贞观九年，润，四月，中。 赤水源之战，薛万均、薛万彻率轻骑兵先行，被吐谷浑包皮围，兄弟二人均中槍，跌下马后徒步参战，随从骑兵死伤十之六七。 左领军将军契何力率数百骑兵前往救援，拚力厮杀进击，所向披靡，薛万均、薛万彻于是得免一死。 李大亮在蜀浑山打败吐谷浑军，俘获其著名首领二十人。 将军执失思力在居茹川大败吐谷浑军。李靖率领各路军马途经积石山河源，到达且末，直抵其西部边境。 听说伏允在突伦川，将要逃奔到于阗，契何力想要乘势追击，薛万均以先前的失败为教训，坚持说不行。 何力言：“吐谷浑与无定所，又无城郭，随水草迁移流动，如果不趁他们聚居在一起时袭击他们，等到他们四处游荡，如何才能能捣毁他们的巢穴？”
于是亲自挑选骁勇骑兵一千多人，直逼进突伦川，万均率部随后。 沙漠中缺水，将士们抽饮马血。 唐军队攻破伏允牙帐，杀掉几千名吐谷浑兵，获牲畜二十多万，伏允只身脱逃，唐军俘获其妻子儿女，侯君集等穿越星宿川，到了柏海，重与李靖的部队会师。 大宁王慕容顺，乃是隋炀帝的外甥，伏允的嫡生子，当初隋朝侍奉杨广，很长时间不能回吐谷浑，伏允只能立另一个儿子为太子。 慕容顺回到吐谷浑后，常常闷闷不乐。正赶上李靖攻破他的国家，国人愁楚不安，都怨恨天柱王；慕容顺便顺应民心，灭掉天柱王，举国请求投诚。 伏允率一千多骑兵逃到沙漠中，十多天的时间，余众散逃殆尽，伏允被身边人杀死。 吐谷浑人拥立慕容顺为可汗。 十八日，李靖上奏说已平吐谷浑。 二十一日，太宗下诏恢复吐浑国。 任命慕容顺为西平郡王、故吕乌甘豆可汗。李世民考虑到他不能降服其民众，仍令李大亮率精兵数千人为其后援力量。 六月，二十五日，因李世民已经为太上皇守孝三月，群臣再次请求太宗上朝听政，皇帝应允，但琐细事务仍委托太子处理，太子颇能裁断政务。 此后太宗每次出外巡幸，便令太子留守监国。 这段时间李承乾的表现众人都看在眼里，对于陛下如此安排众人并无多大意见。 秋，七月，盐泽道行军副总管刘德敏击叛羌，破之。 二十四日，李世民下诏：“太上皇的陵墓依照汉高祖长陵的规模，务存隆厚之意。”
建陵的期限太紧迫，不能如期完成。秘书监虞世南上奏疏认为：“圣人薄葬其亲属，并非是不孝，而是深思熟虑，因为厚葬适足以成为亲人的拖累，所以圣人不为。 言说过去汉朝张释之曾说过：‘在陵墓中藏有金玉，即使铸铜铁封住南山还是有空隙。’ 刘向说：‘死者没有生命的极限而国家有兴废，张释之所讲的，是长远打算。’ 他们讲得深刻，的确合乎道理。陛下圣德超过唐尧、虞舜二帝，而厚葬亲人却效法秦汉的帝王，臣认为陛下不当如此。 虽然不再藏金埋玉，后代之人一见丘垄如此高大，怎么知道没有金玉呢？而且如今陛下服丧依照汉文帝，三十七天脱下丧服，但是丘垄制度惟独依照汉高祖的长陵，恐怕不大合适。 希望陛下能够依照《白虎通义》一书，为太上皇建造三仞高的陵墓，所用器物制度，一律节省简化，将这些刻石碑立于陵旁，此外另书写一通，藏在宗庙内，用做后代子孙永久效法。”
上疏奏上后，虞世南久久没有得到回复。 虞世南再次上疏，认为：“汉代帝王即位后即营造山陵，有的营建时间达五十多年；如今几个月之内要得到几十年的功效，恐怕人力难以做得到。”
李世民这才将虞世南的奏疏传给有关部门，让他们详悉商讨处理。 房玄龄等人议论认为：“汉高祖长陵高达九丈，汉光武帝原陵高六丈，而今九丈则太高，三仞又太低，请求依照原陵六丈的规模。”
皇帝欣然应允。 十八日，皇帝下诏：“建国之初一切制度都是草创阶段，宗庙制度不完备，如今要将太上皇的神主迁入宗庙，应当让礼仪官们详加议处。”
谏议大夫朱子奢请求立三昭三穆而空下始祖之神位。 于是增修太庙，增入远祖弘农府君重耳和高祖神主与原有的宣简公、懿王、景皇帝、元皇帝四神主，共为六室。房玄龄等人议论以凉武昭王李为始祖。 左庶子于志宁议论认为王业并非从李直接继承，不能做为始祖，太宗听从其意见。 当月，党项寇叠州。 李靖在进攻吐谷浑时，曾用厚礼贿赂党项，使他们做向导。 党项首领拓跋赤辞来到军中，对众位将领说道：“隋朝人不讲信用，总是劫掠我们。如今你们的各路兵马如没有害我之意，我请求供给你们粮草；如若不然，我们将要占据险要之地以阻塞你们前进。”
众位将领与他订盟并放他回去。 赤水道行军总管李道彦行军到了阔水，见拓跋赤辞没有防备，便偷袭他，获几千头牛羊。 于是惹怒了羌族人，他们占据野狐峡，使李道彦的部队不能前进。拓跋赤辞袭击并打败李道彦，死数万人，李道彦部撤退到松州。 左骁卫将军樊兴因逗留而耽误军期，士兵们多逃亡丢失。 二十二日，李道彦、樊兴均因此获罪，被免于死刑流放边地。 皇帝派使节在大斗拔谷慰劳众位将领，薛万均抵毁契何力，夸耀自己的功劳。 何力非常气愤，拔刀而起，想要杀掉薛万均，众将救下薛万均并制止了何力。 李世民听到此事后，责问契何力，何力说明详细的情况，太宗勃然大怒，想要解除薛万均的官职以授给何力，何力执意推辞，说：“陛下由于我的缘故而解除薛万均官职，那些胡族官员不知详情，还以为陛下重视胡族而轻视汉人，以讹传讹，争斗之事必然多起来。而且使胡族认为将领们都如薛万均。将有轻视汉人之意。”
李世民听从其言，并没有处置薛万均。 不久，命令契何力为玄武门宿卫官，检校屯营。又将宗室女临洮县主嫁给他。