王重阳的修行思想以道教为主，但同时容纳儒、佛两教。他在对待三教的关系上持开放宽容的态度，认为三教有互相交融兼摄之处。经常被引用的七言律诗《孙公问三教》就反映出这方面的思想：“儒门释户道相通，三教从来一祖风。悟彻便令知出入，晓明应许觉宽洪。精神炁候谁能比，日月星辰自可同。达理识文清净得，晴空上面观虚空。”
此诗首两句“儒门释户道相通，三教从来一祖风”就简单认为王重阳是“三教合一”的支持者。后两句“悟彻便令知出入，晓明应许觉宽洪”就清楚地表达到如果能够悟彻三教，就会明白他们之间是有所不同（出入）的，故此需要以宽容的态度来对待这些差异。这反映出王重阳在此诗的重点在于回应三教关系应该如何处理，三教之间虽然有相互契合之处，但亦有不同之处，在此诗中他并非认为三教是纵摄为一，反而是互有异同。在另一首诗《问禅道者何》里，王重阳认为道佛二教在修行上可以互相兼通。在《答战公问先释后道》一诗中，他亦认为道、佛二教“是一家。值得注意的是，上述关于王重阳谈及三教关系的诗都是出于回答人们询问而写。这显示出王重阳愿意在回应外界的请教时，表现出对儒、佛二教抱持开放的包容态度。他尽管对儒、佛二教的修持表示认同，但其宗教身份认同及修练方式均以道教传统为根基。而全真道亦不像后世三教合一的思想般，分别从儒、佛、道三教各取部分思想教理合为一教，而是一直都以道教教理及修持为宗教实践的主体，如主张内丹修练及性命之学以致成仙。《重阳立教十五论》《第七论打坐》提到的境界是“虽身处于尘世，名已列于仙位。不须远叅他人，便是身内圣贤。百年功满脱壳登真，一粒丹成神游八表。”
《第十二论圣道》亦云：“入圣之道须是苦志多年，积功累行。高明之士、贤达之流方可入圣之道也。身居一室之中，性满乾坤。普天圣众默默护持，无极仙君冥冥围绕。名集紫府，位列仙阶。形且寄于尘中，心已明于物外矣。”
可见王重阳终极的宗教修练追求仍然是以道教传统的登真成仙为目标。此外，金源涛在《终南山神仙重阳真人全真教祖碑》中虽然记载“真人劝人诵《般若心经》、《道德》、《清净经》及《孝经》，云可以修证。”
但他亦将王重阳与佛教达摩及儒家的子思相比，视他为发扬道教义理的真人：夫三教各有至言妙理，释教得佛之心者，达么也，其教名之曰禅；儒教传孔子之家学者，子思也，其书名之曰《中庸》；道教通《五千言》之至理，不言而传，不行而至，若太上老子无为真常之道者，重阳子王真人也。其教名之曰