，别人又发问道“罗曼语：树生金豆，敢问是何树所生？”
因为张嶷在给大明皇帝陛下的奏疏中，就说过这个地方遍地都是银矿，树上结着金豆，所以吕宋都督府的首领才会有此一问，别人连发三问，问得明海澄县县丞瞠目结舌。这也怪难为他的，因为他根本就没有听说过这种事情，于是频频看向张嶷。问道“这个事不是你先挑起来的吗？你这小子，关键时候怎么变成缩头乌龟了？一声不吭！”
实际上这个张嶷，可以说是当地的地痞光棍之流的人嘛，所以这种人一般是见多识广，他随机应变，张口就答道“听说吕宋都督府遍地是金，又何必问这金豆长在什么树上呢？”
当然这种随机应变显然是耍无赖，还引起了满堂的嘲笑，当地却首领突然变脸，直接将一干人等驱逐出境。这位大明帝国的明海澄县县丞被莫名其妙地派到吕宋都督府，受了一番奚落和惊吓后，又灰溜溜地回到了海澄县。不久就惊惧而死。但是更为严重的是，吕宋都督府的事情，却并没有因此而了结。当地西班牙哈布斯堡王朝统治者担心大明皇帝，还惦记着吕宋都督府遍地的金银，又担心在吕宋都督府的华商会作为内应？于是就开始调遣军队，鼓动土著居民，并诓骗华人称；将要攻打旁国，打算高价收购铁器，华人贪利尽鬻之，导致家无寸铁。西班牙哈布斯堡王朝总督便趁机下令，记录华人姓名，分三百人为一院，入内即屠杀，华人无兵器抵抗，死伤无算，乃各自逃奔大仑山。饥困于山中后，又开始攻城，直接遭遇了西班牙哈布斯堡王朝水师的埋伏，总计屠杀在当地定居经商的两万五千多华人。而且西班牙哈布斯堡总督还做得有理有节，将被杀害的两万多华人的财产封存，并派遣使者投书给明福建总镇巡抚：徐学聚，说是华商密谋作乱，不得已而除之，请令死者的家属前往吕宋都督府来领取亲人的遗物。这个消息传到京城后，明神宗：朱翊钧，知道事件是既惊且怒，金子、银子，还没有得到一两，却导致了两万多华人的丧生。于是就向明福建总镇巡抚：徐学聚，下了一道诏书，既对刁民：张嶷，进行严厉的斥责，并且让明福建总镇巡抚议治吕宋都督府统治的西班牙哈布斯堡王朝人之罪。这道旨意说得很好玩，写着“奉天承运皇帝，敕曰；张嶷等欺诳朝廷，生衅海外，致二万商民尽膏锋刃，损威辱国，死有余辜，即枭首传示海上，吕宋酋夷擅杀商民，抚按官议罪以闻。”
最后明福建总镇巡抚在答复西班牙哈布斯堡王朝治吕宋都督府人时，宣称“天朝皇帝宽怀大度，对于屠杀华人一节，决不兴师问罪，在境华人，固多系不良之徒，亦勿容怜爱。”
就这样仅杀张嶷一人，而平定此事。7月22日，派遣赶赴陕西承宣布政使司西安府咸宁县逮捕明咸宁县知县：满朝荐，的北镇抚司锦衣卫缇骑已经来到，满朝荐就此被捕至京师，下诏狱拷掠，长期关禁。内外官员们皆为满朝荐鸣不平，上疏论救，自明内阁首辅兼东阁大学士：朱赓，以下就多达了一百一十疏，但明神宗：朱翊钧，却俱不听，因此满朝荐名闻天下。8月7日，云南承宣布政使司武定府土官，明元谋县知县：阿克，在嘉靖、隆庆年间屡叛讨平，现在又遇到明和曲州知州：郑举，图谋一同起兵恢复故地？当时明武定府知府：陈典，知其阴谋，畏怯凶恶，急忙携印玺避入云南府。随后武定府很快就被叛军攻陷，叛贼阿克为了索印，长驱直入至云南府，焚掠民屋，声称索不到武定府印玺，誓不罢休。此时明云南总镇巡抚兼都察院右佥都御史：陈用宾，苦于征调大军未至，且士民环跪泣请“权宜出印与之，计绐贼去，在征兵分道进攻。”
为了云南承宣布政使司云南府百姓们的生命财产安全，明云南总镇巡抚觉得在征调未至的这个情势下，只有用此权宜之计，暂时让叛贼首领：阿克，得到武定府印玺。果然他在得到印玺后就退兵了。因此明云南总镇巡抚便指挥云南都指挥使司的滇军，一鼓作气追击叛军，擒其巨魁十二人，并活捉叛贼首领，收回武定府印玺。9月初1日，明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，借机讨好明辽东总镇总兵：李成梁，并以辉发女真部贝勒：纳拉·拜音达理，兵助叶赫女真部以及聘我二女：爱新觉罗·嫩哲，而不娶为由。亲自带兵征讨海西辉发女真部。然而明建州左卫军民左参将：钮祜禄·额亦都，却向他禀报道“女真语：启禀贝勒爷，那辉发部首府在地势险要的扈尔奇山城，又经拜音达理加固城墙易守难攻！若我建州大军一动，可能他辉发军必然会加强戒备闭门坚守强行？攻城虽然可以取胜，但伤亡必然多，倒不如先派出几十名武士，化装成辉发部人，潜入城中在里应外合，那么扈尔奇山城可一鼓作气拿下。”
此举被明建州左卫军民指挥使同意了，随后明建州左卫军民指挥使率领1万建州女真军离开赫图阿拉城，开始包围了辉发女真部首府〈扈尔奇山城〉。已在城外守候两日的明建州左卫军民左参将，突然来到中军帐内说道“女真语：伏兵已进城二日，各项工作也已完成，可以攻城了。”
于是建州女真大军开始攻入城内，一举灭了辉发女真部。待建州女真八部军队回到都督府「赫图阿拉」之后，明建州左卫军民指挥使就以明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，按兵不动，故此被削去正蓝旗、镶蓝旗的贝勒爵位。不甘心的他，就带着长子明建州右卫军民指挥同知：爱新觉罗·阿尔通阿、三子明建州右卫军民镇抚使：爱新觉罗·扎萨克图、商议另立门户，并与兄长实行分庭抗礼，还迁居到〈黑扯木〉。这里属于大明帝国的辽东都指挥使司重镇［铁岭卫］附近，可以依靠明军保护，东面又是海西乌拉女真部，很方便能联系到盟友。而明辽东总镇总兵看准时机，急忙与明建州右卫军民指挥使联姻，让二子明宁夏右屯卫总兵：李如柏，娶明建州右卫军民指挥使次女：爱新觉罗.娥恩哲，为妻从此两家关系友好。12月10日，云南承宣布政使司叛贼攻陷了武定府、云南府嵩明州、禄丰县，杀死了明禄丰县知县：苏梦旸，等一大批地方官吏。叛贼首领：郑举，还立叛军头目：阿克，为武定府知府。明万历三十六年公元1608年正月初1日，明建州左卫军民指挥同知：爱新觉罗·褚英、明建州左卫军民指挥佥事：爱新觉罗·代善、明建州右卫军民千户：爱新觉罗·阿敏，率领5千人攻打乌拉女真部都城「宜罕阿林城」斩杀乌拉1千人俘虏3百人。之后再次朝贡大明帝国，这回明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟努尔哈赤）派出了357人向明神宗交代攻打乌拉女真之事，还忽悠的说“此乃女真家务事，就不劳（大明天皇帝陛下）您操心了。”
再加上有明辽东总镇总兵：李成梁，的继续袒护下，明神宗果然不追究其责任了。不过明辽东总镇总兵才刚刚放弃了宽甸六堡，就导致了海西乌拉女真部的灭亡，这分明是李家有意让建奴做大，此事引起了辽东都指挥使司官员们的注意，也由此开始弹劾李总镇总兵大人。明神宗为了让官员们相信，就让都察院去调查，并且暂时由明开原卫副总兵兼辽东都指挥佥事：马林，代替辽东总镇总兵一职位。2月26日，明蓟辽总督兼都察院右都御史：蹇达，经过调查之后，就上疏说道“近来建州努尔哈赤日渐骄横，辽东都指挥使司隐忧可虑，请陛下早议战守事宜，时漠南蒙古内喀尔喀诸部悉已为建奴所统一，臣为此亦纷纷疏请速罢矿税，以安人心，以固边防。”
此奏折一出让明神宗看后，先是不加理睬，毕竟建州女真八部连年朝贡，且稳定边疆，虽然偶有战事？