公元1241年，余玠以四川制置使兼兵部侍郎的身份为蜀帅，经营川蜀。
在就任四川制置使的十二年间，余玠最大的功劳，莫过于创建了抵御蒙军的山城防御体系。 有了山城，鞑靼人前来进攻时，咬碎了牙齿，却不能夺下山城，极大地鼓励了川民胜利的信心。 他还在川蜀地区屯田聚粮以养军资，数年内就不要朝廷的粮秣补给，可见川蜀之富，也更让朝廷不放心了，反倒成为了他拥兵自重的一个原因。 余玠从来都不畏战，他积极地收复失地加固城池，甚至在抵御蒙军之余，还能聚集力量北伐汉中，收复汉中，夺回三关，完成了封闭蜀口的不世之功。 固然，仗是孟之祥之辈打的，但余玠支持孟之祥，不掣肘他们，孟之祥必须对余玠感谢的。 得益于治理川蜀期间的出色表现，余玠的官职从兵部侍郎晋升为兵部尚书。同时，为了肯定余玠任职四川制置使的功绩，朝廷又先后加封余玠为龙图阁学士、端明殿学士，最后将其封为同知枢密院事（正二品，即为“相公”）。 余玠的这些头衔，随便拿出一个，都是朝堂之上那些庸碌之辈穷其一生都无法企及的荣耀。 毕竟是“选海无涯”，能够成为相公以及学士的文官少之又少，于是就在余玠的荣耀达到顶点之时，远在千里之外的南宋朝廷，有人开始对余玠所获得的荣耀眼红了起来。 在这些人看来，如余玠这类人的成功，无非是在人生的某个特定时间点，多干了一件事，或者是干对了一件事，从此人生就光芒万丈。要是给他们一个机会，他们觉得自己也可以。 余玠行，我也行！ 但是他们或许是不明白，也或许是不愿意明白那么一个道理——谁的成长之路不是历经曲折！谁的成功不是经过千锤百炼！ 当他们在庙堂之上羡慕和嫉妒余玠的无上荣耀时，他们没看到余玠在昏黄的灯光之下，研究川蜀山川大势的情景；没看到余玠在成都平原之上，与蒙军周旋而生死一线的时候；也没有看到余玠因督造川蜀山城的建设而差点跌落山崖的场景；他们更没看到余玠像个普通的农夫一样，在田间劳作的场景。 他们更没看到余玠因积劳成疾，躺在病床上依旧在思索着如何建设四川，如何反击鞑靼人的情景！ 他们说只要给我用上孟之祥，我们也可以把鞑靼人打出四川，差不多就是“有好球员，教练不需要”的意思，却不想想，想要驱使孟之祥这等世之虎将，桀骜不驯的大军头，岂是普通人能够做得到的。 一般人谁不能够对孟之祥那百万贯的盐税纯利不眼红，对孟之祥的账局不觊觎的。 真要是与孟之祥争利互怼的话，嘿嘿，哪怕他身为相公、四川制置使，也保不准死于非命，孟某人熟悉很多“喝水死”和“躲猫猫死”的伎俩！ 方面大员死去，朝廷震动，孟之祥也不能置之度外，万一他被查实罪责，一旦他去职后，四川谁人可保？ 余玠为国为民所做的这一切，全然不在他们的考虑范围之内。而在坎坷的仕途之路上，参倒余玠，倒是一件值得他们“骄傲”和充满挑战的事。 大宋堂堂的左丞相谢方叔，把他那些本该用于治国安邦的心眼儿，用在了忠心为国家保境守土，治理一方军政的余玠身上。 而后，在上有谢方叔谗言诋毁、下有姚世安抗命不遵的联合攻击下，一场针对余玠的政治风暴开始了。 余玠在获知姚世安公然抗命之后的退让，不仅没有换来姚世安的感激，反而让其更加变本加厉的在川蜀之地收罗余玠这十年来的“不法罪证”。 一时间余玠这些年在出任四川制置使期间收了多少礼，挥霍了多少公款，安插了多少心腹，娶了几个小老婆等等，都被姚世安在添油加醋，无据诽谤的情况下，传达给远在江南的谢方叔。 于是，自觉“证据在手”在手的谢方叔纠集徐清叟等人，开始了在朝堂上对余玠展开政治攻击。一时间弹劾余玠的奏章在宋理宗那里堆积如山。 起初呢，老板宋理宗还是明事理的，从平民走上皇位的宋理宗，深知地方工作的不易，故而在朝堂上斥责谢方叔等人：“余玠十多年来守土川蜀，劳苦功高，尔等在这繁华富庶的江南又干了些什么。除了每天醉生梦死之外，又可曾为朝廷分担过半丝半毫的忧患？”宋理宗的话很重，只是那近水楼台的谢方叔，非但不引以为耻，反而坚持不懈的在每天汇报完工作之余还不忘狠狠的在宋理宗面前说上几句余玠的坏话。 所谓滴水穿石，宋理宗终于在谢方叔不断诽谤之下，问起了余玠诛杀王夔，导致边军骚乱事件的始末以及影响。 如此正中谢方叔下怀，他在向宋理宗汇报的过程中，谢方叔那是刻意淡化王夔的骄横无礼，着重夸大王夔往日的战功和对朝廷的忠心。活生生的把余玠诛杀一个飞扬跋扈的将领说成了余玠在经略川蜀之时，滥用自己的职权诛杀异己，安插亲信。并以此暗示宋理宗，这余玠有不臣之心！ 更为阴险的是，明明是谢方叔本人在背后支持云顶山的姚世安和余玠对抗。到他这里又变成余玠因私自往利州府安插亲信，导致利州军民发生了骚乱。而之所以没有发生大的动乱，那是因为他谢方叔让其侄子在云顶山城不断的安抚，调停。 在宋理宗看来，余玠作为一个边疆大吏，诛杀一两个跋扈的边将是不算什么。但是，谢方叔那句“诛杀异己，安插亲信”，却触到了他内心的红线。 古往今来的帝王们，对这些事都是讳莫如深。多数是宁可信其有，不可信其无。 正常情况下，他可以把余玠找来查证，奈何余玠身处千里之外的重庆府，去一趟临安府路上最快都要花费半个月。莫说此时余玠不知道谢方叔的诋毁，就算知道，他又如何以抱病之躯为自己申辩？ 诋毁完余玠之后，谢方叔继而又打了个圆场，假惺惺地向宋理宗进言道：“余玠经营川蜀十多年，虽然有如此过失，但多年来还是有功的。陛下何不将其召还京城，以听其当面陈诉。如若余玠奉召前来，此时仍不失为一片赤胆忠心；如若余玠托辞不来，那余玠不臣之心已昭然若揭。为此，陛下应早做决断！”
几日之后，谢方叔见宋理宗还在犹豫，没有召余玠还京的意思，遂找到参知政事徐清叟，让这个和他沆瀣一气的家伙，找机会激宋理宗一把，将余玠给拖下水。