雅佳小新:“别笑死人了，一只皮卡丘，能干什么，我也有过皮卡丘，只不过它死了。”
压倒雅佳小新最后的一根稻草，就是皮卡丘，它死在了阿波罗的装甲超梦攻击下。
雅佳小新虽然不喜欢粉红，但是把粉红当成最好的朋友。
在甜甜岛的时候，雅佳小新被特斯拉布下的火箭队小兵精英诱敌深入，最后被围在了机械阿利多斯的巨坑旁边，他没有超能力，也没有可以瞬间移动的宝可梦。
特斯拉跟内特只要轻轻一推，他就会掉进机械阿利多斯的坑里，成为阿利多斯的食物。
是粉红，假意跟他的战斗，派出九尾，让九尾使用超能力，把他转移到安全的地方。
气急的特斯拉把粉红推进了阿利多斯坑里，让她成了食物。
橘子联盟比赛的时候，雅佳小新正在和勇次对战，特斯拉又以安排座位的理由骗走了他的妈妈。
在橘柑岛的岩石洞窟，特斯拉用他妈妈威胁他。
因为粉红的死，醒悟的盖伦大叔果断出手帮助了雅佳小新。
雅佳小新问盖伦大叔，为什么要帮他。
盖伦大叔说，这是粉红想要的。
特斯拉被盖伦大叔拖住，雅佳小新想要抓可恶的阿波罗。
他妈妈劝他不要做危险的事情，可是他还是去了，说他已经长大了。
梅拉:“是啊，你现在已经长大了，这是我最后一次唠叨你了，你不再是我的宝宝了。”
雅佳小新离开岩石洞窟，追上阿波罗。
但他妈妈梅拉刚才已经中了阿利多斯的剧毒了，他离开没多久，他妈妈梅拉就中毒身亡了。
跟阿波罗对战的时候，雅佳小新全程碾压，但被阿波罗最后一只精灵，装甲超梦打败，皮卡丘还被装甲超梦用十万伏特打死了。
装甲超梦挣脱了阿波罗的控制，雅佳小新才保住了自己的性命。
阿波罗也被赶来的警察抓住了。
可是粉红死了，他妈妈也死了，连皮卡丘也死了，雅佳小新不言一语，在真新镇呆了一个月。
后来发生卡莉被噩梦神控制的事件，雅佳小新跟小茂，小蓝一起去了橘子群岛，寻找凸橙岛。
在旅途中，雅佳小新发现了幻之岛，认识了时间管理者米莉。
他得知只要得到时拉比就可以回去修改过去。
他回去的途中，进了那个鬼屋，见证了那对信徒贡献自己跟儿子召唤暗黑神零的场面。八壹中文網
暗黑神零知道他想要改变过去，就答应帮他忙。
受不了内心煎熬的雅佳小新答应了，他去了岱柑岛，打晕了内木博士，夺取了魂网的通行证。
在岱柑岛的宝可梦中心，他进入了魂网，他强行打开了棺木，释放出了暗黑神零。
暗黑神零信守承诺，召唤了许愿星基拉祈，去帮雅佳小新修改历史。
他首先回去的时候，自己小时候，他想改变小蓝的命运，毕竟小蓝是他最喜欢的人，可是，米莉阻止了他，米莉在他身上感受到暗黑神零邪恶力量，不允许他改变过去。