看完春晚，金天启继续休假。而苦逼的朱由检还要上班。
朝堂上，阉党骨干分子已经清理的差不多了，接下来在那些灰色地带的官员，还是时而拿阉党余孽来攻击对手，唯一一群不是阉党的，就是被阉党打压迫害的东林人士。于是，东林人打算卷土重来。
但是，那些处于灰色地带的官员担心引火烧身，便极力阻止阉党案的深究，也极力阻止东林人的复出。那位率先跳出来攻击崔呈秀的云南道御史杨维垣就是代表人物，他甚至出言，把东林党和阉党都叫做邪党。阉党和东林党的斗争，就是狗咬狗。所以，阉党要清算，东林党也不能翻案。
但是，被压制过猛，必有反弹。而且，人都有同情弱者的心态。之前，提到的作为新生力量的一个重要代表人物，倪元璐就要出来呼风唤雨了。倪元璐，浙江上虞人，天启二年进士，翰林院庶吉士，崇祯第一次登基后，被提升为翰林院编修。
崇祯皇帝第二次刚登基不久，倪元璐就上疏道：“今世界已清，而方隅未化；邪氛已息，而正气未伸。”既然阉党是邪党，那么其对立面的东林，固然有过于刻薄之错，但也绝不是邪党。随后，他剑指朝堂，他说经过阉党反复迫害，朝堂已经没有东林人士了，现在要请回来几个，原本也是正常。但是朝堂上却有人百般阻挠，他们是害怕回来的东林人报复吗？如果当初那些不附阉党，现在又积极清算阉党的官员，还会怕东林人报复吗？
之后，倪元璐和杨维垣就开始打嘴仗了。虽然，看似两个人之间的斗争，其实就是新旧两股势力的斗争。作为倪元璐的铁杆盟友，户科给事中瞿式耜上书助攻。其上书言他有“六不平”，为王之寀请恤，孙慎行讼冤，追论故相魏广微、顾秉谦、冯铨、黄立极之罪。又颂杨涟、魏大中、周顺昌为清中之清、忠中之忠，三人应赐谥。
崇祯皇帝开始听了很不高兴，我哥刚刚禅位给我，你们就翻旧账了。至少也等我哥去了南京再说吧，现在咱哥俩天天能见面，你们让我的面子往哪搁啊。于是他下旨道：“朕屡屡下旨，秉公斟酌，起用官员，有什么方隅未化、正气未伸？”
同时，为了平息怨气，崇祯下旨对于天启年间被阉党迫害并追赃的官员，其所谓赃款全部取消。对于被迫害还在受到处罚的人，全部释放或取消流放。崇祯还下旨，赠恤黄尊素、李应升为太仆寺卿。这是他之前就口头许诺过的，这次也用来搪塞一下。
但是，崇祯皇帝只是兑现承诺，安抚金天启的重要手下的行为，却给了朝堂一个错误的信号。大臣们以为皇帝驳斥倪元璐只是给金天启面子，实际上还是开始平反东林党人了。于是，风向开始偏了。更多的大臣，特别是那些新上来的大臣，开始为平反东林党人呼告。
最后，崇祯皇帝顶不住压力，下旨赠恤杨涟太子太保、兵部尚书；左光斗右都御史；赠恤魏大中、周顺昌为太常卿。也不追究倪元璐出言不逊。一场新的清算运动就又开始了。御史罗元宾跳出来攻击内阁首辅施凤来和张图瑞，两人坐不住了，提出辞职，崇祯皇帝就准了。
这头一开，其他处于灰色地带的一大批官员也而被清算了。连和魏忠贤不对付的是魏忠贤同乡的李国（普）也坚持辞职，要知道他在朱由校复活后，还是力挺朱由检的。于是，来宗道成为了内阁首辅，东林人韩爌和孙承宗被召回。
这个倪元璐斗争上瘾了，他开始拿《三朝要典》开刀了。《三朝要典》里面有大量贬低东林人和歌颂魏忠贤的文字，这就是关键点。首先出来反对的是翰林院侍读孙之獬和兵部尚书霍维华。孙之獬甚至当众大哭，哭完要求辞职。而霍维华经过灵露饮事件后，如获新生，虽然现在是崇祯朝了，他决定死心塌地跟着金天启走，所以有人要出来针对天启皇帝首肯的《三朝要典》，他当然要反对，只是没有孙之獬那么激烈。而内阁里作为当年副总编有来宗道和杨景辰，但圆滑的来宗道没表示反对，只是要求礼部史馆详议。崇祯皇帝表示这事要去问询一下金天启的意见后，由他独断专行。
金天启在获悉朝堂上的这场政治运动后，表了个态。他先收回为《三朝要典》作的序言，然后建议朱由检去掉里面歌颂魏忠贤和贬低东林党人的部分后，把主要内容写进正要修订的《熹宗实录》。当然，改过的《三朝要典》也可以更名为《朱由校的一生》的话本。（具体内容可以去看外传，从033开始。）
倪元璐胜利了，东林人胜利了。其实，倪元璐也有赌的心思，毕竟金天启还在，只要他老人家生气了，倪元璐必定死无葬身之地。然而，他就一个小小的编修，不赌哪来前程。他就是新势力推出来的一个刺客。
崇祯皇帝下旨：天启圣人收回《三朝要典》序言，《三朝要典》不再作为官方文件。《三朝要典》所载三朝诸事，皆收入《熹宗实录》。
自今以后，官方不以此事定臧否，人才不以此书定进退，惟是三朝无遗议，绍明前烈，注意编摩。诸臣各宜捐去成心，勿滋异论，务衷清平之治。
此圣旨一出，崇祯皇帝觉得既保全了老哥的面子，又安抚了旧臣，最后给东林人复出开辟了通道。但是事实真是如此？朝堂党争自古至今，无论中外，都是你死我活的斗争，不斗到赢家通吃，绝不会罢休。
作为旧臣的内阁首辅来宗道松了口气，他在销毁《三朝要典》之事上，将功补过，通过积极赞成销毁，来洗刷他这个副总编的污点。事后有次他对倪元璐说，你这人也真是多事，按理说，你这翰林院编修，只是香茗一杯而已。于是，来宗道得了个“清客宰相”的雅号。就当他自以为没事的时候，被放出笼子的东林势力开始反扑，而他就是首要目标。他首辅的位子还没坐热，就被和另一个内阁杨景辰一起罢免。
来宗道走后，内阁的刘鸿训成了实质上的首辅。他吸取了来宗道的教训，旗帜鲜明的站在新势力一边，果断的罢斥了杨维垣、孙之獬、杨所修、阮大铖、李恒茂等人，得到了以东林人为主的新势力的点赞。但是，他的行为也引起了朝堂上非东林派的敌意。结果被人抓到把柄，赶下台去。
刘鸿训起先是深得崇祯皇帝信任的，但是因为一件事的疏忽，把皇帝顶在杠头上，结果被崇祯撸掉了。