嘉靖四十三年时，侄子陆律考中了贡生，未来仕途一片光明，好友陆续高中离乡，现在连侄子都后来居上考走了，陆西星没有什么感慨是不可能的，所以在《金丹就正篇》序言中陆西星表达了对仕途的无奈，对仙道的渴求。此时，陆西星对老庄也开始了深入研究，由于内丹理论已成，所以他开始注解《道德经》，并加入自己的丹道理论。嘉靖四十五年（1566年）闰十月，陆西星闭关三个月，完成了《老子玄览》，就是《老子道德经玄览》的写作，可惜还是没钱付印，直到14年后才有人捐助印成了书。道友们都知道，《老子》并不是一部丹经，不过并不妨碍内丹人士把它当成理论的渊源，其实就包括魏伯阳和张伯端。陆西星同样认为《老子》就是内丹性命双修的开山之作，说它是“性命之极至”，“朔大道之宗，穷性命之陷，完混沌之朴，复真常之道”，所以他首先“参以丹经”完成了这五千文的注疏。参与了《封神演义》作者成为话题以外，陆西星的这部《老子玄览》也被一些人拿出来说事儿了。那么这部作品又有什么问题呢？这得先介绍一个人——王道。其实，对于不是专门研究相关学术的人来说，陆西星也好，王道也好，一般人应该都不知道，他们都不是那种三岁孩子都知道的名人。说起这位王道，和他有关的还真有一个更有名的人——严嵩，知道他的人估计就多了吧。王道和严嵩都是京官，不过属于两个对立阵营，所以经常要和严嵩斗法。严嵩父子两人权势可以说滔天，阁老都不敢和他斗，更何况一般官员呢。王道却敢直接怼上严嵩，而且胜率还可以，不过他和严嵩之间那些事儿咱们不关心，这里要说的是王道曾经赶时髦，同样注解过《老子》，书名叫《老子亿》，在圈子里名气相当大，和陆西星的《老子玄览》可以说是姊妹篇。问题就出在这里，以日本学者三浦秀一先生为代表的一些人说陆西星的《老子玄览》剽窃了王道的《老子亿》。至于是不是真的，国内的大量学者表示不同意，也发文反驳，也有人表示赞成的，不过总体来说这件公案没有引起太大的波澜，有兴趣的道友可以了解一下，这里不多说了。喜欢老庄的道友，真心推荐看一看这二位的书。隆庆元年（1567年），陆西星已经50岁了，这一年他完成了《周易参同契测疏》，这是他在阴阳丹法方面取得的经验和成果，表明此时陆西星已经构建起了成熟的内丹理论体系。同年，陆西星还完成了《阴符经测疏》和《玄肤论》二书。《阴符经》前面专门讲过，《玄肤论》主要讲了陆西星的内丹学，二十篇，七千多字，后面再单独讲讲，这里先略。此后，陆西星又开始学习风律、堪舆地理，对风水很有兴趣的样子，也能理解。当然他自己的内丹专业丝毫没有荒废，隆庆三年（1569年）完成了《周易参同契测疏》，里面用到了很多人元阴阳丹法的理论。在序中陆西星表明了自己注这部丹经的态度：“释经之法，则如携儿入市，十步一顾，犹恐失之”，显然这是古人治学上的认真态度的体现，也是对这部丹经之首的尊重。隆庆四年（1570），陆西星《金丹大旨图》成书。主要讲了先天无极图、太极未分图、太极分阴阳图、阴阳互藏图等八张图，都是内丹的理论基础图式，序中说自己注此经的目的是：“故某所图述，根极化原，直指命术，举纲说约，大义昭然，要在不背于师旨。别为破论，以辟邪宗”。所说的“别为破论”，就是这一年写就的《七破论》，主要是针对内丹修炼中的反面例子加以分析，警醒作用明显。隆庆五年后，陆西星潜心著述，先后写成了《心印经测疏》《吕祖百字碑测疏》《邱长春真人青天歌测疏》《疑金丹四百字测疏》《入药镜测疏》《龙眉子金丹印证诗测疏》等。这三年是陆西星创作的高产期，专著一部接着一部，基本上完成了对入道以来所学所悟的总结。经过五年的沉淀，万历四年（1576年），57岁的陆西星开始专心注《庄子》，“三易岁乃脱草”，《南华真经副墨》问世，真可谓三年磨一剑。后面就直称为副墨了，至于“副墨”一词，取自《庄子·大宗师》“闻诸副墨之子”。为什么又叫南华真经，这一点前面也讲到过。唐玄宗曾封庄子为南华真人，所以《庄子》又叫《南华真经》，另外还加封列子为冲虚真人，相应的《列子》也叫《冲虚真经》。副墨的创作时间是根据书末的一句“起草于万历丙子六月六日，脱稿于戊寅八月八日”确定的，正好是陆西星对自己人生六十年的总结，个人更喜欢把副墨理解为正本的副本，实际上就是一本参考书。有人分析过陆西星为什么会用三年时间专门注解庄子，其中一个理由是他曾经九次科举不中，而最后一次是嘉靖四十年（1561年），算算那时他已过了不惑之年，无论如何看得开，心情郁闷几年也在所难免吧，于是，庄子的那种逍遥九天的超脱给了他莫大的精神安慰，于是开始沉迷进去。在陆西星看来，“生无食肉相，居官何足云？”
我本就不是个当官的料，所以才一直考不上，其实我最“适合仙旨，事皆天定”，今天看到庄子，真的要感激他，从此要学逍遥游，“鹏有九万里，安能学蜩鸠”，这也许和他年近花甲决定动笔注疏庄子有一定原因吧。书成后，时任首辅的同乡、土豪李春芳欣然掏腰包帮着陆西星安排了雕版印刷一条龙，这就是副墨的第一个版本。书出来以后，反响很大，大家对副墨的评价还是非常高的。侄子陆律率先捧场，说叔叔的副墨出来以后，以前的所有注都可以扔了不用看了，还好他没说以后也没必要再注了的话。感念李春芳对自己的支持和认可，万历十二年李春芳病故时，陆西星专门作文表达自己的哀思。晚年的陆西星似乎感觉到自己的阴阳双修没什么进展了，于是又开始研究佛学，课题是圆性成佛。当然，陆西星并不是晚年才开始研究佛学的，应该是一直有研究，至少可以从副墨中看到很多佛学方面的东西。他自己也曾说：“幼读竺西典，芒若失故吾”，可见他是从幼年时便开始研读佛典了，就算不是主修，经过几十年的积累，到注庄子的时候已经足够用了。《南华真经副墨》的成书成为了陆西星学术生涯的一个转折点，从此以后，他开始转而主攻佛学，所以，学者们总结陆西星的一生，大致分成了三个阶段：早年以学儒为主业；中年以后沉迷丹道；晚年则精研佛理。万历二十四年（1596年），陆西星写成了《楞严经说约》，万历二十九年又发表《楞严经述旨》，万历三十年《楞严要旨》。道友可能奇怪，陆西星怎么只研究《楞严经》啊？不要小看《楞严经》，相信没有人不知道这部佛经吧，曾经有这么一种说法：“自从一读楞严后，不看人间糟粕书！”
可见，《楞严经》在一些人的心目中的地位是顶级的，实际上呢，这部佛经在内容上可以说是横跨禅、净、密、律各宗，佛家认为它是无上圭臬，当然值得陆西星精研它了。万历二十九年（1601）五月，陆西星乘船北上北京，舟行通县潞河时写下了《楞严经述旨题辞》。在题辞后，陆西星有这么一句：“万历二十九年岁次辛丑夏五月八十二翁淮海陆西星庚书于潞河舟中。”
万历二十九年是1601年，正是由此推算出了陆西星是1520年生人。万历三十四年（1606年），陆西星87岁了，最终没能证得大道，卒于兴化老家。《重修兴化县志》卷一中有记载：“陆山人墓，北郭外十里平望铺葬布衣陆西星”，碑上有“陆山人墓”署名，后人又在方壶岛北海草堂旧址处修了一座“陆仙人祠”表达对他的追思。从上面的生平可以看得出，陆西星留下了大量著述，简单归纳一下吧。陆西星的著作主要有《宾翁自记》、《道缘汇录》、《方壶外史》、《南华真经副墨》等。存世的《方壶外史》共有八卷，大概可以分成注疏类和撰述类两类，其中注疏类共有十种：《黄帝阴符经测疏》、《老子道德经玄览》、《周易参同契测疏》、《周易参同契口译》、《无上玉皇心印妙经测疏》、《崔公入药镜测疏》、《纯阳吕公百字碑测疏》、《紫阳真人金丹四百字测疏》、《龙眉子金丹印证诗测疏》、《邱长春真人青天歌测疏》。撰著类共有四种：《玄肤论》、《金丹大旨图》、《金丹就正篇》、《七破论》。据黄邃《悟真篇注》跋称，明刊《方壶外史》又收录了陆西星的《悟真篇小序》一卷，所以明刊的《方壶外史》共收录了十五部作品。陆西星在晚年参佛写下的作品主要包括：《楞严经说约》、《楞严经述旨》、《楞伽句义通说》等。