武德八年，为防备突厥，李渊复置在武德六年废置的关中十二军，十二军对应关中十二道。六月，突厥颉利可汗寇灵州，灵州都督李道宗迎战。七月，突厥主力十余万人攻朔州，唐军在新城战败。李渊任李世民驻防蒲州，平阳公主自请出战，李渊考虑了一下便同意了。
平阳公主自武德六年受伤后，经过祁阳的调养，身体恢复的很好，已经不像之前那样虚弱了，而且现在她的武力也恢复巅峰。但是她要去打仗祁阳自然放心不下，他和几名跟着他学医的弟子，带着大量的药物和成熟的土豆一起去了前线。八月，张瑾太谷战败，李渊命太子李建成去幽州，李世民去并州。
这一场仗打得甚为艰难，好在有祁阳，一些重伤断肢也能保住将士的性命，前方将士用命，后方就有拖后腿的，太子不忘使了些手段，粮草运送拖延，祁阳早有准备，土豆煮成糊糊量大管饱！这件事也让平阳公主对太子不满，内斗归内斗，一致对外的时候，还用这种手段，让人不耻。
李世民到了并州，平阳公主打配合，给突厥迎头痛击了几下狠的，唐军的大军陆续到来，突厥见讨不到便宜，转而请和。这次战役祁阳大有功绩，活伤兵无数是其一，饱大军粮食是其二，让李世民麾下的众人对他刮目相看，一直以来都有人说祁阳靠着救公主，和公主不清不楚的关系才得到爵位，此战过后，众将皆认可了他的能力。
唐军班师回朝，十一月，李渊任命李世民为中书令，齐王李元吉为侍中，至此，李世民兼领中书省和尚书省。
翻过年就是武德九年了，祁阳和李世民商议广种土豆，李世民欣然允准，对这个高产能饱腹的粮食，他也非常重视。祁阳和李世民的合作非常愉快，在他的帮助下，土豆种植的速度大增。
武德九年，李世民和李建成的冲突日益激烈，李世民命张亮到洛阳，秘做准备，却被李元吉得知，向李渊告发张亮有不轨之心，李渊锁拿张亮拷问，张亮咬死不松口，不肯出卖李世民，最后李渊见再打人便没了，把人放了，张亮伤痕累累，气若游丝，全靠些祁阳悉心救治捡回一条命。
这件事让李世民勃然大怒，他召集所有人，道:“明日太子召我到东宫赴宴，诸君以为此时可是动手良机？”
一旁的祁阳若有所思，道:“臣以为，这是最好的时机！”
"哦？你说说，哪里最好？"李世民饶有兴趣地问道。
祁阳道:“东宫是太子的地方，靠武力恐怕布置不周，但是，宴无好宴，我们可以拿此事大做文章！”
众人不解。
祁阳言简意赅:“黄盖！”
众人恍然大悟，原来是苦肉计！
“臣会做些准备，赴宴之时，待太子劝酒，殿下找准时机喝下，配以药物，可做到吐血数升，脉象紊乱，实际对人体不会有伤害。”祁阳补充道。
听闻此话，李世民点头，"此计甚妙，就按你的办法行事吧！"
众人纷纷附和。
第二日，李世民按计划行事，去了东宫，李建成对他皮笑肉不笑，道:“哈哈，二弟，本宫可是盼着你来啊。”
李世民恭敬行礼，“臣拜见太子殿下。”李世民拉住他，“都是兄弟，何必拘礼。”
李元吉也在旁打招呼，“二哥。”
李世民道:"有劳兄长费心了！"
李建成呵呵一笑，道："无妨无妨。"李世民心底冷笑。
宴席上，三人相谈甚欢，李建成举杯道："二弟，你劳苦功高，数次击退突厥，是大唐的英雄！本宫敬你一杯！"说罢仰头喝下。
李世民抚摸杯壁，胸有成竹，微微一笑，一饮而尽。
一干东宫属臣也跟着举杯。
宴席过半，李世民感到头晕眼花，烦闷欲呕，他勉强扶住案几摇摇晃晃站了起来，心里不仅佩服祁阳的药，李建成疑惑看着他，突然，李世民张口呕血，“大哥……你……你下毒？！”
众人闻言大惊失色，李建成也惊呼大喊，"来人！快来人，传太医！"
李世民倒在地上，昏迷不醒，秦王府侍卫围住他，已有人去通知祁阳了。
祁阳赶来后看到倒在地上昏迷的李世民，急忙上前把脉诊病，祁阳脸色凝重，沉声道："秦王是中毒了，先救秦王要紧，来人，带着秦王回重阳侯府！"
祁阳吩咐完之后，对李建成道："太子殿下，臣先告退！"说罢转身离去。
李建成脸色苍白，"怎么回事，二弟怎么会中毒呢？"他喃喃自语，看向李元吉，“是你？”
李元吉连忙摆手，“不是臣弟！臣弟毫不知情，何况臣弟没有愚蠢到在大哥的宴上下毒啊！”
李建成道:“这下糟了，很可能是针对我的阴谋！要早做准备，快！我们进宫找父皇！”
李建成派人去重阳侯府守着，一有消息速速来报，他和李元吉进了宫。
一见到李渊，李建成便跪倒在地，“父皇，儿臣得到消息，天象改变，秦王或有不臣之心，谋位东宫之意！”