程昱却说：“以前之所以要诛杀投降者，是因为当时局势动荡，天下大乱，攻打贼人时采取‘围而后降者不赦’的方针，目的在于向其它乱党显示不尽早投降的后果，让所有敌人都感到惧怕，未围先降，那以后用兵便不需要动辄围城。如今天下形势大致已经安定，而且今次的战事是发生在领土之内，这些都是不成气候的贼众，杀了他们也没有可以示威示惧的地方，失去了以往诛降的策略意义。因此我认为这些降兵不可诛杀；即使要诛杀他们，也要先询问曹公的意见。”
可是当时的大臣都说：“军事方面我们可以自行下决定，毋须事事向曹公启奏啊！”
程昱闻言后，不再作出回应。至朝议完结后，曹丕离开议堂，特地引见程昱，向其询问：“您似乎言犹未尽？”
程昱方才表示：“所谓‘可以自行下决定’的制度，是指面对临时之急，需要尽速立定决策的时候，才可以实行的。如今反贼已经被贾信制服，此事不会突发太过急剧的异变。因此老臣才不希望将军急于自作主张，做出专制的事情。”
曹丕这才明白程昱的苦心，叹道：“程君真是考虑得十分周到啊！”
他即时将河间叛变一事向曹操交代，曹操经居府长史国渊的进劝，果然下令不诛降者。曹操还都知道来龙去脉后，十分喜悦，向程昱说：“程卿不单止明于军事计略，亦善于处理别人父子之间的事情。”
程昱生性刚戾，与人多有不和。有人诬告程昱谋反，而曹操却对其赐待益厚。建安十八年（213年），魏国建立时，程昱为卫尉，因与中尉邢贞争威仪，遭到罢免。黄初元年（220年），曹丕代汉称帝，程昱复为卫尉，进封安乡侯，增邑三百户，并前共有八百户。分封少子程延及孙程晓为列侯。朝廷正欲以程昱为三公，程昱却在此时去世，曹丕亦为之流涕，追赠车骑将军，谥曰肃，寿八十。其子程武嗣任。程武死后，其子程克嗣任。程克死后，其子程良嗣任。青龙元年（233年），程昱从祀于曹操庙庭。《魏书》记载：程昱少年时候，经常梦见自己登上泰山以两手捧日。程昱自觉奇异，曾向荀彧说出这事。在兖州动乱之时，全赖程昱奔走筹谋，鄄城等三个县城才得以保全。这时候荀彧把程昱之梦告诉曹操。曹操听后，便向程昱说：“卿当终为吾腹心。”
当时程昱仍是叫作“程立”，曹操顺应梦兆，于其“立”字上加一个“日”字，“程立”于是正式改名为“程昱”。郭颁《魏晋世语》中有一段：“初，曹操乏食，昱略其本县，供三日粮，颇杂以人脯，由是失朝望，故位不至公。”
文中指，早期曹操军队曾经严重缺粮，当时程昱想办法为曹操解决问题，于是在自己的县城里（东阿县）强夺粮食，为曹军供应三日的粮食，这些粮食当中据说更有不少人肉。这些行为令程昱的声誉受到严重的打击，更很可能是他毕生位不至三公的重要原因。法正出身名士家庭，为名士法真之孙。建安初年，由于天下饥荒，法正与好友同郡的孟达一起入蜀依附刘璋，但刘璋不是个善于用人的人，很久之后法正才当上新都县令，之后又被任命为军议校尉。法正怀才不遇，又被州邑中的人诽谤，十分苦恼，益州别驾张松与法正是好友，也觉得刘璋不是个能成大事的人，常常感概自己的遭遇。建安十三年（208年），张松出使曹操，归来后劝说刘璋与曹操断绝来往与刘备交好。不久后曹操在赤壁战败，刘备势力得以壮大。刘璋于是问应该让何人出使刘备，张松于是举荐法正。法正一开始辞让，后来不得已只好前往。刘备见到法正后，“以恩意接纳，尽其殷勤之欢”。法正觉得刘备有雄才大略，是可以辅佐的明主，回到益州后，遂与张松密谋协规，决定暗中戴奉刘备为主。建安十六年（211年），刘璋听闻曹操欲遣司隶校尉钟繇征讨张鲁，因此惧怕曹操得汉中后兼并益州。张松遂劝刘璋迎接刘备入蜀，让他讨伐张鲁，法正于是再次被任命为使者，与孟达各率两千人出使刘备，迎请刘备入蜀。法正于是暗地里背叛刘璋，向刘备献策：“阁下命世英才，刘璋无明主之能，以张松为内应，夺取益州；以益州的富庶为根本，凭借天府之国的险阻来成就大业，易如反掌。”
诸葛亮的隆中对认为想要夺取天下就必须占据荆州和益州，法正、张松的倒戈实乃天赐良机，于是刘备应允，随即率军入蜀。建安十七年（212年），刘备假意答应北伐张鲁，进军葭萌。张松因事情败露被杀，刘备于是与刘璋决裂，向成都进军。益州从事郑度向刘璋建议以坚壁清野拖垮刘备。刘备知道后十分忧虑，法正却认为刘璋虽然没有什么才能，但还算是个爱民的州牧，因此不可能采纳这个会损害百姓利益的计策。果不其然，刘璋认为：“吾闻拒敌以安民，未闻动民以避敌也。”
于是罢黜了郑度。刘备占据益州后，急需与蜀中大族豪强结纳关系，因此群下劝刘备迎娶刘璋旧将吴壹之妹吴氏，但吴氏是刘璋已故兄长刘瑁之妻，刘备认为自己与刘瑁同族，这么做有违礼法。法正进谏道：“论其亲疏，何与晋文之于子圉乎？”
晋文公逃难到秦国时曾娶了亲侄晋怀公子圉的妻子怀嬴。法正认为晋文公尚且可以娶亲侄之妻而未遭到礼法的抨击，何况于刘备与刘瑁之间还不是亲戚关系。刘备遂纳吴氏为夫人。其后，刘备赐予诸葛亮、法正、张飞及关羽四人黄金各五百斤，白银千斤，钱五千万，锦千匹，作为诸将中最高赏赐。法正被任命为蜀郡太守、扬武将军。