武昌即得，陈玉成率兵四千，再攻汉川，半日即克。翌日再击新沟，鏖战长江埠；延绥镇总兵杨昌泗不敌，四散而去。湖广总督杨霈惧，由德安退守随州。陈玉成再克应城、云梦。杨霈再遁枣阳。七日之内，连丢一府六城。咸丰帝怒斥杨霈昏聩，敕令西安将军扎拉芬、副都统常亮率兵五千，火速救援。军机大臣文庆进言：胡林翼，为官黔域偏僻之境，四载有余，誓不取官中一钱自肥，剿匪安民，黔地升平，宛若桃源，黔民奉为圭臬。其学与才、智与谋，荆襄无出其右者，宜当重用。咸丰帝纳文庆言，谕命胡林翼升任布政使，署理湖北巡抚；李孟群接任湖北按察使。即刻攻击武昌、汉阳，以分贼势。胡林翼作壁金口，接旨署抚，喜上眉梢，遂添船百余，募勇两千，湖南巡抚骆秉章亦援兵六百。胡林翼权柄在手，一时气振。李孟群道：“吾皇谕旨，攻武昌、汉阳，以分贼势。今已过一月，何时开攻？”
胡林翼道：“将在外君命有所不受，这点，你我皆不如曾涤帅。新募之勇，尚需砥砺，再练半月，即行开攻。”
半月之后，胡林翼、李孟群兵分二路，分攻武昌、汉阳。韦俊、钟廷生督兵率将，时而凭城坚守，时而率队出击，十日时间，斩杀参将恒泰、千总刘凝俊，击退胡李多次进攻。强攻不成，胡林翼调整部署，令王国才牵制汉阳，林翼自率主力，与李孟群、彭玉麟合攻武昌。彭玉麟率水师偷袭武昌鲇鱼套，一举击毁太平军师船二百余号。胡林翼亲率三千大军，再击金沙洲、白沙洲。韦俊东接西挡，水陆并阻，交战月余，韦俊渐渐不支，弃营入城，负隅顽抗。捷报至京，已是夜深，咸丰帝悦，出宫踱步，忽闻歌声，十一分之悦耳，遂驻足细品。侍寝太监道：“启禀吾皇万岁万万岁，歌者乃兰贵人，叶赫那拉氏，选秀入宫，已近三载。”
咸丰帝曰：“召兰贵人。”
兰姑娘婀娜而出，纤纤玉立，果然是如花之貌，斗舞之腰。咸丰帝悦极，一拥入怀；兰姑娘亦输万转之柔肠，了三生之夙愿。翌日，咸丰帝召恭亲王奕忻，曰：“胡林翼激战三日，肃清武昌水道外营，胡臣真乃将才。”
奕忻却泣。咸丰帝问故。奕忻跪曰：“母病已笃，意待封号以瞑。”
咸丰帝感念养母心慈，哦哦声里，亦已泪目。奕忻以哦起意，遂命礼部具奏请礼，晋封亲母康慈皇贵太妃为皇太后。咸丰帝愤然，即谕：恭亲王奕忻，于一切礼仪，多有疏略之处，着勿庸在军机大臣上行走。宗人府宗令、正黄旗满洲都统，均着开卸。并勿庸管理丧仪事务、管理三库事务。仍在内庭行走，上书房读书，管理中正殿等处事务。俾自知敬慎，勿再蹈愆尤，以负朕成全之至意。咸丰帝罢黜奕忻，擢用怡亲王载垣、郑亲王端华，二人不识汉文，端华遂荐其同父异母之弟——肃顺。咸丰帝召见肃顺，道：“曾国藩、胡林翼如何？”
肃顺道：“曾国藩，一迂讷书生，保湘楚半壁；黔驴之地，胡林翼匡而扶之。曾胡皆我大清可造之才。”
咸丰帝又道：“听闻肃门有七子，尔为孟尝君乎？僧格林沁、胜保围贼两载有余，屡攻不克，为何？向荣之于金陵乎？”
肃顺正色道：“吾皇明鉴，满人糊涂不通，不能为国家出力，惟知要钱耳！奴才朝思暮想，广纳贤言，誓为吾皇除此弊！僧格林沁、胜保试图以困毙贼，坐收其功，所以屡屡不克！金陵乃贼首盘踞，势必严防死守；江南地阔，贼逆四方扰动，向荣兵分将散，力不能专，所以僵战。”
咸丰帝道：“行军打仗，一靠气势，二仗军纪，三年无功，向荣馁矣！朕欲调吉尔杭阿帮办江南大营军务，吉尔杭阿若克得镇江，则取代向荣，再谋金陵，如何？”
肃顺道：“吉尔杭阿起于微末，奔走上海，联手诸夷，平定刀匪。此人忠勇灵动，定无负鸿恩。”
咸丰帝细品肃顺之身骨言行，皆异于常人，竟萌生几分喜欢。1855年4月14日，吉尔杭阿奉旨进抵镇江西，驻扎九华山，建军营二十余座，且谓余万清道：“吾平生最恨出尔反尔、见风使舵、闻风而逃之人，足下与忠义勇，务必一意杀贼，否即屠之。”
余万清惊惧，速禀向荣，又领忠义勇，以贼逆东顾、军情火急，连夜奔至京岘山，安营扎寨，广置警哨，心方稍安。向荣咨告余万清：吉尔杭阿初出茅庐，牛犊心思；镇江不破，江南不立。然世事玄妙，足下之忠义勇，务必谨小慎微；抚贼之策，切勿再施。余万清擅离，吉尔杭阿并未深究，谓虎嵩林、刘存厚道：余某万清，一言即慑，绝非将才！贼恃金山为犄角，以银山、宝盖山、烟墩山、金鸡岭为藩篱，佑护镇江。吾等自京岘山至象山江滨，挖濠筑墙，广置炮台；再将上海驶援炮船，移泊象山，与焦山艇船互为犄角，扼贼南北之联，两老兄以为如何？宜昌镇总兵虎嵩林道：“东北山麓，东制镇江，北窥金山，扼吭拊背，必即屯兵。”
江宁知府刘存厚道：“京口瓜洲，只一水间，吾领一军，夺银山，争金鸡岭，破瓜洲援贼。”
吉尔杭阿道：“吾即令余万清部出京岘山，击烟墩山、宝盖山，制贼东路。如此，镇江已水泄不通；有二老兄襄助，甚好甚好。”
刘存厚道：“余万清部，抚帅切勿轻视。”
吉尔杭阿笑曰：“余万清，一败再败之将，其下忠义勇，多长毛逆匪，乃出尔反尔之徒，岂能束手待之！其若痛改前非，吾必厚待；其若朝三暮四，必即诛杀！”
吉尔杭阿磨刀霍霍，咸丰帝甚慰，复谕僧格林沁、胜保：江苏抚臣吉尔杭阿，半载即破上海刀匪，二臣圈围林李孤逆两载有余，果在哪里？去岁七月间，僧臣曾奏：贼米麦渐缺，马草尤为短少。两岸套堤竣工，并将围堤冲决之处补筑。东面贼巢水深二三尺至四五尺不等，再将决口补筑，俟水势益深，该逆即难容止。惟河西地势较高，现因下游河水太小，不能浸灌。恐该逆蚁聚西岸，然究属一隅之地，设由西岸进攻，或易得手。今贼弃西连镇，西岸业已得手，套堤亦已合拢，僧臣还有何言托辞？此奏至今已七月有余，贼米、麦、草可绝？呜呼，朕之运河已灌连镇，朕之天水已淹六军，朕唯憾至今不见林凤祥贼逆之首！僧格林沁接旨，谓降将詹启纶道：“林贼尚可战乎？”
詹启纶道：“吾归降之时，手已不能执戈，已是至饥；今又困围三月，早无缚鸡之力。僧帅奋力一击，必能大获全胜。”
僧格林沁道：“林逆百战成精，焉有如此好事！吾令汝之麾下谓毛勇，汝恨乎？”
詹启纶道：“吾等待死之人，幸蒙僧帅提挈，爱之极，何有恨！僧帅治军公廉无私，与士卒誓同甘苦，爱庶民亦如己子，部曲诚服，劳而不怨；林等被困二载，前无救兵，后无援军，粮缺资匮，兵颓将废，已如深秋之僵虫。”
僧格林沁道：“非吾心恨，明儿汝即阵前杀敌，做给吾看。僧某无他，唯恨不公不平。吾等立身于天地间，上不辜皇恩，下无负庶民！传吾将令，全军各营，三更做饭，五更开攻，贼巢不破，林贼不擒，誓不撤队，后撤者立斩！吾若后撤，人人可诛！”
林凤祥四面受敌，竭力厮杀，然多日未食，力不能支，匿身地窖，自杀未遂，被僧生擒。咸丰帝闻，加封僧格林沁为博多勒噶台亲王，赏朝珠一盘、四团龙补褂一件。着即南下高唐，擒杀李开芳贼逆。犒赏僧毕，咸丰帝又斥：胜保顿兵高唐城下，不但不能克日进攻，直至该逆出入不能防，殊堪诧异。该逆每扑一处，马队总被冲散，兵勇总有伤亡，甚至大营之后亦被任意冲扑，准备毫无，可见所称昼夜列队悉力合围者，全系虚应故事。攻既不能，围又不密，劳师靡饷，坐令穷寇稽诛，胜保等玩误之罪，断不能曲为原宥也。着即遣京治罪。李开芳闻林军全没，再不坚持，突围而出，南驰五十里，至冯官屯，正待埋锅做饭，僧格林沁督军赶至，僧见冯官屯旁有汊河，直通徒骇河。即刻飞咨山东抚臣，于上游聊城地方，挑开运河，引水漫淹冯官屯。李开芳偕四百残兵，皆于没膝水中，再无搏杀心思；胆怯者甚已束手就擒。开芳将计就计，令一百悍士诈降，冀里应外合，逃出升天。僧格林沁识破，先杀诈降之兵，复诱李开芳出屯，围而擒之。咸丰帝喜泣，道：“僧格林沁亲王不辞劳苦，拿获林李二贼，国之柱石矣！朕京畿之三万精兵，汹汹南下，洪杨逆贼，何愁不灭！且看官文、曾国藩、胡林翼、扎拉芬杀贼。僧格林沁亲王听旨，南方一有波折，即刻倾兵而下。