最终，大和心满意足的带着酋雷姆库存的冰龙冰晶离开了巨人洞窟，而酋雷姆也收获了一个充满了柔和冰之能量的居住环境。 大和相信随着巨人洞窟的环境不断优化，不出一年的时间，酋雷姆的力量就会重新回到神级。 当大和带着二十多枚冰晶回到帆巴市，正在思索应该如何运用这些冰晶的时候，突然收到了神代的来电。 “前辈，怎么想起来给我打电话了？”
“你小子还好意思说，你不是说你有办法弄到化石神奇宝贝吗，我就给我几个研究协会的朋友提了几句。”
“他们答应了你的方案，可以拿出一些资源来进行交换，前提是你要拿出活的化石神奇宝贝。可是我听说已经有人在大傻谷发现了古代神奇宝贝的化石。”
“你小子动作要是再不快一点，等到他们挖掘到足够多的化石用来进行研究，你的活体化石神奇宝贝具备的价值就会下滑很多。”
大和可是打算利用化石神奇宝贝从研究协会，弄到一批用来熔铸水之石板的材料。 不行，不能再在帆巴市浪费时间了，要是火箭队三人组的炸药将大傻谷地下，存在活生生的化石神奇宝贝这件事暴露了。 他就弄不到材料了。 “新田，收集冰属性神奇宝贝，还有改造冰之乐园，召集冰冻团人手这三件事就交给你了。对了，记得帮我催促猫头鹰议会，让他们尽快帮我找到阿克罗玛。”
新田吹了吹指甲。 “阿克罗玛肯定在为猫头鹰议会工作，估计现在正在进行什么重要的实验，不然以我们现在与议会同为等离子团的贤人，不至于连一个科学家都不肯借调给我们。”
“反正你帮我盯着点，阿克罗玛这个人非常有价值。”
大和还指望着阿克罗玛帮忙制作奈克洛兹玛的合体器。 合体器对奈克洛兹玛的作用，就像是基因之楔对酋雷姆的作用，虽然没有这个道具，酋雷姆也能吸收捷克罗姆与雷希拉姆的力量。 可基因之楔能够让酋雷姆更轻易更充分的吸收他们的力量。 就像奈克洛兹玛好不容易抓住了露奈雅拉，结果却被索尔迦雷欧将露奈雅拉给救了出来。 虽然索尔迦雷欧最后将自己赔了进去，可如果奈克洛兹玛有合体器的帮助，露奈雅拉根本不可能逃走。 当然，阿克罗玛肯定是先接触了酋雷姆和基因之楔，了解了酋雷姆融合龙之基因的相关数据。 然后前往阿罗拉地区的阿克罗玛再收集了奈克洛兹玛，索尔迦雷欧，露奈雅拉全部的情报，他才能制造出奈克洛兹玛的合体器。 阿克罗玛的专长就是研究神奇宝贝隐藏的力量和才能。 没办法，阿克罗玛已经是这个世界上最顶级的科学家了，可以说是黑暗版的大木博士，而且阿克罗玛比大木博士更擅长科学机器的开发。 如果大和想要实现他的目的，很多有关宝可梦改造的事情都离不开阿克罗玛的帮助。 就像是寄放在大木博士后院的伊布，大木博士一点帮忙开发的想法都没有。 如果是阿克罗玛，伊布落到他手中，可能早就没命了。 虽然大木博士没有帮助大和开发伊布拥有的八种进化型的基因，可是大木博士帮助伊布稳定了体内的基因，甚至让伊布操控这八种基因代表的属性能量的能力有所提升。 特别是大和选定的那只伊布，体内最活跃程度就是月精灵的恶属性基因，随着伊布对恶属性能量的熟悉，他现在已经能算的上拥有一半的恶属性了。 大和原本的想法是将伊布培养成月精灵，现在他了解到了阿尔宙斯的事情，觉得伊布体内的八种进化型基因可以做做文章。 如果能够利用好这八种基因，那么伊布的未来不可限量。 当然，如果能够给伊布配上对应属性的石板碎片，让伊布短暂进化为进化型，然后又能退化回来的话，那就非常棒了。 不过现在最要紧的就是处理大傻谷的化石神奇宝贝。 当大和通过传送阵出现在华蓝市，然后以最快的速度出现在大傻谷，没想到居然又遇到熟人了。 “小智，小霞，小刚，你们怎么会在这里？”
他们三个不同于无印篇中的进度，小智现在应该已经收集到了八枚徽章，跟随虹色之羽去寻找凤王，朝着成为虹之勇者努力才对。 “对啊，我们就是在跟随虹色之羽寻找天青山的具体位置，然后在前面的小镇听说了，大傻谷发现了古代神奇宝贝的化石。”
“我们就想着过来看看，主要是小智非常的激动。这还要怪小刚，没事提什么尼比市的化石研究所，还说他们能够将化石复活成神奇宝贝。”
“小智瞬间就激动起来了，吵着闹着要过来挖化石，然后拥有一只属于自己的化石神奇宝贝。”
大和眨眨眼，有些疑惑的说道： “我记得我不是和你们说过，我能找到活生生的化石神奇宝贝，你们没必要跑到这里来挖化石吧？”
小霞翻了翻白眼。 “大哥，谁知道你说的化石神奇宝贝什么时候能到账，我们想着还是过来挖挖化石，这个活动还是非常有意思的。”
“那你们去挖吧，我有点事要先去忙。”
小智居然真的傻乎乎的打算过去领锄头，挖化石。 小霞一把拉住小智的后脖领子。 “你是不是真的傻！大哥都到这里了，他说的活的化石神奇宝贝肯定就在这里，你还跑去挖什么化石。”
“真的！？”
大和露出一抹微笑。 “跟我来吧。”
…… 来到一处僻静之处，大和将水晶大钢蛇放了出来。 “大钢蛇，帮我找到地下的溶洞，注意不要惊扰到了地下沉睡的神奇宝贝。”
“吼！”
水晶大钢蛇点点头，轻而易举的掘开坚实的地面，他不到五分钟就回来了，找到了大和说的那个地下溶洞。 沿着水晶大钢蛇开辟出来的道路，大和四人来到了地下溶洞。 小霞好奇的用手电筒看了看周围的环境。 “这里好安静，周围黑漆漆的环境有点吓人，大哥，化石神奇宝贝真的在这里？”
“当然在这里，我的情报怎么可能会出错，只不过他们沉睡了不知道多少年，估计他们的身体已经与周围的环境融为了一体。”
大和挥手释放出一股心灵波动，打算通过这种方式寻找化石神奇宝贝的踪迹，同时轻轻唤醒他们沉睡的心灵。 他之所以不使用系统扫描，就是为了锻炼他的能力。 有些事情只能通过大和自己才能做到，系统不是万能的。 就算是唯一性阿尔宙斯，有些事情也只能重启宇宙才能解决。 “找到了，跟我来。”
看着面前这块石头，小智手贱的上去敲了敲。 “看上去就是一块普通的石头而已，要不我用锄头将石头打开？”
“不用。”
大和将手按照石头上面，淡蓝色的心灵之力被释放，面前的岩石开始颤抖，最后一块块岩石碎片掉落下来，露出其中的神奇宝贝。 “菊石？”
小霞激动的大喊道： “好可爱！”
菊石兽被吓得后退了两步。 【菊石兽】 等级：lv40 特性：悠游自如 资质：lv60 体质：50 物攻：40 物防：120 特攻：100 特防：70 速度：40 总和：420 评价：经过长久沉睡从大地中汲取到了充足能量的菊石兽非常具有培养价值。 “小霞，喜欢就收服他吧。”
“交给我吧。”
懵懵懂懂的菊石兽，直接被小霞散发的魅力所折服，没有通过战斗，直接就被收服了。 主要他刚刚睡醒脑子还没有完全清醒，而且还被大和的心灵之力安抚，没有多少战斗欲望。 大和估计菊石兽进入精灵球，应该直接就躺下睡觉了。 再度释放一股心灵波动，大和又找到了一块挺大的岩石，如法炮制，一只镰刀盔出现在四人面前。 【镰刀盔】 等级：lv48 特性：战斗盔甲 资质：lv65 能力值情况与菊石兽差不多，大部分都提升在防御上面，需要后续通过训练进行调整。 “好威武的神奇宝贝，我能够感觉到他体内的岩石气息。我一直想要培育一只类似飞天螳螂的神奇宝贝，大和前辈，这只镰刀盔能不发交给我收服？”
“完美没问题。”
镰刀盔比菊石兽凶多了，不战斗恐怕是没办法收服，留下小刚一个人收服镰刀盔。 然后就是小智了。 “小智，你打算收服菊石兽，还是化石盔？”
小智摸着下巴想了想。 “我感觉他们两个都不是很符合我的心意，还有没有其他的呢？”
“还有化石翼龙，不过你的火恐龙肯听你的话了吗？”
小智尴尬的笑了笑，戳了戳手指。 “这个嘛～还是差了一点点，不过我已经能够指挥他进行对战了，平时他还是会闹脾气，用喷射火焰喷我。”
“这是你们羁绊的证明，说明你们的关系很好。”
大和笑着拍了拍小智的肩膀。 “不过你连火恐龙都还不能自如的指挥，恐怕很难驯服化石翼龙。”
“皮卡皮卡～” 皮卡丘站在小智的肩膀上，赞同的点点头。 小刚与镰刀盔的战斗声惊扰到了溶洞中的其他沉睡的神奇宝贝，伴随着一声充满压迫感的吼声，一只灰色的神奇宝贝从空中略过。 “化石翼龙！？”
“没错。”
大和挥手将魔墙人偶释放出来。 “精神强念！”
魔墙人偶张开双手，淡蓝色的精神波动将想要扑上来撕咬小智的化石翼龙控制在空中。 大和没想到化石翼龙还是选择了小智，可能他们两个真的有缘。 “他选择了你，你们两个的缘分不错，要不要尝试着收服他。”
看着化石翼龙满嘴的獠牙，小智心有余悸的吞了吞口水。 “还是算了吧，化石翼龙是顶级掠食者，他是吃肉的，我怕控制不住他，他一口将我给吃了。”
“你要相信皮卡丘，他一定会保护你的。”
皮卡丘眯着眼睛，自信的拍了拍胸口。 “皮卡皮卡。”
“怎么样，要不要试试？”
小智心虚的摇了摇头。 “还是算了，我感觉我能找到更好的化石神奇宝贝。”
大和理所当然觉得小智这是托词，他就是不想明说自己怕了化石翼龙。 “这只化石翼龙的确吓人了一点，不过你可以找到承载化石翼龙基因的化石，那样复活出来的化石翼龙会更亲近人类一点。”
大和面前这只化石翼龙充满了野性，挣脱了魔墙人偶精神强念的控制，再度朝着他们扑上来，试图捕食他们。 【化石翼龙】 等级：lv58 特性：坚硬脑袋 资质：lv75 明明是坚硬脑袋特性的神奇宝贝，化石翼龙居然散发着强大的压迫感，难怪他在动画中出场的时候能够吓跑镰刀盔和多刺菊石兽他们。 魔墙人偶与化石翼龙你来我往，一时间居然还拿不下他。 大和当即用心灵之力加持魔墙人偶，瞬间用精神强念控制住化石翼龙，然后施展催眠术。 一枚红白球飞出，化石翼龙被收服。 小智称赞大和，然而却因为没有注意脚下，一脚踩到了一块小石头，摔倒后扑倒在一块石头上面。 然后石头动了起来，露出了里面的神奇宝贝。 “头盖龙？”
【头盖龙】 等级：lv30 特性：破格 资质：lv45 “什么情况，这里怎么会出现一只头盖龙？”
“大哥，你认识这只神奇宝贝？”
“这是活跃在神奥地区的化石神奇宝贝，现在应该已经变成了化石才对，没想到居然在这里找到了活的。”
“小智，看来你和他非常有缘，这只头盖龙就交给你收服吧。”
小智也越看头盖龙越满意，心中决定要收服他。 “是！”
就在皮卡丘与头盖龙展开战斗之后，大和默默让系统扫描，打算看看大傻谷的这处地下溶洞这里到底有多少的化石神奇宝贝。 【这处地下溶洞只有第一世代的三种，还有你面前这只头盖龙。不过我发现了另外两个溶洞，里面有第三世代和第四世代的化石神奇宝贝。】 大和叫出水晶大钢蛇，前往另外两处溶洞，收集了一套化石神奇宝贝，一共十三只。 当然，还有给研究协会准备的化石盔，镰刀盔，菊石兽，多刺菊石兽。 至于化石翼龙，这里居然只有面前这一只活的，那就只有给研究协会一些秘密琥珀了。 大和通过系统扫描发现这里贝壳化石，甲壳化石，秘密琥珀的数量不少，大和让水晶大钢蛇都挖了出来，给三人一人一套。