就连后金三等副将：李永芳，来劝明辽东总镇巡按：张铨，投降也被拒绝，倒是让后金覆育英明天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，认为此人很有大明骨气，便打算关押起来。可明辽东总镇巡按却受不了侮辱，他觉得自己无脸在回京朝见大明皇帝陛下了，就面朝南边京城方向，行三拜礼后，就自杀殉国了！不少胆小怕死的守军们，由于封城逃不了就干脆躲到了民房的屋檐之下，满城已经是后金军的旗帜。而当时辽阳卫城内的一些富人们，都盛装来迎，有些富人之前大多数都和后金三等副将有勾结，但这种近乎于摇尾乞怜的行为，却并没有保住这些人的生命，反而让后金军把不少军民给轰出城去，在将他们全部屠杀！当然也有奋起反抗者，其中有一位老书生就用棍子，连续打伤了好几名后金士兵，又联合全家人和结伴的数十人一起逃出城去，部分军民们也相继效仿。随着都司府辽阳卫附近的失陷后，自杀殉国的高级明军将领并不只有明辽东总镇经略：袁应泰、明辽东总镇巡按：张铨，两人，还有明金复海盖兵备道副使：何廷魁、明辽阳卫监军：崔儒秀、明定辽中卫总兵：牛维曜，等人皆不愿投降后金而自杀殉节。而辽阳卫之战中，大明仅有三位总兵官阵亡而已，分别是明武靖营总兵：朱万良、明山西总镇总兵：杨宗业、明东宁卫总兵：梁仲善，更多的明军将领没有选择战死沙场，而是逃跑了。但逃跑又分为两种，一种是战事不利，但胜负未分之时就溜之大吉，代表人物是～明辽阳卫监司：高出、明定辽左卫指挥使兼监军：胡嘉栋、明东宁卫监军：韩初命、明定辽中卫监军：牛象干、明自在州总兵兼监军：刑慎言，等人他们都是监军，也因此被人称为「同逃五监军」。另一种则是战败后突围而逃的，包括明凉州卫总兵：侯世禄、明辽阳卫总兵：姜弼、明奉集堡总兵：李秉诚、明新勇营左参将：鲍承先，等将领以及数万士兵。因此辽阳卫之战真正的战损并不多，除了一部分投降的明军外，大部分明军都在潜逃，这些人四散逃命，最远的往东逃入了李氏朝鲜王国，最近的则往西跟随大部队撤入了广宁卫一带进行防守策略。这对于后金覆育英明天命汗来说，攻下辽阳卫就意味着大明帝国在辽东都指挥使司的防御已经土崩瓦解了，毕竟连都司府都沦陷了，辽东都指挥使司还有防守处吗？故此失去了庇佑的大明军民们，便如潮水一般，纷纷退往辽西广宁卫城内避难，导致了都司府辽阳卫周边大小七十余座城堡、屯，以及辽阳卫附近的；东宁卫、定辽中卫、定辽左卫、定辽右卫、定辽前卫、定辽后卫、复州卫、盖州卫、海州卫、金州卫、金州中左守御千户所、自在州，等处再也无力出兵抵抗后金八旗，只得纷纷投降。之前对于后金来说〈萨尔浒之战〉只是生存之战，后面的攻城略地也不过是为了一口吃过冬粮食，如今的「辽沈之战」才是一次真正的立国之战。从此后金国的势力又大幅度扩增数倍，再加上后金之前的界凡城、萨尔浒城，等都远够不上都城的级别，充其量也就是一个规模稍微大点的寨子而已。这对一个新生政权来说，没有个像样的城堡乃至都城是极其难堪的，而辽阳卫又是个极其理想的都城对象。至此辽阳卫与沈阳中卫乃至辽南等地卫所的失陷，导致了沿海居民们皆航海逃往山东承宣布政使司。而无力到达者，要么就滞留在各岛屿之间、要么进入李氏朝鲜王国避难，还有一些未逃走被后金抓住的，男子无论军民一律都要剃发易服，在充入披甲人或者包衣奴才行列中。好在明定辽右卫都司：毛文龙，正率领援军在此准备招集逃难军民为兵，在分布哨船，联接登州卫，以为犄角计。此刻前去辽东都指挥使司探查情况的，明兵科给事中：朱童蒙，开始回来上奏全面陈述了前任熊总镇经略的所有功绩。还十分深动的说道“臣进入辽地的时候，军民都对他垂泪称道，说几十万生灵都因为熊总镇经略一人才得以保存，他的罪行怎能轻易确定呢？只是熊总镇经略最为陛下所信任，之前蒲河守御千户所战役中，敌人进攻沈阳中卫，他驱马前往救援，胆量是何等壮大！等看到官兵懦弱时，就突然告老还乡去了，这样把陛下对他的大恩置于何处了呢？熊总镇经略虽功在存辽，些微的成绩虽有可称，但罪在辜负了圣上，根据君臣大义而论，他是无法逃脱罪责的，这就是罪浮于功！”
待明熹宗：朱由校，看到这本奏折后，他认为熊廷弼力保危城有功，仍打算日后重新起用他。4月初6日，辽东都指挥使司重镇沈阳中卫、辽东都司府辽阳卫以及辽南四卫等地相继失陷，而明辽东总镇经略：袁应泰，畏罪自杀，辽河以东全部沦为后金土地的事传入紫禁城后。让群臣们大为震惊！明熹宗伤心之余但还是按照惯例，追封明辽东总镇经略：袁应泰，为〈兵部尚书〉并举行隆重葬礼，又封其长子：袁楷，为（都察院右佥都御史）。随后明南直隶兵部左侍郎：张鹤鸣，奏请明熹宗要厚待明石柱宣抚使：秦良玉，的家人！明熹宗便下诏给明石柱宣抚使：秦良玉，要加封她为〈从二品武将～定国将军〉的官服，并赐明石柱宣抚使兼定国将军：秦良玉，为（诰命夫人）还把石柱宣抚使司升为［石柱宣慰使司］封她的儿子明重庆卫指挥使：马祥麟，为〈石柱宣慰使〉。并追封明辽东都指挥佥事：秦邦屏，为「四川都指挥佥事」子孙世袭，另外明辽东总镇守备：秦民屏，官升为〖辽东都司佥书〗。又把阵亡的酉阳宣抚使司、保靖州军民宣慰使司、川军跟江浙兵团将领们全部都加赏抚恤金，还升酉阳宣抚使司为〖酉阳宣慰使司〗此时朝廷里的大臣们又想起了熊廷弼。但是明吏科右给事中：郭巩，却尽力诋毁他，并连及明内阁首辅：刘一燝，一起拖下水，可眼下自塔山堡到闾阳堡方圆二百余里内，皆荒无人烟，广宁卫驻军们也是岌岌可危！正是需要人才出来力挽狂澜之时，故此明内阁首辅就站出来说道“倘若熊大人还在辽，想必不会弄成这样！”
就连明都察院山东道监察御史：江秉谦，也上书追叙熊总镇经略以前防守辽地的功劳，并且把排挤有功之臣，都说成是郭大人的罪过。于是明熹宗就对过去弹劾过熊总镇经略的人，均加以治罪，其中；明行人司右司副：冯三元、明工部给事中：张修德、明吏科给事中：魏应嘉、明吏科右给事中：郭巩，各贬去官职三级。还除掉了明兵部主事：姚宗文，的官籍本打算驱逐出京，但他依附于明惜薪司太监：魏忠贤，手下因而幸免于难。不过明浙江道监察御史：刘廷宣，上奏为被贬官大臣们论救，却也被罢免。朝廷还下达诏书，重新起用熊廷弼。又加上明兵科给事中：朱童蒙，到辽东都指挥使司调查回来后，极力推荐明山东承宣布政使司右参议：王化贞，称此人尽得辽西漠南蒙古各部人心，不要轻易调动他，以免坏了安抚漠南蒙古的事。明山东承宣布政使司右参议也说过，辽地战事终将失败，只有发放百万帑金，极力款待漠南蒙古人，那么后金就会有所顾忌，不敢深入了辽东都指挥使司内地攻城略地。恰好明都察院山东道监察御史：方震孺，也给明山东承宣布政使司右参议上奏晋级，让他便宜行事，与明辽东总镇巡抚兼都察院右佥都御史：薛国用，一同驻守河西地区。因此明熹宗才下旨提升明山东承宣布政使司右参议：王化贞，为［都察院右佥都御史兼广宁卫巡抚］。眼看兵情紧急，朝廷就先派出明兵部右侍郎：张经世，督师出关去了，导致北直隶兵部中无左右侍郎在朝，明熹宗就下令兵部去督办，由此南直隶方面的明南直隶兵部左侍郎：张鹤鸣，等人才去上任。同时明兵部尚书：崔景荣，去世！明熹宗赶忙召开明兵部左侍郎：王象乾，让他代替，但明兵部左侍郎却以年老目瞆，不能处理好军务为由推辞，只是讲述了如何守御关外以及招抚漠南蒙古诸部的方略罢了。这让明熹宗大喜不已，当即下令罢免了明蓟辽总督：文球，让明兵部尚书兼都察院右都御史：王象乾，走马上任。故此明兵部尚书：王象乾，出关督师蓟州镇、辽西军务去了，因此明南直隶兵部左侍郎：张鹤鸣，遂代其〈兵部尚书〉职位。很快不到一个月的时间里，后金覆育英明天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，就把手下们的家属，从萨尔浒接到辽阳卫，又命令修建新城，下令辽阳卫成为后金都城。另外明定辽右卫都司：毛文龙，也上报朝廷，安抚辽东沿海地区百姓，作为敌后游击队主力，对此文武官员们均认为可行，明熹宗授封明定辽右卫都司：毛文龙，为〔定辽右卫左参将〕后又设军镇如内地。5月11日，明熹宗命明司礼监秉笔太监：王安，掌管〈司礼监掌印太监〉官职，但却被明司礼监秉笔太监给礼貌的推辞了。这让明司礼监秉笔太监的部下，刚从尚膳监升官的明司礼监左少监：王体乾，认为自己上司没有进取之心？便乘机转而投靠明明惜薪司太监：魏忠贤，与明奉圣夫人：客印月，打算联合起来一举扳倒明司礼监秉笔太监：王安，也好占据他的位子。