这宁远卫之战是明金交战以来，明军所获得的第一次防守性的大胜仗，它成功遏止住了后金对关外卫所的进攻，并挫伤了他们的锐气，稳固了大明辽西防线，还重伤后金大汗，使得后金有相当长一段时间不敢南犯中原。另一边朝廷内部，由于捷报上传发生了宁远卫大捷这件事，所以武长春间谍案的破获才被阉党们大吹特吹，以此来抬高魏公公的身价，似乎这桩间谍案的破获才是宁远卫获胜的关键所在。结果魏公公竟然成了宁远卫大捷的头号大功臣，他的侄子明北镇抚司锦衣卫指挥佥事：魏良卿，屁事儿没干，竟也被明熹宗：朱由校，加封为「太子太保兼肃宁伯」。正月27日，后金覆育英明天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，撤兵到广宁右屯卫，他下令将明军粮草全部焚烧殆尽，才开始班师撤军。2月初2日，明熹宗偶尔会想起来失宠的明李成妃，因此召她侍寝。然而明李成妃，她在自身处境很不妙的情况下，还依旧逮着机会替被幽禁的明范皇慧妃求情，不知情的明熹宗就认为在考虑一下，结果消息走漏被明奉圣夫人：客印月、明司礼监掌印太监兼东厂提督：魏忠贤，两人得知后。首先让明奉圣夫人感觉很不满，她认为明李成妃居然不买自己的帐，求情居然也不走自己的门路，便与魏公公矫诏将她软禁到别宫，并且断绝了饮食。这使得幽禁中的明范皇慧妃因惧怕客氏而无能为力，不能去帮助自己的好姐妹，只能黯然失色。不过幸亏明李成妃机警，她吸取了在天启三年被活活饿死的明张裕妃的教训，事先在宫墙夹缝间私藏了许多食物，这才没有被饿死。2月初9日，后金覆育英明天命汗率领大军返回到国都盛京城，此时毛总兵也早已撤军回去东江镇了。2月11日，大明天子的皇帝仪仗队在明司礼监掌印太监兼东厂提督的扩充军队下，开始组成新的机构，并且上街巡视，其中明司礼监掌印太监兼东厂提督还以功庇荫了北镇抚司锦衣卫仪仗队以及腾骧四卫的管理权，把权利伸向了大明天子护卫队的上直亲军二十六卫中。其中在大明天子熹宗皇帝：朱由校，御驾巡视当中，明司礼监掌印太监兼东厂提督：魏忠贤，还派出党羽明司礼监左少监：李永贞，假冒明浙江矿税使太监：李实，上奏逮捕惩治前明应天府巡抚：周起元，以及已辞官归乡的江浙籍人士；原明都察院左都御史：高攀龙、原明湖广总镇巡按：周宗建、原明翰林院检讨：缪昌期、原明吏部文选清吏司郎中：周顺昌、原明都察院浙江道监察御史：黄遵素、原明都察院福建道监察御史：李应升，等人。而南直隶苏州府百姓们在见到周顺昌被捕后，很是不平由诸生带头闹事以；文震亨、杨廷枢、王节、刘羽翰，等人请抚按以民情上闻，但却被南镇抚司锦衣卫校尉历声骂道“南镇抚司逮人，尔等鼠辈敢拦！速速退去以免遭罪。”
说罢众人蜂拥而上，纵横殴打南镇抚司锦衣卫校尉让其东逃西窜，还当场打死一人，俘虏重伤一人，其余皆负重伤逾墙逃走。此事当即就被明应天府巡抚：毛一鹭，逮捕了颜佩韦等五人，并将他们诛死，最后由明应天府知府：寇慎、明吴县知县：陈文瑞，素得民心，站出来耐心解说众人才始散。最终导致高攀龙投水而死！等到明刑部尚书：徐兆魁，治理狱案时，凡是九千岁魏公公所恨的人，便都被判以重刑，魏公公又听从明兵部右侍郎：霍维华，的意见，命明内阁首辅：顾秉谦，等人编修《三朝要典》，竭力毁谤东林党人。随后明都察院山东道监察御史：徐复阳，上奏请拆毁讲学书院，以绝东林党根基，还被明太仆寺少卿：卢承钦，请立东林党碑罗列罪人，使得海内人士都屏息丧气。于是明兵部右侍郎让魏公公在边防上冒进邀功，因此魏公公又假传圣旨，派他的党羽明御马监太监：刘应坤，去镇守山海卫、明御马监左少监：陶文，去镇守蓟州镇，明神宫监太监：纪用，去镇守广宁中屯卫，企图收揽兵权。随后明浙江总镇巡抚：潘汝桢，为了巴结便奏请朝廷为魏公公建立祠堂，其中明仓场总督：薛贞，还上奏称“草场失火，全赖魏公公救助，才得以无害。”
于是为他歌功颂德的人相继不断，各地祠堂从此开始兴建。2月18日，坚持了半月之久，明熹宗才想起幽禁的明李成妃，打算起驾前去观看，结果依旧看到活蹦乱跳的明李成妃，这让明熹宗包括明司礼监掌印太监兼东厂提督以及明奉圣夫人都感觉非常奇怪，众人都以为她是有神仙保佑才没被饿死。所以并没有进一步加害她，明李成妃也因此幸免于难，但被贬为宫女，逐去西五所内干苦活。当时她年仅19岁，而软弱的好姐妹明范皇慧妃及一众不受宠的妃嫔，如；明王良妃、明段纯妃，等嫔妃也只能眼睁睁看着事情的发生。2月20日，漠南蒙古诸部因为宁远卫被后金军包围，便乘机进犯广宁前屯卫附近的平川营堡、三山营堡，被明山海卫总兵：赵率教，带兵抗击，斩一百多首级，夺取马匹二百，把漠南蒙古骑兵追赶到高台堡才回来。捷报送上后，明熹宗非常高兴，立即提拔他为「辽东都指挥同知」在评定功绩时又升为［左军都督府右都督］世荫子孙为〈山海卫副千户〉。当时因宁远卫大捷升功的明左军都督府左都督兼宁远卫总兵：满桂，名声也很大，而且之前他跟明辽东都指挥同知兼左军都督府右都督领山海卫总兵：赵率教，关系很要好。但是这次宁远卫被围时，明山海卫总兵只是派遣一名都司、四名守备前来援助，最主要的是明宁远卫总兵还嫌弃他们拖延时间来晚了，拒绝让他们入城。最后因为明都察院右佥都御史兼山东提刑按察使：袁崇焕，的从旁解劝，才放他们进来，在宁远卫之围解除后，好友赵总兵也想来分享战功，但明宁远卫总兵却不答应。并且还责怪他不亲自前来助战，两个人从此产生了矛盾，朝廷得知后，曾下诏警告他们。紧接着明都察院右佥都御史：袁崇焕，又跟明宁远卫总兵：满桂，不和还上书说他“踌躇满志，谩骂同僚，恐怕会耽误边疆的大事，请把他调到别处兵镇，在把关外的事务全权交给赵总兵。”
然而满朝的文武大臣们都知道满总兵能够胜任，但担心他们在一个城中或许会坏事，就把满总兵给召了回来。不过明辽东总镇经略：王之臣，却极力上奏劝说满总兵不能调开，但是召满总兵回去的圣旨已经下达，无奈明辽东总镇经略只能上奏请把他安排在山海卫，却被袁御史给拒绝。3月初5日，朝廷特派的明御马监太监：刘应坤，传来了京城方面的圣旨由自己负责监军山海卫。由此明内阁首辅：顾秉谦、明东阁大学士：丁绍轼、明文渊阁大学士：黄立极、明武英殿大学士：冯铨、明兵部尚书：王永光，纷纷上书谏止。但明熹宗却以明成祖燕王永乐文皇帝陛下：朱棣，已有旧制，且为恢复封疆之大事，皆驳回奏折不听。3月11日，后金覆育英明天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，对于那些不肯亲善他的漠南蒙古内喀尔喀五部贝勒们开始发起进攻，由后金大贝勒：爱新觉罗·代善，率军攻打漠南蒙古内喀尔喀扎鲁特部，擒获漠南蒙古内喀尔喀扎鲁特部贝勒：孛儿只斤·巴克，父子等十四个贝勒。还杀死漠南蒙古内喀尔喀鄂尔寨图贝勒，并俘虏大量漠南蒙古内喀尔喀扎鲁特部子女属民财产。3月18日，周顺昌为了百姓着想自己前来投案，但在启程北上时，却被人在水路拦截漕运船只，吓得明应天府巡抚：毛一鹭，急忙飞报奏折。南镇抚司锦衣卫缇骑们上奏称“吴人谋断水道，劫取漕舟。”
这让魏公公大惊失色，但明应天府巡抚却上书安慰道“缚得倡乱者；颜佩韦、杨念如、周文元、马杰、沈扬，乱已定。”
才让魏公公放下心来，不过南镇抚司锦衣卫缇骑却不敢轻易踏出南直隶应天府皇城，害怕再次遭到拦截。3月15日，水西叛贼首领罗甸大王：安邦彦，为摆脱日益困难的处境，他决定主动出击率军数万人渡江进犯威清卫，兵峰威胁贵阳府。明军方面得知消息后，由明湖广川贵总理：鲁钦，率兵北上沿着暗流河与贼军连战数日，双方互有胜负直至夜半，贼军夜袭明营，再加上明军将士们缺饷，皆无心恋战纷纷逃窜，慌乱中明湖广川贵总理：鲁钦，立战贼军。待精疲力尽之后，不想被俘便自刎而死，威清卫诸营尽溃，贼军还试图逼近贵阳府，但被镇西卫、平坝卫、龙里军民卫，三处明军赶来支援，使得贼军大败又撤了回去。4月13日，后金又以漠南蒙古内喀尔喀五部背盟且通明为借口，由后金覆育英明天命汗亲自出兵攻打漠南蒙古内喀尔喀乌济叶特部首领：孛儿只斤·舒哈克卓里克图（炒花）以及漠南蒙古内喀尔喀巴林部贝勒：孛儿只斤·囊努克，这两部。后金首先重创漠南蒙古内喀尔喀巴林部，斩杀其贝勒，并且又追击漠南蒙古内喀尔喀乌济叶特部首领于西拉木伦。这让惨败中的漠南蒙古内喀尔喀乌济叶特部首领匆忙溃退，往西逃往漠南蒙古察哈尔部。