众人是被一通电话给惊到了，第一时间返回东京的。 警察厅被人入侵了，各国间谍名单被盗走了。 安室透追击那名入侵警察厅的女人，据说是酒厂员工，名字叫做库拉索。 安室透追击库拉索，结果半道杀出个程咬金，FBI也参与了追击库拉索的行动。 两方没有通气，没有配合，这就导致哪一方也没有抓到库拉索。 库拉索失踪了。 诸伏景光一听到这话就坐不住了。 间谍名单泄露，安室透的身份也会暴露，以组织对付卧底的手段…… 诸伏景光要第一时间赶回幼驯染的身边，保护他，与他一同面对危险。 南野星树叫来了直升飞机，乘坐直升飞机飞回东京。 此时是东京时间半夜两点，萩原研二的义骸使用时间已经到了，灵魂脱离了义骸。 不过他担心安室透的危险，又向鬼灯请了两天的假，留在现世帮助好友。 普通人都看不到他，他正好利用这个优势进出一些私人场所和警察无法进入的地方，帮着他们找人。 柯南的身体是真的小孩子身体，因此一早就睡了。 南野星树等人接到消息后没有叫醒柯南，南野星树更是给柯南嗅一下安神的花香，让他睡得更熟，被抱上直升飞机都没有苏醒。 南野星树将柯南安置在自家的客房中。 这件事情还是不要让柯南知晓为好。 这是国家与黑衣组织的博弈，柯南参与不进去。 但他忘记了柯南的事故体质。 他不让柯南知晓，柯南却无意中参与了进去。 诸伏景光急匆匆地离开了，他要赶去幼驯染的身边帮助幼驯染。 南野星树打开电脑，让诺亚二号帮忙寻找库拉索的踪迹。 这个小姐姐是个非常会躲藏的人，全城的监控几乎都没有拍摄到库拉索的身影。 松田阵平开车跟着自己的幼驯染出去了。 幼驯染进入私人的地方找人，松田阵平在外面等待。 若是萩原研二真的找到了人，灵魂状态下无法通知其他人，就得由松田阵平这个能看到幼驯染能跟幼驯染对话的原普通人、现不能算普通的家伙来通知其他人了。 这对幼驯染是最好的搭档。 清晨，柯南从睡梦中醒来，发现自己的睡觉地点竟然换了。 这里…… 哦，是星树哥家的客房啊！ 柯南放下心，推门走了出来。 “早安，星树哥。”
“早。”
南野星树对柯南道，“早餐做好了，你带着自己这份和阿笠博士灰原哀的份儿，去隔壁吃。”
“诶？星树哥要急着出门吗？”
“嗯，有紧急的事情要处理。”
“明白了。”
难怪自己一觉醒来从北海道的酒店换到了星树哥家的客房。 这是发生了什么要紧的大事，星树哥连夜赶回来了吧？ 是什么大事呢？ 柯南想知道。 但他明白南野星树不会告诉他，他只能闭上嘴，等会儿让博士帮自己调查。 柯南提着保温盒去了阿笠博士家。 阿笠博士看到柯南手中的保温盒，眼睛刷地就亮了。 便是灰原哀，也双眼放光。 她迅速从柯南手中接过保温盒，提着进了厨房。 灰原哀会做菜，但手艺也只是寻常。 在吃过南野星树做过的菜后，她明白了什么才是真正的美食，跟阿笠博士一样，期待南野星树有空的时候做些好吃的分享给他们。 同样，他们也期待绿川光做的美食。 灰原哀打开保温盒，里面装的是白皙的椰汁糕、半透明的虾饺、金黄色的蛋挞和造型可爱的奶黄包，还有一份炒河粉。 漂亮的造型和浓郁的香气让灰原哀直吞口水。 华夏美食果然是全世界最好吃的美食。 灰原哀已经爱上了华夏美食，她专门买了一本华夏美食菜谱，有空就研究制做。 柯南刚要开口让阿笠博士查查东京这两天发生了什么事情，博士就告诉他一个不好的消息。 “为了安抚被你抛下的三个孩子，我答应他们今天带他们去东都水族馆玩。正好你回来了，就跟我们一起去吧！”
不要啊！ 他想参与星树哥的大事件，不想陪着一群小孩子玩啊！ “我能不能不去啊，就说我还没有从北海道回来。”
“呵呵。”
身后两声冷笑打破了柯南这个奢望。 柯南瘫在桌子上，就知道灰原哀这女人不会让他好过的。 灰原哀将装好食物的盘子摆在餐桌上，对阿笠博士道：“博士，赶紧吃，不要理这家伙。”
美食当前，博士哪里顾得上其他，立刻埋头吃了起来。 那速度…… 桌上的美食肉眼可见地减少。 “卧槽！给我留点儿！”
柯南立刻加入抢食的队伍中。 早餐完毕，挺着小肚子瘫在沙发上不想动弹的柯南被前来阿笠博士家汇合的三个小学生堵个正着。 这下子，他是不想去也得去了。 小岛元太一出，柯南根本逃不出他的魔爪。 柯南不甘不愿地被揪着去了东都水族馆。 南野星树先去了一趟警视厅，然后又去了警察厅。 警察厅里面没有乱起来，有桑原和彦坐镇，警察厅的运作有条不紊。 南野星树来到桑原和彦的办公室，桑原和彦正好向下属布置完任务。 “就知道你回来。”
桑原和彦知晓南野星树的性格，他对自己认可的人只会非常好。 诸伏景光是南野星树认可的人，安室透是诸伏景光的幼驯染，为了诸伏景光，南野星树也会帮安室透。 桑原和彦将资料递给诸伏景光。 其实不用这些资料，南野星树也知道警察厅发生的事情，诺亚二号可是非常好用的。 现阶段，没有任何一项科技能够赶得上诺亚方舟。 做为其复制体的诺亚二号，在网络世界就是一个王者。 给自家哥哥面子，南野星树没有说出自己入侵了警察厅网络的事情，低头翻看起了资料。 一会儿，南野星树抬起头，对桑原和彦道。 “和彦哥，我怀疑库拉索应该是是失忆了。”
桑原和彦：“嗯？”
南野星树：“所以库拉索没有返回黑衣组织，我们要先找到她！”