由于之前越中一向一揆众、加贺一向一揆众等势力皆受到越后上杉家的重创，噤若寒蝉，全不敢在短时间之内再与越后上杉家弓矢交刃，于是纷纷托词拒绝了匠作畠山家的要求。 畠山义续发觉自己的一时冲动导致匠作畠山家已陷入孤立无援的境地，也就只能在幕臣石谷光政的仲介斡旋之下与越后上杉家就此罢兵言和，并放弃北射水郡的领地。 随后，畠山义续便令驻守在长坂道砦的温井总贞、游佐续光等将立即解散各自军势返回本领。 与此同时，村上义清、高梨政赖、岛津忠直（长沼岛津家家督）等北信浓诸将在越后上杉家的支援下，以五千余军势，宛如旋风一般攻入了北信浓。 由于事发突然，使得在北信浓一路势如破竹的武田军猝不及防，根本没有想到村上义清、高梨政赖、岛津忠直等人竟然会如此之快就集结大量兵力反攻北信浓了。 在得到越后上田众支援的猛将村上义清可以说是如虎添翼，立即对武田家发动了迅猛的反击。武田晴信派遣油川信友（油川信惠之子，河内源氏旁系甲斐源氏滴流武田氏一门）、油川信守（油川家一门，武田晴信堂叔，其女为武田晴信侧室）、於曾源八郎（板垣家一门）等人率三千余军势前去八幡原阻遏村上义清、高梨政赖、岛津忠直等人攻入北信浓的势头。 村上义清见武田军主动前来迎击自己后大喜过望，当即与上田众中的栗林赖忠、樋口兼丰、深泽尚重等人以两千余军势从正面攻击武田军，而熟知当地地形的高梨政赖、岛津忠直等人则是率三千余军势在附近森林之中隐蔽前行，迂回至武田军的侧翼和后方。 就这样，顾头不顾尾的武田军在遭到两面夹击之后瞬间惊慌失措，士卒离散，在混战之中武田军自油川信有、油川信守、於曾源八郎等人以下三百多人被讨取。 之后，村上义清更是趁胜收复先前被武田家所夺取的本据葛尾城和坚城砥石城，村上家似乎有了复苏的曙光。 而屋代政国、盐崎八郎、石川高清等村上家旧臣见村上义清夺回葛尾城后纷纷前去再次出仕村上家，一同响应村上义清之后的行动。 此时坐镇在深志城的武田晴信判断眼下已经无法再挽回己方在北信浓各地的劣势后，将塔原城、平濑城等位于小笠原长时旧领范围内的城池兵砦大量破弃，以防小笠原长时率军卷土重来。之后，武田晴信就收兵返回了本据踯躇崎馆。 村上义清在武田晴信率军退回甲斐以后接连主动出击，不仅恢复了位于埴科郡、更级郡的旧领，甚至还攻入了小县郡内，夺回了大量领地。 为了能更迅速夺取小县郡和佐久郡，村上义清还将本据移至盐田城，对武田领展开不间断的攻击。一时间令武田家留守在佐久郡的武田信繁、诸角虎定等人东西奔命，头疼不已。 而高梨政赖、岛津忠直等奥信浓诸将在恢复了各自的旧领后就不像村上义清那样热衷于开疆拓土，在向坐镇饭山城的上杉政虎献上太刀、骏马等礼物后就各自返回了领地，不再随村上义清南下信浓腹地了。 毕竟北信浓诸郡兵燹连年，使得其中大部分的城池兵砦都缺乏粮草辎重，物资穷困，根本无法支持长时间的征战。 而协助村上义清、高梨政赖、岛津忠直等人一同出阵北信浓的上田众栗林赖忠、樋口兼丰、深泽尚重等人在完成攻落葛尾城、砥石城等地的任务后就迅速后撤至饭山城一带，与上杉政虎所率的一万两千余军势进行合流。 由于上田众、高梨政赖、岛津忠直等人不再随村上义清继续南下攻略信浓腹地，就导致村上义清在得到旧臣的加势后所能调动的兵力也只有三千余军势，完全不能迅速扩大战果。 为了尽可能消灭武田家在北信浓的有生力量，村上义清打算引诱驻守在佐久郡的武田军主动出击，而后设下伏兵一举歼灭之。 于是，村上义清便派兵烧毁小诸城、大井城、岩尾城等地周边的民舍房屋，并且不断纵兵挑衅。 此举果然令镇守在佐久郡的武田信繁大为震怒，他当即命令曽根虎长（足轻大将）、诸角虎定、金丸虎嗣等人率一千余军势出城作战，意图歼灭这股来意不善的村上军。 村上义清得知留守在佐久郡的武田军果然按捺不住，派兵出城，当即率军回头，往鹿取川一带移动，假装因畏惧武田军而撤军。 曽根虎长、诸角虎定、金丸虎嗣等人不明所以，真以为是村上义清怯战，来不及多想就率军进行追击。 当武田军追击正在后撤的村上军到一半时，村上义清突然率军掉过头来，吹响法螺，命令麾下将士杀向武田军，两军遂在鹿取川一带展开激烈大战。在混战之中，村上义清更是亲自力战，接连斩杀十余名武田军武士。 尽管武田军死战不退，但因兵力少于村上军，最终村上军凌厉的攻势下被击溃了，武田军自曽根虎长、金丸虎嗣等人以下被讨取六百余人。诸角虎定见无法挽回败局后就收拢败军退往小诸城固守待援。 天文十六年，十月二十日。武田晴信无法容忍村上义清继续横行于北信浓诸郡，而决定再次从甲斐出阵，攻向小县郡。 五天后，武田晴信在与武田信繁、诸角虎定等家臣合流之后攻落倒向村上义清一方的和田城、武石城等地，将大井信定、羽田幸清等守将接连讨取。 在得知武田晴信亲自率军出阵小县郡的消息后，村上家重臣屋代政国、盐崎八郎、石川高清、室贺光氏、与依右近进、和田修理大夫、布下左卫门等人深知村上义清在无法获得越后上杉家方面有力支持的情况下是无法继续抵挡武田军的攻势，为了确保自己的家名存续，他们随即倒向了武田晴信，再次出仕武田家。不仅如此，他们还开始率军袭击村上军的小荷驮队，使得村上义清亲自坐镇的盐田城陷入了粮草短缺的境地。 村上义清在内无粮草外无救兵的情况下根本无法继续固守在盐田城，只能就此放弃退往葛尾城从长计议。武田军在夺取盐田城之后，武田晴信便任命重臣饭富虎昌为盐田城城代，以防此城再次被村上义清所夺取。 武田军并没就此停下脚步，反而还在不断北上，很快就席卷了整个小县郡。 仅仅一天一夜的功夫武田军就攻落十多座隶属于村上家的城池兵砦。同时，武田晴信还派遣乱波前往葛尾城下烧毁民舍房屋，以此来报鹿取川一战之仇。 趁着武田家无法在短时间内介入北信浓局势的机会，政虎则是着手开始攻打先前协助大熊朝秀、玉虫贞茂等人谋逆的市河信处。 越后上杉军在北信侍泉重岁、须田满国等人的引路下攻入市河家所领有的志久见乡，并且泉重岁还劝降了隶属于市河家的中曾根城城主中曾根道秋。 今井城城主今井经永非常畏惧越后上杉军，一听闻越后上杉军已经劝降了中曾根城，即将兵临城下的消息，就完全丧失了战意，当即弃城而逃。 而今井城的城兵在得知城主今井经永已经弃城逃往城坂城之后就不战自溃，很快今井城就被越后上杉军所占据。 越后上杉军在夺取中曾根城、今井城两地之后，又相继攻落了大泷城、上境城、西浦城等地，还讨取了市河家重臣大泷土佐守。市河信处见城坂城周边的支城皆已沦陷，无险可守，不得不放弃城坂城而退往市河家曾经的本据仙当城进行固守，同时派遣使者前往武田晴信处求援。