离开神奇宝贝学院，走了不久便看到大海了，妙蛙种子也差不多完全恢复了，加入了训练的队伍，并且提升是最快的，当然一路走来也少不了各种对战，最惊喜的就是独角虫进化为铁壳昆，尼多朗进化成尼多力诺了，尼多力诺不仅自己学会了保护和影子球，还从喷火龙那里学会了喷射火焰，小艾也总问拓也为什么能带这么多神奇宝贝，拓也只能无奈的告诉小艾自己让大木博士修改了自己的神奇宝贝携带数量。
（拓也先有的神奇宝贝：路卡利欧，火恐龙，比比鸟，铁壳昆，尼多力诺，鲤鱼王，穿山鼠，妙蛙种子）
沿着海边走了很久，拓也他们看到了一座灯塔，屹立在悬崖边，灯管闪烁，在茫茫大海中指引方向。
“小艾，看前面有一座灯塔，我们去看一下，今晚或许可以在那里过夜。”拓也道。
小艾点了点头，很快就来到了灯塔前，敲了敲门。
“请问，有人吗？”拓也喊道。
又敲了三声，终于有人来开门了，小铁门吱的一声被打开了，然后拓也又见到了他熟悉之人，开门的人正是小智。
“啊拓也，你怎么也在这儿。”小智惊讶的问道。
“我们只是想找个地方过夜，没想到我们这么有缘！”拓也笑道。
“小智，是你们的熟人就让他们进来吧！”灯塔内传来了一个声音。
“好的，正辉博士。”小智回道。
“正辉博士？难道说这里是正辉灯塔？”拓也心中突然想到，正辉是也一位有名的博士。
走进灯塔，小刚和小霞也在，他们正在做饭，还有一个穿研究服的人正坐在电话机前和电话另一边的大木博士通话，你一句我一句，拓也本想打个招呼，但看两人聊得那么起劲，也就不插嘴了，倒是大木博士突然看到了拓也。
“拓也，你怎么也在这儿？”
正辉这才发现身后站了一个人。
“好久不见大木博士，找不到地方过夜，找着找着就来到这了，今天可能要麻烦正辉博士了，正辉博士，您好，我是来自真新镇的拓也。”拓也道。
“不麻烦，不麻烦！”正辉道，正辉其实挺年轻的，人也很和蔼。
“哦，是这样啊！收复了多少神奇宝贝呢？小茂和小智都已经有神奇宝贝传送回来了，就你一只也没有。”大木博士没好气道，
“大木博士，我现在算上路卡利欧总共有七只神奇宝贝，我记得出发前不是跟您说过我走的是精英路线，不会收服太多的！”拓也回道，
“哦！瞧瞧我这记性，老了老了，等等记得给你妈妈打个电话，她挺想你的。”大木博士道。
“好的，我知道了！”拓也道，在拓也和大木博士交谈时，正辉博士也在打量着拓也。
“好了，正辉，我们继续刚才的话题吧，拓也你也先去干自己的事吧！”大木博士说完就不再搭理拓也，继续和正辉聊着学术问题。
走到小艾旁，小艾和小智小刚小霞聊得挺开心的，大家都认识的很快，小艾说道一路上拓也出的洋相大伙是发出一阵笑声。
“你们在说什么呢？”拓也问道。
“没什么，没什么。”小智赶忙回道，但是脸上的笑意却停不下来来，整的拓也一头雾水。
好久，正辉博士打完电话，正好开饭了，拓也向正辉博士介绍了小艾，正辉博士看到这些有活力的少男好女，也是很开心，吃完饭拓也给妈妈打了个电话抱了平安。
“正辉博士，我听说你的灯塔附近每年的这个时候都会出现一只巨大生物，这是真的吗？”拓也向着正辉问道。
听到拓也这么问，众人也好奇了。
“你既然知道这个事！不过这件事是真的！”正辉道：“今晚就是那家伙到来的时间，走吧！我带你们去塔顶。”
来到塔顶，正辉和众人讲述着他一直等待着那个巨大身影，接着一声叫声从雾的对面传了过来，正辉相当的激动，立刻拿出准备好的机器，发出了回应的声音。
巨大的身影来到了众人面前，它个个头，足以有半个灯塔大。
“路卡利欧，用波导之力告诉我们它在说什么?”拓也对着路卡利欧说道。
“我一直在寻找，寻找我的同伴，是你们吗？”路卡利欧用波导之力把那只快龙说的话告诉了在场的所有人，正辉，小霞和小刚对于路卡利欧能利用波导之力和他们对话也是吓了一跳，小智倒是早就知道了这个事。
“我也在这里一直等你，能让我看清你的样子吗？”正辉说道。
“你是我的同伴吗？”巨大身影问道。
借着照下的微弱月光，拓也看清了这个巨大身影是一只体型巨大的快龙，喊道：“你是快龙吧！其实你并不孤单，这个世界上还有很多快龙，他们都是你的同伴，虽然他们的体型没有你这么大。我叫拓也，虽然我不是你的同类，但是我们可以成为你的朋友，你愿意吗？”
正辉听到拓也说它是快龙很惊讶，不过仔细一看还真的就是快龙，不觉地暗暗佩服这个少年，觉得拓也真不简单。
这时，一张巨网从天而降，抓住了快龙。
“是谁？”小智大喊。
“既然你诚心诚意的请教了。”
“我们就大发慈悲的告诉你。”
“为了防止世界被破坏。”
“为了守护世界的和平。”
“贯彻爱与真实的邪恶。”
“可爱又迷人的反派角色。”
“武藏”
“小次郎”
“我们是穿梭在银河的火箭队。”
“白洞，白色的明天再等待着我们”
“就是这样，喵”
“火箭队啊，真是群麻烦的家伙。”拓也说道：“上，路卡利欧，用波导弹送走他们。”
火箭队也是阴魂不散，小智三人到哪他们就跟到哪。
“搞定他们，阿伯蛇！”武藏派出了阿伯蛇。
“上吧，瓦斯弹！”小次郎则派出了瓦斯弹。
路卡利欧跳到塔尖上，两发波导弹就把阿伯蛇和瓦斯弹送回了热气球，又是一发波导弹打破了热气球，火箭队三人组直接飞了出去。
“好讨厌的感觉啊！”
说也没注意天上的空间产生可一丝波动，一个黑衣人穿越空间而来，坐在喷火龙上，身旁还跟着一只粉色的雪拉比，银色的发丝在月光下熠熠闪光，他的嘴角咧开一丝奇怪的笑容，右手一伸，拿出一块黑色的棱形水晶，轻轻一抛，掉在了快龙的额头上面。
赶走了火箭队，众人刚想解开困住快龙的网，快龙就自己挣脱了，样子也看着不大对劲。
“快龙，你怎么了？”拓也喊道。
不过回应拓也的却是一声大叫，用手一掌拍断了塔尖，快龙莫名发起了狂。
黑衣人见状目的已达到，又意味深长的看了一眼拓也，便让雪拉比打开时空隧道离开了。
拓也看了一眼天空，觉得刚刚有人一直在盯着他，但是没时间多想，马上吩咐所有人下塔跑出去，自己留下来阻止发狂的快龙。
“拓也，你呢？”小艾问道。
“你们先走，我和路卡利欧挡住快龙，随后就跟上”
“我留下来帮你！”小智走上前。
“走，你留下来只会阻碍我！”拓也吼道，他这么说也只是为了让众人赶紧离开。
“小智，你不要在意，拓也这么说也是....”小艾对着小智说道。
“小艾，没事的，我了解他。”小智笑了笑，没有在意，然后给了拓也一个加油的眼神。
小艾有点疑惑，小霞这才告诉小艾小智和拓也可是发小，小艾这才明白过了。
拓也点了点头，看到众人全都跑出灯塔，到达安全的位置这才放心下来。
“路卡利欧，波导弹，阻止快龙发狂！”拓也喊道。
一发蓝色的能量球打在了快龙的腹部，爆裂开来，产生了意思伤痕。
快龙痛哼一声，变的越加狂暴，直接一发破坏死光朝着路卡利欧而去，拓也还未下令路卡利欧就灵敏的避开了，这就是它和拓也多年的默契。
虽然路卡利欧躲过了破坏死光，但是身下的灯塔又被快龙破开了一个大洞。
“这样下去不行，路卡利欧，将快龙引到海岸上。”趁着快龙的注意力全在路卡利欧身上，将它引走，以免快龙继续破坏灯塔。
路卡利欧一个纵身跃下灯塔，接着各种落脚点跳到了地面，吸引着快龙离开了灯塔。
拓也也放出了比比鸟紧跟而上。