北宋朝廷派在歙州的守将，名叫郭师中。因郭师中武艺超强，在东南诸将中，勇不可挡，老虎见了都犯愁，故此有“病关索”之绰号。病关索郭师中闻听方腊起事，且攻占了清溪、睦州。早已气愤填膺。现在，得知方腊部将鼓噪而来，要攻占歙州，顿时焦躁起来，忙调遣兵力，统兵出城，迎击方腊南军。方腊军擂鼓前进，郭师中迎面而来。两军甫经对阵，方腊军中，忽然突出一班披发仗剑的人物，将剑向空一指，随即横剑齐向官军，并力冲入。因承平已久，官兵本不知战，更提防不住方腊军有妖法，哪个敢去拦阻？霎时间旗乱辙靡，如鸟兽散。郭师中见状，禁遏不住。混乱中，于乱军中驰马冲过来一南将来，大叫一声：“看刀！”
咔嚓一下，砍郭师中于马下。可怜有“病关索”之称的郭师中，顷刻间，并一命呜呼了。南军潮水般冲往歙州。留守歙州官军，见主将阵亡，大惊失色，不战自溃，眼见得歙州被陷。占领歙州后，吕师囊留兵驻守，遂又率部，挥军东进。吕师囊部，兵锋所向，势不可挡，连克富阳、新城，兵临杭州城下，将至城郭壕边，威逼北宋浙江统治中心杭州。杭州乃是北宋两浙路的首府，又是造作局所在地，也是朱勔曾经的收刮花石纲指挥中心之一，聚集着大批官吏和富商、地主。因战略要地，且繁花锦绣，故此，杭州城城郭阔远，人口稠密，北依旱路，南临大江，西面皆湖，守备甚是严谨。吕师囊部聚集杭州城下，做攻城准备。为协助吕师囊攻克杭州城，方腊急派皇太子方天定率部驰援，会同吕师囊部，共同围困杭州，伺机攻克。方天定率两万兵马星夜疾驰，于杭州城下，与会同吕师囊汇合。两人暗自设计，来攻杭州。杭州知州赵霆，登城西望，遥见寇来如樯，已是惊慌得很。赵霆正在遥望中，猛然见方腊军阵中，冲出几个长人，约高丈许，首戴神盔，身披氅衣，左手持矛，右手执旗，面目狰狞可怕。那赵霆顿时吓得魂不附体，惊慌错乱。其实这种长人，统是大木雕成，中作机关，用人按捺，所以两手活动，远望如生。赵霆胆小如鼷，晓得什么真假，当即下城还署。知州府中，赵霆心神不定，踌躇起来。踌躇了一阵后，赵霆拿定主意。三十六着，逃为上着。赵霆竟收拾细软，挈了一妻一妾，趁着城中惊扰的时候，改装出衙，一溜烟地奔出城外，自顾自逃命去了。杭州置制使陈建，廉访使赵约，见贼军围城，忙趋入州署，想与赵霆会商守御事宜，不意署中已空空洞洞，并无一人。两人见状，急得跌脚；无奈之下，慌忙退出署门。此刻，方腊匪党已打破城门，一拥入城，攻往知州府。陈建、赵约刚从知州府署门出来，正迎面碰着鼓噪而来的贼军，逃避不及，双双被缚。不多时，方腊随后军也进入杭州城中。前军献上陈建、赵约。方腊下令，将陈建、赵钧斩首示众。陈建、赵约遂被斩首，头颅挂于城门之上。方腊那厮煞是凶狠，既入城中，令党羽遍捕官吏。方腊匪军遂全城搜捕，统共获得若干名，一一绑在州署门前。方腊高坐堂上，置酒纵饮。方腊放眼看到绑在州署门前的官吏，遂传令道：“朕饮一盃，你等将所获官吏杀一人，可斩首，可刀剐，务要有趣方好。”
随即，方腊于大堂上纵酒。方腊每饮一盃，兵士从绑在署门前官吏群中推出一人来，或斩首，或刀剐，变着法儿杀人，最凶的是不令全尸，或脔割肢体，或剜取肺肠，或熬煮膏油，或丛镝乱射，备极惨酷。方腊见状，兴奋异常，高声说道：“就是这般！朕即上位，就是要为民除害，如此这般，方足纾公愤。”
也是朱勔惹了众怒，百姓见状，皆高声叫好，全无怜悯之情。方腊又下令党徒，四处纵火，满城屠掠，除有姿色的妇女取暴婬乐外，满城军民，多半杀死，直杀了六日方止。除此之外，方腊还令众匪收刮钱财，以备军资。吕师囊得知方腊已进入杭州，遂前来觐见方腊。吕师囊望方腊致礼后，禀道：“吾主在上，臣有所言。”
方腊看了眼吕师襄，说道：“有话就讲！”
吕师囊便奏道：“吾主在上，朱勔作恶，皆是奸臣蔡京使坏；正是那蔡京提携了朱勔，使得朱勔为害俺江南地方。臣闻蔡京祖上坟茔即在杭州，可派人寻找，挖出那厮祖上遗骨，暴于光天化日之下，以泄民愤。”
方腊闻奏，大为赞许，遂派兵士，寻找蔡京祖坟。方腊党徒，多方打探，寻找到了蔡京祖坟，七手八脚，捣毁了蔡京祖上坟茔，挖出了蔡京祖上遗骨，抛洒于街，算是泄愤。杭州既破，东南大震，告急警报，有如雪片，飞投京中。时任宰相乃是刚刚排挤了蔡京的王黼。此时王黼与童贯串通一气，正准备着按与金人达成的约定，整师北伐，收复云燕十六州呢，故此无暇顾及小寇。那王黼怕徽宗见责，竟将警奏搁起，并不上奏。因此，江南方腊匪患，深居宫中的徽宗皇帝，并不知情。时有淮南发运使陈遘，来京办事，见匪情急矣，宰相王黼尚遮掩隐瞒，心中激愤，遂避过王黼，进入宫中，直接奏陈徽宗。至此，徽宗乃始知此番乱事。徽宗既闻陈遘奏报，大吃一惊，急令童贯为江、淮、荆、浙宣抚使，谭稹为两湖制置使，王禀为统制，分率禁旅，即日南下。又因陈遘疏中，谓浙兵无用，须调集外旅，速平匪乱。徽宗深以为然，乃复飞饬陕西六路精兵，同时南征。于是边将辛兴忠、杨惟忠统熙河兵，刘镇统泾原兵，杨可世、赵明统环庆兵，黄迪统鄜延兵，马公直统秦凤兵，冀景统河东兵，六路兵马，共归都统制刘延庆节制。总计内外各军，调赴东南，约得十五万人。各军陆续南下，免不得费时需日。至童贯等率兵抵达金陵，已是宣和三年孟春月中。这时，方腊转陷婺州，又陷衢州。衢州太守彭汝方被执，押至方腊处。不待方腊审问，彭汝方开口便骂，左一个贼，又一个寇，怒骂不休。方腊大怒，令将彭汝方斩首示众。彭如方遂被南军兵士拉出大厅，斩首示众。没过几日，方腊军又攻陷处州，缙云尉詹良臣率数十人出御，为贼所擒，诱降不屈，也被杀死。随即，方腊嗣令杭州守贼方天定引众六万，陷崇德县，转攻秀州。方天定得令，率南军六万众，在攻陷了崇德县后，又驱兵马，来到秀州城下，将秀州城团团围住，昼夜攻打。幸亏秀州统军王子武，果敢善战，号召兵民，登陴力御，斗大的秀州城，兀自守住，未被南军攻破。童贯率军抵达金陵，稍事休整，留偏将刘镇把守金陵，他率军急进，抵达镇江后，闻知秀州被围，急檄王禀驰援，去救秀州。正巧熙河将辛兴宗、杨惟忠亦领兵到来，两路军遂夹攻方天定，方天定支持不住，只好退走，秀州解围。方腊东攻不克，转图西略，连陷宁国、旌德诸县，官军被其牵制，又只得分军西援，一时顾不到浙西。童贯率兵，到了苏州，知道花石纲引起的民愤太大，立刻私自用宋徽宗的名义，下了一道诏书，承认错误，并且撤销了专办花石纲的“应奉局”，把朱勔撤职。 东南的百姓看到朝廷取消了花石纲，徽宗皇帝也下了罪己诏，承认了错误，罢免了朱勔，总算是出了一口恶气。这时候，童贯使用了和谈与征剿两种手段，先是派人到方腊那里下降书，承诺只要方腊投降朝廷了，保证不杀，并给予一定的官职；另一方面整顿战备，准备进剿方腊。信使打出了写有“信使”二字的三角旗，一路寻至方腊行营，下了招降书。那方腊全不似水泊梁山的宋江。对朝廷的招安，方腊严词拒绝，将招降书唰唰几把撕成碎片，掷于地上，喝令键卒，扯翻了信使，摁于地上，照屁股打了一顿棍棒，撵将了出去。童贯派去的信使屁股被打得皮开肉绽，忍着痛疼，一瘸一拐地走了。信使回到童贯大帐，将招降方腊不成反被棍打的情况，报告给了童贯。童贯闻听到这个情况，气得暴跳如雷，急令部属，抓紧战备，准备征剿方腊。战备整顿完毕，童贯再行进发，进剿方腊匪军。方腊起事，声势虽然闹得挺大，但若是真打起仗来，远不是训练有素的官兵对手。所以，在童贯大军的征剿下，方腊节节败退，一直退到了帮源峒。童贯指挥各路援军，共计有三十万人马，四下里将帮源峒围困了起来。方腊见情势危急，急令部下带领大部队突围，他自己带领一小部分人员，牵制官兵。方腊手下几大元帅均不同意，纷纷说道：“圣上，您带着部队突围，我们给您打掩护。”
方腊闻言，急令道：“情势危急，不要再争了。与你们相比，我的目标更大，童贯那个佞贼盯得是我，不是你们，只要你们能安全突围，便是留得了青山，何愁没有柴烧？你们要保全力量，继续战斗。”
说完，方腊拖着已经受伤的身体，带领一小队人马，突然杀向官兵，以此吸引官兵注意力，掩护其他人突围。冲至官兵阵中的方腊，挥舞着大刀，接连砍死数十名官兵。方腊的刀刃砍得卷了起来，不能再用；于是，方腊便跳下马，举起一块块石头，使劲地掷向官兵。官兵中，有认得方腊的，大喊一声：“此贼乃方腊！”
官兵闻听到对方是方腊，争功心切，挥舞着刀枪，围了上来。方腊身边的石头也投掷完了，只能赤手空拳地与官兵对打。朝廷官兵见方腊已是困兽犹斗，纷纷冲上去，抢着砍方腊的头，好回去邀功。可惜方腊没有陈硕贞的运气，此时，除了汹涌而上的官兵外，并没有凤凰飞至自己身旁，他好骑了凤凰离去。当时方腊，身陷众围，寡不敌众，被官兵一阵大刀，砍成了肉酱。自此，方腊起义被灭，余众也陆续被征剿。关于方腊的死，这是一种说法，似乎不甚有意思。另一种说法来自《续资治通鉴》。据说，宣和三年四月，王渊的裨将韩世忠，潜行至清溪溪谷，向一妇人问路，说要进峒去捉拿方腊。地方民众也恨方腊滥杀无辜，欺男霸女，为非作歹。那妇人便指给了韩世忠进峒的路径。韩世忠带着手下三十余名兵卒，冲入峒中。峒中，方腊正拥抱着一个妇女在取乐。方腊见韩世忠杀至眼前，急推开了怀中拥抱着的美妇，跳将起来，和韩世忠格斗。那韩世忠也是个有力气的人。年轻时，韩世忠于大江游泳，一个大蟒蛇要吃他，他愣是用两手掰住了大蟒蛇的上下唇，终是用计斩杀了大蟒蛇。那方腊再猛也猛不过大蟒蛇嘛！现在，韩世忠与方腊斗成一团。角斗中，韩世忠猛然转身，待方腊来攻他时，伸出一臂，将方腊死死勒住。方腊被勒的差点噎过气去，韩世忠遂捆了方腊，押出峒去。守候在峒口的是韩世忠的顶头上司辛兴宗。那辛兴宗见韩世忠逮了方腊，命部下将方腊接收，把逮了方腊的功劳记在自己头上。这种说法也不甚有意思。还有一种是民间的说法。说方腊起兵前，其行踪被他曾经扛活的里正方有常获悉，方有常遂打算往县衙里去告发。不期想，方有常要告发方腊起义的消息被方腊知道了，方腊遂杀了方有常一家六口，只有方有常小儿子方庚因外出得免。方庚听说大军征伐到此，为报家仇，遂带大军，突入帮源峒中，擒获了方腊。上述说法都过于简单，最有意思的是施耐庵老先生在《水浒传》中的说法。因为本书接下来将讲述水泊梁山招安后征剿方腊的情况，所以，本书取方腊乃是让花和尚鲁智深擒获了的说法。那鲁智深乃宋江手下的步兵头领，遵照师父智真长老“逢夏而擒，遇腊而执，听潮而圆，见信而寂”的偈言，在追赶方腊残军的时候，追入山林迷了路。此时，出现了一个老和尚，带着鲁智深在山里转来转去，最后转至一茅草屋外，安顿着鲁智深歇了。那老和尚告诉鲁智深说：“这屋里已经给你准备好了一应食宿，你只管在这里待着，如果这两天看到树林中钻出一壮大汉子来，无需多说，只管打翻了抓住就是。”
说毕，老和尚便自己离开了，只丢下鲁智深一人在山林中。鲁智深目送老和尚离去，便进屋休息。第二天，鲁智深起了床，躺在屋外草地上休息，果然见一壮大汉子从树林中钻将出来。鲁智深想起老和尚的叮嘱，也不搭话，只管提了禅杖，一杖将那汉子打倒在地，捆绑起来，再提溜起那人，仔细一看，被打倒捆绑之人，乃是方腊。