乾熙十五年二月，吏部奏请朱高煦对张辅、朱能统兵收复的扶南半岛北部的三个宣抚司、十余个宣慰司改土归流，置以郡县。
针对吏部所奏，朱高煦下令让众臣廷议。 对此，众臣分成了两派。 一派认为麓川、木邦、孟养等土司乃是边陲之地，蛮汉杂居，矛盾甚多，若置以郡县，朝廷不好管理，而且派遣流官的治理成本太大。 另一派认为，只有对麓川等宣慰司、宣抚司置以郡县，才能让南疆边境安定下来，否则日后难保不会再出现类似思任法这样的逆贼。 何况目前大明修建铁路的技术已经越发成熟，将来用铁路贯通麓川等地与云南、交州的联系，亦不算难事。 最后，朱高煦拍板决定将那些地方划为两个省，收归朝廷直接管理。 他下诏令废除孟养、麓川、木邦、缅甸、底兀剌、大古剌等六个宣慰司，改设孟养、麓川、木邦、缅甸、东吁、勃固六个府，六府下设三十一个县，置孟甸布政使司等处进行治理，以缅甸府为孟甸省治首府。 又将孟定、孟艮两个御夷府与车里、八百者乃、八百大甸、底马萨、老挝等五个宣慰司废除，改设孟定、孟艮、车里、淡挝、景迈、万象六个府，六府下设三十五个县，置孟挝布政使司等处进行治理，以万象府为孟挝省治首府。 朱高煦心里很清楚，军事斗争的胜利，只是治理孟甸、孟挝两省十二府的第一步。 至于第二步，重点在于如何确保两地的和平与稳定。 因此，他殚精竭虑，对治理孟甸、孟挝做出了一系列的部署。 首先是废除原先的土司行政制度，建立新的三司郡县管理体系。 设置孟甸、孟挝两个布政司之后，朱高煦认为非名臣望重者不能镇之，于是命建平亭伯高士文、靖远亭伯王骥分别担任孟甸巡抚、孟挝巡抚。 高士文是咸阳人，在洪武末期以小校从征云南及金山有功，升为燕山左护卫百户。 其人质直刚果，善骑谢，永乐初年跟着张辅征交趾，乾熙初年又跟着朱高煦北征，累功升为指挥使。 他以参谋的官职，在第二次麓川之战期间，通过详细的侦察，对远近各处的险关易隘均了如指掌，为明军破敌提供了可靠的决策依据，论功封三等伯爵。 朱高煦任高士文为孟甸巡抚，乃是看中了他对孟甸的地理人文较为熟悉。 王骥前文有介绍，虽然没怎么参加过大型战役，但是他之前长期担任知府、府尹类的行政官职，拥有非常丰富的治理地方的行政经验。 他在第二次麓川之战期间，以参谋之职配合张辅立下了不小的军功，论功封三等伯爵。 此后，朱高煦又从京师派出兵部郎中龚永吉出任孟甸布政使司右参政、国子监常科书院祭酒吴与弼出任孟挝布政使司右参政。 当然，由于孟甸、孟挝两地情况的特殊性，除了布政司一级的官僚，地方上各府以及由朝廷直管的县级主官皆由致仕武臣出任。 巡抚与布政使选定之后，便是都指挥使司高级官员的任命。 朱高煦命会川县伯赵安为孟甸都指挥使，定西县伯蒋贵为孟挝都指挥使。 同时，以赵安为孟甸副总兵，辅佐孟甸总兵官张辅镇守孟甸。 又以蒋贵为孟挝副总兵，辅佐孟挝总兵官朱能镇守孟挝。 接着又置孟甸左、右、前、后、孟养、木邦等一十四个卫指挥使司，孟挝左、右、前、后、孟定、孟艮等一十六个卫指挥使司，命大都督府遴选致仕武官往守孟甸、孟挝诸城。 到此，大明基本实现了对于孟甸、孟挝全境的军事卫所全覆盖。 此后，朱高煦又命赵安、蒋贵督兵修缮城池，设立屯堡，修置邮传，安辑其民人。 而且，面对孟甸、孟挝境内错综复杂、为数众多的土著势力，朱高煦明智地采取了先合作，再逐步汉化的策略。 不过，朱高煦并没有放弃“取汉名、说汉话、改汉俗”以及“强制通婚”的强制汉化政策。 大体上与洪武五年朱元璋颁布的强制蒙古、色目汉化的旨意类似，孟甸、孟挝境内的土著女子只能嫁汉人男子，土著男子也只能娶汉人女子，否则男女两家都会被抄没家产，发为官奴婢。 尽管这样的政策执行起来差异很大，“土女嫁汉男”容易，而“土男娶汉女”就比较困难了。 所以，为了方便这个政策的施行，还要同时强制规定土著必须用汉字、说汉话、改汉俗，废除“收继婚制”与“近亲结婚”等陋习。 同时鼓励“土男”参军，从新兵、辅兵做起，通过立功来体现其“竞争优势”，降低迎娶汉女的难度。 如此坚持一两代人，土著们就彻底融入华夏了。 朱高煦特地趁着新设府县官员的机会，把强制汉化的执行情况作为了孟甸、孟挝所有府县官员的考核标准之一，土县也不例外。 所谓“土县”，即知县由当地豪酋、头目担任的县，这种土官就叫做“土知县”。 朱高煦准许新置的孟甸、孟挝下辖的各府之下的县，半数为土县。 对于愿意和朝廷合作的土著头目，都赐冠带，给以诰敕，使任本县知县等官。 但朱高煦特地对土官人数设置了上限，即不超过总数的一半。 让两省地方上的豪酋、头目充任土知县，乃是为了安抚两地的民心，降低原先十余个宣慰司下辖土著百姓对大明朝廷设置郡县、强制汉化的抵触情绪。 毕竟，面对有了官身后触手可得的利益与权力，用汉姓汉名汉俗、说汉话什么的，对地方豪酋、头目而言，根本就不算是事。 朱高煦考虑到土知县可能会欺上瞒下，做一个天高皇帝远的“土皇帝”。 因此，他在诏书中明确规定，土知县为文官职，负责一县民政，因其故俗，附辑土民，修职贡，纳赋税，朝廷颁给铜印、敕书，赐以冠带，一般准世袭。 若土知县在任期内胡作非为，触犯大明律令，朝廷自会罢其官，重新委任新的知县。 各府县设有卫所，由都指挥使司进行管理，选拔地方上的小头目担任卫所百户及以下级别的武官职，一般准世袭。 当然，违反军法与触犯大明律令者，依然会依法依律处罚，朝廷不会因为其土民出身而对其网开一面。 至于土著出身的卫所将士如若立下军功，朝廷也会一视同仁，论功行赏，该升职升职，该赐爵赐爵，不会搞区别对待。 毕竟，蒙古色目将士投降大明后累功升任都指挥使，或者封爵的又不是少数。 另外，为了保障孟甸、孟挝的后勤供应，朱高煦命户部令商人往两地“纳粮给糖”之策。 当时户部奏定商人纳米给糖之例为：“凡往孟甸、孟挝纳米三百斤者给交州冰糖两百斤。”交州冰糖品质之高，仅次于御用贡品南洋冰糖，其市价比大米高出数倍。 如此丰厚的回报率极大的激发了商人的积极性。 当时商人们在孟甸、孟挝招人开垦土地，种植稻谷，纳粮于官府，然后领取糖引，支糖发卖。 商屯的发展，加快了孟甸、孟挝土地的开发，有力地推动了两地社会经济的发展。 当然，除此以外，朱高煦也没忘记搜刮外国。 就在设置两省三司衙门的同时，朱高煦还下旨遣使南下暹罗、真腊、占城，征粮饷助孟挝、孟甸兵食。 当时的暹罗王、真腊王、占城王可不敢驳朱高煦的面子，皆在收到旨意后，下令运粮三千石或五千石以助。 与此同时，朱高煦还在孟甸、孟挝积极推行汉化教育，先后在万象府、麓川府、缅甸府及木邦等府开设常科书院。 在这股风潮的影响下，许多土知县甚至还遣其子侄入京师求学。 至于后世传闻说张辅、朱能在攻克麓川之后曾经将麓川国在官之典册，在野之典章，悉付之一烬。 这种说法不见于史册，有值得商榷的地方。 毕竟，麓川、老挝平定之后朱高煦曾经让张辅、朱能“考前元时所留兵数并计岁用及税粮徭役之法与凡事便宜以闻。”
而张辅、朱能的回复大致相同，说是因为屡经兵乱，图籍不存，兵数无从稽考。 由此可见，乾熙君臣并没有烧毁麓川、老挝史籍的打算。 至于历史的真相如何，那后世之人就不得而知了。 毕竟，数年后思任法父子及麓川、老挝等屡次作乱的土司首脑皆被剿灭，并无后人留下。 此外，朱高煦还不断从全国各地调兵入孟甸、孟挝开展军屯。 乾熙十五年六月，诏两淮都督府各选辅兵三万五千人及其家眷，给军器、农具，调入孟甸之地屯种听征。 乾熙十五年八月，诏两广都督府选辅兵两万四千人，给军器、农具，调入孟甸之地屯种听征。 乾熙十五年冬十月，诏陕甘都督府调陕甘土军四万三千人，往孟挝屯种听征。