第五十八回 战后恢复世界危机得到解除，皇帝也躲过一劫，知道了无疆一行人的事迹后，慷慨地免除了贾府的罪过，并将抄没的财产还给他们，恢复京城联盟道馆馆主的地位。加封无疆为正一品龙骧将军，无疆婉拒了这个官职，认为自己还有更重要的事情，不想被宫廷束缚。皇帝答应他，不用每时每刻在宫廷任职，在需要的时候出手即可，仍然能领俸禄，贾府重新繁荣起来。皇帝毫不留情地把史鼎和史鼐打入大牢，但史府却没有衰亡。湘云的英勇表现世人有目共睹，被加封为正一品鹰扬将军，成为史府新一代领导人，带领史府上下改头换面，和电系神奇宝贝一起伸张正义。才过了一天，贾府收到求救信，是二姐姐贾迎春写来的。在贾府没落时，为了让她避祸，嫁给了小官孙绍祖。孙绍祖不但淫乱还霸道，将迎春的神奇宝贝全部扣押，时常虐待她。她听闻贾府复兴，第一时间求救。无疆听了火冒三丈，不顾伤痛和劳累，第一时间赶到孙家，只用霹雳瓜一只神奇宝贝，打败了孙绍祖全部六只，狠狠教训了他。把迎春和她的神奇宝贝救回了贾府，仍回到原来的住处紫菱洲继续修炼。第五十九回 二宝成亲果然如真人所说，仪式后宝玉和宝钗相处得越来越融洽，形影不离，十分恩爱。这段感情在父母眼中，毫无疑问是天造地设的一对。于是在薛姨妈、王夫人的操办下，两人定好良辰吉日准备举行婚礼。婚礼当天，荣国府张灯结彩，无疆心里又高兴又难过。高兴的是宝钗和宝玉在一起很开心，难过的是和宝钗结婚的不是自己。即便这个结果是拯救世界必要的牺牲，但还是不忍心看到自己心爱的宝姐姐和其他人成亲。无奈之下，他为了转移注意力，发起了对第七个道馆——钢系道馆的挑战。钢系道馆位于宁国府，由玉字辈最年长的贾珍，和他的儿子贾蓉担任馆主，同样是双打对战的形式。贾蓉的神奇宝贝是三合一磁怪、大嘴娃和波士可多拉，贾珍是金属怪、大钢蛇和雷吉斯奇鲁（钢神柱），同样是拥有神兽的训练师。无疆苦战大半天，陷入劣势，在绝境中化石桃进化成了岩石桃，虽然属性仍是劣势，但学会了“地震”，让雷吉斯奇鲁无法应对，败下阵来。无疆得到了钢系徽章，和道馆专属技能机器“铁壁”，此时他已经精疲力尽，回到岁凛轩，不顾外面婚礼的吵闹，昏睡过去。第六十回 黛玉焚稿在无疆昏睡的时候，黛玉已经病入膏肓。她虽然卧病在床，却也知道不对劲，之前宝玉每天来探望她两三次，他外出平息战乱以后，对他的关心越来越少，只在回家时来探望过一次，而且变得十分生疏。紫鹃担心黛玉，离开潇湘馆打探消息，发现宝玉竟然和宝钗结婚了，虽不想告诉黛玉，但在一次次被逼问下还是说出了实情。黛玉万念俱灰，她根本不知道仪式的事，只觉得是宝玉变心了。从行囊里拿出一本册子，里面是自己和宝玉每一场华丽大赛的记录，和各种招式技巧的心得，尤其是神秘训练师白影的资料，本想用这本册子和宝玉一起参加华丽盛典，但已经没有希望了。于是用铜炉把册子烧毁，昏倒在床，香消玉殒。黛玉断气后，意识并没有消失，她看见一位身穿黑纱裙，美丽却凶恶的仙姑从天而降，手持残破的黑暗圣石，她说：“凡是带着怨念死去的人，都将成为暗夜团的一员。你被辜负的是如此之深，怨念是如此之强，加入我吧，在黑暗圣石的帮助下，你将成为全暗夜团，不，是全世界最强的战士，让辜负你的人付出代价。”
黛玉心中的怨念被彻底激发，她的肉体被埋葬了，但灵魂加入了暗夜团。四头领都是这样被黑衣仙姑蛊惑的，秦钟因为偷情被发现而病死，贾瑞自作自受被王熙凤的“相思计”杀死，秦可卿和贾珍的丑事被发现后上吊，瑞珠追随秦可卿而死。但他们的怨念都没有黛玉强，现在暗夜团最强的战士正在杀回贾府，大战一触即发。第六十一回 林黛玉再临潇湘馆 薛宝钗二挫暗夜团黛玉忽然从天而降，回到了自己曾经的住处潇湘馆，派出尼多后大肆破坏，尼多后的力量比黑化之前大增，光是一只神奇宝贝就快要摧毁大观园，黛玉指名道姓要与宝钗决战复仇。但此时宝钗和宝玉正在新房里，见她来势汹汹，贾府道馆馆主们和四天王立刻应战。虽然人多势众，但黛玉丝毫没有畏惧，她派出了没有战斗能力的基拉祈，说道：“拜你们所赐，我在绝望中死去，现在也让你们尝尝绝望的滋味！”
基拉祈使出了“愿望破灭”，所有在场的神奇宝贝陷入深深的绝望，不愿意战斗。众人没办法，赶忙去叫宝玉和宝钗，此时宝钗仍然深爱着宝玉，面对挑战不能无动于衷。于是和黛玉展开对战。黛玉的神奇宝贝虽然从没有对战过，但在黑暗力量的加持下，变得残暴无比，宝钗用暴鲤龙对战尼多后，太古龙蝎对战胖丁，雷电兽对战巴大蝴，靠着属性优势勉强能打个平手。双方各剩下最后两只神奇宝贝，黛玉的沙奈朵已经是最终形态，宝钗的奇鲁莉安不知为何还没有进化，完全不是对手，被打得奄奄一息。此时宝钗的行囊发光了，在史府得到奇特的石头，竟然让奇鲁莉安进化成了从未见过的神奇宝贝——超能斗士艾路雷朵，用“近身拳”击败了沙奈朵。黛玉终于派出了王牌水箭龟，宝钗拿出妙蛙花应战，没想到水箭龟将水系的招式全部遗忘，学习了“暴风雪”、“极光线”、“冷冻光线”这些冰系招式，专门为了克制妙蛙花。双方缠斗在一起，任何人眼中都是极其激烈的战斗。然而只有黛玉和宝钗知道，这只是热身。破碎的光明和黑暗圣石，还有一个作用，就是充当超级进化的钥石。双方分别进化成了超级水箭龟和超级妙蛙花，使出“暴风雪”和“硬化植物”一击定胜负。双方的力量是如此之大，哪怕是传说神奇宝贝之间的角逐也只能望其项背，招式的威力甚至影响到了训练师——疯狂生长的植物将黛玉捆起，漫天飞舞的大雪将宝钗淹没。这就是判词中的“玉带林中挂，金簪雪里埋。”
最后，硬化植物的威力更胜一筹，又是相同属性的加成，打败了本不是冰属性的水箭龟。宝钗获得胜利，暗夜团的计划再次破灭。第六十二回 宝玉苏醒宝钗用圣石的力量，超度了黛玉，黛玉摆脱了暗夜团的控制。最后说出了遗愿：自己因为怨恨失去了理智，加入暗夜团罪有应得，但神奇宝贝是无辜的，希望它们不要带着这种回忆失去主人。她留下神奇宝贝球和所有的缎带勋章，便魂飞魄散了。宝玉看着这些神奇宝贝球，一下子愣住了，之前和黛玉一起参加华丽大赛的场景一一浮现在眼前，想起了黛玉才是自己的爱人，现在爱人去世，他无法接受。捂着头开始发狂，还不断指责身边的宝钗杀了黛玉。他从神奇宝贝球中放出了雪拉比：“雪拉比！你不是有着操控时间的能力吗？请让时光倒流吧，回到黛玉还活着的时候，求求你了！”
但此时的雪拉比已经失去这个能力，根本无法做到，宝玉一脚把雪拉比踢开。宝钗此时还没找回记忆，认为自己的行为惹怒了丈夫，心如刀绞。在一旁的无疆再也看不下去了，自己如此珍视的宝钗竟然受此诋毁，义愤填膺，提出要与宝玉决战。并说：“如果只有打败你才能让你清醒，那我别无选择！”
宝玉虽然在战斗方面很有天赋，但无疆经过这一系列事件也成长了不少，他这时不再想着训练神奇宝贝们，而完全为了击败宝玉。于是使用了属性克制战术，获得了压倒性的优势，宝玉引以为傲的王牌喷火龙，被岩石桃的“尖石攻击”一击毙命。无疆收回神奇宝贝，说道：“贾府是世代训练师的家族，出了许许多多的‘天才’，我只是一个普通得不能再普通的训练师，但却能一次又一次击倒天才们，正是因为我对自己的选择从不后悔，才能越来越强大。宝玉你选择了华丽大赛，选择了黛玉，后来又选择了宝钗，现在又后悔自己的选择，难道伤害的人还不够多吗？你这样无论有多少天赋，都不能成为出色的训练师，或者协调家！”
无疆的一席话点醒了宝玉，他感到无比惭愧，但斯人已逝，现在唯一能做的，就是完成爱人林黛玉的遗愿。他向家族请罪，准备离开贾府，带着黛玉的五只神奇宝贝，前往华丽盛典！第六十三回 警幻魔女孤注复仇荣国府 京城联盟齐心三挫暗夜团无疆和宝玉战斗刚一结束，只见天空变色，大团乌云聚拢，乌云正中央站着黑纱裙仙姑，她自报家门：“我是太虚幻境警幻仙姑，也就是暗夜团的创始人。可恶的贾府，你们三番五次破坏我的计划，今天要与你们同归于尽！”
她本是一位小仙，掌管的太虚幻境，因情而死的男女都会回归那里。后来她发现，带着怨气死去的灵魂，都具有强大的战斗天赋，于是收集邪恶的神奇宝贝供他们训练，成为向人间复仇的工具，组成暗夜团。为了得到更强的训练师，她还创造了“薄命司”，改变少男少女的命运。等到麾下有了几位强力的手下，她开始染指人间，四处寻找凡人中的地痞流寇、死囚逃犯，作为部下，由头领训练师带领，在全国各地作恶，最终为了唤醒传说中神奇宝贝黑暗豆，统治世界。黑暗豆被打败后，她一计不成又生一计，企图用林黛玉的力量复仇，但又失败了。此时她已经失去理智，将全部黑暗力量聚集在自身，变成了堕落的极恶魔女，双手和口中都能发射黑色的光波，将本就破败的大观园进一步毁坏。她一边破坏一边得意地狞笑：“现在的你们的神奇宝贝都被‘愿望破灭’所影响，几位可恶的少年训练师，都自相残杀，已经没有了战斗力，无异于待宰的羔羊，受死吧！”
“你错了！还有我们！”
说话的是薛蝌，话音刚落，几位更年轻的训练师站了出来，邢岫烟、李纹、李绮、薛宝琴、以及临时赶到的史湘云，都是海棠神奇宝贝联盟的成员。史湘云指着她说道：“你以为贾府的训练师，只有他们几个吗？让你见识见识我们新一代的厉害！”
五个人的神奇宝贝同时攻击，威力成倍增长，警幻仙姑的黑暗力量完全不是对手，被打得魂飞魄散。暗夜团终于被消灭。在战斗之后的贾府冠军府里，三个女子身影站在贾政身前，其中一人问道：“父亲，为什么到最后你还不让我们出手，您对海棠神奇宝贝联盟这么有信心吗？”
贾政摇摇头说：“这不在我预料范围内的，但比起大观园被破坏，你们的身份更为重要。在第一个挑战者出现之前，绝对不能暴露自己的全部实力，否则违反了朝廷的规定，可能会 收回你们的身份——四天王。”
“明白了，父亲。”
贾迎春、贾探春、贾惜春点头回答道。华丽大赛特别篇最终回 华丽盛典宝玉带着执念苦练组合技，带着黛玉的神奇宝贝们，报名参加京城的华丽盛典。然而迄今为止已有14枚缎带勋章，对任何协调家都是难以企及的数字，但要参加五个组别的盛典，仍然差一枚。一筹莫展之际，蒋玉菡找到了他，将黛玉多年前放弃的缎带勋章还给了宝玉，宝玉终于能参加所有比赛。强壮组、聪明组、美丽组和可爱组，虽然高手如云，宝玉靠着组合技取得了压倒性优势，领先5分以上。但帅气组遇到了未尝败绩的对手白影，此时他的甲壳龙已经进化到最终形态——暴蝾螈，使出了龙系的组合技。水箭龟的分数一直被压制。然而在最后一回合，它使出了“绝对零度”，让暴蝾螈无法表演。水箭龟在贾宝玉的训练下，掌握了冰属性最强技能，破坏了白影组合技的计划。宝玉拿下所有组别的花冠，成为了有史以来最具传奇色彩的协调家。这时白影摘下面具，竟然是北静王！他坦言自己一次次傲慢地嘲讽宝玉，就是为了促使他更快进步。只有出现宝玉这样的一位名垂千古的协调家，才能真正让华丽大赛成为朝廷也接受的比赛，贾宝玉做到了，凭借着一己之力为华丽大赛正名。然而，面对北静王的高官厚禄。宝玉丝毫不感兴趣，既然完成黛玉的心愿，此时的他已经对凡尘俗世没有一丝牵挂。茫茫大士早已料到有这一天，于是帮助他剃度出家，回到京城拜别贾政后，成为五台山的一名僧人。第六十四回 陌路贾政把宝玉出家的消息带回贾府，无奈从族谱中除名，贾府上下每个人都十分叹息，尤其是宝钗。此时的她尚未清醒，误以为自己的不贤惠让宝玉变心，陷入无尽的自责中，薛姨妈让她服用大量冷香丸压抑情绪。无疆看在眼里急在心里，想帮她恢复记忆，然而，却受到百般阻挠。在封建的社会，女子改嫁对贾府、薛府都是不光彩的事，他们知道无疆的心意，更不能让她和宝钗见面。宝钗压抑情绪后，薛姨妈带着她没日没夜地训练与战斗，成为了没有感情的训练师，在如此高强度的训练下，她的神奇宝贝实力与日俱增，势如破竹地取得最后两枚徽章，成为了新京城联盟的第一位挑战者，迎战贾元春为首的四天王。她们是贾府特别培养的训练师，从出生开始，肩负的任务就是成为四天王，拥有着水、草、火、龙四个属性绝对的天赋。不仅专门配备了最初的神奇宝贝，还在成为天王后，获得皇帝亲赐的神兽，代表着京城顶级水准。然而，宝钗连续打败她们，最后在冠军府与贾政决战，同样获得了胜利。宝钗成为了新一任冠军，同时也继承了贾政的神兽——坚土柚。完成“好风凭借力，送我上青云”的豪言壮志。和宝钗平步青云不同，无疆深知自己无法与家族抗衡，自暴自弃，每天在岁凛轩睡觉，好几天都不让神奇宝贝训练，渐渐堕落下来，与宝钗差距越来越大。