小蓝也离开了，临走前还亲了周新一口，这让周新挺意外的，不过有美女喜欢，周新也很高兴。
周新听说内木博士恢复健康了，就带着皮卡丘过去找她。
“内木博士，你感觉怎么样了？”周新来到内木博士研究所，小刚居然不在。
“好多了，小新，多谢关心…真不敢相信发生的一切。”内木博士感慨道。
“确实有点难以置信。”周新随口应和道。
“好了，胜利者杯很快就要开始了，我会为你加油的，小新。”内木博士说道。
“谢谢了，内木博士。”本来周新是想了解一下异常天气，但现在好像没这个必要了。
周新回去宝可梦中心，遇到了小次郎，原来他还没有走。
“我有事情想跟你谈谈。”小次郎跟周新说道。
“小新，我想问问你，武藏跟喵喵它们在哪？”小次郎问道，他非常关心武藏跟喵喵。
这个时候，玛莉打来电话，说柚子岛又被袭击了，她哥哥阿义被宝可梦协会那些坏人带走了。
“在柚子岛的时候，她们被宝可梦协会的人抓走了。”周新说道。
“这可不妙，你应该早点告诉我的。”小次郎焦急说道。
“对不起，我忘了…”周新打败多边兽4后松了一口气，带皮卡丘它们在岱柑岛玩了两三天，小次郎问到，才想到这件事。
小茂跟小蓝回来了，他们也接到玛莉的电话，阿义是他们三个的朋友，必须去救他。
“现在只能祈祷我的朋友跟你的朋友都还活着，宝可梦协会跟火箭队不是闹着玩的。”小次郎说道。
“与犯罪集团联合的…”小蓝说道。
“他们到底想干什么？”小茂问道，他觉得小次郎应该知道点什么。
“宝可梦协会想要完全控制董事会，多年来，他们一直在秘密谋划董事会的其他部分。”小次郎认真说道。
“他们是怎么做的？”周新好奇问道。
“有些事说不通，为什么宝可梦协会想要更多的权力？他们已经是董事会中最大的一部分了。”小茂说道。
“因为宝可梦协会的领导人也是火箭队的成员，他叫阿波罗，他原来是坂木老大最强的副手…”小次郎把他知道的都告诉给周新三人。
宝可梦协会秘密基地
“甜柑岛标本的基因改造差不多完成好。”火箭队精英小兵给阿波罗报告。
“增强机器呢？”阿波罗问道。
“增强机器已与实验体成功结合，没有异常的迹象。”小兵继续说道。
“很好，坂木会为我骄傲的。”阿波罗笑着说道。
“什么？”周新三人惊讶道。
“他在制造半机械宠…？”小茂有点不敢相信，小次郎说的。
“基因改造的宝可梦…”小蓝被吓到了。
“就像超梦吗？”周新问道。
“阿波罗在甜柑岛建立了一支庞大的军队，他要利用这些宝可梦来完全控制董事会的其他成员。”小次郎说道。
“火箭队跟宝可梦协会的主要基地在哪？”周新对这个比较在意。
“就在橘子群岛的中心，柑橘岛…”小次郎语气平淡说道。
“你是开玩笑的吧，那里也是橘子群岛政府的大本营。”小蓝调查过橘子群岛，对橘子群岛比较熟悉。