早朝并未由此结束，此次案件是勋贵集团为代表的五军都督府和文官集团所掌控的兵部弊端的体现。
当初明太祖朱元璋设置五军都督府和兵部共掌军政，是让其相互制约，随着时间的推移，五军都督府已成了摆设，兵部的权力无限扩大，所以导致了京营、卫所的腐败。
现在的兵部权力之大，已经危害到大明的执政生态了，简单来说就算皇帝要用兵也必须通过兵部的同意，兵部还有权驳回皇帝的调兵旨意。
兵部又是文官把持，文官的老大是谁？东林党，这也是为什么崇祯调白杆军进京时要用密旨，等所有人反应过来，白杆军都已经驻扎好了，已经形成对朝臣的威慑了。
只有这样崇祯才敢做接下来的事，不然你皇帝要建立新军？我们兵部不同意，你要整顿京营？我们兵部不同意，勋贵也不同意。
而白杆军在此，你不同意一个试试？这也突出了一个人的功劳，那就是秦良玉，她敢没有兵部调令就听从皇帝的密旨，换谁都不敢，也不愿，就算袁崇焕也不行。
为了更好迎接接下来的战争和各种改革，必须要分权兵部，也是对前线将士的生命负责，不然由一群整天之乎者也的腐儒、一群只知争权夺利的人来指挥军队作战，算什么回事？
“鉴于此案体现出朝廷军政诸多弊端，已无法满足如今作战的要求了，所以朕欲设立大明司令部，与六部同列，下辖作战司、军法司、参谋司，司令部负责指挥、调遣、管理全国军队！”崇祯抛出一记惊雷！
“陛下不可，我大明自太祖以来，皆有兵部辖制军队，陛下此举会乱了祖制”，兵部右侍郎霍维华着急劝谏道。
“陛下立司令部权力之大，怕生出诸多事端，唯恐武人乱禁，国本动荡啊！”韩爌这个东林党大佬出列说道。
……
接下一共十几名文官出列反对，没办法谁让皇帝动了他们的利益，这相当兵部没有了兵权，那就是皇帝要收走他们的“武器”，以后说话怎么硬气，怎么给自己牟利！
“诸位皆认为兵部辖制军队是对的，可为何我大明边军连年战败，如今尽失奴儿干都司，这是何故？京营十几万编制，到如今只剩一万多老弱病残，这又是何故？军粮被贪墨、军田被侵吞，这又是何故？谁能告诉朕，”崇祯质问道。
见没人回答，崇祯继续说道：“朕告诉你们，是兵部已无力辖制军队，以致大明无可用之兵，这才是国本不固！”
“孙爱卿，你这个兵部尚书说说这个司令部该不该立？”
“回陛下，司令部是应运时代而生，当立！”孙承宗当然支持，这些军改皇帝可是和他们这些近臣说过的，而且作为上过战场的老将，他当然知道兵部的掣肘，知道司令部是正确的。
“臣等附议孙阁老！”一大波勋贵自动出列附议，刚才你们这帮文官可是要喊对我们勋贵“抄家灭族”，现在我们也来恶心你们一把。
“既然如此，大明司令部就此成立，诸多细节，之后颁布！”
“陛下圣明！”
“退朝！”
“恭送陛下！”
今日注定是不平凡的一日，连皇帝的老丈人都被整下来了。
而对于这波勋贵的处理也透露一个信号，你们勋贵给朕老实点，朕连老丈人都搞，还搞不了你们？
而兵部也成为笑谈，连军权都没有了，文官集团再也没有和皇帝正面对抗的能力。
接下来几天皇帝颁布了司令部的诸多细节和编制人员。
司令部最高长官是总司令，往下是司令，司令往下是三司，即作战司、军法司、参谋司，作战司由诸多军帅组成，军法司是李邦华等人主导下辖宪兵队。
而参谋参司是由崇祯新提出的，由杨嗣昌主导，下辖各级参谋，分别是军级参谋、师级参谋、旅级参谋、团级参谋，负责辅助作战指挥官，为指挥官谋划，处理所属单位的日常事务，包括收集情报、联络等工作。
这是崇祯参考后世军队体系结合大明现状，作出的附和当下国情的部署。
这样做的目的就是分化领兵武官的权利，指挥权、司法权、行政权分立，避免武官独揽大权，造成尾大不掉和造反等情况出现。
还有一个考虑是，明末基本上没有能指挥大规模军队作战能力的军官，目前只有袁崇焕一个，而这样的部署就是为了大规模作战的准备。
出乎所有人意料，皇帝亲任司令部最高长官—总司令，大家才意识到皇帝是要彻底掌权军队。
而原兵部尚书孙承宗调任司令部司令官一职，加封太子太保，官居一品，同时司令部还有两名司令官，一品柱国夫人秦良玉和英国公张维贤。一个部同时三名正一品大员，而且最高长官是皇帝，这就意味着无人能干涉司令部，毕竟其他部最高品级也就是正二品的尚书。
御书房内孙承宗、张维贤、秦良玉、李邦华、杨嗣昌、孙传庭等一系列新军体系的人还有兵部新任尚书俞安性等一些兵部大臣正在商讨皇帝的新军品级制度。
“陛下这军衔制为何种制度，臣等愚钝，请陛下明示？”孙承宗等人被崇祯又一个新制搞迷糊了。
“军衔制是武官的一种品级制，和文官的九品相似，但又相互独立！”八壹中文網
“朕将全军上下，分为将官级、校官级、尉官级，每个官级又有细分，比如将官分为少将、中将、上将、元帅…”，崇祯将后世军衔制跟诸位大臣介绍。
足足商讨一整天，众人才带着感慨离去，皇帝陛下真乃天人，这是众人心中的认知。
从司令部和军衔制的确定，就标志着皇帝将军和政彻底分离，再也不是以前那样连个兵部文官也能带兵上阵了。
同时确立了诸将的军衔，三位司令为上将军衔、新军军帅和李邦华、杨嗣昌为中将军衔，往下的师长为少将，以此类推。当然只是初步确立，具体还要实施后才能发现问题，而且新制暂时只在新军执行，其他边军暂时为持原样，崇祯不会傻傻的认为自己现在有动边军的能力，毕竟新军还没形成战力，军威也没有打出来。