10月初5日，明毅宗信亲王：朱由检，又以赞襄典礼（协助完成登基大典）和东江镇战功（在丁卯之役中抗金的战功）为名，给明司礼监掌印太监兼东厂提督：魏忠贤、明司礼监秉笔太监：王体乾，等宦官们赏赐子孙为北镇抚司锦衣卫世袭官职。又在一定程度上打消了阉党他们的疑虑，也重重地麻痹了他们。10月初7日，明毅宗经过与礼部官员们商议之后，追赐大行皇帝谥号为「天启哲皇帝」，上庙号［熹宗］葬于〈德陵〉。10月25日，就遇到了中立派官员明工部主事：陆澄原、明吏部主事：钱元悫、明刑部员外郎：史躬盛，三人纷纷上奏弹劾九千岁魏公公祸害忠良，无视朝廷法律之举。但都被明毅宗给一一打压下来了，留中不发。10月27日，又有明北直隶国子监充贡生：钱嘉征，上奏细数魏公公十大罪状；其一并帝，封章必先关白，至称功颂德，上配先帝，及奉谕旨，必云朕与厂臣，从来有此奏体乎？其二蔑后！皇亲国丈明太康伯：张国纪，未罹不赦之条，先帝令忠贤宣皇后，灭旨不传，致皇后于御前面折逆奸，遂罗织皇亲，欲致之死，敕先帝神明，祇膺薄愆，不然中宫几危！其三弄兵，祖宗朝不闻内操，而厂公外协臣子，内逼宫闱，操刀禁苑之中。其四无二祖列宁，高皇帝垂训，中涓不许干预朝政，及厂公一手障天，仗马辄斥，虿毒缙绅，蔓连士类，凡钱谷衙门，边腹重地，漕运咽喉，多置腹心，意欲何为。其五克剥藩封，三王之国，庄田赐赉，不及福藩之一，而厂公封公侯伯之土田，捡选膏腴，不下万顷。其六无圣，先师为万世名教主，厂公何人？敢祠太学之侧。其七滥爵，古制非军功不侯，厂公谒天下之物力，佐成三殿，居然袭上公之爵，靦不知省。其八邀边功，建虏犯顺以来，堕名城、歼士女，杀大帅，神人共愤，今未恢复尺寸地，宁远卫稍捷，袁巡抚功未克终，席不及暖，而厂公则冒封侯伯，假广宁卫复归版籍，又何以酬之乎？其九朘民脂膏，州府县请祠不下百余，计祠费不下五万金，敲骨剥髓，孰非国家之膏血。其十通同关节，顺天府乡榜，二十六日拆卷，而二十四日崔铎贴出，复上贤书，其夤缘要挟，不可胜数，疏上报闻。此本奏折一经传上，立刻就引起了明毅宗的广泛注意，他看着奏本文章读之心动，连忙召来九千岁魏公公，在手持此奏本由身旁宦官宣读之。并且每读一句，就会问九千岁是否有此事？但九千岁也只能伏地叩首不敢反驳，因为压根没用！人称〈击奸第一声〉，可尽管如此明毅宗还是迟迟没有动手。10月28日，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）以漠南蒙古察哈尔部八鄂托克之一的漠南蒙古多罗特部留守故地，自己则亲率数万铁骑西迁。然而在西迁途中漠南蒙古右翼诸部，如；漠南蒙古哈喇慎部、漠南蒙古土默特部、漠南蒙古鄂尔多斯部、漠南蒙古永谢布部，等部落，均不是漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗的对手。因此漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗就以秋风扫落叶之势，迅速击溃了驻守在大明帝国万全都指挥使司宣府镇外，大元蒙古帝国上都故地归化城的漠南蒙古哈喇慎部、漠南蒙古土默特部。经过数次战役后，很快就在漠南蒙古右翼诸部中立足。同时大明朝堂内的九千岁魏公公非常恐惧，不知道何时会被皇帝下死手，他急忙用重金前去贿赂原本结为兄弟的信王府宦官，明司礼监掌司：徐应元，希望他能够解救自己。怎料明司礼监掌司竟对魏公公说道“尔若想避祸，就应该向陛下禀报，辞去你的职位。”
11月初1日，在明毅宗还没动手之际，九千岁魏公公就首先提出来辞职报告，这次明毅宗直接满口答应，一句客套话也不讲！随后在一切准备妥当之后，就正式下旨将魏公公之罪昭告于世，为了惩罚他，就贬魏忠贤去南直隶中都留守司凤阳行都督府孝陵卫祖陵管理香火。包括明奉圣夫人：客印月，被送进浣衣局做苦力，以及部分阉党厂卫均被收押入北镇抚司诏狱。然而魏公公虽然被调去南直隶中都留守司凤阳行都督府，但临走前的阵仗规模却很大，依然有一千名护卫随行，还有几十辆大车装载物品（金银珠宝以及服饰用品等）而且还带着大量随从，威风丝毫不减。因此11月初4日，明毅宗就以魏公公为「将素畜亡命之徒，而身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然」为由，下令将其逮捕至京师。11月初7日，行至北直隶河间府阜城县的，魏公公就从阉党成员明顺天府治中：李朝钦，那里提前得知了陛下要捉拿他回京问罪这个旨意，故此两人在痛饮一番后，便双双自缢而死。其后北镇抚司锦衣卫缇骑来到时，按口谕将其磔尸，并把首级悬挂于河间府城楼之上，就连魏公公其侄明宁国公：魏良卿，也被北镇抚司锦衣卫缇骑在京师抓捕。但他却解释道“吾生长田舍，得负耒耜足矣，何知富贵？今曰称功，明日颂德，功德巍巍，自当封拜，吾不合为珰侄，遂以袍册加身，是称功颂德者，以富贵逼我，吾何罪也？”
同日也被斩首。至于浣衣局的客印月则被廷杖而杀，正要抓捕明太子太傅：崔呈秀，时他就在府中首先自缢。其后明毅宗又召回了各地镇守的宦官，并且平反了天启末年迫害东林党的冤狱，还烧毁《三朝要典》，治定「钦定逆案」，将魏忠贤等255人均定为〈逆党〉其阉党门下的党羽或处死、或削官职、或充军，从而实现了拨乱反正之意。时人评论此举不动声色，潜移默夺，非天纵英武，何以有此，也被东林党官员们拍手叫好，还向天下百姓军官们大肆宣传，从此江南一带的东林党官商们也就不用再交阉党定下来的税赋了，也算是变相的减少朝廷税赋，到最后变成了想方设法的抗税。这对于明毅宗这个新皇来说，丝毫不亚于饮鸩解渴，好心做了坏事！11月26日，明毅宗下诏称“连年加派，水旱频仍，商困役扰，民不卿生，朕自御极以来，孜孜民力艰苦，思与休息，今将苏杭现在织造解进，其余暂停，以示敬天恤民之意。”
得到大批百姓乃至当地官商们的一致叫好。同时总督仓场的明户部尚书：苏茂相，核查京军粮饷时称“京军每年放三百余万石，今京通二仓米，只有二十六万九千五百七十三石，目前犹以旧积支吾，后将何继，北镇抚司锦衣卫官于万历间仅一万七千七百六十余人，逆珰增补，现在三万六千三百六十余人，多支米二十七万，文思院匠，官册七百五十三人，今增补为三千二百八十八人，多支米三万余石。”
上奏之后请求查覆，明毅宗皆准许。12月11日，由于漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）驱逐了驻鄂尔多斯河套部的大明顺义郡王兼鞑靼土默特部首领：孛儿只斤·卜失兔，并废除了济农：额璘臣，结果导致漠南蒙古右翼诸部相继归附后金汗国。另一方面留守于辽河套的漠南蒙古察哈尔部也开始瓦解，不仅漠南蒙古奈曼部、敖汉部，两支鄂托克先后投靠后金汗国，就连漠南蒙古阿喇克卓特部也步其后尘而降金。以至于其余的漠南蒙古浩齐特部、乌珠穆沁部、苏尼特部，这三鄂托克则只能北上投奔漠北喀尔喀部台吉：孛儿只斤·硕垒，（后来的车臣汗）处。12月23日，明毅宗下令定魏忠贤阉党逆案时，明工部员外郎：王守履，等官员奏报，魏忠贤逆党，如文臣有；太子太傅：崔呈秀、前任兵部尚书：田吉、明工部尚书：吴淳夫、明都察院左副都御史：李夔龙、明太常寺寺卿：倪文焕，号称五虎。而武臣则有；明北镇抚司锦衣卫左都督：田尔耕、明北镇抚司锦衣卫指挥佥事：许显纯、明东厂理邢官：孙云鹤、明北镇抚司锦衣卫理邢官：杨寰、明北镇抚司锦衣卫指挥同知：崔应元，号称五彪。随后明毅宗下令将五虎、五彪人员，均打入法司议罪，由刑部商议制订，除了崔呈秀已死之外，吴淳夫、倪文焕，当削官职夺诰命。而田吉、李夔龙，夺官职，田尔耕、许显纯，当场抓住论死，杨寰、孙云鹤、崔应元，等人则削夺官职。但是明毅宗看后却认为未尽其罪，命令再议，最后下定；李夔龙、吴淳夫、倪文焕、田吉，等被调遣戍边，而田尔耕、许显纯，下罪论死，崔应元、孙云鹤、杨寰，也被调去戍边。此时明武英殿大学士：韩火广，等官员们却不欲深究树怨，故诸人所拟之罪较轻，然而明毅宗先不管阉党审问情况，就直接下诏把天下所建魏忠贤逆祠，悉行拆毁变价。明崇祯元年公元1628年正月初5日，明吏科给事中：刘汉儒，奏报道“京畿辅地居民甚困，征派无虚日，而最苦者莫若招买料豆，给价常少，给期常迟，是名为招买而实加派。过去督饷台臣欲以京边钱粮征料豆本色，有司每称未便。请留京边实数，算作料豆定价，令有司自行招买，不必征派民间，则民免剥削而有司亦省给算。自明年为始，凡府州县三为率，二分解本色，一分解折色，诏从其请。”
被看后明毅宗给批准。