加州大学的超级计算机比加州理工的算力高了五倍左右,但是运行果蝇基因模拟演化程序仍然很吃力,因为总是在前面就出错停下,目前最长一次模拟也不过进行了十个小时。
模拟中的果蝇幼虫还没孵化出来就不得不结束,需要通过实验补充新的数据,进行调整,然后重新开始模拟演化。八壹中文網
这个流程从五月一直重复到八月底,三个多月的时间,果蝇的幼虫在计算机模拟程序中爬出来了。
显示在屏幕上,就是一条不足十厘米的白色小肉虫子,这还是为了方便观察进行放大后的效果,它的实际尺寸只有两三毫米长。
农村长大的曾凡对这种虫子很熟悉,夏天农村的厕所里到处都是这种生物,它还有个通俗的名字,蛆。
为了模拟这个小玩意的诞生过程,他们两个大学一百多人的团队,忙碌了超过九十多天,尽管这只是初步成功,也已经是很了不起的成就了。
“这个幼虫胖乎乎的真可爱!”倪明明不知道什么时候来到他的身后。
“可爱?一看你就是城市长大的孩子,如果你夏天的时候,在农村上过厕所,就不会这么形容了!”曾凡意味深长的说道。
“它要多久变成会飞的果蝇?”倪明明不明白他的话,继续问道。
“如果程序不出错的话,需要超算连续不停的运行十天,不过不出错的可能性不大,最多坚持三天,到了成蛹期肯定还会出错的!”曾凡说道。
“可惜,我们新学期又要开学了,我是看不到了!”
“后面的模拟进度估计会加快,等到你寒假过来的时候,或许整个模拟演化已经做完了,到时候你可以看到完成的过程!”
“模拟完果蝇,下一步你会模拟什么动物?”
“如果我们自建的超算能如期完工的话,我希望能模拟小白鼠,不然的话,目前的算力,只能继续模仿类似的小型昆虫或者单细胞生物!”
“等到我开始读博,你是不是可以模拟人类基因组的演化过程了?”倪明明笑着说道,她对曾凡倒是信心十足。
“希望如此吧,不过,你要是提前毕业,那就够呛了!”
“得了吧,你以为人人都像你那么变态,我能按时毕业就知足,我认识的同学已经转学走了四五个了!”倪明明说道。
曾凡通过帕米拉实验室的网络连接加州大学超算中心进行模拟演化,他这里只相当于超算的一个终端机,前面上下两排六个液晶屏幕,显示果蝇基因功能模拟程序的各部分重要数据变化,也可以根据需要切换显示别的内容。
这时候正中央上方屏幕显示的果蝇幼虫停止爬动,翻了个身,肚皮朝上不动了。
下方屏幕弹出一个红色错误提示框,这次模拟又出现错误,自动中止。
“又来活儿了,不过这次问题应该不大!”曾凡苦笑道。
“不打扰你工作,我下班了,拜拜!”倪明明从后面拍拍他肩膀,背着一个双肩包离开了。
曾凡查找错误原因,开始不知道进行了多少次的重复操作,整个程序就是在这样一次次的错误中不断完善进步。
每次报错中止,意味着至少一个基因功能模拟错误,这些一般都是未知功能的基因,通过实验验证,往往就能发现这个基因的实际功能,哪怕只能获得部分数据,只要程序能跳过这个错误,就能从后续模拟中获得这个基因的更多数据,再通过实验证实,一个重要的功能基因就又被发现,也意味着又可以发表一篇高质量论文。
虽然整个果蝇基因功能演化模拟进展缓慢,可是两个大学的众多参与人员已经发表了十几篇相关论文,还有更多在酝酿之中,大家并没有任何气馁之心,好像在挖掘一个金矿,很多人还期待着能挖掘更长时间呢。
这个时候,曾凡和加州大学那边的团队将程序错误进行解读分析,确定是哪个基因出错,分配给相应小组进行实验,在取得相应数据之前,模拟就暂时停止,超算让给其他的团队使用,他就可以去做别的事情了。
通常这个时候他就会离开实验室,去图书馆看看最新的期刊,用来放松心情。
如果像今天这样,时间比较晚了,那就提前回去休息,上网玩会游戏,逛逛论坛,收发下工作邮件,然后洗澡睡觉。
他和薛燕虽然注册结婚了,并没有天天住一起,薛燕大部分时间还是住在学校宿舍,他们更像一对学生情侣,仍然有各自的独立空间,三五天没有见面都是正常现象,当然,每天都要进行例行的联系。
在实验室走廊,正遇到准备下班的帕米拉教授,两人一起走楼梯下楼。
“我在哥伦比亚大学的导师弗兰克教授发过来邀请,想请你过去做下交流,你感不感兴趣?”
“就是他们实验室上次准备和我们联合研究,最后关头又变卦吧?”曾凡问道。
“超算的使用也并不是他一个人能决定,他们学校的规模是我们十几倍,在这方面比我的权限要小得多!”帕米拉为自己的导师解释道。
“我不抱成见,你如果希望我去,那我就去一趟,这次是他们独立研究,我们学校不参与吗?”曾凡问道。
“他们的超算最新完成升级,算力进入世界前十,弗兰克教授的团队准备模拟更复杂的冈比亚按蚊基因组演化过程,可是他们低估了程序的难度,进展很不理想,想请你过去帮忙找找原因,咱们学校你也知道,和加州大学的合作人手就已经不足了,分不出更多人参与!”帕米拉苦笑道。
“好吧,我考虑考虑,明天给你答复!”
这件事说完,他们正好走到实验楼门口,各自上车离开。
西边太阳已经落山,夜幕即将笼罩大地,曾凡将野马停在房子车库前的空地上,耿厉两人的快餐车已经回来了。
进入房子,薛燕也在,吴小林的女朋友艾伦也在,加上耿厉四个人正围着餐桌吃饭,他再晚回来一会,人家都吃完了。
看他进门,几个人纷纷跟他打招呼。
“有没有做我的份,我晚饭也没吃呢?”曾凡问道。
“你那份被艾伦吃了,吃肉饼吧,蛋花汤还有你的份!”耿厉笑道。
“曾,对不起,还以为你又要加班呢!”艾伦赶忙表示歉意。
“没关系,肉饼也一样,能填饱肚子就行!”曾凡确实不讲究这个。
同样农村出来的耿厉做饭很是精打细算,总是想办法避免浪费,无论是炒菜还是米饭馒头,都要计算人头,保证不会剩下太多,他通常都是最后一个吃完,尽量不留剩饭。
吃完饭大家在客厅看电视闲聊一会,先是单身一个人的耿厉回自己房间了,然后薛燕示意曾凡上楼。