数码世界某处——在一处布满雷云的山谷中，一个穿着白色长袍遮住脸的男子盘腿坐在地上，而他面前的，正是跟被选中的孩子们有过一面之缘的青龙兽！过了一会儿，围绕着青龙兽脖子的十二颗数码核的其中一颗飞了出来，飞到了在地上盘坐的白袍男子的手中，然后青龙兽的身影逐渐没入雷云中，而那个白袍的男子的身影也消失不见了...————分割线————数码世界，黑暗领域深处——“哦，通往人类世界的大门被打开了吗？”
梅路梅克斯兽坐在自己的宝座上，饶有兴趣的听着部下的报告。“梅路梅克斯兽大人，现在道路被打开了，我们是否也应该把人类世界也作为征服的目标呢？”
一道声音在阴暗的大堂里响起。随着这声音的出现，一双双散发着不祥和诡异红光的眼睛出现在黑暗中，仔细算过去，一共是十对眼睛，也代表着这个大堂里除了梅路梅克斯兽以外还有十只数码兽在场。“哼，也好，在征服数码世界以前，就先拿人类世界来开刀吧，顺便显示一下我们魔狱军团的真正的实力。”
梅路梅克斯兽眼中闪过一丝精光，阴险的笑道。“大人，这次进攻人类世界，就由属下来打头阵吧。”
其中一个黑影开口道。“哦，是吗，那么我期待你的战果。”
梅路梅克斯兽眼中带着一丝赏识和期待。接着梅路梅克斯兽站起身来，大声下令：“去吧，我魔狱军团的最强精英——魔狱十将军啊！将人类世界和数码世界纳入我的掌中吧！”
“是！那么，属下们这就去准备了。”
接着，十对眼睛逐一的消失在黑暗中，整个大堂再度陷入了一片诡异的寂静。“呵呵呵...啊哈哈哈哈...”梅路梅克斯兽那张狂并阴森的笑声打破了这批寂静...————分割线————人类世界，12月25日早上——随着黑暗之塔的出现，世界各地都出现了迷路的数码兽，一时间全世界陷入了混乱。而现在东京都田町区的大街上出现了一只因为迷路而到处乱窜的三角龙兽，住在附近的小贤和赶过去支援的大辅跟它对上了。而其他人则是全部聚集到了光子郎的家去，商讨接下来的对策。至于我们的主角炎次呢？就在炎次和玲音一起前往光子郎的家的途中，炎次突然感觉到了一股奇怪的气息，就在路上停了下来。“喂，你在干嘛，炎次，我们要快点到泉学长的家那里去啊。”
玲音一看到炎次停下来，立刻就不满的说道。“火神兽，刚才的气息是...”炎次并没有回答玲音，而是直接跟火神兽对话。火神兽的幻影出现在炎次身旁，开口道：“错不了的，那是魔狱军团独有的邪恶气息。”
“这么说，魔狱军团也来到人类世界了！？”
玲音也立刻就明白是怎么回事了。“如果它们在这里大闹起来的话就惨了！”
炎次可是很清楚事情的后果的。“我们不要去泉学长家了，先找到魔狱军团的成员打倒它！”
炎次立刻把数码终端器拿了出来，荧幕上的‘火’字显示了炎次的蓄势待发。“真是的，你这个战斗狂。”
玲音一脸‘我就知道’表情看着炎次，不过手上却是不慢，数码终端器也拿在了手上了。“魂——进化！”
×2炎龙兽和仙女兽立刻起飞往气息传来的方向飞去，而那个方向正是——田町区！来到田町区时，重叠龙兽正在跟三角龙兽苦战中，而亚基利兽和木乃伊兽就在旁边的一座大厦上旁观，但周围却看不到魔狱军团的数码兽的踪迹。这时，仙女兽似乎是感觉到风的流动有些异常，当下立即集中起精神来。“在那里！”
仙女兽突然转身朝什么都没有的空中一踢，接着一记闷响声，仙女兽的脚似乎踢中了什么东西，接着空间一阵扭曲，一只幽灵兽的身影显现了出来。不过现在这只幽灵兽的状况可是糟透了，因为仙女兽的那一记回旋踢可是准确的踢中了幽灵兽的肚子，这一脚可是踢得幽灵兽连眼睛都突出来了。“瑰红穿刺（Roseo_Temporale）！”
仙女兽一注意到幽灵兽斗篷上的标记，就知道这家伙就是他们要找的魔狱军团的部下，当即就使出了连环踢。“可恶，十斗士...”被踢得七荤八素的幽灵兽自知不是炎龙兽和仙女兽的对手，便转身要跑。“站住！”
炎龙兽立刻冲过去想拦住幽灵兽，但炎龙兽却注意到幽灵兽那斗篷下的眼神中闪过了一丝得逞的光芒。“你们中计了！”
幽灵兽突然举起镰刀凭空一划，一道黑色的裂缝出现，而裂缝中，一对黄色的眼睛散发着凶残，暴戾的目光。接着，那双眼睛的主人走了出来。完全机械化的左臂，覆盖头部的金属头甲，后脑有些红色的毛发，胸口和身体其它一些部位都安装了机械，背后还有一对破破烂烂的翅膀，整个身体呈现诡异的蓝色，还隐隐约约带有一点腐烂的臭味。而此时炎龙兽外表下的炎次也惊呆了，这只数码兽不是别的，而是病毒种的机械暴龙兽（也被称作‘元祖’机械暴龙兽）！“上吧！机械暴龙兽！用你的力量把炎龙兽和仙女兽撕成碎片吧！”
幽灵兽嚣张的大喊道。机械暴龙兽大吼起来，左臂的钢爪朝炎龙兽和仙女兽挥了过去。“仙女兽！你去对付幽灵兽，这家伙交给我！”
“我知道了。”
炎龙兽和仙女兽避开攻击后立刻分配好了对手。“吼啊啊！”
跟机械暴龙兽体型相近的炎龙兽立刻就和机械暴龙兽展开了肉搏战。“三叉戟腕击（Trident_Arm）！”
机械暴龙兽的机械左臂突然射了出来，后面还连着一条粗铁链，谁都知道这有什么作用。很清楚机械暴龙兽的招数的炎龙兽立刻侧身躲过机械暴龙兽的钢爪，然后就伸手抓住了连接着钢爪的铁链，使劲把机械暴龙兽拽了过来。另一方面，仙女兽却和幽灵兽在上演一出追逐战。原因是，幽灵兽面对向它发动攻击的仙女兽并没有还击，而是出乎意料的转身就跑，看到这一幕的仙女兽感觉自己被耍了，不由得火冒三丈的追了上去。“你这家伙，给我站住！”
现在的仙女兽可是气不打一处来呢，眼前这家伙只是一味的逃跑，似乎是打算消耗她的体力，摆明就是小看她了，不过这时，仙女兽外表下的玲音眼珠子滴溜溜的转了几下，似乎是想到了什么鬼点子了。仙女兽飞了一会儿就突然的停下了，还不停的喘气，一副很累的样子。“嘿嘿，受死吧！灵魂收割（Soul_Chopper）！”
幽灵兽一看到仙女兽那疲倦的样子，还以为自己成功了，举起金色的大镰刀朝仙女兽砍了过去。“啊！不好...骗你的。”
仙女兽假装惊叫了一声但又突然换上一副俏皮的笑容，一个翻身躲过了幽灵兽的镰刀。“微风花瓣（Breeze_Petal）！”
仙女兽双手一挥，几道小型旋风立刻把幽灵兽吹飞了。“仙女兽！转移进化——风神兽！”
仙女兽立刻进化成风神兽，展开翅膀往幽灵兽被吹走的方向飞去。现在回到炎龙兽这里，现在炎龙兽和机械暴龙兽又开始打起了近身战，不过炎龙兽却隐约的压制了机械暴龙兽。其实很简单，机械暴龙兽的身体虽然经过机械强化，但那逐渐腐烂的身体机能还是会不断衰退，导致它的动作并没有还处于暴龙兽时期来的灵活和敏捷；而相反的，经常锻炼身体，而且跟斗士之魂有很高的同步率的炎次绝对有能力压制机械暴龙兽。打了一阵子，炎龙兽避过机械暴龙兽的钢爪，一个大转身，炎龙兽那强而有力的尾巴狠狠地打在了机械暴龙兽的头上，然后趁着机械暴龙兽被打得有些头晕时立刻拉开了距离。“日冕爆破（Corona_Blaster）！”
炎龙兽立刻举起了「Rudori·Tarpana」发射出大量的光弹，浓密的弹幕让机械暴龙兽来不及防御就被狠狠地轰炸到连路都不认识了。“千兆毁灭（Giga_Destroyer）！”
被打得火冒三丈的机械暴龙兽打开了胸口的升降舱，两枚飞弹朝着飞在天空的炎龙兽射了出去，炎龙兽立即一个急速上冲避开了飞弹，不过炎龙兽身后的大厦却遭殃了，直接被飞弹击中了，大量的瓦砾和水泥的碎块掉了下来，而下方正是——大辅和小贤！“不好！”
炎龙兽想立刻冲过去，但却被飞上来的机械暴龙兽缠住了。而此时，一道充满神圣气息的白色光芒从天而降，照射在刚才被三角龙兽抛上天的重叠龙兽的身上了。“这光芒，难道是！？”
就在在场所有人和数码兽惊愕的眼光中，沐浴在光芒中的重叠龙兽的身影越来越大了。“重叠龙兽！究极进化——”“——帝皇龙兽！”
一个覆盖着白色光芒的巨大身影以肉眼无法察觉的速度飞到了大辅和小贤的上方，用自己的身体挡住了那些碎瓦砾。光芒散去，一个巨大的龙型数码兽出现在大家的眼前。蓝色的身躯表面覆盖着一层黑金相间的装甲；长而锐利的金色龙爪；背部装有一台巨大的炮塔；还有那双超过三十米宽的红色巨翼，正是传说中的古代龙数码兽——皇帝龙兽！“居，居然又再进化了，究极体...不可能啊，”木乃伊兽早就被进化后的帝皇龙兽给吓得魂飞魄散了。“吼！”
斗志高昂的三角龙兽朝帝皇龙兽拔腿冲了过去，但却被帝皇龙兽用前爪一把抓住了。“数码大门开启！”
大辅和小贤趁这个机会打开了通往数码世界的大门“快，帝皇龙兽！把它放到大门这边来！”
帝皇龙兽立刻把三角龙兽抓到数码大门的前面，很快的，从大门发出一道光把三角龙兽给吸了进去，小贤也立刻把电脑和上了。接着，帝皇龙兽就带着大辅和小贤飞到了高空中。“阳电子镭射（Positron_Laser）！”
三道强力的螺旋状光束从帝皇龙兽背上的炮塔射出，一瞬间就飞到日本其他有黑暗之塔的地方，将三座黑暗之塔给炸毁了。然后，帝皇龙兽就带着大辅和小贤到那三座黑暗之塔原本的位置，去将那里的数码兽们送回数码世界去。至于炎龙兽嘛，它趁机械暴龙兽被帝皇龙兽给威慑到无法动弹的这个机会，突然加速一个猛冲把机械暴龙兽撞飞，掉到了地上。“烈焰风暴（Flame_Storm）！”
炎龙兽趁着这个空隙发动了必杀技，顿时一道火龙卷把机械暴龙兽给包围了起来。另一方面，风神兽也毫不犹豫地使出最拿手的速度战，以极快的速度在幽灵兽的身周飞行，然后还不时地冲过去撞它一下。“疾风龙卷（Wind_of_Pain）！”
风神兽这次飞到了幽灵兽的上方刮起一道龙卷风把幽灵兽打到了地上。“急速切割（Gilgamesh_Slicer）！”
风神兽的手和脚上浮现一团红光，然后就迅速的朝幽灵兽冲过去。“呃？呃啊啊啊！”
幽灵兽刚漂浮起来，头也才刚清醒，还没反应过来，风神兽的身影就已经出现在幽灵兽的身后，而此时幽灵兽的身体也裂开了一个‘X’形的伤口。这时，炎龙兽和风神兽都很有默契的落到地上，身体也被数据流包围了起来。“炎龙兽！转移进化——火神兽！”
“风神兽！转移进化——仙女兽！”
火神兽和仙女兽分别走到了被自己打败，出现了数码密码的对手前面，拿出了数码终端器。“污秽邪恶的灵魂啊，就用这个数码终端器来净化你吧！数码密码——扫描！”
“乘着这清爽的风，让我用这个数码终端器，净化你的心变得美丽纯洁！数码密码——扫描！”
随着两人的呐喊，机械暴龙兽和幽灵兽的数据被扫描了，身体也变回了数码蛋，然后就朝着远处飞去，大概这个时候大辅他们打开了数码大门的关系，所以数码蛋自动的通过大门回到数码世界了。然后过了不到一分钟，帝皇龙兽就出现在空中，然后在附近的公园降陆了。接着，第一代和第二代的被选中的孩子们在这个公园里集合，正在听特地来现实世界的玄内先生的讲解，并且分配着分组的人选。至于炎次和玲音则是留在了日本，不为别的，只是有点不放心，毕竟刚才魔狱军团才来到人类世界闹了一番，谁知道它们会不会再来。就这样，大辅等人乘着帝皇龙兽，开始了拯救世界的大任务了。“诶，真好啊，我也好想到外国去哦。”
看到大辅他们能够到外国去，玲音这个在家里本来就不得势的大小姐可是羡慕的不得了。“好了啦，别羡慕了，我们还有事...”炎次刚说到一半时，突然感觉到了一股不寻常的气息，而且这股气息就在附近而已！“炎次，这种感觉是...？”
看来玲音也察觉到了这股气息了。“去看看！”
炎次和玲音二话不说的就拔腿离开，往他们所察觉到的气息来源跑去。“这，这是...”炎次和玲音来到源头处时，却惊讶的说不出话来。只见大马路中间出现了一个黑色的通道入口，而这个入口跟前几次梅路梅克斯兽所使用的一样，大量的武者兽从通道里出来，而且这些武者兽的身上都有魔狱军团的标记！然后，这些武者兽却整齐的列队起来，从中间让出了一条路。“踏，踏...”一阵类似马蹄声的身影从通道的另一头传来，然后一个高大的身影出现在通道的入口处。面对着来袭的敌人，炎次和玲音的神经此时可使紧绷到了极点...