待明五司总督的檄榜所过各州府县卫所，在把粮食传送到饥民们手中享用之后，便出官道脱离险境，数万流寇渐渐不受控制，仍造反从事杀掠。继续造反的流寇们所过之地，尽杀监护官五十员，并攻陷了凤翔府麟游县、西安府永寿县，势不可挡也！其中农民军：闯将（李自成）还在西安府永寿县劫掠得民妇：邢夫人，因邢夫人长得端庄大方且又是富贵人家子女，知书达礼深得闯将（李自成）喜爱。再加上邢夫人是被俘虏过来的，因害怕被杀，故此只得暂时听从命令。8月24日，流寇们又出动攻陷了陕西承宣布政使司平凉府灵台县、崇信县、华亭县、泾州，等地劫掠粮食。明五司总督立刻赶至汉中府凤县，见到流寇们又再起复出，且遍布各地，北接庆阳府、西至巩昌府、西北至西安府邠州、长安县、西南则盩厔县、宝鸡县，拥兵二十万人数时，让他后悔当初没有在「车厢峡之战」中早些出兵剿灭！现在分兵出御已经太晚了，明军兵力根本不如流寇多，只能依靠火器布阵出战，方有胜算。9月初8日，中原流寇二十营一起出动劫掠，兵锋西至河南承宣布政使司河南府新安县函谷新关一带，东至怀庆府孟县，连营屯兵百余里，部分陕西流寇连营设在西安府雒南县、河南府阌乡县、凤翔府扶风县。致使明秦景亲王：朱存机、明郑灵亲王：朱翊钟、明福恭亲王：朱常洵，三位藩王有些惶恐不安！这时朝廷下令让明都察院陕西道监察御史：吴甡，代替「山西总镇巡抚」之职。而河南承宣布政使司流寇东至湖广承宣布政使司黄州府蕲水县，大队人马尽入黄州府黄梅县、广济县。迫使湖广承宣布政使司黄州府蕲州的藩王，明荆简亲王：朱慈烟，封地受到流寇们劫掠，明荆简亲王下令荆亲王府仪卫司、荆亲王府群牧所、荆亲王府护卫指挥使司（蕲州卫）加强防御。兵部急檄榜文让河南都指挥使司明军入西安府同州、华阴县，负责剿贼，湖广行都指挥使司明军则入西安府商州、雒南县，负责剿贼，四川都指挥使司明军入汉中府兴安守御千户所、平利县，负责剿贼，山西都指挥使司明军入西安府韩城、蒲州，负责剿贼。流寇听闻消息后大乱，陕西承宣布政使司农民军们立刻分兵三路；一路由汉中府凤县攻打汉中府首府汉中卫以及南郑县，另一路出汉中府宁羌州略阳县由阳平关，入四川承宣布政使司保宁府梓橦县、剑州。最后一路由汉中府宁羌州入四川承宣布政使司保宁府犯广元县。接着明陕西三边总督：洪承畴，派遣了明汉中府副总兵：左光先，援救凤翔府陇州，替明西安府副总兵：贺人龙，解围。10月13日，明陕西总镇巡按兼都察院右副都御史：傅永淳，上奏道“商雒两县降盗陷城破邑，所在骚扰，皆由五司总督陈大人主端招降所至，以谓盗已革心？不许道途讯诘，故州府官吏不敢问，便开门揖盗，致使剿抚两妨，皆由陈大人之流毒也。”
正巧明山西总镇巡抚：吴甡，也上奏道“招安流盗最宜慎重，彼狼子野心势难驯服，况且边地穷荒，芜居无食仅曰免死，遂甘心易虑乎哉！”
让明毅宗：朱由检，对明五司总督：陈奇瑜，开始怀疑其能力？但仍命他待罪立功。同时河南承宣布政使司农民军：扫地王（张一川）、太平王，以及湖广承宣布政使司黄州府等部流寇东进，打算往南直隶方向靠近。流寇们大肆从归德府永城县、鹿邑县、黄州府黄梅县、罗田县，进入南直隶分掠安庆府潜山县、太湖县、宿松县，别部农民军活动在开封府陈州、河南府灵宝县，一带。另一面的湖广承宣布政使司流寇们，则从襄阳府宜城县官道，南下兴都留守司承天府进逼显陵卫而来，明军出动之际流寇们就遁入京山县山中。此时大批流寇依旧占据陕西承宣布政使司地区，毕竟是家乡流连忘返也是常事，其中农民军：老回回（马守应）屯兵在西安府武功县。由于陕西承宣布政使司被招降的流寇们，复起造反声势浩大，所以明五司总督：陈奇瑜，就把责任推卸给了明陕西总镇巡抚：练国事。使得练总镇巡抚被逮捕下狱！朝廷命明都察院左佥都御史：李乔，代替陕西总镇巡抚职位，率领明军出击三次打败流寇于西安府华阴县、河南府潼关卫之间，斩首流寇一千二百人。11月15日，明五司总督再次请抚各镇分地之内流寇，但是流寇们却利用此机会，打不过就投降，有实力又造反，搞得明军们焦头烂额！恰好又遇到河南承宣布政使司与湖广承宣布政使司的流寇们，继续流窜入南直隶攻克了庐州府英山县、霍山县。致使明毅宗大怒，直接下令削去陈奇瑜的五司总督职位。12月初1日，朝廷圣旨到达晋封剿贼有方的明陕西三边总督：洪承畴，为兵部尚书衔，负责总督河南都指挥使司、山西都指挥使司、陕西都指挥使司与陕西行都指挥使司、湖广行都指挥使司与湖广都指挥使司、大宁都指挥使司，五司军务其陕西三边总督官衔依旧如故。之后陕西行都指挥使司西宁卫由于漠南蒙古察哈尔部南下过掠，南逃入朵甘都指挥使司答思麻万户府。明五司总督兼陕西三边总督、兵部尚书：洪承畴，害怕有责任，便斩杀了明西宁卫指挥佥事：李挚，还率军出击朵甘都指挥使司。却没想到西宁卫明军居然打算叛乱！结果明五司总督兼兵部尚书：洪承畴，不得不立刻还军，还让陕西行都指挥使司驻军南下，以防止西宁卫叛军脱逃。而叛军则先发制人，分兵攻打陕西行都指挥使司凉州卫、永昌卫，被甘肃总镇治下的甘州左卫、甘州右卫、甘州前卫、甘州后卫、甘州中卫，这5卫出兵平定叛乱。于是明五司总督兼兵部尚书就从陕西行都指挥使司甘肃总镇回师东行，流寇们听闻杀人不眨眼的洪军门将至，纷纷率部东逃，分道尽入河南承宣布政使司。而明援剿副总兵：左良玉，则移军到河南承宣布政使司河南府渑池县。明开封府左参将：陈永福、明四川总镇副总兵：邓玘，两人合兵在怀庆府济源县斩杀了流寇贼首：紫金梁（王自用）之后明军会师南阳府，各方战绩颇有斩获。至于山西承宣布政使司黄河一带的流寇，大多数由官道北逃到山西行都指挥使司大同府灵丘县、广灵县，来回奔走于五台山。倒是陕西承宣布政使司西安府、湖广行都指挥使司郧阳府各处告警，逼得刚入兴都留守司承天府的流寇们举兵东下常德府。此时也让大同府封地的明代安亲王：朱彝㬎、以及常德府的明荣灵亲王：朱慈照，分别加强了山西行都指挥使司代亲王府仪卫司、代亲王护卫指挥使司（大同前卫、大同后卫）有一卫留守都司府，以及荣亲王府护卫指挥使司、荣亲王仪卫司、荣亲王群牧所，等处藩王机构防御。12月13日，叛军：杨国董，率领三千骑兵，来到西安府城下乞抚，明陕西总镇巡按：范复粹，见状，不敢直接开城接受，而是登城观望。打算继续固守城池，以防叛军诈降？这时明陕西总镇巡抚兼都察院左佥都御史：李乔，正在西安府鄠县闻迅飞驰赶来，檄榜于贼。双方在城中谈了一夜都没有退让，便不受抚，所以明陕西总镇巡抚就怀疑叛军，必西走西安府鄠县、盩厔县一带？就密檄沿途官兵们设防于夹水沟。因此时气候水草茂盛且泥潭众多，让骑兵不能驰骋杀场，待叛军一入夹水沟之后，就遭到了明军伏击，不得已叛军们就斩杀杨国董，提首级来降。其余叛军们人人自疑互相对打，死伤千余人，均逃入终南山。接着明五司总督兼兵部尚书：洪承畴，就进入西安府华州继续剿贼，各方陕西流寇连忙从西安府朝邑县北撤，逃奔西安府澄城县、郃阳县。农民军：混世王（马光玉）等部，则从凤翔府东奔进犯西安府。由于明五司总督兼兵部尚书早一步进入西安府，所以他檄榜诸路兵马赶赴西安府合力击贼。致使流寇仓皇逃到西安府东境，但明军也已经追击得疲惫不堪了，故此明五司总督兼兵部尚书恐防流寇东出河南府潼关卫，就先令明湖广总镇副总兵：张全昌、明西安府总兵：曹变蛟，奔走西安府渭南县、华州，之地，赶在前面阻击流寇。而明五司总督兼兵部尚书则率兵到达河南府潼关卫红乡沟追击流寇。明潼关卫游击将军：李效祖、明西安左卫守备：柏永镇，力战敌军，使流寇们不能进入潼关卫，因而转入西岳华山，却被明五司总督从西安府蓝田县加急赶过来，从山后小道进行围剿。午时，流寇们知晓明军合围之意，便夜走西安府商州、雒南县，与农民军：老回回（马守应）等万余人，先占踞西安府雒南县山中。明五司总督率诸将三千人前来围剿时，严令河南府潼关卫、阌乡县、灵宝县，等地封锁消息，不得放一个流寇入内。先是明潼关卫总兵：尤世威，出战兵败于西安府雒南县，导致群贼们进入河南承宣布政使司河南府卢氏县逃去永宁县。在到守隘诸将官兵们，因露宿在外，没有搭建帐篷已有三月！这才引起了军中疫痢，士兵们低弱不能出战，仅有明援剿副总兵：左良玉，率军从河南府阌乡县赴援卢氏县救援。而陕西承宣布政使司庆阳府境内的流寇们，趁机南下，烽火燃烧至西安府三原县、泾阳县、耀州、富平县，等地。