明军战舰虽然比敌人的小、慢、防护差、火力弱，但是因为准备充足，也做了很多战备和提升。
用大沙船改装的战舰发挥了作用，追击时舰艇前面甲板上的大炮还能射击，虽然没有重创敌舰，但是对敌舰上面的设施破坏不少。 因为明军的舰炮口径小，几乎伤不到对方，在战斗中不打船体，反而专门轰风帆和甲板。 炮台在上面，位置较高发挥了作用，一阵乱跑齐发，打得尼德兰人也很狼狈。 等蔡复一的广东战舰赶来，尼德兰人早已不见了踪影，已经跑回了澎湖列岛基地去了。 明军在厦门之战体会到尼德兰战舰高大坚厚的实力，尼德兰战船“前后左右俱装巨炮，一发十里，当之无不立碎“的威力。 这时新任福建巡抚南居益到任，朝廷明令福建当局配合王宏宇组织舰队，赶制战舰和舰载炮，派出小型快船随时侦测占据澎湖列岛的尼德兰海军动向。 等广东的战舰离开，尼德兰人的战舰又返回几艘封锁了漳州海口。大量商人不能出海，这些商人对“红毛鬼”恨之入骨，尤其是损失商船与货物的商人纷纷谋划报复尼德兰人。 这天有厦门的中国商人代表薜伯泉到来向尼德兰人提议；福建商人愿为尼德兰人和明朝官府斡旋谈判做牵线人。 在商人们的努力下，尼德兰人同意让司令弗朗斯率领两艘单桅帆船前往厦门谈判。 尼德兰人代表抵达厦门，由于双方信任不足，谈判在尼德兰船上进行。在达成初步协议后，明朝的三名官员上船作为人质，邀请尼德兰人派出几位船长上岸会见都督见证签署协议。 尼德兰人经过会议后决定由弗朗斯司令率领一名船长一名商务长执行这项任务，陪同上岸的约有30人。 尼德兰三名代表前往都督府会见，其它尼德兰人在岸上接受厦门官员的招待。 在宴会中厦门官员使尽了灌醉下毒等诸多手段，尼德兰代表团随即被囚禁，凌晨四时，两艘尼德兰单桅帆船便遭受到50艘火船的袭击，其中一艘被烧毁。 这只是明军和尼德兰人一系列冲突的开始。 烧毁尼德兰船只后，福建明军开始集结正式誓师出战，蔡复一派去了两艘大型战舰助战来了，福建巡抚南居益亲自浮海至金门，下令渡海出击澎湖。 攻击行动很不顺利，随后在这个月内明军再次派兵澎湖增援。几个月下来，澎湖仍未攻下来，尼德兰人仍在坚守。 当时与尼德兰人私下贸易的海商海盗团伙都在跃跃欲试想要支援尼德兰人，他们正在聚集在澎湖海域上。 副总兵俞咨皋，曾就此事向南居益报告说：明军必须加紧进攻了，战事旷日持久的下去明军粮饷都要接济不上了。 这时候王宏宇派来了火铳部队支援来了，运来了大量粮食。明军誓师总攻，挫败尼德兰的野战兵力，然后又成僵持状态。 尼德兰新司令官孙克抵达澎湖，他发现明尼危机正在扩大，形势已十分严峻。 他得知白沙岛驻有明军约四千人与兵船一百五十艘，以后兵数逐渐增加，至月中旬，增至一万，进出澎湖列岛。 王宏宇一直没有派出主力应战，其实他在拖。 大型战舰和大型舰载炮还在赶制过程，明军主力还在调配中，粮食与战略物资还没有到位。 他故意让南居益在明军损失不大的情况下，围困加小打，逐渐占领了周围所有岛屿。但是给尼德兰人生的希望，让他们求援，把协助倭国攻打高丽的海军调过来。 那里有大量战舰和武装商船，还有许多运输船。既要把尼德兰海军一锅端，也起到围魏救赵的作用，并且把十多万倭寇留在高丽南方。 先吸引尼德兰在亚洲的海军过来，然后第二步就是控制马六甲海峡，建设星洲为新加坡。 再之后消灭无法逃跑的倭寇，消灭了倭寇的主力，就可以肢解倭国，彻底解决这个兵力最庞大的敌人。 袁可立支持毛文龙、张神武骚扰建奴；韩浚调动山东南直隶力量，保证大运河畅通无阻，同时支持袁可立。英国公张维贤、总兵鲁钦在对付白莲教，最大程度保障后方的安稳。 所以，孙克认为尼德兰方面没有派来支援力量，自己再继续战斗下去已没有希望了，火药和炮弹所剩不多了，必须尽快解决这场冲突。 明军再次兵分三路，直逼夷城。尼德兰人想走已经不可能了，孙克确定只要他的战舰一动，四处岛礁上就会有红夷大炮，还有那种可燃烧的碎石弹就会封锁海路。 现在的局面是：孙克把尼德兰的大小战舰，还有几十艘武装商船排列在风柜子红毛城四周的海面，用舰载大炮射程远的优势，让明军战舰无法靠近，因为明军的大型舰载炮很少。 只要尼德兰人还有粮食吃，明军的舰船再多，人员再多也不能接近尼德兰战舰10里以内，明军主将着急也没用。 而尼德兰人因为无法补充火药和炮弹也不敢轻易发射炮弹，双方视乎均不敢越雷池一步，只要一万多明军补给不上只能退兵。 孙克早已派出快船去高丽那边报信了，估计大批尼德兰海军战舰要不了多少天就能赶到澎湖列岛，只要里外夹击明军就会作鸟兽散，危机就解除了。 尼德兰人因为人少，粮食、淡水支持几个月没问题，可明军补给船没几艘，海量的粮食和淡水能支持多久？ 其实孙克想错了，明军许多战舰均是用大沙船改装而成，运输船的排水量都很大，出发前南居益就收到了王宏宇的飞鸽传书。 现在那些改装船里的压舱石全部用粮食和淡水代替了，一万多人使用半年都富富有余，明军根本就不用考虑补给问题。 由于王宏宇让朝廷做出防备，蔡复一也有好友多方提前联系。 澎湖巡检司守住了，在澎湖也增兵、修炮台、完善港口。 澎湖东边不远处的宝岛，也在派人正式在宝岛西部建立北港，并安置北港巡检司。