事实上，《天元突破》这部动画确实是第十六话才开始走上封神之路的。
这一话的前半段，主要还只是介绍一下打败螺旋王七年之后，大红莲团众人各自的变化，到了后半段，新的敌人出现——反螺旋族。
可氏三姐妹中的大姐可优在医院生下一个孩子，名叫安妮，在现场的尼娅，第一时间给男主西蒙打了电话，说这件事情。
两人正聊着天，结果因为地表上的人口数刚好达到100万，敌人入侵。
男主挂断电话，准备应敌，另一边，女主尼娅手上浮现神秘纹路，很快便消失不见。
路修派出奇米和妲莉两人所在的gura-pearl小队，跟入侵的敌人作战，然而完全不是对手。
原大红莲团的两名成员很是不甘心地说：“要是我们有颜面在的话，那种家伙根本就是小菜一碟。”
结果路修手底下的人马上反驳，说颜面是螺旋王的遗物，因为与新时代不相称所以被全面销毁，gura-pearl则是对红莲螺岩进行研究后，改良成更适合战斗的量产机，如果连这个都不是对手，老式颜面更加不可能会是对手。
战场上，妲莉遇到危险，千钧一发之际，是男主驾驶红莲螺岩出手，救了妲莉。
指挥部，路修通过大显示屏看到这一幕，没有叫好，反而说亲自上前线不是男主的工作。
男主这一回再也没忍住：“傻瓜！保护市民的生命和城市，那不才是我们最重要的工作吗？太平日子过傻了吗？”
路修有点生气，但也只能让人配合。
男主驾驶机甲，大战敌人的机体，好不容易将敌人的机体摧毁，王都也因为敌人的机体解体之后产生的爆炸遭到破坏。
然后，路修总算有了抱怨的理由：“明明连敌人真正的身份都还不知道，胡乱反击一气，把什么都毁了，行动太轻率了。”
紧接着，天上，巨大的月亮底下又出现尼娅的身影，向地球人发出宣告：“我们反螺旋族anti-spiller，判断地球人类达到螺旋力危险等级第二阶段，现在起将发动人类歼灭系统。”
第十七话，宣告完毕，尼娅便消失不见。
路修为了解开谜题，将不知道从哪里弄来的螺旋王的脑袋唤醒。
另一边，男主苦找尼娅无果，正在河岸边失落着的时候，尼娅出现。
不过，此刻的尼娅已经不再是之前的那个尼娅，人格消失，成为反螺旋族的信使，她告诉男主：“螺旋族会给这个宇宙带来灭亡，为了阻止这种事发生，就有了我们反螺旋族。”
与此同时，螺旋王也在向路修解释：那些颜面本就是用来对抗反螺旋族的东西，将人类封印在地底下则是因为螺旋族在与反螺旋族的战争中失败了，只能逃回各自的母星。
“镇压了这个银河的反螺旋族，对有螺旋生命反应的行星设置了螺旋生命体歼灭系统，地面上的螺旋生命体超过一定数值后，会自动感应并启动系统。”螺旋王是这么说的。
他特意将所有的人类封印在地底下，也是这个原因。
至于为什么之前没把这个原因说清楚，则是因为：“被螺旋本能驱使的愚蠢生命，会一味地向天前进，靠语言和理性无法抑制这种冲动，能够做到这一点的，只有恐怖。”
人类来到地表之后，科技爆炸，进步飞速，也是因为螺旋生命的潜力。
根据螺旋王和尼娅共同的说法，3周后，月球将脱离轨道，撞向地球，这就是所谓的螺旋生命体歼灭系统。
得知情报之后，路修十分惊讶，十分动摇，很快便意识到问题的严重性，让螺旋王绝对不要泄露出去，以免引起市民的恐慌，然而已经晚了。
另一边的尼娅跟男主西蒙之间的对话是在电视上直播的，所有人都知道了。
“遗传基因中隐藏有反螺旋分子的人类，居然会作为罗杰姆的女儿出生，实在是造化弄人，但一旦成为启动了的反螺旋族，我就无法再变回人类了，”
尼娅最后说了一句，退回到反螺旋族的机体之中，消失不见，反螺旋族的机体也对王都发动疯狂攻击。
男主亲自出手，大战反螺旋族的机体，保护了人类。
然而，王都内的人们非但不领情，反而群情激昂，怪他将反螺旋族引来。
“这就是我，一路战斗至今的结果吗？”男主十分动摇。
路修本想解释的，但解释无果，还被人扔了石头，然后他当着自己下属的面说：“必须有人站出来划清界限，这就是政治。”
于是，男主就被逮捕了，大哥卡米纳的雕像被愤怒的人民推翻。
螺岩号的核心钻头被路修收走，然后，就在许多人帮路修洗地，以为路修这么做是为了保护男主的时候，法庭上，路修直接判处男主死刑，而且律师和检察官都是路修的部下，根本不存在公正一说。
刚刚做出判决，尼娅出现，跟男主说了两句话，然后，敌人的机体“无颜”出现，对地面发动攻击。
男主借此向路修提出要求，让他驾驶红莲螺岩与那些无颜对抗。
这话说出来，路修还担心男主会逃跑，最后是因为给红莲号设置炸弹，以此作为条件，才同意让男主出战。
炸弹还是设置在喜欢着路修的可氏三姐妹中的二妹可侬的腰带上的，也是可侬负责驾驶红莲号，随男主出击。
好在，男主并没有逃跑的打算。
这一战获胜之后，男主被关押进监狱里面。
路修则向民众宣告了超弩级战舰的存在，表示大家可以乘上战舰，一起逃离地球，这个消息也让民众十分亢奋，路修的民心和人气瞬间达到顶点。
当天，无颜再次对地面发动大规模攻击，路修只能规定一个时间，尽可能多地让战舰收容民众，大部分人都要被抛下。
不过，曾经的大红莲团中的许多成员都选择主动留下来，可唐还在战舰离开之前找到路修，将男主的核心钻头要过来。
规定的时间一到，战舰便毫不留情地起飞，离开地球，然而这根本就是个陷阱，等着他们的只会是更强大的攻击，只会是绝望。
与此同时，曾经离开了王都的优子回归，将被关押在监狱里面的男主救出来。
大红莲团重组，热血重燃，加上之前被抓捕，同样被关在监狱里面的比拉鲁，一行人冲到天上，进入太空。
就在路修等人乘坐的战舰遭到疯狂攻击，即将支撑不住的时候，男主等人出手，一场无比精彩的战斗，助战舰脱离危险，还成功控制住月亮，让月亮能够回到原先的轨道上。
获胜之后，在太空舱中，男主见到尼娅，同时展开两人之间的一段对话：
“命运是不会改变的。”
“什么？”
“由于地球人类歼灭系统失效，反螺旋族将进入全面战争状态，他们拿出全力的话，就算是你也赢不了的，反螺旋族的本队很快就会为了消灭觉醒的螺旋族，来到这个银河吧。”
这是可以预计的事情。
不过，男主更关心的是另一件事情：“如果我们赢了的话，你能恢复原状吗？”
“为了分析你们的资料，我将被召回反螺旋族本星，你说的可能性无限接近于零。”尼娅一脸冷漠地回答。
男主却没放弃，反而乐观地说道：“但并不是零吧？那对我来说就和100%一样。”
闻言，曾经的尼娅的人格突然恢复，满脸期待地问道：“你会来接我吗？”
“当然了，你以为我是谁？”男主很是肯定地回答道。
尼娅感动着，脸红了一下，很快就在男主面前消失不见。
第二十一话的最后，男主一行人平安返回地球。
“等着我，尼娅。”男主遥望天空，说了一句。
显然，接下来的主线剧情就是去接尼娅，顺便打真正的最终大boss反螺旋族。
跟前十五话的内容不一样，第十六话到第二十一话，剧情密度简直可以用“爆炸”来形容，而且一点都不套路，非常精彩。
原本说这部动画无聊以及怀疑打完螺旋王之后剧情会变得套路起来的声音都消失了，这部动画的人气也开始一步步走高，从一开始的人气动画变成超人气动画，加上这部动画的风格跟《死亡笔记》和《鲁路修》几乎完全不一样，让林智彦收获了大批新的粉丝。