万历二十五年（1597年）丁酉，中允全天叙、修撰焦竑主顺天乡试，全天叙任正考，焦竑任副考。徐光启的儿子徐骥在《文定公行实》里这样记载他爹的这次考试：万历丁酉试顺天，卷落孙山外。是年大司成漪园焦公典试，放榜前二日，犹以不得第一人为恨，从落卷中获先文定卷，击节叹赏，阅至三场，复拍案叹曰：此名世大儒无疑也！拔至第一。这是一场离奇的乡试，后来被查出来九个舞弊者，其中不乏冒籍的。十月，礼科给事中项应祥、曹大咸各疏纠发科场大弊事。项应祥疏：“顺天撤闲之日，物议沸腾，雌黄蜂起。如第四名曹蕃、第十三名吴应鸿、第二十六名张蔚然、第三十二名郑桑等，既多骇目惊人之句，复有黄缘干进之迹。”
曹大咸疏：“自昔年黄宏宪弊孔决裂，论者至今切齿，不谓今又有修撰焦竑其人者。吴应鸿，竑同里也；汪泅论，竑塾师也；曹蕃，莫逆交也；郑桑，门下士也。又如张蔚然、丘梦周、赵士麟，语语荒谬;赵名言、郑宏才洗改朱卷，皆礼部覆阅最详最确者。”
最后，明史记载：“二十五年主顺天乡试，举子曹蕃等九人文多险诞语，竑被劾，谪福宁州同知。岁余大计，复镌秩，竑遂不出。”
焦竑最后只能辞官闲居南京。其实，焦竑在这次考试中没什么问题。之所以被攻击，钱谦益在《列朝诗集小传》中认为是丁酉年乡试内阁和六部所拟定的主考官、“原推者”:“丁酉北试，上原推两宫坊，别用弱侯（焦竑的字）。原推者魄恨，靖新建合谋倾弱侯。言官遂用科场事，抉抛低毁。弱侯陈辩甚力。就是换了主考官，原来的不开心了。这次弹劾既然就是冲着焦竑，那么从众多落榜卷中，找到徐光启的试卷（当然是糊名的，只能一份份翻看），最后被定为解元。这事不应该更容易被攻击吗？然而，徐光启不在九人之列，他没事。要说徐光启的文章好，挑不出毛病。但是，这次弹劾是冲着焦竑去的，和他录取人的文章没关系，焦竑在辩解中也要求找人复核试卷，结果上面不理他。最后，只能推理得到，徐光启头上有着巨大的保护伞。其实，金天启心目中求真院的领军人物首选并不是徐光启，而是焦竑。金天启对焦竑的了解是源自于他战友杨照峰的推荐。在学习道德经的时候，杨照峰推荐他看焦竑写的《老子翼》，这对金天启深入理解老子的思想起了很大的帮助。而金天启也顺便了解了一下焦竑这个历史人物。焦竑是个藏书家，所以他也博览群书，知识渊博。他自幼聪慧颖悟，更在其父兄督导下勤奋读书，科举考试必需的经书之外，诸子百家靡不披览。即使经书，他也不专注朝廷立为功令的朱熹集注，而是广泛阅读古注疏。焦竑在获得童子试第一名后，被泰州学派学者耿定向器重，以“国士”待之，以“良知之学”相规，又命其为崇正书院的学长。从而将焦竑引入了心学的泰州学派。焦竑又以泰州学派创始人王艮的次子王襞和罗汝芳为师。他秉承心学“拔根塞源”的思想，认为孔孟的学说，被后人的注释搞乱了。故而他反对程子朱子"理学"死守教条，提出“学道者当扫尽古人刍狗，从自己胸中辟出一片天地。”
这和禅宗的“佛来佛斩,魔来魔斩”的思想异曲同工。焦竑与李贽为莫逆之交。李贽的墓志铭就是焦竑亲书。而李贽也是金天启极其佩服的人，觉得其不输王阳明，也是个半圣级别的人物。这和焦竑认为李贽“可坐圣门第二席”的观点是一致的。焦竑辞官闲居南京时，因久闻利玛窦的大名，便邀请他去家里见面。两人进行交流后，相见恨晚，并建立了深厚的友谊。利玛窦在回忆录中评价焦竑：“在南京城里住着一位显贵的公民。他原来得过学位中的最高级别，中国人认为这本身就是很高的荣誉……这个人素有我们已经提到过的中国‘三教’领袖的声誉。”
鉴于焦竑的整体思想体系，以及他对佛道儒的深刻理解和后来的耶稣教的良好关系。金天启觉得焦竑才是求真院最合适的领军人物。可是为什么最后选了徐光启呢？因为焦竑和光宗是在同一年死的。焦竑活到80岁，也算很长寿了，可还是等不到金天启。而徐光启也是非常合适的人选，问题是他和耶稣会走得太近了。这点朱由校当政的时候就看出来了。万历二十五年的那次秋闱成了徐光启人生的转折点，他也顺理成章的成为了焦竑的得意门生。1600年，得知自己仰慕已久的利玛窦去了南京，徐光启就从上海赶了过去，终于在自己恩师焦竑府上，见到了利玛窦。交谈中，徐光启对利玛窦渊博的学识和西方科技的神奇无比敬佩和向往。他急切地向利玛窦求教西方科学。但利玛窦并没有传授，只是给了他两本宣传天主教的小册子。一本是《马尔谷福音》，另一本是《天主实义》，是利玛窦用中文写的解释天主教义的书。1603年，在西方科学的诱惑下，通过对基督教的了解后，徐光启毅然决定入教。当他到了南京时，得知利玛窦已经去了京师，转而由罗如望(Jean de Rocha, 1566-1623)举行仪式，受洗入教。从此，徐光启成了一名基督徒。徐光启通过对基督教教义的深入了解，从为了求得西方科技的功利目的而接触基督教，转变成一个虔诚的基督徒。1606年，徐光启劝说父亲和全家入教。1607年邀请郭居静来上海，主持亲戚朋友二百余人入教。至此徐光启成为教会中最为得力的干将，他和李之藻、杨廷筠，被称为中国教会“三柱石”。1606年，通过上帝考验的徐光启，再次请求利玛窦传授西方的科学知识，利玛窦爽快地答应了。他用公元前三世纪左右希腊数学家欧几里得的著作《原本》做教材，对徐光启讲授西方的数学理论。利玛窦每两天讲授一次，徐光启总是准时到达。万历三十二年（1604年），徐光启上京赶考路过南京时，在南京的耶稣会士的住所居住了两个星期。在南京与耶稣会士共处的十几天里。他参加每日的弥撒，进一步地学习天主教的教义，第一次接受了告解圣事。从此以后，徐光启对信仰的热诚和奉献精神一直十分高涨。而这次会试中，徐光启顺理成章的中了进士，位居三甲，获得了“同进士”出身。也就是说，在被录取者中，徐光启属于中下等水平。这一年，徐光启已经四十二岁。被录取的三百名进士在争夺翰林院庶吉士时，徐光启竟然脱颖而出，成为二十三名翰林院庶吉士中一员。之前，徐光启在乡试中遇上焦竑这个贵人，在这次会试中遇上了副主考唐文献这个贵人。而翰林院庶吉士的教官，也是唐文献。唐文献是万历丙戌科的状元，这位唐公，走到哪里都夸赞徐光启。唐文献是华亭人，徐光启的同乡！华亭这个地方，恰恰是耶稣会传教的主要窝点。你以为徐光启生命中就遇见这两个贵人，更大的贵人还在后面。