虽然杜兰作为老师忽悠自己的学生作弊相当有违师德，不过现实情况如此。要么明日香放弃驾驶员的身份，要么就接受现在万年老三的排名，要么就作弊，没太多的选择。 放弃身份和接受排名这两个选择对明日香来说并不好，因为不管哪一个都可能让她失去生命，毕竟seele不养闲人。明日香虽然是高价制造的克隆人，但没有作用的话一样会被淘汰。这就是残酷的现实，甚至只要seele完成傀儡系统的开发，所有驾驶员都要淘汰。 驾驶员是十五年前的老黄历了，随着科技的进步，时代的发展，新的技术日新月异，有无人驾驶，谁还用有人驾驶呢？ 为了体现自己的价值，作弊可以说是明日香的唯一选择了。她认为杜兰没说错，但她听不懂什么叫觉醒？ 少女茫然地看着老师，希望老师能解释一下。 “出卖灵魂，把自己变为使徒。”
杜兰解释觉醒就是这个意思，就是觉醒成为使徒，不做人了。 “？？”
少女震惊了，这确实是没想到的发展。这种作弊方式的代价也太大了，要是被神经元发现的话，那被歼灭的就是自己了。 “淘汰是死，觉醒亦是死，觉醒可乎？”
杜兰一本正经地告诉明日香，不管怎么选都是死，还不如搏一搏，或许会有意外的发展。 少女很纠结，老实说这确实太夸张了，远远超出一个少女的承受能力。本应该是花一样的年纪，但却要面对生死的抉择。连大人都不一定能果断选择，更不要说十来岁的女孩了。 “其实也不一定会被发现，使徒的光谱分析虽然是蓝色的，但我们有办法掩盖。只要你答应，那么你的同步率就能超越碇真嗣，你就能证明你自己的价值，证明神经元没了你，就不可能成功。如何，考虑一下。”
杜兰循循善诱。 明日香还在纠结。 “就这么决定了。”
杜兰帮少女决定了：“你既然没有立刻拒绝，那就说明你在权衡利弊，但这种事情不落实的话，根本不知道未来会如何发展。与其担心自己被淘汰出局，不如搏一搏单车变摩托，这个时候要相信自己的直觉，而非理智。”
说完杜兰拿出了一颗红蓝色的胶囊药丸递给明日香，说道：“吃下去吧，吃下去你就会知道这个世界有多么广大了。”
明日香深深地看了这个与众不同的老师，最终做了决定，吃下了药丸。药丸一下肚，就感觉身体里有什么东西松动了，一双眼睛变为金黄，世界都变得陌生了。 其实药丸里是一个小型的s2机关，也就是生命果实，是人类不曾拥有的力量，现在明日香就是一个小使徒。 “很好，以后你的同步率就会一点点升高，最后就会超过碇真嗣同学。”
如果一下子升高就太突兀了，太不科学了，如果一点点升高就没问题了。 明日香感觉好极了，那么接下来的三号机启动试验正好可以试试看。明日香被选中成为了三号机的启动驾驶员。 启动试验一般都很危险，因为初号机和二号机的启动试验都是直接把驾驶员吞了。明日香虽然并不知道这些历史，但也知道启动试验不是一般的试验，并不能确保百分之一百的安全。她想到自己肯定是被抛弃了，不然不会选择自己做这种危险的事情。 心态不太好，不过现在明日香已经觉醒，所以肺腑一番后就决定一定要让所有人都看看自己的实力。不就是启动试验么？她就要让三号机动起来。 在tv版本里三号机的驾驶员是碇真嗣的好基友铃原东治，剧场版里换成了明日香。不过结果都差不多，都是三号机被使徒侵蚀暴走。初号机迎击，但碇真嗣却不想伤害朋友，最后碇源堂启动傀儡系统打碎了三号机，最后甚至咬碎了插入栓。 杜兰认为碇真嗣根本没有必要拒绝，因为他一拒绝，事情就会变得更糟糕。本来他要是控制一点，插入栓至少不会被咬碎。 当然也可能是少年根本没有控制战斗损失的能力，没学过，或许少年出手造成的破坏比傀儡系统还大。 总之现在二号机被封存了起来，明日香要去驾驶三号机了。 插入栓里的明日香只感觉一阵强有力的推背感，就被使徒推着进入了意识的深处。光谱分析变为了蓝色，三号机被定义为了使徒。 “是侵入型的使徒？”
赤木律子立刻怀疑三号机已经被入侵了，使徒就在三号机体内。 葛城美里紧张地说道：“弹出插入栓。”
程序启动，但插入式卡在半路，因为三号机的盔甲之间长出了皮肤一样的胶质物，拉住了弹射仓，插入栓就卡在脖子后面，弹射不出来。 “明日香？”
葛城美里立刻知道少女要危险了，因为现在少女的各种数据都中断了，根本不知道她是不是还活着。 咻，三号机脑袋顶上出现了光环，并且挣脱束缚朝第三新东京市逼近。 “迎战吧。”
司令严肃说道，三号机头顶的光环让他有很不妙的感觉。使徒不应该有光环，只有亚当才应该有。eva觉醒的话也有，因为eva基本都是克隆亚当而来，所以觉醒的话也能冒出光环。 难道说不是使徒，而是三号机觉醒？可是怎么会如此？完全想不明白。 初号机出击，不过碇真嗣并不知道自己即将面对什么样的对手。等到他看到从夕阳中漫步而来的三号机时，直接就傻眼了，因为这不是eva么？怎么这次的敌人是自己人么？而且如果他没记错的话，这应该就是明日香做启动试验的三号机吧？ “到底是怎么回事？明日香还好么？”
这个时候少年其实已经看到卡在脖子后面的插入栓了，但碇真嗣还是不死心地问了一句，或许明日香并不在里面。 “这些你不需要知道，你面前的是敌人。”
碇源堂冷酷地对自己的儿子下达命令：“你的任务就是消灭敌人。”
“可是，爸爸，明日香在里面吧？”
碇真嗣表示里面可是有美少女啊，拳脚无眼，他怎么能对美少女出手？ 碇真嗣怜香惜玉，但三号机可不会。咻，直接进行攻击，手臂伸长，就好像是吃了橡胶果实一样，一把掐住初号机的脖子，把它按在山坡上。 碇真嗣很难受，但还是没反击，甚至都没有张开at力场，他只是绝望地喊道：“明日香，你听得见么？”
他相信只要明日香听得见，那一切还有挽回的余地。 不过回应少年的，只有无言的掐脖子。在旧剧场版的最后是碇真嗣掐着明日香的脖子，现在反过来了，是明日香掐着碇真嗣的脖子，真的是天道好轮回，苍天饶过谁。