下面就结合具体的内丹功法，讲一讲张三丰的内丹理论。具体的功夫可以分成两大阶段：筑基炼己和性命双修。前面讲过筑基的功夫，也讲过为什么要筑基。由于人从出生的那一刻起就开始受到后天的各种影响，使先天的身体、精气神受到了耗损，而这种耗损还会随着年龄的增加而越来越严重，直至死亡。追求长生或者长寿，首先要返回先天状态，否则就谈不上进一步，而补回耗损回到先天之体的过程就是筑基。对于如何补回耗损的精气神，特别是年纪偏大的人，这一步就更为关键。张三丰有一首《后天筑基》诗：气败血衰宜补接，明师亲授口中诀。华池玉液逐时吞，桃坞琼浆随日吸。绝虑忘思赤子心，归根复命仙人业。丹田温暖返童颜，笑煞顽空头似雪。本质上，张三丰的筑基功夫和前面讲过的基本一致，无非就是扫除杂念，寂灭情缘，从调息、呼吸、打坐、意守丹田到冲关、通脉，同样是百日的功夫。筑基是修行的前提，杂念越少，摒弃得越早，则得丹越早。不过，张三丰明确地把筑基和儒家在伦理道德方面的践行联系了起来。在他看来，道家讲究积阴德，德行为先，阴功为本，二者如果划个等号，显然至少是一个好人才有资格筑基修道，所以张三丰认为儒家的仁义礼智信这些东西真的对修仙得道有帮助。在《无根树》中，张三丰还有一套著名的“阴阳栽接法”，是这样讲的：无根树，花正微，树老重新接嫩枝。梅寄柳，桑接梨，传与修真作样儿。自古神仙栽接法，人老原来有药医。访名师，问方儿，下手速修犹太迟。这可不是讲的园艺学的嫁接技术，而是借这种嫁接技术使人的身体能够返先天的思路。炼己和筑基是没办法割裂划分的，丹法的东西前面讲过不少了，这里所说的炼己实质上是元神和元气相交的功夫，也可以说是坎、离或者说内药、外药相交的功夫，说法虽多，但实质是一致的。为什么说是炼己呢？十天干戊和己的五行为土，而戊土和己土又有阴阳之分，一个阳土一个阴土。戊土是阴里含真阳，己土则是阳里育真阴，二者一动一静，相合就是坎和离相合，也就是元神和元气相交，就是前面讲的铅、汞，所以丹法里叫炼己实际上就是炼内药。肯定有道友会问，戊和己都是土，为什么不叫炼戊呢？用阴阳理论来解释，己是阴土，内含真阳，修炼就是为了强化那点真阳，把体内的阴性的、后天的杂质全部炼化掉，把耗损的精气神补回来，最终得到纯阳之体嘛。张三丰说：“炼己只是养元神”，就是修心、养性、炼神，最终返回先天。前面还讲到过道家修炼中的顺逆问题，钟吕讲，陈抟更讲，顺着就是凡人几十年的生老病死，只有逆着才能长生、成仙。筑基和炼己没有明确的界限，都是修炼的基础功夫，不过筑基偏命功，而炼己更偏重性功方面的修炼。在《玄要篇》中说“未炼还丹先炼性，未修大药且修心。心修自然丹信至，性清然后药材生。”
同样都是性命双修，南北二宗却不相同。北宗主张先性后命，南宗主张先命后性，这些在前面讲过。之所以不同，这和南方、北方的自然环境、水土、饮食等多方面的因素有关。以前讲过“四象五行皆藉土，九宫八卦不离壬”，北方人重土，南方人重水。北宗，成员自然多是北方人，牙好胃好，吃嘛嘛香，大鱼大肉尽管来，就是吃的好，身体就好。北宗认识到长生不死的主体不是阴滓色身，而是真性本体，于是以坚韧的意志品质苦修炼性以达大道巅峰。从修性入手进行修炼非常难，所以必须有类似苦行的修行才能炼出真性本体。经常有人会问，和尚都是要出家，守好多戒律的，那么道士要不要出家？能不能结婚？之所以有这种疑问，是因为有的道士需要出家持戒，而有的又不需要。别的不说，北方的全真道士是需要到宫观里出家的，是不能结婚的，也有很多的戒律要遵守。而南方的正一道，就可以结婚，可以在家修行，当然也有很多戒律要持的，并不是很多人想的不持戒。之所以有这种区别，也和先命后性和先性后命的区别有一定的关系。炼己也是炼心，因为心是离火，离中是己土，是阴土宜静，所以要炼到心不动，离宫修订则气和，气和则身安，身安才能精满气盈，这就是道家的解释。也就是说，对于北宗来说，炼己就要炼心，就是要炼心中那一点阴土。相对来说，南方人为主的南宗则首重命功，讲究持心，认为“饶君了悟真如性，未免抛身却入身”。张伯端不是说过嘛：“若要修成九转，先须炼己持心。”
张三丰也注重性命双修，那么他的性命双修属于哪一派呢？他说：“死生了当非神气，性命功夫在汞铅。”
他还说：“夫道，无非穷理尽性以至于命而已矣。”
他还说：“修道者，修此阴阳之道也。一阴一阳，一性一命而已矣。”
他还说：“修命有助于见性，见性有助于修命。”
他还说：“性要炼，命要接，休在人间虚岁月。”
由此可见，张三丰的筑基、炼己就是性命双修，兼南北二宗的，也就是说在他认为要双修，都重要，没有谁更重要，两手抓，两手都要硬。实际上南宗、北宗在本质上是一致的，并不是非要分出来你重视性，我重视命，有个先后、主次的分别，张三丰认为炼己不但要修、持，还要炼，因为这些都是炼性、养元神的功夫，最终都是炼元神。至于如何炼己，张三丰和前辈们有一点是不同的，就是他主张入世，到凡尘俗世里打滚。“先炼己于尘俗，积铅于廛市”，“炼己忘世情”，实中求虚，“寂然不动，感而遂通”，达到这一步，就说明筑基功成了。具体到实践，就是“凝神调息，调息凝神”这八个字的功夫。首先要明白什么是凝神，什么是调息？“心止于脐下曰凝神，气归于脐下曰调息”。“凝神者，收己清之心而入其内也。心未清时，眼勿乱闭。先要自劝自勉。劝得回来，清凉恬淡。始行收入气穴，乃日凝神。”
调息则不难，“心神一静，随息自然。我只守其自然，加以神光下照。即调息也。”
“凝神调息，调息凝神”这八个字在实际修炼中可以分解成四步，就是：第一步是凝神，“收己清之心而入其内也。心未清时，眼勿乱闭……”，所以第一步也可以说是清心。至于如何清心，清不了怎么办，“自劝自勉”，用意志去控制杂念。最后能够“收心入气穴”，“心止于脐下”，这就是凝神的功夫。第二步是调息，“心神一静，随息自然，我只守其自然，加以神光下照，即调息也。”
凝神以后，意念随呼吸沿任脉入丹田，就是“气时于脐下”。“神依息而定，息依神而安，互相依附，始曰大定”。所以，这一步的调息实际上最终又是为了凝神。第三步是再调息，实际上就是在凝神以后，是“调试阴蹻之息与吾心中之气相会于气穴也”，是进一步利用调息来引动祖气和丹田的气相交，所以这一步就是水火既济、心肾相交。最后则是再凝神，这一步的凝神和第一步的本质区别就在于神、息已在丹田里面相交，相当于前面所讲内丹功夫中结丹前的阶段，也是陈抟所说的得药阶段，此时还要为神息两忘，为复归无极做准备，所以这里的凝神要注意与丹田的联系，“不即不离”，不可断，但又不能强。“大道以修心炼性为首，性在心内，心包性外，是性为定理之主人，心为栖性之庐舍。修心者，存心也；炼性者，养性也。存心者，坚固城郭，不使房屋倒坍，即筑基也；养性者，浇培鄞鄂，务使内药成全，即炼己也。心朗朗，性安安，情欲不干，无思无虑，心与性内外坦然，不烦不恼，此修心炼性之效，即内丹也。”
经过四步，如果成功，就可以神息两忘的境界。那么这又是一种什么境界呢？是进入一种极境：“勿忘勿助，以默以柔……忽然神息相忘，神气融合，不觉恍然阳生而人如醉矣。”
至此，就完成了前面所讲过的百日筑基的功夫。凝神调息，调息凝神这八个字，对后世影响相当大，包括柳华阳、李涵虚等人都花了很大工夫研究、体会这八个字。前面也讲过，修道入门是极难的，因为从静到空，到忘，不是每个俗人都能做到的，所以张三丰也说“还丹容易，炼己最难”，人的杂念太多，多到蒙蔽了心性。那么为什么他又主张到尘世中炼己呢，这又是一个心性的问题，能够和花花世界一刀两断的人，才是与道有缘的，能出世的才能再入世。筑基炼己是一个贯穿始终的基本功夫，就算是达到返虚境同样也要炼己。当炼己有一定火候后，修的这个性就可见了，就是所谓的明心见性。此时已经达到心性修炼的最高境界，实际上离丹成也就不远了，因为后面相对就容易了，“真性清净，元神凝结”。