大荧幕上，故事继续。
接下来的剧情并没有出乎大家的预料，在胡桃夹子魔女不停地自我毁灭的时候，以小圆为主的主角团众人登场了。
“那就是...魔女？”已经失去魔女相关记忆的麻美学姐似乎有点被吓到了。
小圆扭头看向沙耶香。
沙耶香开口道：“别害怕，别看她那样，最痛苦的可是她自己。”
“真笑不出来啊。”杏子心情复杂地说了一句。
“等等，那是晓美焰,你们想和同伴战斗吗？”
丘比日常蛊惑着，不过马上就听杏子说话带刺的声音：“你能说话啊？”
麻美学姐则说道：“很遗憾，丘比，看来我们只能相信贝贝的话了。”
“小圆，你是能拯救小焰的，只要你注意到你真正的力量。”丘比继续蛊惑。
沙耶香却说道：“别管它，小圆,没事的,按我刚才跟你说的做就行了。”
事实上，小圆确实失去了作为圆神的记忆，但严格来说又不是真正的失忆，而是将记忆与部分力量存放在沙耶香和贝贝那里。
沙耶香和贝贝因为死前受圆神的引导，获得救赎，成为了类似“圆环之理随从”的存在，也算是圆环之理的一部分，不过丘比的全部注意力都在小圆身上，根本没想过沙耶香和贝贝会有什么问题。
贝贝和沙耶香带头，主角团众人与晓美焰化身的胡桃夹子魔女展开了一场大战。
作为全篇的高潮，战斗无比精彩，尤其搭配高质量的bgm，带给观众的是视觉与听觉上的双重享受。
不过，因为战斗的对象是晓美焰化身的胡桃夹子魔女，而且晓美焰并没有因为魔女化而丧失全部的自我，以至于虽然战斗十分精彩，给人的感觉却没那么爽。
战斗过程中,杏子与沙耶香之间的一段对话也让人感觉有那么一点点虐。
两人背对背依靠着。
杏子告诉沙耶香：“我做了一个很不愉快的梦，梦里你死去了,但其实梦境才是现实，现在我们两个人并肩作战反而是梦，是这样吗？沙耶香。”
沙耶香沉默了两三秒，回答道：“这还没有悲伤到...要称作是梦，我本来以为自己没有任何留恋的，但即便如此，我们最后还是接受了这样的使命回来了，我果然还是...有些留恋吧，不该...留下你先走的。”
虽然身体背对着，但两人各自的一只手却相互贴在一起，十指紧扣，联系tv本篇第九话的内容，再看这里的对话，就给人一种又甜又虐的感觉。
在一场无比精彩的战斗之后，主角团众人最终还是成功将魔女的结界打破，将孵化者的封印破除，从结界内的世界来到外面的现实世界。
现实世界一片荒凉,天空也黑漆漆的。
晓美焰双手十指交叉并拢,闭着眼睛，安安静静地躺在一座石台之上，身上斜斜地放着一根顶端带花的黑色魔法杖。
麻美学姐将晓美焰已经染黑的灵魂宝石放在晓美焰的胸口处，随后扭头看向天空，看向月亮，神情有些落寞。
另一边，杏子蹲在一根斜斜地插在地上的环形铁条之上，嘀咕道：“都走了吗？沙耶香，还有你的贝贝。”
“不。”
麻美学姐回应道：“现在正要带她走。”
杏子站了起来，看向天上的光亮之处：“那就是鹿目圆？”
“是啊，是以后终有一天将会指引我们的圆环之理。”麻美学姐有些感慨地说道。
天上，光亮之处，巨大的圆环显现出来，由鲜花铺就的道路直延伸向晓美焰躺着的那座石台。
小圆一身圆神的装扮，显然已经取回了作为圆神的力量和记忆：“是啊，我是为了小焰...我居然忘了这么重要的事...”
“嘛，因为有别的东西妨碍了我们，稍微饶了一下远路。”
“真是的。”
沙耶香和百江渚在后面坐着象车，紧紧跟随，各自说了一句，童心未泯的百江渚还在吹着泡泡。
石台之上，晓美焰睁开眼睛，左右瞥了一眼，然后目光落在圆神身上。
“抱歉，让你久等了，你一直努力到了今天吧？来，我们走吧，以后我们一直都在一起。”圆神温柔地说着，靠近晓美焰的同时，朝晓美焰伸出双手，要带晓美焰离开。
看到这里，大荧幕前的志贺贵还忍不住在想：果然是要带走晓美焰的“美好团圆”的结局，不愧是林老贼的动画。
不过转念一想倒也可以理解，毕竟这可是晓美焰，曾经在同一时间无数次轮回，只为了拯救小圆，小圆成神离她而去，除了她以外的所有人都不记得小圆了，这对她来说肯定是非常痛苦的事情，会沦为魔女倒也没什么好奇怪的。
如今，全篇的高潮已经结束，剩下尾声，只能是以晓美焰被圆环之理带走作为故事的结局了。
只是，就在他这么想着的时候，下一个瞬间，大荧幕上的动画电影忽然来了个神展开：
“是啊，就是这样，我等...很久了...”
躺在石板上的晓美焰突然露出计谋得逞的笑容，然后忽地伸手一把抓住圆神的双手。
“小焰？”圆神懵了。
“我终于...抓住你了。”晓美焰又说了一句。
与此同时，她的灵魂宝石好似有什么东西在涌出来，而且变成比诅咒更可怕的颜色，让所有人都惊了。
“那是什么？欲望？执念？不，不对，晓美焰，你究竟...”沙耶香忍不住问道。
“你理解不了也正常，是啊，没有人能够理解，这份感情，是只属于我的，是只为了小圆而存在的。”晓美焰有些扭曲地回答道。
小圆作为人类的部分，被晓美焰强行从圆神体内抽出，让圆神分裂成两部分。
之后，晓美焰的灵魂宝石被她自己一口咬碎，一颗新的宝石诞生，独一无二的，只有她才拥有的特殊灵魂宝石。
世界被改写，宇宙诞生了新的概念。
丘比感到十分惊讶：“究竟发生了什么？晓美焰，你在对什么进行干涉？你篡改了什么？难以置信！尽染了诅咒的灵魂宝石，本应消亡的你的灵魂，为什么...”
“因为我想起来了，直至今天我重复了无数次，受伤受苦的一切，都是为了小圆，所以，我现在才能连疼痛都感觉可爱，污染了我的灵魂宝石的，甚至已经不是诅咒了。”晓美焰回答道。
“那究竟...？”丘比感到难以理解。
晓美焰神情愉悦：“你不可能理解的，孵化者，这才是人类感情的极致，它比希望更炙热，比绝望更深邃...就是爱啊。”
“你究竟是什么人？既不是魔法少女，也不是魔女，你究竟想变成什么？”丘比有点慌了。
晓美焰一边变身成新的形态，一边回答：“是啊，现在的我，确实连魔女都算不上，毕竟我轻蔑侵蚀了那等同于神的神圣之物，能办到这种事的，就只能称之为‘恶魔’了吧？”
黑色的衣服，黑色的羽翼，确实像是恶魔的装扮。
丘比这一回是真的怕了：“这下子明白了，要利用你们人类的感情太危险了，这种荒唐的结局，我们是无法完全控制的。”
说着，它就要直接跑路。
只是，晓美焰伸出一只手，轻而易举地就将它抓住，同时说道：“为了处理涌现在我们世界中的诅咒，今后还需要你们在，我可要让你们好好帮忙哦，孵化者。”
她抓着丘比，肆意蹂躏，肆意玩弄，丘比却只能眼睁睁地看着，什么都做不了。
被改写之后的世界，麻美和杏子回归原本的生活，沙耶香和百江渚则因为无法回归圆环之理，再度以人类的身份在世间生存，不过所有人的相关记忆，几乎都被清除了。
教室里面。
小圆以转学生的身份进入原先的班级，给她的设定是：因为母亲去国外出差，一家人一起在那里生活了三年，直到上周才回到见泷原。
课间，晓美焰带小圆参观学校，两人有过一段对话：
“时隔许久回到故乡，感觉如何？”
“感觉有些怀念，但又感觉有些不一样，有些怪怪的。”
“这也难免，都过三年了。”
“不，我又感觉没什么不一样，倒不如说，我感觉变了的不是这里，而是我...对，我应该有着别的姿态，其他的使命，而我却...为什么？”
在小圆自我怀疑着的时候，她的眼睛变成金色，差点又要想起作为圆神的记忆，后面是晓美焰一把将她抱住，才让她停止怀疑，恢复正常。
“没事的，毫无疑问，你还是真正的你。”
晓美焰在小圆耳边说了一句，很快又问道：“鹿目圆，你觉得这个世界珍贵吗？比起欲望，你更重视秩序吗？”
“这...那个...那是...”
小圆支吾着，好一会儿才回答道：“我...我觉得是珍贵的，我们还是不能擅自破坏规则的吧？”
“是吗？”
晓美焰收回手，“那说不定，你以后会成为我的敌人，但是没关系，即使这样，我还是祈祷世界能让你幸福。”
她将自己头上的发带解下来，往小圆头发上系，系好之后，看着小圆，眼角含泪道：“果然还是你更合适。”
城市百态一一展现，大家看起来似乎都过得十分幸福。
某个半月之夜。
晓美焰坐在悬崖边的椅子上。
不远处的草丛，有什么东西动了一下，显露出丘比的身影。
晓美焰瞥了一眼，起身，跳舞似地转了几个圈，然后从悬崖上一跃而下，留下满身疮痍，下场十分凄惨的丘比在地上瑟瑟发抖。
故事落幕，放映厅内的灯光亮起。
大荧幕前的志贺贵也忍不住长出一口气。
前面就很精彩，没想到最后还有神展开，不愧是动不动就有神展开的《魔法少女小圆》的剧场版。
质量太高了，难怪会有人称这是最优秀的深夜动画的剧场版，让人想二刷的动画电影，连他看完都想二刷了。