他知道自己的实力远远不如兄长，而且他所指望的靠山，驻扎在辽东都指挥使司的明军，也处在岌岌可危的境地，根本没有出手的意思。在万念俱灰的绝望处境下，明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，又回到了兄长的帐下。但是这次兄长明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟努尔哈赤）对他却不再讲兄弟情谊了，而是直接把他囚禁在一间暗室之中，用铁链锁住，仅有两个孔穴给他送食物。这下建州女真八部又壮大了许多，明神宗为了牵制建州女真八部的发展，才不得已派遣了明行人司行人：刘用，出使李氏朝鲜王国，正式册封李氏朝鲜光海大君为李氏朝鲜国王（大明李氏朝鲜郡王）。但大明礼部，还是拒绝承认李氏朝鲜光大海君，是大明帝国的郡王！直到李氏朝鲜官员们贿赂礼部，才打通关系勉强承认，但也让李氏朝鲜郡王光海大君：李珲，开始讨厌大明帝国。3月10日，袄儿都指挥使司漠南蒙古河套部首领：拱菟，集合兵力开始报复大明，遂率众五千余人进入辽东都指挥使司大胜堡，明广宁中屯卫游击将军：于守志，率兵出击兵败。致使漠南蒙古河套部首领俘获了明大胜堡总兵：耿尚文，将其五马分尸，且在大胜堡一带大肆杀掠，还深入小凌河22里地。然而明辽东总镇总兵：杜松，却驻扎大凌河，没有前往救援，导致明军大败。12月初5日，南直隶扬州府刘家庄百姓造反，杀死明如皋县知县：张藩，致使军情紧急明漕运总督：李三才，立即奏报明泰州知州：刘民爱，又遭遇了明高邮卫指挥使：王正国，等将领失事。并说道“因各处饥荒，故流民日众，且千百成群，正在行劫，非速免租，进行救济，安抚人民，否则后果将不堪设想。”
话说早在大明附属国琉球中山郡王兼英祖仁耶添按司添：尚永，死后，其女婿琉球小禄御殿：尚宁，遣人去大明帝国请求袭封爵位。但是明福建总镇巡抚：许孚远，却让他请按照嘉靖年间明刑部尚书：郑晓，领封之例，遣官一员带着皇帝诏书至福建承宣布政使司，在由琉球中山王国使臣面领圣旨归国，或者派遣一位习海的武官与其使臣一同前往。此举明神宗：朱翊钧，表示同意，可后因安土桃山幕府侵略李氏朝鲜王国，海上多事之秋，所以一直拖至万历三十四年公元1606年才始遣明礼科给事中：夏子阳，等官员册封，仍令琉球中山王国领封海上，永为定制。二年后始完事，同时德川幕府征夷大将军：德川幕府，取代了安土桃山幕府时期的丰臣氏政权而且正在逐渐发展壮大，似有吞灭琉球中山王国的野心，而琉球中山王国外御强邻，内则修贡不绝，人少力薄。终于在明万历三十七年公元1609年12月11日，德川幕府萨摩藩藩主：岛津忠恒，被德川幕府征夷大将军下令派兵三千人由德川幕府大野权左卫门尉：桦山久高、德川幕府美浓守：平田增宗，的率领下，自九州岛山川港出发，入侵并攻占了琉球中山王国，而琉球中山郡王：尚宁，等君臣百余人及其宗器也被一起掳到鹿儿岛去。其中琉球中山郡王也被德川幕府萨摩藩藩主带到了江户城。事后明浙江总镇总兵：杨宗业，得知消息才赶忙奏报朝廷，明神宗急忙勒令总镇总兵、总镇巡抚官员严查海上兵备。此时行进到达河南承宣布政使司归德府的明潼关卫千总：吴俊振，正架着马车，又继续问道“马兄，那后来建奴，又是怎样把矛头指向大明的呢？”
于是明潼关卫把总：马维，就说道“说来就话长了且听我一一道来…。”
明万历三十八年公元1610年2月18日，齐、楚、浙，三党与宣昆党相互攻击东林党人和明东宫皇太子：朱常洛，此后不断争吵，搞得朝廷乌烟瘴气，朝政逐渐混乱不堪！接着，泰西神圣罗马帝国传教士：庞迪峨、熊三拔、邓玉函、高一志、艾儒略，蒲丽都家（葡萄牙）传教士：罗雅谷，奥地利哈布斯堡王朝传教士：汤若望，西西里（意大利南部）传教士：龙华民，等亦先后到达大明帝都京师紫禁城内，他们都精究天文历法。11月初1日，在东方亚洲大陆中发生了日食现象，根据大明礼部钦天监所推算出的日食起止，分秒以及亏圆俱不准确。礼部官因此博求知历学者，令与钦天监官昼夜推测，以期历法准确不差。于是明钦天监属官春官正：周子愚，就上疏说“来华传教士：庞迪峨、熊三拔，等人，所带来他们国家的历法，多为中原典籍所未备者，请按照洪武中翻译《西域历法》之例，取知历儒臣，率同监官将诸书如数翻译，以补我国典籍之缺。”
然后礼部遂奏言称“我国精通历法的，如；明兵部职方清吏司郎中：范守己、明陕西按察使：邢云路，著有《古今律历考》，综采详密，为时所称，请改授京官，共理历事，又有明翰林院检讨：徐光启、明南直隶工部员外郎：李之藻，亦皆精心历理，可与庞迪峨、熊三拔，等人同译西洋历法，再由我朝参订修改。”
然而这个历法疏密，莫过于交食，欲议修历，必重测验，请命所司修治仪器，以便从事，明神宗先是将礼部的这份奏疏留中不发，不久即召明陕西按察使：邢云路、明南直隶工部员外郎：李之藻，至北直隶京畿顺天府紫禁城内参与历事。明陕西按察使据其所学，明南直隶工部员外郎则以西法为宗，从此西洋历法始入中原。明万历三十九年公元1611年正月初1日，明北直隶总镇巡按兼都察院山西道监察御史：乔允升，奏称“北直隶河间府地方民众聚集至八千余人，已经起事逼近了京师附近，宜早作防备。”
这让明神宗：朱翊钧，听后立刻命令兵部派兵，在京城内外严行缉捕。正月16日，明河南总镇巡抚：曾用升，上奏道“宗室横肆，防禁宜先。其一严禁宗室窝藏盗贼，其二严禁宗室抢夺财物，其三严禁藩王出城，其四严禁宗室出城，其五严禁宗室把持商税，其六严禁无禄宗室打死人，其七严禁宗室开张赌场，其八庶宗训责当申，其九王官辅宗当选，此九条律法当一一束以法纪，否则万一狂宗姑恶不悛，百姓铤而走险，为虎添翼，亡命之徒，为纣助虐，天下危亡之忧恐不可免。”
但此奏折送上去之后，却迟迟不见有批复。5月13日，明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，点齐兵将命令明建州卫军民指挥同知：瓜尔佳·费英东，跟随建州女真左卫军民指挥使司贝勒兼青巴图鲁：爱新觉罗·巴雅喇，前去讨伐东海女真渥集部。后又占领了赫席黑路、鄂摩路、苏鲁路和佛纳赫托克索路，俘获东海女真渥集部二千多人。7月11日，东海女真渥集部的乌尔古辰路、木伦路两支部落进犯建州女真八部所属领地。明建州左卫军民指挥使得知消息后，急忙命令明建州卫军民指挥同知与七子台吉：爱新觉罗·阿巴泰、明建州右卫军民镇抚使：董鄂·何和礼，明建州左卫军民左参将：钮钴禄·额亦都，各自率军兵分一千人前往讨伐。很快就击败了东海女真渥集部的乌尔古辰、木伦路，这两支部落势力。随后又继续讨伐东海女真渥集部虎尔哈路，还攻破了克扎库塔城总共俘获了三千人凯旋而归，此战让建州女真八部的力量变得更加壮大起来。9月13日，明王皇贵妃：王淑蓉，病危，明皇太子：朱常洛，请旨前往探视，期间明王皇贵妃手拉明皇太子的衣服，哭泣道“儿长大如此，吾死何恨。”
但明皇太子却大哭不止，左右宫女、太监们皆伏地哭泣。到了酉时一刻，明王皇贵妃去世，但是过了四日都没有发丧，直到明内阁首辅兼东阁大学士：叶向高，提出意见一再上奏，这才得以发丧。但是礼官呈上礼仪制度之后，接连五天都没有回复，最后还是明内阁首辅出面，才让明神宗始赐明王皇贵妃谥号为〈肃靖皇贵妃〉葬于「天寿山」。10月初5日，明福亲王：朱常洵，的府第建成之后，工部请求皇帝陛下让明福亲王回到封国藩地内。由明内阁首辅拟旨交上去，但明神宗却直接不发圣旨，并改在次年春天在让明福亲王回封国。等到日期临近时，明内阁首辅就请求先整顿明福亲王的仪卫司、舟车，等仪仗队用度，但明神宗却不予采纳，依旧打算拖延下去。12月13日，又遇到明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）再次来朝进献宝物，以解除大明帝国对建州女真八部的猜忌，并恭祝大明天子天皇帝陛下万寿无疆。这更让明神宗欣赏明建州左卫军民指挥使的表现，不仅当众表扬了他，还赐很多绢匹银两。明万历四十年公元1612年4月初2日，南直隶都察院、河南道、山西道，山东道，等道都察院监察御史各官员们奏言“臣等历观祖宗朝二百余年以来，未有皇太子六七年不开讲而满朝催请置之不理，未有两都六部尚书、侍郎缺乏至一二人者，未有台、司空虚而长期不补者，以致诸多废堕！陛下深居二十余年，不见大臣一面，不议国家一事，长此不变，不知数年之后，有谁能与陛下共治多事之天下。”
然而明神宗依旧把奏折放在一边不理！9月12日，乌拉女真部贝勒：纳拉·布占泰，联合漠南蒙古科尔沁部率骑兵攻打建州女真八部所属的虎尔哈路掠夺物资。