第二日，承天殿早朝。首辅徐阶出班，叩首奏道：“启禀皇上，恩科出了舞弊大案。臣这个主考难辞其咎。如今学子们群情激奋，臣自请辞去一切官职，平息众怒。”
高拱亦出班奏道：“启禀皇上，贡榜之上，出了十六名开封籍的贡生。臣虽并未参与舞弊，然而臣这个首席阅卷官是开封人，嫌疑是无法洗脱的。臣自请辞去一切官职，承担罪责，平息学子们的愤慨之情。”
隆庆帝闻言，陷入了沉思：新朝初立。朕这个皇帝开恩科是为了收拢天下士子之心。恩科出了舞弊大案，朕这个皇帝如果不做任何处置，未免会让天下士子心寒。罢了，也只能舍掉徐阶、高拱这两个重臣了！李贵妃说得对，做皇帝，有时候要行雷霆手段！隆庆帝道：“恩科舞弊之事，你们二人一个主考，一个首席阅卷官的确是难辞其咎的！念在你们二人主动请罪，这些年又为朝廷效了不少犬马之劳。朕只免去你们的官职，贬为庶民，不，朕赐你们致仕！不再追究你们的罪责！”
徐阶和高拱齐齐叩首：“臣，叩谢圣上隆恩！”
贺六在武将班中心道：徐首辅说要跟高拱同归于尽，为张居正改制革新扫清障碍。今天他做到了！朝臣之中，有一个人对隆庆帝的旨意存有异议。这个人便是海瑞。海瑞是忠直之人。忠直的另一个说法是一根筋。舞弊大案来龙去脉根本没查清，皇上下旨赐一个首辅，一个阁员致仕，这事儿就不了了之了？这不成了和稀泥了么？海瑞出班：“臣海瑞有言启奏。”
冯保眼疾手快，以迅雷不及掩耳之势展开一张黄折子圣旨：“有上谕！都察院佥都御史海瑞，纯良敦厚，能言敢谏。特拔擢为应天巡抚，官升正三品！”
大明官场，有五大肥缺的说法。这五个肥缺闻名遐迩，百官心向往之。五大肥缺之首自然是两淮盐运使。下面的四个肥缺，分别是：应天巡抚；吏部文选司；吏部考功司；兵部武库司。应天巡抚与南直隶巡抚平级。管辖地方大致是应天城、苏州、常州、镇江、松江一带。这可是一块富得流油的地方。隆庆帝知道海瑞是忠臣。可这个大忠臣动不动就要跪死在永寿宫前，谁能受得了？隆庆帝干脆一不做二不休，升海瑞的官，调出京城，眼不见为净！海瑞正要开口说话。隆庆帝却给冯保使了个眼色。冯保心领神会，高声道：“皇上有旨，散朝！”
自此，隆庆初年的科场舞弊大案落下了帷幕。高拱栽赃徐阶不成，反被徐阶与贺六联手，逼得主动请辞。海瑞稀里糊涂，高升了应天巡抚。十六名开封籍的举子，被革出了贡榜。天下士子们的愤怒终于被平息。这场恩科舞弊大案，最大的受益者是张居正。内阁里最大的政敌高拱回乡了，许多利国利民的革新方略，张居正可以去付诸实施。一切看起来很美好，只是看起来而已。