第一大郡南阳被拆分，荆州七郡变为九郡，他又调宛城的曹仁驻守南郡，满宠守樊城。刘巴从荆南传回消息，各郡表示愿意归附，只是长沙郡守刘磐领军逃走，曹操令中护军韩浩之弟韩玄前往长沙为太守。安抚百姓、安置难民的工作交给了蒯越、蒯良兄弟。在与蔡瑁闲谈中，曹操问道：“刘备此次南遁甚为蹊跷，若是晚一步就会被围杀，偏偏被他逃走，莫非手下有什么能人？”
蔡瑁苦笑道：“我有一外甥女婿，名唤诸葛亮，现在刘备身旁出谋划策。”
“此人才学如何？”
“诸葛亮一直居住于隆中，自号卧龙。未曾出仕，但自视甚高，口出狂言，自比管仲、乐毅。”
“山野匹夫，不识天下英豪。”
曹操哈哈一笑，然后装作漫不经心的问道，“刘备身边原有一谋士，叫做徐庶，此人何在？”
“听闻数月前便已离开刘备，不知所踪。丞相要找此人吗？”
“不必了。”
曹操摆摆手。程昱派出数人至颍川接徐庶老母，一去不归，之后又派出数拨人查访却杳无踪迹，就连周边的乡邻也不知前往何处，曹操觉得徐庶可能是隐匿起来，也就不再继续追问，一个徐庶还不至于让曹操重视。他转到另一话题：“本次收纳降众六万有余，水军、步卒各半，却是为何？”
蔡瑁心中再次慌恐，怕曹操怪罪解释道：“刘荆州在世，荆州甲士十万有余，水卒就有六万，但江夏一战，黄祖军尽没，折去数万人，刘琦去江夏又带走两万，因此只剩下水军三万。至于步卒，是被刘磐领军一万在长沙。”
曹操点点头说道：“我再拨出两万人，一起由于禁、毛介统领，只是我北方士卒不习水战，德珪还要协助操练。”
尽管被削去兵权，蔡瑁忙不迭的答应。荆州水军被于禁、毛介统辖，难免心中不安，又受到曹军的欺辱，更是心怀怨言，两军虽是一同操练，难免离心，而张允因对于禁不敬，被于禁寻个由头以军法处置，荆州水军更加噤若寒蝉。河北兵受到曹军的歧视，遇到了比自己低一头的荆州兵，把往日受到的欺凌转到荆州降兵身上，三拨人马三种心思。忙着安置难民、安抚百姓、收编降兵，收揽民心、士族的心，耗去曹操近一个月的时间。建安十三年九月，曹操召集手下的谋士开始研究下一步的对策。此次出征，荀攸、程昱、贾诩、刘晔等人随行，荀彧仍坐守许都，曹操没由来的想起郭嘉，平白增添了一丝伤感。轻咳几声，曹操说道：“如今荆州已定，该如何进兵，各位有何高见？”
荀攸拱手道：“主公，荆州初定，人心未附，且我军南征，士卒多有不服水土，不宜急于进兵。”
程昱拱手道：“公达此言差矣。主公先定河北，又取荆州，威震天下，诸侯莫不丧胆，更兼兵强马壮、粮草丰足，兵卒士气旺盛之际正是就此一统天下之时，西可进巴蜀击刘璋，东可渡江平孙权。”
程昱的话令曹操怦然心动，但荀攸的忧虑又使他不得不谨慎，转而问刘晔。刘晔不傻，自然不会反驳荀、程两人，故作沉思后说道：“公达、仲德所言皆有理，但我心虑却不在此，而是在西凉马腾韩遂，还有徐州周仓，无论如何用兵皆需确保后顾无忧。”
“文和，依你之见呢？”
曹操又问贾诩。“马腾、韩遂胸无大略，以明公现在之雄威，西凉岂敢轻举妄动，不足为虑，即便有所异动，元常与妙才在，足可抵御。”
贾诩躬身答道：“主公取荆州，西川与江东震动，上下慌恐。明公只需稳守荆州，休养生息，对江东成压顶之势，不出数年，江东不战可得。此时出兵，江东必上下齐心、奋死一搏，纵然取胜难免有所损伤。”
曹操略有不悦，不出数年，是三年还是五年？踌躇满志的曹操可等不了那么多时间。说道：“以文和之意，我数十万大军就拿不下小小的江东？”
贾诩慌忙说道：“非也，我本意是要不战而胜。明公不妨先出兵剿灭刘备，以显我军威，在令人打造战船，威慑孙权。”
曹操听得差不多了，心里筹划已定。“令，张辽、李典、乐进领军一万奔江夏，会合文聘拿下夏口。”
“令，赵俨督朱灵、路招、冯楷三军屯于要害之地，以防徐州。”
“令，于禁、毛介，训练水军、打造战船。”
“公达替我书信两封，一封给孙权令他投降，一封给刘璋，令他派军协助我军。”
曹操这是充分的采纳几个谋士的意见，准备三管齐下：一是剿灭刘备，消除一个后患。二是威吓孙权、胁迫刘璋，刘璋派多少人不重要，需要刘璋表明一个态度，至于孙权，能归降最好，如不归顺那就开战，曹操已经盘算好了，经过几个月就可完成各项准备，那时正好冬季东北风起，顺势南下。三是防住周仓，也为以后逼迫周仓让出徐州。曹操如意算盘打得很好，三管齐下万无一失。然而张辽很快就回报，刘备到达夏口与诸葛亮汇合后就弃夏口渡江到了樊口，但是夏口仍在刘备手中，原因无他，夏口处于长江与汉水交汇处，没有强大的水师根本不可能夺下来；而刘璋也派人前来助战，然而谁也没想到，这几乎给曹军带来毁灭性灾难。