孙策与周瑜分率二万余人偷袭皖城。轻取皖城后，周瑜随从孙策在寻阳和沙羡，分别打败回师救皖的刘勋以及赶来救授的黄祖。经过几次大仗，孙策俘获对方部曲士兵三万余人，战船七千余艘，实力大增。通过这次向西用兵，豫章、庐陵一带也尽归江东所有。战争结束后，周瑜以中护军、领江夏太守的职务镇守巴丘，防范占据荆州的刘表东侵。建安十三年，曹操占领荆州以后，水陆军号称八十万顺势南下，并给孙权下了战书。孙权将书信给部下们看过之后，部下都大惊失色，以张昭为首的官员都劝孙权向曹操投降。当时虽然有鲁肃在场主战，但位卑言轻，无法发挥作用，所以鲁肃让孙权把周瑜召回。周瑜到后，向孙权分析了当下形势，如今北方尚未完全平定，马超、韩遂还驻兵函谷关以西，是曹操的后患。而曹操舍弃鞍马，改用船舰，与生长在水乡的江东人来决一胜负。现在正是严寒，战马缺乏草料。而且，驱使中原地区的士兵远道跋涉来到江湖地区，不服水土，必然会发生疾疫。这几方面是用兵的大患，而曹操都贸然行事。将军抓住曹操的时机，正在今天。我请求率领精兵数万人，进驻夏口，保证能为将军击破曹操。认为曹操这次来就是来送死的。周瑜的话坚定了孙权抗曹的决心，于是以周瑜为主帅，与刘备联合，火烧赤壁，重创曹操。孙策之父孙坚被朱儁推荐为佐军司马攻打黄巾军，孙策与家人留在寿春居住。孙策十几岁时就在寿春结交名士，名声渐渐传播开了，舒县人周瑜慕孙策之名，专程到寿春拜访。周、孙两人同岁，且均少年有志，杰出通达。因而于寿春一见如故，便推诚相待。孙坚前去讨伐董卓。周瑜便劝孙策携母亲弟弟移居舒县，孙策应允。在舒县，孙策结交了很多社会上流人物，江、淮一带的名士都来投奔他。孙坚因攻打荆州而被荆州牧刘表的部下黄祖所杀。孙策当时十七岁，将父亲孙坚葬在曲阿后，孙策一家举家迁到江都。守孝结束后，孙策到寿春找袁术准备讨回之前其父孙坚的旧部建功立业及为父报仇。袁术听其言语，察其举止，知道他能屈能伸，大有过人之处。但要马上将孙坚旧部还给他让他自立，自己又心有不甘。于是，袁术便说：“我已任命你的舅父吴景为丹阳太守、你的堂兄孙贲为都尉。丹阳是出精兵的地方，你可去投奔他们，召集兵勇。”
因为徐州牧陶谦非常忌惮孙策，而现在孙策的舅父吴景任丹杨太守，于是孙策就带着母亲迁居曲阿，与吕范、孙河一起投靠吴景，并依赖吴景召募到了数百人。后来讨伐泾县山贼祖郎，把祖郎打跑了。孙策带着数百人去投奔袁术。袁术这才将孙坚旧部数千人中的一千多人交还给孙策统领。太傅马日磾持节安抚关东，在寿春以礼征召孙策，并表奏朝廷任命孙策为怀义校尉。袁术麾下的大将桥蕤、张勋等都倾心敬重孙策。就连袁术也常叹息说：“如果我袁术有孙郎这样的儿子，死也可瞑目无憾了。”
孙策部下有一骑兵，犯罪后为逃避责罚，逃进了袁术的军营，藏到马棚里面。孙策派人追捕，直冲袁术营中，将罪犯搜出，就地斩首。事情结束后，孙策又前往袁术处赔礼请罪。袁术说：“兵士叛变，理当惩处，有什么可请罪的呢？”
从此军中更加敬畏孙策。不过袁术为人反复无常，往往言而无信，他曾许诺让孙策任九江太守，过后却改用自己的亲信，丹阳人陈纪担任此职，孙策对此很失望。后来，袁术准备攻打徐州，向庐江太守陆康索求三万斛军粮，陆康不给，袁术大怒。孙策以前在舒县时曾去拜访过陆康，陆康看不起孙策，只让自己的主簿接待，自己不出来相见，为此，孙策也对陆康怀恨在心。袁术就派孙策去攻打陆康，并且允诺说：“之前我错用陈纪，经常后悔自己用错人了。如果这次你能抓获陆康，庐江郡就真正属于你所有了。”
孙策奉命出击，拿下了庐江郡。可是，袁术却任用他的老部下刘勋当了庐江太守，这让孙策对袁术更为失望。汉献帝派刘繇担任扬州刺史，扬州过去的治所是寿春，而寿春已被袁术占领，刘繇便在孙策的舅父吴景和堂兄孙贲的协助下南渡长江，在曲阿设立了治所。这次孙策攻打庐江，刘繇忧心忡忡，因为他知道，吴景、孙贲是袁术任命的，他们又是孙策的自己人，担心他们与袁术、孙策联手吞并自己，于是就用武力逼赶他们，吴景和孙贲只好退往历阳。刘繇派部下樊能、于麋驻扎在横江津，让张英驻扎在当利口，来与袁术对抗。袁术则任用自己的老部下惠衢为扬州刺史，以吴景为督军中郎将，和孙贲一起率兵进击张英，却一连几年都未能攻克。吴郡都尉朱治是孙坚的老部下，过去曾任孙坚的校尉，太傅马日磾在寿春的时候，任命朱治为副官，后又被任为吴郡都尉。他发现袁术政德不立，就劝说孙策趁机收取江东。于是孙策就去见袁术。孙策对袁术说：“我家旧日对江东人多有恩义，我愿带兵去帮助舅父征伐横江。横江攻克之后，我还可在当地召募士卒，大概能召募三万人。那时，我再率领他们助您平定天下，谋成大业。”
袁术知道孙策对自己不满，但他认为，刘繇占据曲阿，王朗占据会稽，孙策未必能有什么作为，就答应了他的请求，并表奏朝廷任命孙策为折冲校尉，代理殄寇将军，只给他配备一千多的士卒及相应的军需品，战马几十匹，宾客中愿意跟随者几百人。