当时曹操率大军出征，留守的兵力很少，而且很多人都与张邈、陈宫勾结。夏侯惇到后，乘夜诛杀谋反者数十人，军心乃安。豫州刺史郭贡受吕布煽动，率众数万来攻，军中甚惧。郭贡要求见荀彧，荀彧准备前往，夏侯惇等人说：“您是一州的屏障，如果前往一定会有危险的，不可以去。”
荀彧说：“郭贡与张邈他们，平素并没有什么往来，现在来得急，计划肯定还没有定下；现在趁他计策未定来游说，就算不能帮助我们，也可以使他保持中立，如果先怀疑，那他就会恼怒而定计了。”
于是出城会见郭贡，郭贡见荀彧毫无惧意，认为鄄城易守难攻，引兵而去。荀彧又与程昱定计，保全了范、东阿。卒全三城。不久，曹操回师濮阳击败了吕布。兴平二年（195年）正月，曹操击败侵入定陶（今山东定陶西北）的吕布军。五月，曹操向驻军巨野（今山东巨野东北）的吕布部将薛兰、李封发动攻击，吕布亲自援救，被曹操击败，撤退而走。曹操歼灭巨野守军，斩薛兰、李封，乘胜进驻乘氏（今山东巨野西南）。此时，陶谦已死，曹操获悉后，打算趁机夺取徐州，再回军消灭吕布。荀彧劝阻说：“当年汉高祖保守关东，光武帝占据河内，都是先巩固基地以控制天下，这样进可以制胜，退可以固守，所以虽有困难曲折却最终能完成大业。将军本来是凭兖州起事，平定山东祸乱，百姓无不心悦诚服。况且兖州跨黄河、济水，是天下要冲，现虽残破，但还可以自保，此地就是将军您的关中、河内，不得不先稳定它。如今我们已击溃了李封、薛兰，如果分兵东击陈宫，陈宫必定不敢西顾，我们趁机组织队伍收割麦子，节约粮食，储备谷物，就可以一举打垮吕布。然后向南联合扬州的刘繇，共讨袁术，以控制淮水、泗水一带。如果舍弃吕布不打而东攻徐州，多留守兵则攻城不够，少留守兵就会征百姓也来守城，不能打柴拾草。吕布乘机侵扰杀掠，民心将更恐惧，只有鄄城、范、卫三处可以保全，其余的地方都不为我们所有，这样就等于失去了兖州。要是徐州攻不下，将军将安身于何处？何况陶谦虽死，徐州也不易攻破。徐州已鉴于往年的失败，将会因畏惧而紧密联合，内外相应。现东方都已收麦，必会坚壁清野以防将军；将军久攻不下，抢掠又无收获，不出十天，十万人马尚未开战自己先已困乏了。上次讨伐徐州，实行了以暴力相惩罚，徐州子弟想到父兄被杀的耻辱，必定会誓死奋战，没有投降之心，即使能攻下徐州，还是不能占有它。天下确实有舍这取那的事，以大换小，是可以的，以平安换危险，也是可以的；权衡一时的形势，不顾忌根基不稳固，一样是可以的。现今三者无一有利，希望将军对这种情况细细权衡。”
曹操采纳荀彧的意见，放弃进攻徐州的企图。抓紧战机，收割熟麦，储存粮秣，积蓄实力。不久，曹操大败吕布，吕布连夜弃营撤往徐州。曹操乘胜攻取定陶城，并分别派出部队收复兖州各县，兖州遂平。此战的获胜，对曹操以后统一北方，成就大业，具有重要的意义，荀彧功不可没。建安元年（196年），随曹操击败黄巾军。七月，汉献帝刘协在杨奉、董承等护卫下，从长安（今陕西西安西北）返回洛阳（今河南洛阳东北）。在要不要奉迎天子建都许县的问题上，曹军内部发生了争执。多数人不同意迎接献帝，理由是徐州还未平定，韩暹、杨奉刚刚将天子迎到洛阳，往北连结张杨，暂时还不能控制他们。荀彧则对曹操说：“从前晋文公迎周襄王返回而诸侯服从，汉高祖东征项羽，为义帝穿素服发丧而天下归心。自从天子蒙乱，将军您首先倡导义兵勤王，只是因为山东地区纷扰战乱，还不能远赴关右，但还是分派将领，冒险与朝廷通使节，虽挽救国难于朝廷之外，而心无时不系于王室，这是将军诚扶天下的一贯志向。诚因此时奉主上以从人望，大顺也；秉至公以服雄杰，大略也；扶弘义以致英俊，大德也。天下虽有逆节，不能为累，明矣。韩暹、杨奉怎么敢为害呢？如不及时扶正朝廷，天下将生叛离之心，以后即使考虑此事，也来不及了。”
曹操认为荀彧之言有理，遂应安集将军董承的秘密召请，亲率大军进抵洛阳，被任命为司隶校尉，奉迎献帝迁都许县（今河南许昌东）。曹操被封为大将军、武平侯，荀彧也升为汉侍中，守尚书令。从此造成曹操奉天子以令诸侯的战略优势，并为其此后统一战争（参见曹操统一北方的战争）的顺利实施，奠定了基础。荀彧很少随军出征，而是“居中持重”，曹操虽然在外征战，但军国之事都由荀彧调度筹划。曹操问荀彧：“谁能代卿为我谋者？”
荀彧说：“荀攸（荀彧侄）、钟繇”。荀彧善于举荐人才，起初举荐了戏志才，戏志才死后又举荐了郭嘉。此外，还举荐了陈群、杜畿、司马懿等人，都是当时名士，只有严象和韦康后来因为失败丧命。自曹操迎奉汉献帝后，引起了袁绍的不满。时袁绍雄居北方。曹操则东忧吕布，南拒张绣。建安二年（197年）正月，曹操南征张绣，大败而归。袁绍则更加骄矜溢，写信给曹操，辞语骄慢。曹操阅后大怒，诸将都认为是败于张绣的缘故。钟繇因此问荀彧，荀彧说：“以曹公的明智，一定既往不咎，还有什么好忧虑的。”
见到曹操后，曹操将袁绍书信让荀彧观看，说：“现在准备讨伐不义，但力量无法与之匹敌，该怎么办?”