第一条就是抓紧军队建设，提高将士作战的本领。在战事频繁的空隙中，更要抓紧粮食生产。朱元璋在义军中设置了营田司，任命康茂才为营田使，专门负责兴修水利和屯田等农业生产的事宜。而且他还抽出一些将士，利用空闲时间开荒种田。在他打下的地盘上，短短的几年的功夫不仅解决了战时粮食困难的问题，而且还有了大量的剩余，改变了历来打仗的军队靠吃军粮的习惯。这样就大大减轻了自己的负担，而朱元璋的起义军也因此得到了百姓的拥护。有了群众基础，剩下的事情就好办了。在那个时候的战争中，得到了民众的爱戴与拥护，就意味着拥有着源源不断的兵员，而这些兵员自然是那些拉壮丁的兵员无法相提并论的。但是为了避免树大招风，防止在力量脆弱时被吃掉，朱元璋在形式上一直对小明王保持臣属关系，用的还是宋政权的龙凤年号。直到朱元璋改称吴王，发布文告，第一句话仍是，“皇帝圣旨，吴王令旨。”
表示自己依然是小明王的忠诚的臣属。朱元璋经过数年卧薪尝胆，巩固的根据地终于建立起来了，在不知不觉中崛起了一支足以与元军匹敌的强大的义军队伍。当朱元璋攻下应天的时候，雄居东方的张士诚占据了太湖流域和长江三角洲的广大富庶地区。而独霸西方的徐寿辉以武昌为中心，控制了湖广、江西的大片肥田沃土。昔日还是左右逢源的朱元璋此时却处于两面夹击之中，局势相当严峻。同时，随着朱元璋军事势力的日益增强，他与各个割据政权的矛盾也日益尖锐起来。看来群雄逐鹿中原，决战天下的时机终于来到了。元至正二十年闰五月，陈友谅以派人祝贺胜利的名义，去江州（今九江）杀死了徐寿辉。陈友谅立国称帝后，马上就同张士诚合谋共同举兵，进攻应天，企图一举消灭朱元璋的队伍。陈友谅水上的军事实力相当强大。有大战舰“混江龙”、“塞断江”、“撞倒山”等一百多艘，还有数百艘战舸。真可谓大有横扫千军于万里激浪之中的气势。驻守在应天城中的文官武将，听到这个消息后，不少人慌了手脚。有的主张迎降；有的则坚持弃城转移，以保存实力；也有的要求主动迎击，决一死战，一时间各执一词，乱成一团。唯有刘基成竹在胸，静坐不语。刘基是浙东地方上的望族，很有些学问，善谋算，多方略。曾做过元朝的官吏，也抗击过红巾军。朱元璋闻其名，派人带上厚礼、书信，请他出山辅政。朱元璋称他们四人为四先生，并且专门为他们盖了一座礼贤馆，恩礼备至。敌军兵临城下，朱元璋见刘基坐视不语，料他心有妙计，便请他指教。刘基说，张士诚目光短浅，胸无大志，只图自固，未必会出兵。朱元璋问刘基，“如何打败陈友谅呢？”
“友谅兵骄，骄兵当败。但友谅兵强，敌强我弱，必须智取。诱敌深入，用伏兵邀击，定能取胜。”
朱元璋觉得刘基的话很有道理，也就采纳了他的意见，决意要伏兵智取。朱元璋连夜把木桥改为石桥，并在江东桥附近设下伏兵。陈友谅哪知是计，按老门房的话匆忙挥兵直下江东桥前。突然杀声四起，朱元璋设下的伏兵，奋勇争先，把陈友谅的队伍团团围住。张士诚慑于形势，果然不敢轻举妄动。接着朱元璋又乘胜挥师攻下安徽、收复太平和江西的许多州县，进一步扩大巩固了胜利成果。三年后，陈友谅重整旗鼓，乘朱元璋率兵安丰，解围小明王之机，前来攻打洪都（今江西南昌），以报龙江之仇。洪都紧靠赣江，是朱元璋的重要军事战略要地。洪都守将是朱元璋的亲侄朱文正。陈友谅的士兵曾几次攻破城墙，涌进城内。但又很快被朱文正的炮火击退。虽然洪都孤立无援，但在守将朱文正的率领下，士气高昂，愈战愈勇。直到七月，朱元璋率兵20万前来解围，陈友谅只得匆匆掉头迎战于鄱阳湖。鄱阳湖之役是一场关系两军生死存亡的大决战。决战的前夕，朱元璋派兵封锁了自鄱阳湖到长江的出口，扼住敌人的退路。从双方的军事实力对比来看，陈友谅号称60万，而朱军仅拥有20多万。且陈军的战船又高又大，朱军的那些数量有限的小船，必须仰着头才能望见敌人，强弱优劣是显而易见的。陈友谅进入鄱阳湖后，便把每几十艘高大战舰编为一组，用铁索联结起来。看来旌旗樯橹，望之如山，气势确实吓人，但活动起来也确实很不灵活。朱元璋发现这一弱点，就采取火攻的战术。他派出敢死士兵，驾船七艘，装着火药和芦苇，直冲敌阵，纵火焚船。霎时，湖面上风助火势，火焰冲天。这场战役持续了36个日夜，鄱阳湖上杀声不绝，震耳欲聋。战争接近尾声时，陈友谅军粮断绝。接着他左、右金吾将军又都投降于朱元璋。这样陈军锐气受挫，军心浮动。陈友谅不仅不接受将士们的意见，反而为了发泄怒火，竟下令将俘获的朱军将士全部杀掉。朱元璋闻讯后，反其道而行之，下令把他所俘虏的陈军将士全部释放，对受伤的俘虏还给以治疗。朱元璋还传令全军，今后所获俘虏，概不加害。他的这一政策，随着俘虏的来去，很快传遍了陈友谅的兵营内外，将士上下。陈兵也就更无斗志了。眼看这场战斗无法继续打下去了，陈友谅只好组织突围。他刚率兵冲至湖口，不料又遇伏兵拦截。一支飞箭射来，从眼睛正穿头颅，顿时一命归天。后来朱元璋在一次军事会议上总结决战胜利的原因时说，一靠全军将士的精诚团结，决战决胜；二靠用兵得时，善于捕捉战机，得时、得人心，此为胜利之本。鄱阳湖之役后，朱元璋的领土已扩大到长江中下游的广大地区。这样，朱元璋称王称霸的欲望也就随着膨涨起来了。他对小明王所封的吴国公称号已不满足了。不久张士诚已在苏州称吴王。朱元璋也效法之。朱元璋于1364年正月，在应天自称吴王，设置百官，建中书省，以李善长为右丞相，徐达为左丞相。因为同时有两个吴王，人们就把张士诚称为东吴，朱元璋叫做西吴。是年二月，朱元璋乘胜亲征武昌，陈理举国请降，汉政权灭亡。湖广遂划入朱元璋西吴统治的版图。朱元璋灭亡了汉政权后，又开始向新的目标挥师进军——消灭雄据东方的吴王张士诚。张士诚出身私盐贩子。他们由于不堪忍受元朝统治者的压迫凌辱，作战十分勇敢。但其领导集团没有远大目标，腐败得很。璋率军将平江城围得水泄不通。张士诚的大将吕珍、李伯升见势不妙，先后投降。平江城十分坚固，一时难以攻克。朱元璋想起了几年前海宁人叶兑献的“锁城法”，便命令士兵在平江城四周筑起长围，搭架三层木塔，登上塔顶，城里的敌人的活动看得清清楚楚。他们又在每层架起弓弩火铳和襄阳炮，日夜轰击。朱元璋在围攻张士诚的同时，派大将廖永忠去滁州假意迎接小明王到应天。渡江时，廖趁机将船弄翻，小明王溺死江中。张士诚被围九个多月，内无粮草，只好突围，但为时已晚。九月城被攻克，平江太守周仁等投降。朱元璋在进攻张士诚的同时，又制服了浙东的方国珍，平定了福建的陈友定，又乘胜南进，攻克广东、广西。朱元璋不失时机地调集精锐部队实施北伐，同元朝封建政权展开最后的大决战。朱元璋派徐达、常遇春率师北伐。大军出发前朱元璋亲自制定了一整套周密的作战计划：先取山东，拆除大都的屏障；再挥师河南，剪除其羽翼；夺取潼关，占据门槛。如此一来，天下形势已为其所掌握，然后进兵大都，元军势孤援绝，可不战而克。战争按照朱元璋的计划顺利实施了。在北伐军横扫中原，直逼大都的时候，元军却在忙于内战。待潼关失守，元顺帝才慌忙调集正内战不休的扩廓帖木儿 （王保保）、李思齐的队伍，南下迎战。腐败的元军那里还有战斗力，元顺帝眼见大势已去，深夜带着后妃太子狼狈逃往上都（今内蒙多伦）。第二年八月，徐达统领大军攻进大都，统治达99年的元朝政权宣告败亡。至正二十八年（1368）正月，正当北伐军胜利攻克山东的时候，四十岁的朱元璋在文武百官的欢呼声中，于应天正式登上帝位，国号大明，建元洪武，以应天为南京。立妃马氏为皇后，世子标为皇太子。仍以李善长、徐达为左右丞相，刘基为御史中丞兼太史令。就这样，一个横笛牛背的牧童，经过艰苦奋斗，终于成了我国历史上继刘邦之后，又一位出身布衣的开国君主。