而叛军们自然也知道要北上夔州府以及拿下整个重庆府，那就势必要与石柱宣慰使司以及酉阳宣慰使司两地接触，再加上这两地土司兵作战都比较彪悍，因此为了能够有效抗击朝廷，其叛将：樊龙，就派遣使者携带着金银和丝绸，前来与石柱宣慰使司结盟。顺便在借道北上或者南下酉阳宣慰使司。然而当重庆卫失陷以及叛贼使者前来招降的消息传来时，明定国将军兼诰命夫人：秦良玉，立刻就把叛贼使者给斩杀了。还让长子明石柱宣慰使：马祥麟，立即发兵率领叔叔明辽东都司佥书：秦民屏，及大伯明四川都指挥使佥事：秦邦屏，的长子明忠州游击将军：秦翼明、次子明重庆卫副千户：秦拱明、明重庆卫都司：胡明臣、明黔江守御千户：秦永成，等将领统率6千人先行逆流西下。以明辽东都司佥书：秦民屏，为提调，明忠州总兵：杨学礼，负责督阵，前锋沿江而上，吓得叛军们不敢出。在乘敌不备之际，直达南坪关，打算断贼归路，毕竟前去出征遵义军民府的叛军还没班师，因此很快叛军就派出部将迎战了，由叛贼：张彤，迎战明军，却被明石柱宣慰使直接斩杀。另一边明定国将军兼诰命夫人正设伏，打算袭击两河北上夔州府的叛军，并将敌人的船只全部烧毁。随后就派兵守住重庆府忠州，禁止叛军北上，又派快马携带檄文前去夔州府，要求当地驻军赶紧防守瞿塘卫山峡上下游地段，以击退来犯入侵的贼兵。同时明定国将军兼诰命夫人：秦良玉，还上表了，弟弟明辽东都司佥书：秦民屏，等人的战功，结果朝廷决定封明辽东都司佥书为〈四川总镇左参将〉明忠州游击将军：秦翼明、明重庆卫副千户：秦拱明，分别为［四川总镇守备、重庆卫守备］。9月20日，由于「镇江大捷」大大的提高了明军士气，极大地鼓舞了全国军民人心，朝廷因此对明定辽右卫左参将：毛文龙，破格提拔，升为〈定辽右卫副总兵〉。明内阁首辅：叶向高，还把明定辽右卫副总兵：毛文龙，比作是历史上的孤胆英雄如；东汉西域都护兼定远侯：班超、东汉长水校尉：耿龚，并称赞道“毛参将收复镇江堡，人情踊跃，而或恐其寡弱难支，轻举取败，此亦老长考虑。但用兵之道，贵在出奇，昔日班都护以三十六人而定西域，耿校尉以百人守疏勒国，皆乃奇功也……今幸有毛参将，此举稍得兵家用奇用寡之法。”
就连明太常寺少卿兼国子监司业：董其昌，都评价说“毛副总兵以二百人夺镇江堡，擒逆贼，献于阙下，不费国家一把铁、一束草、一斗粮，立此奇功，真乃奇侠绝伦，可以寄边事者！如此胆略，夫岂易得？使今有三文龙，奴可掳，辽可复，叛贼李永芳、佟养性可坐缚而衅之鼓下矣。”
正当大明朝廷献俘叛贼佟养真，于紫禁城内被明熹宗天启帝：朱由校，下令斩首之后，朝野上下还都沉浸在镇江大捷的喜悦当中，丝毫没有把东虏建奴放在眼里。因此后金覆育英明天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，在处理完漠南蒙古内喀尔喀五部联盟事情，以及物资之后，便开始对明军镇江大捷展开了报复性的行动。趁着明定辽右卫副总兵：毛文龙，在镇江堡立足未稳，便派后金二贝勒：爱新觉罗·阿敏、后金四贝勒：爱新觉罗·红歹是（皇太极）率领三万后金八旗军前去镇压。如今毛家军收复了镇江堡，东连李氏朝鲜王国，西连辽南四卫，南接登莱两府、天津三卫，所以东虏建奴东要防他与李氏朝鲜王国合兵捣巢，南要防他与辽南四卫、登莱两府、天津三卫，合兵恢复辽阳卫。若此时后金军进犯广宁卫，又怕被毛家军合兵断河，截他归路，或轻兵袭他粮库，剿他后队，有一个不两立之势。况且后金二等总兵：佟养性，又因他拿了自己兄弟后金定辽右卫游击将军：佟养真，急着要报仇，就撺哄奴酋先稳住辽南四卫，断了毛家军陆路回广宁卫，后又装载炮车，直取镇江堡。后金覆育英明天命汗更是下令，让后金三贝勒：爱新觉罗·莽古尔泰，协同后金大贝勒：爱新觉罗·代善，将金州卫、金州中左守御千户所，等地城堡的居民全部迁徙到了复州卫。又将其余所有沿海地区的汉族百姓全部迁移到内陆地区，乃至定辽右卫派兵把守，一时间辽东都指挥使司沿海地区的百姓们，都是哭声震天、哀嚎遍野。为了稳住辽南四卫，就让后金复州卫总兵：刘爱塔（刘兴祚）、二弟后金复州卫副总兵：刘兴基、三弟后金复州卫左参将：刘兴治、四弟后金复州卫右参将：刘兴贤、五弟后金复州卫千户：刘兴亮，这五兄弟负责稳定局面。其中大哥后金复州卫总兵：刘爱塔，乃是后金覆育英明天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，的侄女婿因此对他比较放心。而后金复州卫总兵也比较卖力，毕竟辽南四卫大明汉人军民甚多，刚刚迁居到此的后金八旗子弟们又与大明汉人军民关系不合，因（剃发易服令）还镇压过一批人。当然后金复州卫总兵也因为处理这个事情得罪了，一批后金八旗子弟，他们就认为后金复州卫总兵故意包庇大明汉人军民！此矛盾还不断升级，最终导致了后金复州卫游击将军：单荩忠，不服从他的管理，斩杀了招降人，并聚集了四万不愿意剃发者准备响应毛家军。后金复州卫总兵得知后大怒，但也不想贸然出兵得知辽人，就上报后金覆育英明天命汗，让他下令派兵征剿。单游击将军自知不是后金的对手，连忙将城中百姓，全部迁渡到长山岛去躲避，东虏建奴贼兵追来时，因不善水性，又遇风浪打坏两艘船只，淹死了许多人，便不敢继续追击。只得让后金二等总兵：佟养性、后金三等总兵：李永芳，配合后金二贝勒他们同取镇江堡。此时明定辽右卫副总兵：毛文龙，正在镇江堡内招降纳附，只见夜不收探马来报，有奴酋已收金盖复三卫军民，单游击将军已退入长山岛中。听闻消息后毛副总兵仰天长叹道“这贼是断我归路，剪我羽翼，不久就来攻我部了。”
于是连忙吩咐城中百姓，有愿归降大明的，可即刻收拾行李，暂赴各岛屿安插，着明莱州卫守备：苏其民、明麻羊岛都司：张盘、明天津卫百户：李景先，分投船只装载，把百姓们散入猪岛、獐子岛、广鹿岛，等各处岛屿。城中携儿挈女，担笼挑箱者络绎不绝，均有明军护送，还不许百姓自相抢劫，又行牌各船，火紧装载，不许索钱钞。这时后金两位贝勒以及两位总兵相继追来，装有攻戎炮，又有铁骑数万，把镇江堡围成铁桶一般，口口声称要捉拿毛文龙，砍头祭旗。城中军民，有二万余人被运送至各岛，又有二万余人跟随毛副总兵逃去了李氏朝鲜王国，在城中的，只有老弱病残以及一些不原去的，再加上部分开城献功的。然而大家并不知道后金二等总兵：佟养性，恨毛副总兵拿了他兄弟，眼下入城后又怪这些人反覆，今日降明、明日降夷，竟直接不分青红皂白就带着部下们一通乱砍，把城中老少尽数杀光，城内房屋几乎都被烧毁。在明定辽右卫副总兵本部明军撤走后，而他也仅仅是带走了约为两三万人的难民和百姓，更多的辽东都指挥使司汉民们却俨然进入了人间地狱，包括镇江堡在内的所有归顺明军的城镇、堡垒，均无一例外的被后金军队给屠城。仅镇江堡一地被屠戮的百姓，就有多达三万人之多。之后再去追击毛家军时以无踪影，只从沿途百姓口中得知有大批明军往东过鸭绿江逃去，后金方面立即准备船只，还写信通知李氏朝鲜王国。这一期间李氏朝鲜郡王光海大君：李珲，在「萨尔浒之战」惨败后，对后金军可谓是有几分忌惮，所以收到书信后便决意联络后金，因而在明定辽右卫副总兵退到李氏朝鲜王国边境之时，便立即派遣了李氏朝鲜平安西道节度使：郑遵、李氏朝鲜宁边大都护府使：朴烨，等引军出击，配合后金军，在鸭绿江、长白山一线追缴毛家军的小分队。敌众我寡险境之下，明定辽右卫副总兵率部与优势后金军、李氏朝鲜军展开了海战和丛林游击战。最终李氏朝鲜平安西道节度使、李氏朝鲜宁边大都护府使引后金军包围毛家军于林畔馆附近，双方进行了激烈战斗，一日七战，死伤相当。其中明天津左卫副千户：丁文礼、明镇江堡守备：吕世举、明天津右卫号角官：李国保、明镇江堡千总：韩世卿、侄子明定辽右卫总旗：毛承儒，等将领力战而死。还让明定辽右卫旗鼓官：刘印科、明登州卫旗鼓官：马蹶，被擒壮烈牺牲，但后金军也蒙受了很大损失，被迫撤兵。事后明定辽右卫副总兵探得建奴贼兵已退去，李氏朝鲜林眯馆一带尸横遍地，不是断脚，便是无头！这些追随而来的大明百姓，有的在被围时出走，有的躲在深山里隐居，也有的逃不了干脆就混在死尸当中，剩的不下万余人。待处理好战死军民尸体后，明定辽右卫副总兵就去平安西道义州府，写书信痛骂李氏朝鲜平安东西道边防将领潜通奴酋，引兵杀害大明将领。又送奏折去李氏朝鲜议政府，指责道“大明李氏朝鲜郡王背弃朝廷平倭之厚恩，却暗通东虏建奴，一起残害大明军民，还企图杀害本部麾下大明将吏。”