好在李氏朝鲜仁穆王太后：金氏，并不傻，她也知道这事拖不得，毕竟关乎到自己母女俩今后的命运，便又急召李氏朝鲜陵阳大君：李倧，和诸将们入室。再以垂帘听政的方式，来接见文武大臣们。首先由李氏朝鲜仁穆王太后提出，要带众人去祭拜自己的夫君，既先王李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，并说了一大堆感慨之语，还与李氏朝鲜陵阳大君等人相对涕泣。但就是不传御宝，也不提任何关于继任王位之事。焦急的李氏朝鲜陵阳大君连忙让李氏朝鲜承政院都承旨：李德泂，到帘前，不断催促李氏朝鲜仁穆王太后传御宝给。然而李氏朝鲜仁穆王太后都是借口，称；天色已晚而不欲传御宝，却奈何架不住群臣们再三请求下终于答应传授。不过她又提出要亲自砍下暴君：李珲，父子的头颅以报杀父之仇，却遭到了群臣们的反对，就连李氏朝鲜陵阳大君也不同意。关键时刻李氏朝鲜承政院都承旨就借口称“朝鲜语：昔日我李氏朝鲜中宗恭僖郡王晋城大君：李怿，反正时且未杀李氏朝鲜郡王燕山大君：李㦕，故此臣请求仁穆王太后能够收回成命。”
可李氏朝鲜仁穆王太后又控诉暴君：李珲，曾弑杀先王等罪行，然大臣们却不敢苟同有弑杀先王之罪证。因此气急败坏中李氏朝鲜仁穆王太后就说“朝鲜语：先王乃是被逆子暴君李珲给气死的，也属于弑杀。”
但面对这些无谓的争执，李氏朝鲜承政院都承旨却表示，眼下李氏朝鲜光海大君的支持者，还有很多党羽尚未落网，赶紧让李氏朝鲜绫阳大君即位才是当务之急。至此李氏朝鲜仁穆王太后这才命令李氏朝鲜陵阳大君：李倧，即位于庆运宫别堂，并面谕敬大臣、恤民隐等数条。而李氏朝鲜陵阳大君在听完李氏朝鲜仁穆王太后的慈谕后，随即就带着御宝出室即位，是为〈李氏朝鲜仁祖〉。同时明登莱巡抚：袁可立，经过商议后，当即命明山东总镇总兵：沈有容，连夜率兵出海接应，负责配合施行诱降计划，并在严格保密的情况下通知明辽东总镇经略：孙承宗，要他以局为重从旁策应。次日，就以李氏朝鲜仁穆王太后的名义颁布教书（原文由李氏朝鲜广州府留守：张维，执笔），宣布要废黜李氏朝鲜郡王光海大君：李珲，并立李氏朝鲜绫阳大君：李倧，继承大统。这道教书可以看做是政变的宣言，也算是作为声讨李氏朝鲜废王光海大君的檄文，通过该教书正式树立起政变的名分，使之新王即位更加合法化。反正成功后，又展开了对李氏朝鲜废王光海大君及其亲信的肃清行动，其中李氏朝鲜废王光海大君及其王妃等人被流放到江华岛，毕竟是宗主国大明神宗万历天皇帝陛下御赐的郡王，因此没有朝廷批准不得随意斩杀。并将李氏朝鲜废王世子：李祬，流放到乔桐岛。还当即诛杀李氏朝鲜平安东西道监司：朴烨、李氏朝鲜义州府府尹：郑遵，并下令抓捕其余官员。3月14日，既斩李氏朝鲜废王光海大君的宠臣李氏朝鲜兵曹判书：韩缵男、李氏朝鲜义禁府判事：白大珩、李氏朝鲜司宪府掌令：郑梦弼，而李氏朝鲜领议政兼京畿左右道都体察使：朴承宗、李氏朝鲜京畿右道监司：朴自兴，则逃到京畿右道广州府附近自杀。3月17日，李氏朝鲜仁祖纯孝郡王陵阳大君：李倧，下令处死李氏朝鲜废王光海大君宠幸的和尚：性智。3月19日，李氏朝鲜广昌府院君：李尔瞻，及其长子：李元烨、次子：李弘烨、三子：李益烨，与同党李氏朝鲜郭宁府同知事：郑造、李氏朝鲜仪宾府佥尉：尹訒、李氏朝鲜弘文馆提学：李伟卿、李氏朝鲜经筳厅参赞官：赵龟寿、李氏朝鲜承文院监事：朴应犀、李氏朝鲜捕盗厅左大将：韩希吉，等先正刑。李氏朝鲜承政院同副承旨：李覮、李氏朝鲜成均馆大司成：韩定国、李氏朝鲜吏曹正郎：洪尧俭、李氏朝鲜奎章阁提学：徐国桢、李氏朝鲜开城府留守：蔡谦吉、李氏朝鲜通礼院左通礼：郑洁、李氏朝鲜奉常寺大夫：黄德符、李氏朝鲜军器寺寺正：李挺元、李氏朝鲜修城禁火司都监：李尚恒、李氏朝鲜平市署主簿：郑荣国、李氏朝鲜东班阶通政大夫：兪世曾、李氏朝鲜兵曹参知：尹三聘、李氏朝鲜四学馆总管：诸嬖幸、李氏朝鲜五军营禁卫营千户：李茳、李氏朝鲜活人署活人：元悰、李氏朝鲜世子侍讲院左宾客：辛光业，等人先处以正刑。而李氏朝鲜观象监领事：圣智、李氏朝鲜典设司司设：施文用、李氏朝鲜义盈库库使：金驲龙、李氏朝鲜内侍院左都知：有福同，皆因逃匿被执斩之。4月初3日，又斩大北派精神领袖李氏朝鲜瑞宁府院君：郑仁弘，以及告密者李氏朝鲜汉城府参军：李而攽，跟金介屎继父李氏朝鲜掌隶院判决事：刘梦玉，等14人亦被处死。4月初6日，还处死外戚李氏朝鲜艺文馆领事：柳希奋、李氏朝鲜尚瑞院直长：柳希发，及李氏朝鲜承文院监事：李日馨、李氏朝鲜春秋馆同知事：郑之准，另有7名被废王宠幸过的宫女被斩首。此外废王派去诸道搜刮的李氏朝鲜调度使：金忠辅、李氏朝鲜副调度使：金纯，也被捕杀，总计一共有80余人被杀，还有上百人被监禁（围篱安置）或流放远方。伴随着反正的还有平反昭雪和论功行赏。除了李氏朝鲜承文院副提调：许筠（曾倡废母～李氏朝鲜仁穆王太后之论）等极少数人外，李氏朝鲜临海大君：李珒、李氏朝鲜晋陵大君：李泰庆、李氏朝鲜永昌大君：李㼁、李氏朝鲜绫昌大君：李佺、李氏朝鲜领议政：柳永庆、国舅李氏朝鲜礼曹判书：金悌男，等大部分废王时代的逆贼名单都获平反。就连李氏朝鲜仁穆王太后的母亲也从全罗右道济州牧岛屿上被召还，关在监狱里的所有犯人，也都在反正当天宣布释放。4月16日，后金覆育英明天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，决定出兵对漠南蒙古内喀尔喀五部的反金派发动惩罚性攻击，还杀死了对后金的态度强硬的～漠南蒙古内喀尔喀扎鲁特部台吉：孛儿只斤·昂安，父子们屠尽其部落。因此作为部落中极具威望，且又年迈的漠南蒙古内喀尔喀五部盟主兼乌齐叶特部首领：孛儿只斤·舒哈克卓哩克图鸿巴图尔（炒花）非常气愤，他打算报仇，可不是后金的对手，就派人去找漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）希望能够合作一起报仇。但是漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗却并未响应！这也从侧面反映了漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗，不再采取正面对抗后金方式，而是转于先安内、在攘外的策略，尽量不惊扰后金。毕竟漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗可是立志要统一整个漠南蒙古乃至漠北蒙古诸部的，这就不能不威胁到其他漠南蒙古诸部首领们的利益了，其中漠南蒙古科尔沁部台吉：奥巴，与漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗的关系最为紧张，同时又与后金的来往日益密切。另外新任李氏朝鲜郡王登基反正之后，其新王的合法性还需经过宗主国大明天朝的承认。因此新任的李氏朝鲜郡王下令，奉旨宣谕李氏朝鲜王国平安东西道驻军协助明遣管运左参将：黄胤恩、明登州府推官：孟养志，和驻椵岛（皮岛）的明平辽总兵：毛文龙、明皮岛守备：应时泰，等明将的一切军事上的物资及帮助。为了表示与废王反明情绪的不同，新任的李氏朝鲜郡王还派使者予以接见明军，向他们表示新王愿意与大明帝国同心协力，期剿此虏（指后金）。4月21日，大明帝国山东都指挥使司登莱两卫地区的水师明军，以及皮岛部明军开始尽数出动。大批的明军登陆以及来往船只密切，因此后金金复海盖总兵：刘爱塔，打算降明反正之事，也被属下探听到了一二。其中后金金州卫守御千户：王丙，因为贪污暴淫，被后金金复海盖总兵得知消息，打算欲治其罪，吓得后金金州卫守御千户连忙跪地求饶，念其初犯又是自己得力部下便打三十军棍了事。没曾想逃过一劫的后金金州卫守御千户，偷偷写了一封密信，直接上报给后金覆育英明天命汗，信中告发了刘总兵欲归附大明登莱巡抚：袁可立，的事。这一告密算是彻底打乱了，刘总兵归明的布置。虽然起初后金覆育英明天命汗看了书信后，认为不以为然，毕竟自己的孙女婿还是信得过，认为是别人栽脏陷害的？可据斥候来报以及身边贝勒爷们的劝说，就算是假的那也不得不防啊！毕竟留个心眼准没错，小心驶得万年船，想着就干他马上下令将金州卫临近海边的住户，尽数赶到复州卫来。为了安全起见还打算将后金金复海盖总兵：刘爱塔、以及后金三等总兵：李永芳，两人的长子都一并挟持去复州卫。对此后金覆育英明天命汗认为后金三等总兵问题不大，只是这个孙女婿若当真投降大明，那么辽南四卫将岌岌可危，况且沿海地区一直活跃着大明水师军队，因此果断出兵3万人前往进剿。面对汹涌而来的后金铁骑，却依旧没有让后金金复海盖总兵害怕，他知道躲是躲不掉的，越躲越说明做贼心虚，因此他打算赌上一把，就在城内等后金铁骑的到来。果然他赌对了，3万后金铁骑前来没有第一时间询问任何人，也没有展开屠杀，而是宣布大汗令全部人内迁到复州卫不得有误。