周新跟皮卡丘刚进海底基地，就被监控看到了，南波博士来到周新面前。
南波博士:“欢迎光临，来到火箭队的海底基地，我是这个基地的负责人，南波博士。”
周新:“南波博士，识相的话，就把洛奇亚母子给放了。”
皮卡丘:“皮卡。”
南波博士:“这样吧，我告诉你们我的计划好了，我想要以洛奇亚的力量当基础，开发新的能源，利用那个能源来帮助人类做新的发展，因为宝可梦这种生物是为人类而存在的。”
周新:“宝可梦跟我们人类是和睦相处的朋友，是共同生存，共同繁荣的，大自然也是这样，才能够维持平衡的。”
南波博士:“你这个小鬼还不了解呀，人类是被神选上的生物，人类以外的生物都是为了服务人类而存在的。”
周新:“人类跟宝可梦是平等的，我不会认同你的观点的，如果你不愿意释放洛奇亚母子，我不介意把你们这个基地毁掉。”
南波博士:“我是南波博士，我是伟大的人，我发明了让宝可梦力量加强的装置，你应该看到那些宝可梦的力量了吧。
虽然不知道你的皮卡丘为什么这么强，但是我们那些宝可梦依靠那些装置，就可以从普通的水平一跃达到馆主，甚至天王宝可梦的水平。”
南波博士:“那个力量的来源就是人为控制愤怒的装置，装置的名称就叫做南波南波五号。”
周新:“人为控制愤怒的装置？”
南波博士:“没错，要想提高宝可梦的力量，激怒他们是最好的方法。”
周新:“不可理喻，你怎么可以胡乱激怒宝可梦，太过分了。”
南波博士:“那个洛奇亚要是真的发火，应该会发挥出很强的力量吧，真是令人期待啊，哈哈哈…”
南波博士离开了，大量的火箭队小兵精英出现，他们挡住了周新跟皮卡丘。
他们知道皮卡丘的厉害，就派出了会使用守住的宝可梦在应战，他们也不主动攻击，就轮流让宝可梦使用守住技能，挡住周新跟皮卡丘，给南波博士争取时间。
另外一方面，飞走的武藏小次郎喵喵，再次潜入了海底基地，他们再次穿上黑色制服伪装。
武藏“先在这个房间寻找线索。”
喵喵“我们要把洛奇亚母子一起抢过来。”
阴差阳错，他们进去了监控室。
武藏:“看看吧，看看洛奇亚母子在哪个房间。”
喵喵:“那个是，冠军跟他的皮卡丘。”
小次郎:“这么多火箭队小兵精英被他吸引过去，我们可以放心潜入了。”
武藏:“小次郎，喵喵，你们快寻找洛奇亚的房间。”
一路偷偷跟着的秀一跟电灯怪，也潜入了海底基地。
可是他刚进来，就被巡逻的火箭队小兵给抓了起来。
秀一:“放开我，放开我啦，放开我呀。”
武藏:“他是谁？”
小次郎:“好像是跟冠军他们一起的小男孩。”
秀一:“放开我，放开我啦，放开我。”
武藏:“你，这个小孩子就交给我们了。”
火箭队小兵5:“那就拜托你们了。”
火箭队小兵5刚离开，武藏就把他放了，还告诉他南波博士所在的地方。
秀一:“大姐姐，你是？”
武藏:“当然是正义的使者。”
秀一进入到南波博士所在的房间后。
武藏:“大家注意，有可疑的人潜入。”
小次郎:“地点是博士的实验室。”
武藏:“大家赶快去，有可疑的分子潜入了。”
乘坐露佳小姐的船，小智跟安妮她们也赶过来了。
海底基地乱作一团，周新带着皮卡丘使用瞬间移动趁乱突围。
秀一被南波博士身边的火箭队小兵抓住了，小智他们也被通道的火箭队小兵们挡住了。
武藏小次郎喵喵他们找到了洛奇亚的房间，正在破解密码。
武藏:“快点，没时间啦。”
小次郎真不愧是高手，每次破解密码都是他来做的。
回到海底基地的亚玛多跟小三郎，第一时间来到关住洛奇亚的房间，她们跟武藏她们碰上了。
亚玛多:“你们这些人在做什么。”
武藏:“亚玛多。”
亚玛多:“武藏，小次郎，还有喵喵，你们几个为什么会在这个地方。”
武藏:“那还用说吗，当然是来拿洛奇亚的。”
亚玛多:“你老是出来破坏我的好事。”
小三郎:“今天要跟你们做个了结。”
小次郎:“好啊。”
武藏:“求之不得。”
亚玛多:“出来吧，黑鲁加。”
小三郎:“出来吧，战舞郎。”
它们头上的装置被皮卡丘使用的电球命中，一块被破坏了，等级恢复到原来的60级。
武藏:“出来吧，阿柏怪。”
小次郎:“出来吧，大食花，错了，错了，不是我，敌人在那边。”
阿柏怪跟大食花的等级也是60级，双方势均力敌。
安妮跟粉红还有小林拖住火箭队小兵们，小智跟他的宝可梦瞬利突围了，他听到了秀一跟小银的声音，一路小跑到某个房间。
秀一跟小洛奇亚被关在同个笼子里，小智看到了南波博士。
小智:“是你，邪恶的博士。”
南波博士:“我是不会把洛奇亚宝宝交给你的，去吧，电击兽。”
南波博士:“让我的南波南波五号的电击兽当你的对手。”
小智:“激怒宝可梦是不能够引发出真正的实力的。”
南波博士:“这可很难说了，电击兽，使出愤怒的雷光掌。”
小智:“雷丘，避开来，对愤怒装置使用十万伏特。”
南波博士:“没用的，电击兽使用光墙。”
光墙减半了十万伏特威力，剩余的威力还被电击兽吸收了。
南波博士:“再使用一次，愤怒的雷光掌。”
雷丘被命中了。
南波博士:“继续攻击，愤怒的十万伏特。”
雷丘被再次命中了，摔倒在地。
南波博士:“怎么办，宝可梦就是越生气越厉害的生物。”
南波博士把装置能量开到最大，电击兽等级提升到100，“使用愤怒的雷光掌。”
雷丘被再次命中，体力不支了，小智身上没有其他可以抗衡这只100级电击兽的宝可梦了。
周新跟皮卡丘来到了关着洛奇亚妈妈的房间。
武藏她们跟亚玛多小三郎正打得开心。