玲子和海盗团的众人敲定了针对克里西亚海盗团的计划。因为现在是白天，天上没有星星，所以他们并不清楚现在境况如何。
还活在游戏当中的，只有玲子和万事屋三人，以及‘十九世纪末的伦敦’这一游戏舞台的柯南一行人。
玲子端坐在椅子上，总觉得内心不安。
不会是江户川柯南那边出事了吧？
——
玲子的预感成了真。
此时的柯南，正为了寻找‘开膛手杰克’而努力。
在游戏开始之前，发布会会场发生了一起杀人案件。受害者是‘茧’的研发负责人坚村忠彬，被人一刀刺死在工作室里。
而他面前的键盘上，沾着血的三个字母，成了破案的关键。
“jtr”，jacktheripper，开膛手杰克。
只要在游戏里侦破一百年前的伦敦连环杀人案，就能知道现实中杀害坚村忠彬的凶手是谁。柯南是这样认为的。
所以他才会一个人戴着胸针去参加游戏，却没想到进去之后会看到少年侦探团的几个孩子，以及小兰。
更让他没想到的是，一个名为诺亚方舟的人工智能会将他们当做人质，完成一场以性命为赌注的游戏。而从它的言语之中透露的意思来看，似乎是为了帮一个叫泽田弘树的孩子报仇。
泽田弘树，和现实中发生的那起案子，会有关联吗？柯南摸着下巴深思。
少年侦探团一行人和小兰跟着他一起选择了十九世纪末的伦敦舞台，同行的还有刚才在会场和他们发生过冲突的那四个孩子，分别是瘦高个男孩菊川清一郎；平头男孩诸星秀树；胖男孩江守晃；以及吊梢眼泷泽进也。而铃木玲子和她的三个助手，选择了一开始的海盗世界。
刚进入游戏，他们就撞上了开膛手杰克的作案现场，可惜阿笠博士给柯南的发明在游戏里起不了作用，让他逃走了。
虽然阿笠博士很快在外界找到方法连接游戏，给予他们声音提示，但这一举动惹恼了诺亚方舟，它不仅切断了联系，还令大桥崩塌以此作为警告。站在桥上的柯南一行人差一点就掉下去了，柯南还伸手帮了菊川清一郎一把。
紧接着，同行的诸星秀树发现了大钟的古怪：分针竟然是倒着走的？！
从50分到49分，再到48分，柯南判断出，分针指向的数字，代表游戏中的剩余人数。
而在前往贝克街寻找福尔摩斯的路上，他们遇上了一个拉着手风琴的流浪汉，他念念有词的说着奇怪的话，从柯南一行人身边走过。
既然是游戏，当然没有预想中那么简单。
柯南他们原本是想寻找福尔摩斯，向他寻求帮助，解开开膛手杰克的真正身份的。只可惜这时候的福尔摩斯正巧因为巴斯克维尔的猎犬事件，离开伦敦前往达特摩尔了。
但柯南并没有就此放弃。就算福尔摩斯不在，他们也可以凭借自己的努力解开谜团。很快，他们就发现了开膛手杰克与莫利亚提教授的关联。
被称为‘犯罪界的拿破仑’的莫利亚提教授，虽然在黑暗势力中极具影响力，但并不常出现于人前。柯南立即想到解决方法：既然找不到莫利亚提，那么就去寻找和他有所关联的角色。
巴斯查.蒙郎上校，莫利亚提教授的心腹。在福尔摩斯的笔记上记录着，他常出没的地点，是市中心的扑克牌俱乐部。
原本柯南想要通过上校接触莫利亚提的，但诸星秀树却打乱了他的计划，惹怒了上校一伙人。
在这场混乱中，之前被柯南从崩塌的桥上拉起来的菊川清一郎为了保护柯南而被打中；光彦和步美两人被酒瓶击中；元太帮柯南挡下射向他的子弹。
被打到的孩子都会被淘汰。光彦和步美看着身上泛起的光圈，转头微笑着对柯南说道：“柯南，你一定要让我们复活哦，拜托你了。”
然后，无奈退场。
好在柯南通过威胁巴斯查上校，成功与莫利亚提教授接触，并从他口中得知明天会在报纸上刊登的讯息中，指示开膛手杰克下一步的计划。
而柯南也从报纸上得到了自己想要的信息。莫利亚提想要指使开膛手杰克下手的人，是福尔摩斯一生中最敬佩的女人，也是唯一一个击败过福尔摩斯的女性，艾琳.艾德勒。
既然知道了敌人的目标，那么事情就会好办许多。柯南他们借着福尔摩斯的名义来到凯旋公演的后台进行探访，与艾琳.艾德勒成功会面。
虽然早有预料，但柯南看到这个角色的时候还是忍不住无语了半晌。
传闻中福尔摩斯最爱的女人，在他老爸参与设计的游戏里，果然是他老妈工藤有希子的模样。
就算他们告知艾琳，莫利亚提教授利用开膛手杰克，要在今晚的公演上对她下手，艾琳还是拒绝了他们取消公演的提议。
诸星秀树凑到柯南耳边轻声道：“这女人胆子还真大诶。”
柯南嘴角抽搐，因为他妈就是这个个性。
而之后的公演活动不出预料的，发生了爆炸。
就在天花板横梁上的灯掉下来即将砸到艾琳的时候，离得最近的江守晃和泷泽进也一边大叫着“危险！”一边扑过去推开了艾琳。
虽然艾琳毫发无伤，但两个孩子却被掉落的灯打中，惨遭淘汰。
而现实中，这些遭到淘汰的孩子的‘茧’，都变的灰暗，旋转着沉到舞台底下。
现在的舞台上，还亮着的‘茧’为数不多了。
就在柯南带领着他们从后门离开时，灰原哀为了推开倒塌雕像下方的柯南，也被砸中了。
即将淘汰时，她笑着对柯南说：“绝对不可以放弃哦，工藤。”
“如果找不到可以帮助我们的角色，那么对我们来说，你就是福尔摩斯。”
“没有什么案子是福尔摩斯解决不了的。”
说完这些后，灰原哀在一片光圈中退场。
此时的游戏里，仅剩下伦敦舞台江户川柯南、毛利兰、诸星秀树三人，以及海盗舞台铃木玲子、坂田银时、神乐、志村新八四人。
总记七人，将决定五十人存活与否。