拓也和小艾继续旅行着，路上拓也不断的为妙蛙草训练，停留过个几个城镇，妙蛙草终于学会了扎根。
接着拓也他们来到的大傻谷，看见了很多扛着铁锹的人，根据神奇宝贝导航员介绍，这里存在着古代神奇宝贝的化石，所以拓也知道这些人都是来挖化石的，但是拓也并不着急，因为他的目标可不是化石，而是活生生的化石神奇宝贝。
在一篇不太出名的杂志上拓也偶然瞄到过一眼，上面写着消息说有人在大傻谷看见过还有生命的化石神奇宝贝化石翼龙，所以拓也打算验证一下这个消息的准确性。
走到大傻谷里面，拓也和小艾说了一声，就扛着铁锹往山谷底部走去。
拓也走了好久，确定自己所在的地点就是山谷的最低处，拓也便派出了穿山王。
“穿山王，使用挖洞，挖进岩壁里面看看是不是内有另外的洞穴，路卡利欧你跟着穿山王一起进去。”拓也对着穿山王和路卡利欧说道。
穿山王对着岩壁使出了挖洞，很快半个成年人大小的岩洞就呈现在拓也面前，接着穿山王越挖越深，路卡利欧则跟在穿山王身后一起往里面走去，拓也就在外面等着路卡利欧和穿山王回来。
大概过了一个小时，洞口出现了穿山王和路卡利欧的身影，穿山王对着拓也大叫。
“找到化石神奇宝贝了？”拓也问道。
穿山王和路卡利欧一起点点头。
接着拓也就跟着穿山王和路卡利欧走进了穿山王挖好的通道内，走了一会，一个偌大的洞穴就出现拓也眼中，洞穴内躺着两只镰刀盔，一只化石盔，两只多刺菊石兽和一只菊石兽，看样子都正处于休眠状态。
拓也收回了穿山王，派出了鬼斯。
鬼斯一出来就笑嘻嘻的想要大声说话，拓也直接瞪了它一样低声道：“别闹，不要把他们吵醒，我们进来是来找化石翼龙的。”
“知道了。”
鬼斯这才摆出了正经的样子，其实拓也叫出鬼斯也是为了以防万一，如果化石宝可门都被吵醒了的话，他可以让鬼斯重新给他们催眠。
轻轻的越过这些化石神奇宝贝，拓也带着鬼斯和路卡利欧接着向洞穴深处走去，没过多久，拓也在洞穴深处就看到了一只蹲在石柱上的化石翼龙，闭着眼睛看样子也是在沉睡，拓也观察了一下周围，周围没有其它的化石神奇宝贝，这正好给了拓也一个机会可以收服化石翼龙，哪怕把外面的化石神奇宝贝全部吵醒了，拓也也有足够的时间收服化石翼龙后离开这里。
“鬼斯，对着化石翼龙使用食梦。”拓也下令道。
鬼斯笑嘻嘻的飘了过去，直接进入了化石翼龙的梦中开始吃起了它的梦。
很快，化石翼龙发出一声尖锐的长啸，醒了过来，鬼斯也晃晃悠悠的从化石翼龙的梦中飞了出来撇撇嘴说道：“好难吃的梦啊，真想不明白跟我同样活了几千年，天天做梦就在那里捕食。”
醒过来的化石翼龙看上去十分的生气，就好像是拓也他们打扰到了它做梦，化石翼龙什么也不管，直接击冲向了拓也，想要攻击拓也。
路卡利欧见状一个上前使出了保护，挡下了化石翼龙的攻击。
“化石翼龙，我是来收服你的，来战斗吧。”拓也说道：“鬼斯你上，路卡利欧在一旁戒备外面的化石神奇宝贝。”
“明白！”鬼斯一个隐身出现在了拓也身前，路卡利欧则很自觉的盯着外面的化石神奇宝贝。
“鬼斯，使用影子球。”拓也喊道，现在也不管声音的大小了，毕竟等会儿战斗起来肯定会把外面的化石神奇宝贝给吵醒的。
鬼斯凝聚了一颗影子球，打向了化石翼龙，化石翼龙一下子就闪开了，接着嘴里出现一个黄色的能量球，然后使出了一道威力强大的光线，是破坏死光。
“鬼斯，使出镜子外衣，反弹回去。”拓也喊道。
鬼斯使出了镜子外衣，挡下了破坏死光，但是情况不容乐观，镜子外衣迟迟没有把破坏死光反弹回去，而是一直耗着，鬼斯身边的岩石因为能量的扩散都开始开裂了，化石翼龙不愧跟鬼斯一样是活了几千年的神奇宝贝，技能威力都是十分强大。
“同样活了几千年，我怎么会输给你。”鬼斯大喊道。
接着鬼斯身上发出了进化之光，成功进化成鬼斯通。
“你个老家伙终于进化了。”拓也对鬼斯通说道。
鬼斯通笑着看了一眼拓也，然后只见鬼斯的镜子外衣威力突然增强，把破坏死光弹向了化石翼龙，而且速度非常快，拓也觉得那反弹的破坏死光威力不止两倍，化石翼龙很聪明，见破坏死光袭来马上使出了保护，破话死光打在了保护上，可鬼斯通的攻击还没有结束，马上使出了恶之波动，化石翼龙用保护挡下了自己的破坏死光，却被鬼斯通的恶之波动打了一个措手不及，化石翼龙被恶之波动击中发生了大爆炸，化石翼龙掉了下来，同时化石翼龙头上的岩层也开始塌陷，落下了巨石块而且下落的速度很快，也看就要砸中了化石翼龙，拓也心想挨了这一下兴许化石翼龙就要完蛋，拓也迅速的扔出了神奇宝贝球，神奇宝贝球打中化石翼龙，化石翼龙被收进了球，神奇宝贝球晃了两下就不动了。
鬼斯通立刻飞过去接住了化石翼龙的神奇宝贝球带回给拓也手上。
“鬼斯通，路卡利欧，我们快走，这里要塌陷了。”拓也喊道。
一人两神奇宝贝飞快的往回跑去，幸好跑的快，很快就跑到了洞穴出口穿山王挖的通道处，此时之前的化石神奇宝贝都已经醒来，虽然它们满眼的红丝，但是没有对拓也他们发起攻击，毕竟洞穴要塌了，都在找地方躲避。
“鬼斯通，告诉他们跟我走，我带他们出去。”毕竟这次洞穴的塌陷跟拓也又一定关系，拓也也不想害死这群化石神奇宝贝，就对着鬼斯通说道。
鬼斯通飘过去传达了拓也的意思，很快全部的化石神奇宝贝就跟在拓也身后一起跑进了通道。
当所有化石神奇宝贝跑出通道的那一刻，洞穴连着通道彻底塌陷了，化石神奇宝贝看到外面的世界也是一下子四散而开，去寻找自己的栖息地了。
拓也呼了一口气，总算没酿成大祸，心想着这次就当做给自己一个教训，要牢牢谨记。
就在准备离开的时候，拓也突然发现了地上有一个神奇宝贝蛋，是一个带着红色和蓝色三角的神奇宝贝蛋，也不知道是属于什么神奇宝贝的，拓也等了好一会儿也没见这颗蛋的父母来找回自己的孩子，于是拓也就把神奇宝贝蛋放进了包里，然后回到了小艾那里。
小艾看到大傻谷发生塌陷早就着急了，拓也说是很快就回来，但是足足过去了四个小时拓也才回来。
小艾问拓也去哪里了，拓也笑了一下拿出了一个神奇宝贝球。
“你又去收服神奇宝贝了。”小艾说道，不过并没有问收服了什么神奇宝贝。
拓也没有多说什么，倒是把包里的神奇宝贝蛋送给了小艾，小艾拿到神奇宝贝蛋激动的说不出话，表示她会好好照顾的。
拓也本身就对化石不感兴趣，再加上已经收复了化石翼龙，拓也和小艾就准备离开了，因为天色不早了，就在大傻谷呆了一晚，第二天出发时，拓也遇见了小智和小茂，打了一个招呼拓也就离开了大傻谷。
在路上，拓也放出了化石翼龙，小艾觉得惊讶，没想到拓也竟然收服了化石翼龙，倒是化石翼龙却对拓也一脸不屑，不过拓也心里知道化石翼龙没有对自己攻击或着大叫，这就表面它已经承认另外拓也这个训练家。