危机时刻部分关宁军为了活命，甚至开始出现士兵跳入水中，企图游过护城河请求入城的景象，但却被城上的守军们给扔滚石砸跑了，城外的明辽东总镇经略：袁崇焕，则带领部下们往后撤离，企图避开作战。 仅有关宁军麾下负责殿后的明宁远中左守御千户：于永绶、明广宁中后守御千户所标营都司：郑一麟，本部兵马继续发铳炮，击中后金正黄旗甲喇额真：扎库塔·台弼善，当场将他击毙。 随后又在；京军神机营、金吾前卫、府军卫、神武中卫、羽林前卫、燕山前卫、济州卫、济阳卫，等京军配合下才击退后金蒙古联军的第二次冲击。 然而另一边永定门负责驻守的明大同总镇总兵：满桂，就没有这么幸运了，由于大部分京军都去防御左安门去了，因此永定门仅有；南城兵马司、金吾右卫、羽林前卫、和阳卫、留守左卫，等兵马被调来支援守城而已，再加上部分十二监四司八局的宦官。 所以其场面自然不是非常乐观，守城的京军也不多，仅仅只够防御而已，真正打不起是帮不上城外大同明军什么忙的！ 更何况之前大同明军就遭受过重创！ 故此大同前卫、大同后卫、大同左卫、云川卫、镇朔卫，这5支将近四千兵马的大同明军，经过交战后又折损去了部分兵马，迫不得已下明大同总镇总兵只能移镇到左安门，去关宁军阵地处请求支援。 后方的后金蒙古联军见状，则不断追击而来，在来到左安门时，袁督师见大同明军败退竟然毫不理睬，更没有采取援救措施，而是下令关宁军放箭朝前面阵营里射击。 使得满总兵被射中三箭，均插有「袁」字号的箭镞，毕竟后面还有敌军袭来，所以满总兵也顾不得追究太多。 也许是袁督师本身作为主和派，他先搞死主战派明东江总镇总兵：毛文龙，现如今又想借刀杀人除掉满总兵？也许又是后方敌军追击太近了他下令反击，不幸射中友军之举。 但不管怎样袁督师身为奸细的嫌疑都比较重。 而之前出城作战的部分京军见状，则赶忙前来协助大同明军，一起打击追来的东虏建奴与北虏胡骑，合力驱除鞑虏。 城外的后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，当见到京军们再次大规模出动时，且勤王明军正在靠近，而自己又不能成功攻城（也许是之前议和计划有变）因此后金天聪汗便利用在南海子俘虏的宦官传话，把袁督师私自议和乃至勾结后金的秘密公布出来。 也算是袁督师背信弃义的证据。 这也逼得袁督师哑口无言，只能反击了，他立即派出明广宁前屯卫百户：任守忠，以5百红衣火炮手与明延绥总镇总兵：王威、明宣大总督：魏云中、明宣府总镇巡抚：梁廷栋、明保定府巡抚：解经传、明河南总镇巡抚：范景文、明山东总镇巡抚：王建义，等各地勤王明军以及部分京军一起攻击后金蒙古联军于南海子。 由于5百个红衣火炮手是悄悄地潜往南海子布阵发炮的，因此在东虏中军帐四面开炮时，就让后金蒙古联军大乱。 后金天聪汗也考虑到明军勤王军队越来越多，而且后金蒙古联军们也抢劫够了，就移营出南海子后撤三十里地。 亲率后金劲旅的多罗饶余贝勒：爱新觉罗·阿巴泰、武英郡王：爱新觉罗·阿济格、固山贝子：爱新觉罗·思格尔，三部军队兵败，皇太极连忙让贝勒召开会议检讨，其中七哥阿巴泰被按军律削爵。 只见皇太极说道“女真语：阿巴泰在战前为了救儿子才没按预定计划作战，并不是怕战！本汗怎么可以定亲哥哥的罪呢？”
结果11月28日，双方罢兵休战一日，明毅宗信王崇祯帝：朱由检，再次于紫禁城乾清宫大殿内召见召；明辽东总镇经略：袁崇焕、明辽东总镇总兵兼征辽前将军：祖大寿、明大同总镇总兵：满桂、明宣府前卫总兵：黑云龙，等勤王军将领。 于是袁督师首先派遣明广宁前屯卫副总兵：张洪谟，等借着宣召之际趁机上奏谈论军饷之事？顺便请求本部关宁军入城驻守。 正好满总镇总兵见到关宁军代表后，也开始先发制人表示自己与东虏建奴鞑子交战中，因不敌而退守，在途径城南左安门时，关宁军竟见死不救，反而还向大同明军射箭？ 而箭头上恰好又刻有袁字，因此更让袁督师哑口无言！周边的文武群臣们又参了一本，上问道“督师因何罪状，竟私杀毛总兵？以至东虏寇关。”
然而袁督师一言不发。 紧接着明毅宗也询问道“卿为何袭击大同军？关宁军又为何一触即溃？朕不是给了全国70%的军饷，来给你养关宁军的，为何战力如此之差？”
以上这些话题袁督师都回答不出，更让明毅宗与文武大臣们认为其中有诈，纷纷向朝廷告状称“袁崇焕名为入援，却听任东虏建奴与北虏军队沿途劫掠焚烧民舍，却不敢前去阻拦，城外的外戚勋臣的庄园土地均被鞑子军队给蹂躏殆尽。”
因此便把袁督师给扣留下来，交由刑部与大理寺以及都察院三司审问。 还论功行赏给满总镇总兵等将领设宴庆祝，明司设监太监：车天祥，负责谕慰辽东都指挥使司的将士们。 另外还命满总镇总理负责总管各路勤王援兵，充当天下兵马大主帅节制诸将，明左军都督府右都督：马世龙、明辽东总镇总兵：祖大寿，则分理辽东军与关宁军。 12月初3日，明毅宗下令明司礼监太监：沈良佐、明内官监太监：吕直，负责提督京师九门及皇城四门，明司礼监左少监：李凤翔，总督〈忠勇营〉提督京营。 12月初4日，后金蒙古联军围攻顺天府固安县进行劫掠，明固安县知县：刘伸，见状连忙安抚百姓南逃去保定府雄县避难。 而此时负责勤王的明大同总镇总兵：满桂，勇猛敢战，他部下的降人有时搅扰百姓，满总镇总兵也不加惩办，结果明大同右卫副总兵：申甫，所率领的队伍中就有很多市井乡民，毫无军纪肆意骚扰百姓。 导致大同明军出于正义便镇压他们，夜间向他们的驻地射箭惊吓他们，还射死了许多无辜军民，被明顺天府监军御史：金声，汇报上去后，明毅宗也不追究满总镇总兵的过失。 此时在京畿北镇抚司诏狱衙门内，被关押的袁督师正由三司官员轮流审问着，其中以明兵部职方司郎中：余大成，认为袁督师胆敢作为此等事情，势必会与手下勾结，才能做到欺上瞒下，因此怀疑明辽东总镇总兵兼征辽前将军：祖大寿，是否也参与进来？ 还扬言道“如果不出本官所料，祖总兵可能在这三日之内，必定会反？”
而另一边各路勤王兵马正在南下，继续驱赶后金蒙古联军，但是眼下辽东军主帅却与明大同总镇总兵不和，导致双方指挥权混乱，反而一股清军趁机偷袭，使得辽东军以及关宁军大败。 果然不出所料，为了保住家丁以及面子，毕竟袁督师不在，祖总镇总兵就是领头人，再加上听闻官员说袁督师有勾结祖总镇总兵的嫌疑？因此一时冲昏头脑的祖总镇总兵竟与明辽东总镇副总兵：何可纲，私下商议真就带兵北撤了。 由于是临时通知的，故此辽东军与关宁军毫无组织的撤退，从通州三卫人踩人般的逃走。 此事很快就被明中极殿大学士：孙承宗，得知消息他连忙前去阻拦，并且上奏称“辽东兵溃约有1万5千人，自通州三卫南趋张湾，臣闻之，急以手札慰谕祖总镇总兵，并传檄三军，令明抚宁卫游击将军：石柱国，力谕诸将校尉，然将校们多垂泪曰；主帅已戮城上，又以火炮歼我，故逃避至此！臣思大寿危疑之甚，又以身贵不能受制同列，故乘吏卒惊疑，全军尽溃陷，人以自护，非诸将尽叛也，急宜敕关内、关外两道慰谕将领，解散士卒，大开生路以收人心。”
此事被明毅宗给批准了。 紧接着又急忙派遣明通州左卫都司：贾登科，带着自己的书信前去安抚祖总镇总兵，又派明抚宁卫游击将军：石柱国，继续安抚其它辽东军与关宁军将士。 但祖总镇总兵却依旧不为所动，而明中极殿大学士也认为袁督师有罪，却仍然上书皇帝陛下，请求力保祖总镇总兵，还说祖总镇总兵不会真的反叛。 于是又派人让祖总镇总兵上奏章说明自己为何往东溃逃？等奏折传上去之后，明毅宗非常不高兴，但也不责怪他，而辽东军将士大多出自明左军都督府右都督部下，因此明毅宗急忙传令明中极殿大学士移镇山海卫前去追赶。 就这样北撤的辽东军以及关宁军将领们，在听说孙大学士与马都督即将到来，这才安心回归。 亥时，后金天聪汗连夜传令在顺天府固安县停留的后金蒙古联军们集合起来，明日准备再次北上出击良乡县，给勤王明军来个回马枪。 同时经过北镇抚司锦衣卫的审问下，袁督师供出来了明东阁大学士：钱龙锡，这让他的死党明户部尚书：王永光，得知消息后随即就让自己提拔的明都察院江西道监察御史：高捷、明巡城御史：史褷、明都察院河南道监察御史：袁弘勋，一起上奏弹劾钱大学士私通袁督师罪责难逃。 这让钱大学士非常恐慌连忙解释道“崇焕初见陛下时，臣观其姿态语气，退谓同官此人恐不能胜任也！然崇焕以夸五年复辽论，往询方略，还称恢复当自东江镇开始，文龙可用则用之，不可用则去之，才造成突诛文龙事件，疏有臣低徊一语，臣念及文龙有功，朝端共知，因置不理，奈何以崇焕夸诩之词，坐臣朋谋罪？又辩挑激大寿之诬，今臣请赐罢黜。”