人类补完计划，奈欧斯第一次听到了这个词。 这一次，碇唯断开了和碇真嗣之间的心灵通讯，似乎是不想让儿子知道这件事，转而将这份计划对奈欧斯全盘托出。 而有意思的是，这份计划也涉及到了碇源堂隐瞒的东西。 很久之前，最初宇宙中存在一棵世界树，这棵世界树是一切的起源。 世界树经历了长久的岁月之后，一分为三。化为白之月亚当，黑之月莉莉丝，在分化出这两者之后，世界树的树根化为了朗基努斯之枪。 之后，莉莉丝和亚当，分化出了其他使徒和人类。 这一切，都来源于死海文书的记载。 同样的，人类补完计划也是如此。 第二次冲击发生的时候，人类组织SEELE，也就是Nerv幕后的掌控者得到了死海文书，并知晓了这一切的存在，其中，书中预言类将会在未来进行“补完计划”——其实就是将一切回归到世界树的状态。 人类之所以没有办法合一，是因为人与人之间终究不能真正的敞开心扉，而且人类自身还有缺陷，不像使徒那样充满力量。“心之壁”，人心之间都隔着一道墙壁。唯有回归最初的形态，大家都是一体，心之壁才会消除。 把所有人类的灵魂摆脱肉体的躯壳，回归到一个集合体之中，摒弃人与人之间心灵的隔阂，超脱成为更进一步的生命。 “原来如此，人类补全计划······” 听到这里，奈欧斯本能的皱起了眉头。 这个计划听起来玄之又玄，但却让他有种莫名的既视感。 名为奇迹之星的阿柏似乎就是以类似的模式生存了下去，并因此成为了几万年没有战争的天堂，从这一方面来看，这对于这个地球的人类似乎是个非常好的选择。 然而，人类补完计划与其说是阿柏，不如说更像是伊路德人。 当初在迪迦的世界中见到的宇宙人，它们共用一个大脑，以同化别的生物化为自己的同胞为目的侵略了地球。 其实细究起来，伊路德人的存在方式和阿柏的知性生命体很像，然而关键在于，知性生命体是阿柏本身的文明经过了长久的发展进化自然统一的结果，而伊路德人则是强迫他人与自己同化。 此刻的人类补完计划正是如此。 这种计划，听起来很美妙，但就这么肆意决定整个地球人类的命运，真的可以吗？ 从某种意义上，这是决定了地球仅剩几十亿人口的生命。 虽然因为是人类自己的选择，奈欧斯没有理由阻止，但是，奈欧斯却无法赞同这种思想，肆意决定他人的命运，他不认为这是正确的选择。 “所以，你是为了阻止这项计划才融入初号机的吗？”
“嗯，SEELE表面上是为了阻止第三次冲击，实际上则是为了实施人类补完计划，但是，这种“妄图控制神”的行为是一种打开“潘多拉魔盒”的行为，而这其中，初号机起到了关键的作用。 只是，如何解决EVA的同步问题让我感到了困惑，但紧接着，我想到了解决方法——让一个人的魂寄宿在EVA的核心当中，再让驾驶员塔上EVA，让两个魂进行同步。而这个驾驶员，最好跟当中的魂有关系，而因此最佳方案就是用魂的其子女作驾驶员。”
碇唯以平淡的语气说出了恐怖的事实。 就这一点来看，她成功了，碇真嗣成为了最适合初号机的驾驶员。 “这就是我的打算，我研究EVA的技术，就是让人类得到永生，永远在宇宙中生存，留下人类在宇宙中活过的证明。不过，现在看来，有了别的希望，奈欧斯奥特曼——” 说着，碇唯抬头看向了奈欧斯： “——请你，阻止这一切，好吗？”
是的，碇唯的计划不过是没有办法的办法，而面对SEELE这个操纵了人类社会的组织，唯一的破局之法就在奈欧斯身上。 在初号机中的碇唯，其实也见过奈欧斯战斗的姿态。 那样的力量，只要对方愿意出手，人类补完计划将会失败，她是如此坚信，于是，她选择了，向这位荧幕上的英雄求助。 然而，出乎意料的是，奈欧斯却摇了摇头： “抱歉，我做不到。”
看着碇唯脸上的惊讶神色，奈欧斯解释道： “我虽然也不赞同所谓的人类补完计划，但这终究是人类自己的选择，之后如何发展，我是没有资格干涉的，我所能做的，就是让那些不属于这个世界的存在，离开这个世界。”
“······原来如此，你就像是神一样呢。”
“不，我不是神，我只是误入这个世界的旅客，所以，如果你相信你的儿子的话，就把所有的希望放在他的身上吧。”
“谢谢你照顾真嗣了。”
“不用谢。”
奈欧斯摇了摇头，他清楚，碇唯这是因为之前帮助真嗣的事情。 然而，他所能做的只有这些。 “嗯。”
碇唯点了点头，她接着转头看向了地面，看向了碇源堂的位置，眼中闪过了抱歉的神情。 随即，她重新连接上了和碇真嗣的心灵感应，与自己的儿子告别。 “时间已经到了，真嗣，虽然妈妈不能看着你长大，但你记住，妈妈永远爱着你们·······” 光芒消散，李林和碇真嗣轻轻的落在了地面上。 看到他们两个人的降落，碇源堂的脸色回归平稳，但眼中却闪过了麻木。 “还是不行吗？”
“这是她自己的意志，我无法干涉，而且·····” 说着，李林看向了初号机，说道： “她彻底封闭了自己。”
“原来如此，她就这么不想见我吗·····” 碇源堂叹息了一声，他的心态，此刻已经有了翻天覆地的变化，他看了看初号机，随即又将在场的所有人扫了一遍，说道： “这次实验结束了，冬月，剩下的事情交给你了。”
“嗯。”
说完，碇源堂独自一人，走向了电梯。 碇真嗣看着自己的父亲，他忽然感觉，这一刻，父亲的背影变得苍老起来。 下意识的，他跑了过去，跟上了碇源堂： “那个····爸爸，我见到妈妈了，她很漂亮。”
“嗯。”
“她说，她永远爱着我们。”
“嗯？”
听到这话，碇源堂身体停住了，他看向了碇真嗣： “真的吗？”
“真的。”
“是吗，那就好·······”